小儿先天性畸形的种类很多，对孩子生理功能的影响不一，有的需要刻不容缓地手术，也有的可先创造一些条件，选择适当的时机再进行手术。譬如先天性食管闭锁，由于食管在胸腔中上下不能，吃下去的奶马上会泛溢出来或流入气管呛咳不止。又如肛门闭锁使胎粪无法排出，患儿一吃就吐，腹胀如鼓，这些情况，立即手术是挽救患儿生命的唯一办法。
另外有些畸形虽然不会立刻威胁小儿的生命，但时间一久会使病情恶化，严重影响治疗效果，因此也应在明确诊断后尽早手术，如先天性胆管闭锁、畸胎瘤，以及各种类型的恶性肿瘤等。与此相反，有些畸形如腹股沟疝往往随着年龄的增长会自然愈合，所以手术年龄不宜过早。
总之，手术的合适年龄一方面要根据具体的病情，另一方面与医疗技术的发展也有一定关系。