藏医认为，七大物质中，以饮食精微最重要，其他物质均由它转化而来。血能维持生命；肉似围墙，保护身体；骨为支架，构成躯体；骨髓生精；精能生殖繁衍；脂肪荣润肤色。三种排泄物则是人体正常生理活动的产物。
人体内的器官，藏医认为也有五脏六腑。五脏指心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏，六腑指大肠、小肠、胃、膀胱、胆和三姆休。对于各脏器的生理功能，古代藏医用生活中的各种活动和所需的用品来作比喻。如：心脏——国王，端坐在宝座上，居人体胸腔的正中；肺脏——犹如大臣和太子，围绕着君王；肝脏和脾脏——似君王的大、小后、妃，远处在君王下端，而关系又很密切；肾脏——像一座房屋的脊梁，没有它，身体就不能成一栋大厦。它又如一国中的外戚；三姆休——相当于中医的三焦。但藏医认为，它在男性指精囊，在女性指卵巢，犹如一国中的珍宝库；胃——等于一个家庭中的炒锅，是用来盛装食物的，且负责把食物煮熟；小肠、大肠——在一个国家中，它的位置相当于王后的奴仆；胆——是一个风皮袋，内可盛装重要的东西；膀胱——在一个家庭中，好比一个储水罐，用来盛装水。
藏医认为，人身上有360块骨头，其中脊椎骨28块，肋骨24块，牙齿32颗，四肢大关节有12个，小关节有210处，韧带16处，头发有21000根，汗毛孔有1100万。
值得一提的是，藏医学中的胚胎学。藏医在这方面有着辉煌的历史，也有很多成就。藏医认为，胎儿是由父亲的精与母亲的血二者结合而成的，不论是父精，或是母血，只要一方有病，如龙、赤巴、培根有病，就无法受孕，如精或血的外观粗糙，颜色、黏稠度异常，气味不正等，都不会受孕怀胎。在没有显微镜足以观察到细如精子或卵子的结构时，这种描述不仅是自然可取的，而且具有十分重要的意义。因为在旧社会，总是把不孕的责任全归咎于妇女，而藏医却明确提出男女双方有着同样责任，这是完全符合科学道理的。
3.藏医诊断方法
藏医的诊断方法，主要包括望、触、问三诊。望诊是察看病人的体型、肤色等外在的体征，其中尿与舌是重点观察对象；触诊是触摸全身的寒热，皮肤的润燥、凸起等，切脉是一个很重要的方面；问诊即询问病因、患病的时间、患病部位、症状等。一般来说，对一种疾病的诊断，必须综合运用各种诊断方法，全面分析，才能得出正确的结论。
以下主要介绍藏医独具特色的脉诊、尿诊和试验诊断法。
A.脉诊
藏医脉诊要求患者在脉诊的前一天禁食酒肉等难消化或性温、性凉的饮食，保持良好的起居饮食习惯和情绪，脉诊时间选在朝阳初露时，脉诊时患者不要讲话，不要突然闭气，以免影响脉搏。
藏医诊脉的部位，与中医相似，但略有差异。中医诊脉以腕后桡骨头茎突出处为“关”，关之掌侧为“寸”，关之肘侧为“尺”，三个部位顺序以食指、中指、无名指按寸关尺。藏医诊脉也有冲、甘、恰之分，也用食、中、无名三个指头分别按诊冲、甘、恰三部，但藏医的寸，位于腕后第一横纹一寸之处，藏医以大拇指末节的长度为一寸。因此，藏医的诊脉部位较中医略偏向肘窝部，这是二者差异所在。另外，中医是先诊一侧之后，再诊另一侧之脉，藏医有时同时以左右双手诊患者双侧之脉。对于危重病人的生死预言，藏医在足背部的跌阳脉诊断，因为足脉与心脏距离最远，临死前脉先从边远之处收束。藏医按脉轻重，与汉族医学也有不同之处。汉族中医诊脉时，三指同时用力，分浮、中、沉三种力量切脉，藏医虽也有轻、中、重之分，但却是指候冲脉处应轻按，候甘脉处应中按，而候恰脉处则需重按。藏医认为，脉象可以反映人体脏腑的状态。就性别而言，藏医诊男性之脉以其左手之脉为准，用医生右手三指诊切；女性患者则用右手就诊，医生以左手三指切脉。再诊另一只手的脉作为参考。
人体正常脉象有阴脉、阳脉、中性脉三种。阳脉的脉势粗壮而搏动缓慢，阴脉的脉象细而搏动迅速，中性脉流长而光滑，柔和而不疾骤。在诊脉之初，医生必须首先辨明患者脉象正常时是属阳、属阴或是中性。一般来说，女子多为阴脉，男子多为阳脉，而中性脉则男女性均可见到。所以必须详加考察，先辨清平脉，才能分清病脉。
