1936年9月一个浓雾的晚上，初露头角的法国海军飞行员库斯托，驾车在法国中部一条弯弯曲曲的路上行驶。忽然，汽车的前灯熄灭了。库斯托紧急刹车，车子随即冲进田里。当这位年轻人苏醒过来时，他发现自己躺在血泊里。
经过医生的精心治疗和长时间休养，他的两条臂膀都保住了。可是，他的飞行生涯就此结束了。然而，这位因车祸险些丧命的飞行员，后来成为世界著名潜水专家。
就在同一年，一位光艳照人的17岁女郎把库斯托迷住了。
她叫施梦·梅尔斯华，祖上三代都是海军上将，她也天生对航海非常钟爱。库斯托和她于1937年7月12日结婚。他们夫妇过了几年快乐的日子，一有空就和泰尔叶埃及杜马两人去潜水。他们就地取材，用汽车轮胎制造面罩和蛙鞋，用浇水软管制造通气管。库斯托又花了很多时间缝制了一套橡胶保温潜水衣。他把摄影机放在一个用衣夹封口的防水箱
里，拍摄了他的第一部水下纪录片《在水下18米遨游》。
不过，憋着气拍电影太困难了。
“要好好地观察鱼类，”他对朋友说，“我们必须也变成鱼才行。”法国在1940年被德军攻陷之后，库斯托一面为盟军做情报工作，一面试验各种不同的潜水装置。1943年6月，库斯托背着三个氧气瓶，在重压下步履蹒跚、小心翼翼地潜入了地中海。他呼吸时毫无困难，那压力调节器Ⅱ：好满足他的需要。库斯托开心得像个孩子，在水下翻了几个跟头。“我已经把地心引力克服了。”他满怀高兴地在水中想道。他潜到18米深的海底，逗留了大约一小时。
那次潜水可以说是世界上第一套完全独立使用的潜水装置的启用仪式。晚饭时，杜马与泰尔叶埃要求库斯托细说这次探险的经过。“美妙极了，”他说，“我觉得好像是在飞行。”
二次世界大战结束后，他们三人成立了一个“海军水下研究组”，研究的范围很广，包括潜水生理学，以及探索人类在水下生活与工作的方法。
战后初期，海洋学基本上仍只限于在海面观察，但库斯托梦想拥有一艘配备潜水装置的船。1947年，他获准指挥一艘本来属于德国人的旧船。
尔后，他来到巴黎，请求法国海军参谋部给他一艘真正的海洋学研究船。
他的请求虽然未被批准，但他通过朋友的介绍结识了英国富豪洛尔吉尼斯。这位富豪被库斯托的热情打动了，他说：“我给你2500万法郎，你去买船，然后把船送到我的造船厂，照你的意思改装。”库斯托买了一艘美国建造的木壳旧扫雷艇“卡利普索”号，进行了改装。然后，他回到海军参谋部，说服了上司，拿到了到各大洋进行巡回探测的任务。
1951年，“卡利普素”号装备了先进的导航仪器、观察台、水下摄影舱、潜水钟和绞车。一艘多功能的海洋考察船起航了。它第一次出海是到红海去研究珊瑚礁，库斯托在那里摄制了有史以来第一部在水下46米深处拍摄的彩色电影。其后，“卡利普索”号曾多次招待法国的科学家到地中海和大西洋去进行研究。部分费用由法国教育部承担，法国国家地理学会也提供了大量研究资金。但这些资金仍然不够支付庞大的费用，库斯托夫妇经常经济拮据。他们把结婚礼物变卖了一件又一件，他夫人甚至悄悄地把珠宝首饰也拿去典当。
一天下午，当库斯托在外面筹措资金时，一位身穿整齐西装的男士在“卡利普素”号的跳板上出现。来人对施梦说，“我是达西勘探公司（英国石油公司的附属公司）派来的，想跟你丈夫商量在海湾进行海底勘探的工作。”库斯托回来之后，这位访客立即说明来意：“我们公司的董事长看过你写的书《静寂世界》，想让你来完成一项工作。我们对网布扎比海岸外的一处海区拥有采矿权，但不知道那里有没有石油。你有没有兴趣去调查？”库斯托很快就同他签订了合同。
