相传南宋期间，厦门海域有一条大鳄鱼常爬上岸边害人，搞得人心惶惶。时值大哲学家朱熹在同安县任主簿。有一天，他正在县衙内批阅文件，不曾想，鳄鱼胆大包天，竞窜进县衙要行凶咬人，朱熹急中生智，把手中的笔狠狠地掷向鳄头，鳄鱼负重伤，逃到海里死去，死后尸体上长出许多小虫，这就是后来说的文昌鱼。
取名文昌，因为朱熹的那支笔，说是文昌帝君的化身。民间又传说文昌鱼是文昌帝君赐给祭祀他的信徒的，每年在文昌帝君诞辰前后，这种鱼才出现，所以取名“文昌鱼”。《同安县志》记载：“文昌鱼。似鳗而细如丝，产西溪近海处”。
其实文昌鱼最早是由德国动物学家P·S·Pallas在英国Comwall发现的，当时他认为那是软体动物蛞蝓的一种，这就是为什么文昌鱼又名“蛞蝓鱼”的原因。在1774年，这种鱼被命名为Limax larlceolatus。
1834年，意大利人O·G·Costa则认为文昌鱼是低等脊椎动物，将其命名为Branchiostoma。1836年，英国人William Yarrell又命名为Amphioscuslanceolatus。根据命名优先的原则，采用Branchiostoma作为属名，而以Amphioxus作为英文俗名，即文昌鱼的体形为两头尖的意思。直到1932年，Boring等人研究了中国厦门产的文昌鱼后，才将其定名为Brarmhlostoma belctleri。在我国，厦门、青岛、烟台等地都有文昌鱼的分布，尤其以厦门的产量最为丰富，是世界上著名的文昌鱼产区。
1923年，美国的一位科学家在厦门大学担任动物学教授时，看到这里的文昌鱼多得可以当食品，既惊讶又惋惜，于是他著文报道，引起国际生物界的极大震撼，不少国家的科学家前来采集标本进行研究。
文昌鱼有很高的营养价值和经济价值。它营养丰富，味道鲜美，蛋白质含量达70％，还含有丰富的磷、碘等，脂肪含量很低，肉质鲜嫩，味道清津甜美，制成千品，可存放一两年，成为闽南一带著名的席上珍馐。
文昌鱼是一种半透明的鱼形动物，但没有头与躯干之分。身体两侧扁扁的，两端尖，英文名Amphiosctls即为此意。文昌鱼生活的大部分时间是将身体埋在浅海的泥沙中，口朝天，不过，它并没有在仰天长叹，也没有什么不如意，无非是为了填饱肚子而已，只要成群结队的浮游植物从它们面前一过，它们是决不会放过这大好机会的，它们会连水带植物统统摄入口中。有时，它们也会以身体的一侧平躺在沙面上。据考古学家考证，文昌鱼在地球出现已有5亿年了，这一点就具有重大的科研价值，也使文昌鱼有了“活化石”的美称，达尔文曾说：“这是伟大的发现，它提供了指示脊椎动物起源的钥匙”。
文昌鱼的生理构造甚为奇特，它和一般鱼不同，没有鱼类常有的鳍，它的鳍只是一层皮膜，虽然也用腮呼吸，但腮却被皮肤和肌肉包裹起来，形成了特殊的围腮腔。它无鳞，没有分化的头、眼、耳、鼻等感觉器官，也没有专门的消化系统，只有一个能跳动的、内有五色血液的腹血管和一条承接口腔及肛门的直肠。文昌鱼无眼，但有一眼点，怕强光，白天只能躲藏在沙中，夜间则十分活跃。文昌鱼在每年6～7月间产卵，产卵和受精都在傍晚进行。文昌鱼的胚胎发育相当迅速，在傍晚受精卵开始分裂，到次日早晨，便成为全身披着纤毛的幼体，在海水表层自由自在地游泳，经过短暂的浮游期后，便钻入沙中。幼体喜欢栖息在泥沙交界处的细沙中。
幼体期仅持续3个月，6个月后，体长可达到1.8厘米，1年以后长到3.8厘米，这时性腺已发育成熟。文昌鱼体形小，只有3～6厘米长，每千克有近万条之多。平时文昌鱼很少游泳，在游泳时，可保持每秒钟60厘米的速度，连续游50秒，然后突然停下。游泳主要是靠身体的左右摆动来完成的。
文昌鱼活动范围很小，因此渔场相当集中。捕捞文昌鱼的方法相当简单：将文昌鱼和其栖息的沙一同捞起，倒在船中木板上，淘洗泥沙，即可得到文昌鱼。文昌鱼对生活环境要求很高，成体喜欢在较松的沙砾地生活，沙砾中最好混有少量的贝壳碎片，以便于它的活动和呼吸。它的生存还需要其他的条件：海水要有一定的成度，水温也要冷暖适当，水流不宜太急，风浪不能太大等。
我国的文昌鱼资源主要分布在福建、青岛、烟台等地沿海和北部湾，其中，资源量能形成渔场的只有厦门的刘五店，年产量最高时是在1933年，达到282吨，为世界其他海区所罕见。由于厦门刘五店海区文昌鱼生态环境遭受破坏，到了20世纪80年代以后已不能形成渔业，使这一著名的文昌鱼渔场失去生产能力。为了保护和合理利用这一珍稀海洋生物资源，厦门文昌鱼被国家列为二类保护动物。1991年9月，厦门市政府批准建立厦门文昌鱼自然保护区，并于1999年将厦门文昌鱼与另外两种保护动物中华白海豚、白鹭一起申报“厦门海洋珍稀物种国家级自然保护区”，2000年4月4日获得国务院的批准。但令人遗憾的是，文昌鱼的状况并没有得到很大改观。因此我们必须充分利用各种宣传媒介，进行宣传教育，提高人们的环境保护意识，让文昌鱼这一珍贵的“活化石”能够世世代代地存活下去！