患病时脉象出现异常，有浮、沉、洪、细、大、小、滑、涩、满、实、空、迟数长、短、缓紧、弱、粗、硬、柔、促、扁、间歇、慢等二十多种。
不同的脉象反映不同的病症。当脉象出现某些异常现象时，则疾病主凶，预后不良。如体质强壮的人突发疾病时脉象反而细弱，久病之人脉象反呈浮洪，寒症出现热病脉象等脉象与疾病性质完全相反的情形时多是不吉之象；寸亥尺三部脉象如有一部不明显，是五脏之脉不全，可能转成危症或死症；脉来数至，骤然停止，片刻又恢复搏动，且为规律性的停顿，则为死兆。
妇女在怀孕时，可出现滑利而高突的脉象，右部肾脉搏动强烈育男，左部肾脉搏动强烈者育女。
B.尿诊
尿诊是以病人的尿液，分别在热、温、冷却后三个阶段，对小便的颜色、气、味和漂浮物、絮状物、沉淀物等进行观察，从而辨别疾病的寒热属性、病变部位、轻重，作为诊病的依据。在验尿前一天晚上，患者应禁止饮食、饮酒和酪浆汁，限制饮水，心情保持平静。供诊尿液在清晨时收集。
正常尿液清澈见底，颜色淡黄，质地稀薄，无特殊味道，只有轻微臊味。逸出的蒸气不大不小，十分钟后不再有蒸气，变冷后尿色不变，尿液表面的泡沫，多为稍小的泡沫，大小均匀，尿液中无漂浮物。观察尿液的病症，可在三个不同阶段进行：尿热时，应立即观察尿液颜色、蒸气、气味、尿花四个方面；当温度降低时，主要是对漂浮物和浮皮的观察；冷却时，对尿液的转变时间和转变后的色素进行观察。当人生病后，其尿液的性质也会发生改变，藏医通过对病尿的观察来诊断疾病。
察尿色：尿液刚排出时立即进行观察。若尿液如沼泽之水，清而稀薄，此为风病；尿黄如珊瑚刺汁是胆病；乳白色为痰病；发红为血病；紫色如紫草汁为“黄水病”；深黄如菜油色者为瘟病；尿色或红或黄、质稠而具臭味，则为骚热或扩散伤热；尿色黑如墨汁，或色泽混杂，有如虹霓，不易辨识，则为中毒病。
辨蒸气：需在新鲜尿液中观察，久则蒸气消失。尿液蒸气大，为增盛热病；蒸气小而持续时间长为隐性病或陈旧热病；蒸气小而蒸发时间短为痰病、风病或寒病；尿液蒸气时大时小，则为寒热错杂病。
嗅气味：尿液气味发臭难闻者为热症患者；寒病患难者，气味轻微，或无异味；如发现食物气味说明此人患有该种食物之伤食症。
尿的气泡：泡沫色青，且都是较大的泡沫，如犏牛眼睛者为龙病；泡沫色黄而细小，迅速消失者为胆病；泡沫状如唾液，都是细小的小泡，久久不易消散，一般为痰病；泡沫呈红色，大小不等，则为血病；泡沫颜色如虹，为中毒病；泡沫如鹰入鸽群，骤然四窜，向各方遍布者，不论寒病热病，俱为扩散性疾病。
尿中漂浮物：正常尿液中不存在此物。如出现漂浮物，可根据其形状、颜色、所处部位来判定为何种疾病。风病，其状如山羊毛，散布在尿液之中，如用小棍挑之，并不能挑出任何东西来；胆病，状如棉花团，中心部稠密而周围较稀散，盖满整个碗底；痰病，状如马毛，但界限不清；肺热病，状如白云飘逸，其中杂有聚集之青黑色物；肾病，如细砂粒；脓症，漂浮物亦状如脓液。上层漂浮物，表明病症在胸腹以上，即心肺的病症。中层漂浮物，表明病症在上腹部。下层漂浮物，表明病症在下腹及盆腔部位。
观察浮皮：尿液冷却后，表面有一层薄蜡膜，称浮皮。浮皮薄者为寒病，厚者为热病；静止的尿液，浮皮无故分裂成片状则是痞瘤病之症。有一种比较厚的浮皮，一般是灰白色，用小棍子挑出，放在指甲上，浮皮不破，放在火上烧烤，味如炙肉烧焦，这是由于前晚食用过多肉食油脂，为正常浮皮，不需治疗。
观察尿液的转变：①转变所需时间。蒸气尚未散失，尿液即开始转变为热症，尿液冷却后才转变为寒症；②转变情况。如静置后尿液变浓，表明患者是热性病，如果变稀薄而较清亮者，是寒性病的表现。一般的寒性病，多从容器边缘较浅的地方开始发生变化；而热性病则是自容器下部向上逐渐发生变化，并表明是新患的热性病；如果是慢性久热症，则尿液的变化由四周浅薄处逐渐向中央较深厚部位转化。凡尿中之漂浮物在尿液尚无变化之前即开始变化的，表明是寒热夹杂病症。③转变后的尿色。一般来说，尿液转变后其颜色不会发生变化。
