艾灸疗法不是万能的，与其他疗法一样有它的适应证和禁忌证。若不加区别，盲目应用，不仅达不到预期治疗效果，反而适得其反，这是首先必须加以说明的。
（一）适应证
艾灸疗法的适应范围广泛，能治疾病甚多，凡临床各科的急性和慢性疾病、常见病、多发病、疑难危重病，不论阴阳、表里、寒热、虚实各种证候都有灸法的适应证。例如内科的感冒、头痛、偏头痛、三叉神经痛、痢疾、疟疾、肺结核、慢性支气管炎、支气管哮喘、冠心病、肺心病、神经衰弱、低血压、慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡、胃黏膜脱垂、胃下垂、呃逆、呕吐、肝炎、肝硬化、中风后遗症、面瘫、关节炎、糖尿病、便秘、肠炎、结肠炎、胃肠炎、腹痛、腹胀、坐骨神经痛、贫血、癫癎等；妇科的月经不调、痛经、闭经、崩漏、带下病、盆腔炎、外阴瘙痒症、不孕症、妊娠病、产后病、脏躁等；儿科的上呼吸道感染、百日咳、小儿腹泻、小儿厌食、小儿夜啼、小儿呕吐、小儿佝偻病、小儿麻痹后遗症、流行性腮腺炎等；男科的阳痿、遗精、不育症、精液异常症、睾丸炎等；外科的疖肿、疔疽、乳腺炎、阑尾炎、脉管炎、臁疮、瘰疬、静脉炎、指头炎等；骨伤科的落枕、扭挫伤、软组织损伤、骨结核、破伤风、损伤性关节炎等；皮肤科的湿疹、疣、带状疱疹、荨麻疹、神经性皮炎、牛皮癣、硬皮病、疥疮、褥疮、皮肤瘙痒症、冻疮等；五官科的睑腺炎、迎风流泪、结膜炎、青光眼、近视眼、鼻炎、鼻出血、鼻渊、内耳眩晕症、中耳炎、咽喉炎、腭扁桃体炎、口腔溃疡、牙痛等以及肥胖症、消瘦、颜面皱纹、黄褐斑、雀斑、酒渣鼻、脱发等。
本法既可单独使用，也可与其他疗法或药物配合治疗。若单独使用，尤以寒证、阴证、阳虚证及慢性疾病等病为主。若配合其他疗法治疗，则可疗之疾尤多。
（二）禁忌证和禁灸穴位
灸法是借火治病，灸之不当，则火邪内攻，灼耗阴血，引起不良后果，不可不慎。
1.禁忌证大凡实热证、阴虚发热者，一般不适宜灸治，如阴虚痨瘵、咯血吐血、心悸怔忡、高热神昏、中风闭证、肝阳头痛、多梦遗精等一切阴虚阳亢、邪热内炽的病症，均当禁灸。此外，不论外感或阴虚内热病症，凡脉象数疾者，或极度衰竭者亦不宜灸治。《中国针灸学》云：“不适宜灸治之病举其大者如后：伤寒、赤痢、麻疹、鼠疫、天花、白喉、脑脊髓膜炎（惊风刚痉之类）、猩红热（喉痧）、丹毒、恶性肿瘤（疔疽癌肿之类）、急性阑尾炎（缩脚小肠痈）、心脏瓣膜炎（心痛寒热）、兔性大叶性肺炎（肺风痰喘）、急性腹膜炎（脐腹痛寒热）、传染性皮肤病（疥疮之类）、肺结核之末期（肺痨）、血压高症、高度贫血症（失血症）。”
2.禁灸部位和穴位凡血管表浅部位、头面五官部位及关节筋腱部位不宜施化脓灸；重要器官附近、肌肉浅薄处、乳头、睾丸、眼部附近、阴部、妇女月经期和妊娠期的腹部及腰骶部均不宜施灸。如遇急重病症，必须施灸者，有些部位可改用艾条灸，间接灸等变通灸法。
至于禁灸穴位，可参考古法禁灸之穴，如哑门、风门、天柱、承光、临泣、头维、攒竹、睛明、素髎、禾髎、迎香、颧髎、下关、人迎、天牖、天府、周荣、渊腋、乳中、鸠尾、腹哀、肩贞、阳池、中冲、少商、鱼际、经渠、阳关、脊中、隐白、漏谷、条口、犊鼻、阴市、伏兔、髀关、申脉、委中、殷门、心俞、承泣、承扶、瘛脉、耳门、石门、脑户、丝竹空、地五会、白环俞等穴，凡酒醉之后、身心极度衰疲时，则尤须绝对禁忌。