“卡利普索”号的潜水员在鲨鱼与海蛇经常出没的水域工作了三个月，用风钻把海底岩石凿开，获得多种资料样品，达西公司化验分析样品之后，决定在那里建造海上石油钻井平台。八年之后，这个油井每天产油四万多桶。
1955年，库斯托决定用一架水下摄影机摄制一部长度与普通影片一样的电影。他雇了一名刚从电影学校毕业的年轻导演做助手。1956年，库斯托的电影《静寂世界》摄制完成，后来在戛纳电影节赢得了一项金棕榈奖，又在好莱坞获得一项奥斯卡奖。
巴黎海洋地理研究所的路易·费奇教授对库斯托的工作成果十分欣赏，邀请他出任摩纳哥海洋地理学博物馆的馆长。他接受了这份工作，并于1957年从海军退役，当时的军衔是海军少校。
库斯托在法国海底研究中心工作了十多年，创造了多种勘探海洋的技术。他与两位工程师尚·莫拉德和安德尔·拉班合作，发明了第一个能下降到水下350米深的潜水器。
他设计了几种海底住房建筑。1970年，库斯托应法国政府的要求，开始在一艘名为“SP一3000”的深潜艇上工作。这艘深潜艇能下降到水下3000米的深度。
1965年，库斯托摄制了他的第二部电影《没有阳光的世界》。好莱坞制片人大卫·沃尔帕看了这部影片之后，建议库斯托为美国电视台拍摄环球航行的影片。库斯托采纳了这位制片人的建议，和美国广播公司签订了合约。根据合约，“卡利普索”号于1967年2月18日从摩纳哥起航。这时，库斯托的装备包括一个潜水器、两艘单人潜水艇、几辆运载潜水员用的海底车、15架水下摄影机，另外还有一个由他的儿子菲利普·库斯托驾驶的在拍摄无杂声镜头时使用的气球。这次航行历时四年，经历了许多惊险事件。“卡利普索”号在苏伊士运河遭到以色列战斗机的射击；又有一次，在莫桑比克海峡欧罗巴环礁附近，潜水器受到一条七米多长的巨头鲸猛烈撞击。库斯托曾在好望角附近与一群海狮游泳，也曾在加利福尼亚半岛的海岸外研究灰鲸。1970年9月15日，“卡利普索”号在航行了80多万千米之后，终于回到法国。他的第一部电视纪录片《鲨鱼》于1968年1月8日在美国播出，使库斯托和他的船员闻名世界。
“卡利普索”号的全体船员中，一直拒绝出镜的库斯托夫人是唯一没有在电视上出现过的成员。但是，她留在“卡利普索”号上的时间，比任何人都多。“她把自己的潜水装备带到船上”，船员亨利·杰奎尔回忆说，“她参与所有的任务，直到她在1990年12月去世为止。”
库斯托致力于保护环境，而他的儿子菲利普则以精神继承人身份，逐渐接管他原来的事业。菲利普是个飞行员，1978年说服父亲买了一架水上飞机。但一年后，飞机在降落时失事，菲利普当场死亡。库斯托悲痛欲绝，曾声称要放弃探险工作。后来，菲利普的哥哥尚-米歇尔从美国回来。他是电影制作人，头脑非常灵活。由于有他在身边，库斯托再度开始工作。尚·米歇尔又与“库斯托协会”合作，在“卡利普索”号的姐妹船“阿尔西昂”号上拍摄电影。同时，库斯托继续把影片的重点从棕榈茂盛的海滩、可爱的海豹和海豚转移到人类的问题上。
今天，努力保护自然环境仍然是他最关心的事。在过去的十年里，他大声疾呼，反对滥伐森林和用拖网捕鱼等行径。他和他的支持者已在拯救南极的论战中打了胜仗。“如果没有他，禁止在南极从事工业开发50年的条约也许永远不会签订。”美国副总统戈尔说。库斯托也曾多次应美国参议员邀请，就保护环境问题出席作证。他说：“今天最受威胁的生物种类，就是人类。”