尿诊的临床意义，主要在于判定疾病的寒热属性，有一定的规律可循。但病象错综复杂，所以还应该特别注意对一些病态尿液做进一步鉴别诊断，以防误诊。如凡尿色为红色者，应鉴别其为何脏器生病或属何种热症。如色红而有时兼混浊，且尿中漂浮物位于尿液之下部，则为肾脏病症；设尿色红而兼绿，且尿液清澈透明，漂浮物停于中部，是为脾脏之病症；如果尿色偏黑红，或者为淡红色，而漂浮物均匀分布，此为肝脏疾病之象征。还有一些其他情况需加注意，如尿色虽为红色之热症，但却未见泡沫，则为热邪内陷；青色或白色而无泡沫者，为久寒之症。而隐热症之尿，其尿液之变化常在蒸气消失之后，静置较长时间才发生。此外，尚需鉴别假寒真热和假热真寒之尿象。凡尿虽呈青白色之寒症，但其漂浮物却甚多而且厚，实为热症，这就是假寒真热；相反，如尿呈深黄，状似热症，但尿中却无漂浮物，气味也小，实为寒症，这就是假热真寒。
C.试验诊断法
这是藏医中比较独特的一种诊断方法。当对疾病诊断有怀疑时，先用药物进行试探，观察反应，然后再做分析，最后下结论。如对急腹症、发炎、疔疮有怀疑，可用五味鲲鹏丸进行试探；对中毒症有怀疑，可用收敛药物进行试探；对血分失调病、气痛有怀疑，用木香四味汤进行试探；对腹泻的诊断有怀疑时，用排除肠鸣的药物清肠道进行试探。对龙病有怀疑时，一般用踝骨汤进行试探；对赤巴病有怀疑，用藏茵陈汤试探；对培根病有怀疑，用三味光明盐汤试探。对于其他疾病，可用少量药物进行试探，分析疑点，哪些药物生效就用它进行治疗。
4.藏医治疗方法
藏医治疗学丰富多彩，其中许多独特的治疗方法，体现了浓郁的民族特色，至今仍广泛沿用。
放血疗法
放血疗法是一种比较剧烈的手术治疗，通过将血管切开或穿破，进行手术放血，将病血引出体外，达到治疗目的。
放血疗法多适用于热性疾病，如瘟病、疖疮、疮疡、丹毒、黄水、麻风、扩散伤热、骚热等热症。而一些疾病则不宜用放血疗法，如正精耗竭、灰色浮肿、胃火衰败等虚寒性疾病以及小儿、老人、孕妇、产后等，均禁忌放血。
根据病种和病程的不同，大致可分为早期、中期和晚期这三个阶段进行治疗。凡是热性病早期，应在热症初起，热势亢盛的时期，及时放血。而在病程的中期，恶寒停止身体感麻重之时，就及时刺血，放出恶血，以免热性扩散，难以控制。而在血病及赤巴病过程中，病血已散布在脉道之中，或因饮食不当而有余热未消，已散布于脉道，虽属晚期，也可放血治疗。
藏医放血过程分为鼓脉、进刀、察血、掌握出血量等步骤。所谓鼓脉法，就是设法使血流旺盛，这需要在放血前三天先内服一些分解药如三果汤（由诃子、毛诃子、余甘子组成），目的是将病血和正血分开。放血前应温暖躯体，待血流旺畅时，用扁形细绳捆扎放血以上部位。放血进针的穴位都有固定，要避开要害部位及命脉部位。
放血时，如流出液色黄而稀，甚或有泡沫、黏液者，均为病血。如果放出的血色鲜红且较稠，则为正血，不能再放。至于放血多少合适，也要根据病情和病人的情况而定，一般病人体质较壮实者，可略多放些。放血后，一旦病血流尽，正血出现时，即应该停止，勿放血过多，以免损伤正气。
艾灸疗法
藏医艾灸疗法历史悠久，运用广泛，主要用来治疗一些寒性病，如消化不良、胃火衰败、浮肿、水肿、黄水症、瘰疬、炭疽、神经错乱、健忘症、脉病等，其中黄水病和脉病疗效尤佳。在热病的后期，也可运用火灸施治。
艾灸通过封闭脉道要隘，使病邪不致流窜于脉道，从而起到镇痛，治消化不良，化疱块，干黄水的作用，使胃火增生，神志清明。艾灸的制作是一个很精细的过程。一般在秋天择吉日采集艾叶，用棍打碎，再揉成艾绒团。艾绒团的大小看所灸的部位不同而有差别：用于关节者，大小如拇指；用于头部和四肢者，大小如小指尖；用于脉窍者，大小如羊粪粒或制成条形；用于瘰疬和痞块者，大小如诃子；用于小孩胃部者，大小如豌豆。
艾灸取穴，一般有固定的穴位，一种是依据病人自诉症状部位定穴。患病的穴位按之疼痛且舒适，痛点即施灸的穴位，这与汉语中医的阿是穴颇为相似。另一种是分布在全身各个部位的固定穴，医生根据脏腑经络选穴。
藏医常用的灸法有以下四种：
煮法：适用于慢性的顽症，如瘰疬、痞块、痈疖等。
烧法：适用于心风病、黄水病等。
烤法：适用于龙病、虫症、大小便秘闭不通者。