自治之下的学生表现了高度责任感、严格自制力和良好公德心，他们积极维护和增进团体荣誉，纷纷表示：“全体宜保全名誉”，“规则宜实力遵守”《法律学生大开自治会》，《大公报》1906年。12月19日。。通过自治与专制的现实比较，学生们对民主原则的认识更加生动具体，对民主制度及其优越性的了解体验更加深刻真切，提高了组织管理的能力，从而进一步增强了民主精神和追求欲望，反专制情绪更趋激昂。上海义务学堂和广州岭南学堂学生在自治会的民主管理下，“范围身心，习练能力”，“全校学生之驯良者居十之九”《道德之芽》，《大公报》1909年。7月22日；《岭南学堂之特色》，《教育杂志》第1年。第6期，1905年。7月12日。成为学界一大特色。破坏旧秩序的顽童成了遵守新秩序的模范。否定专制与遵循民主，正是学生自治的双重功能。青年。们在自治与专制环境中表现的巨大反差，形象而有力地证明其民主追求绝非单纯导致个人放纵。指责学生对旧秩序的冲击为个性恣意膨胀，或批评其自治下的驯良是安分屈从于专制统治，都是片面的。他们反对专制，服从民主，专制下表现为躁动莽撞，民主中显示出严谨秩序。以权威他律条件下学生行为的紊乱来否定其民主精神和自治能力，刚好因果倒置。遏制学生本能冲动的唯一有效方法，就是实行民主自律。压制只能激化或积蓄矛盾，导致频率不断加快的周期性爆发。
第二，把自治自立与救亡图存紧密联系起来，以自治培养爱国合群的精神品质，形成抵御外侮的政治实体，确立和提高学生的社会地位。河南申阳高等官立小学堂自治会所发叙言，充满激情地论述道：开20世纪之新幕，能与列强“踯躅于舞台上者，仅我黄帝子孙”。乌止谁屋，鹿死谁手，“均于今日决最后之战胜”。然而，“府海官山，着着失利，欧风美雨，咄咄逼人，远者讥我为睡狮，近者鄙我为散沙。祖国青年。岂无蔚起，抚近时，瞻现况，虽不及祖逖中胄之舞，犹可操鲁阳日暮之戈。彼丈夫，我丈夫，宁为鸡口，勿为牛后。于斯时组织斯会，研究自治，藉以谋种族之发达，促文明之进步，当仁不让，有志竟成，非敢谓后生可畏也，夫亦曰匹夫有责耳”。呼吁海内同学“举同舟以共济”，“合群力以竞存”《河南》第6期。。
京师大学堂师范馆学生则着重强调立会合群的主旨，所谓合群，“不在形式而在精神，不在少数而在多数，不在理论而在实行，不在一日而在永久，而后合群之心，乃骎骎焉团结而不可解”。“社会由群而演成，竞争以群而剧烈，非合群不足以强国，非合群不足以保种，非合群不足以与外界之风潮相搏击，非合群不足以交换个人之智识。”把合群看成强国保种竞存的关键，以自治为谋种族发达、促文明进步的手段。国家民族的兴衰存亡系于民众合群自治，无自治则群不能合，或合而不固。并希望以学生自治为社会合群的先驱中坚，促使那些“企足翘首”、“视吾辙望吾旂者”《京师大学堂仕学师范两馆联合会之祝词》，《大公报》1906年。6月23、24日。接踵而起，造成万众一心的巨大合力。政府本是当然的民族代表。然而，丧权辱国的清王朝早已失去代表能力，学生以自治谋合群救国，反映出民众主观上否定其代表资格，取代其社会职能的意向。表面服从掩饰不住离异排斥倾向，这是爱国精神民主化的体现。
第三，以学生自治为社会民主的先导表率。京师师范、仕学两馆学生以“区区百数十人，行将支配于十八行省之政界，各肩一任，以导世而匡时”，成立联合会，预备“上以助国家组织完全之宪典，下以为吾民开发普通之知识，相得者益彰”《京师大学堂仕学师范两馆联合会之祝词》，《大公报》1906年。6月23、24日。。广东东莞学生在反对豪强劣绅把持沙田局的斗争中，组织协助自治会，倡行民主选举法，刊行选举册，分派城乡，“凡邑人之合选举资格者，按名填列，缴回会所换给选举票，群情由是踊跃”《东莞沙田局自治会议选举纪盛》，《中国日报》1907年。3月26日。。可见，学生自治具有三重意义，对于专制统治者表现了国民主体意识，对于国家政权蕴含着参政意识，对于民众则显示了倡导示范的启蒙意识。激进人士对此表述得尤为明确。禹之漠从狱中致书祝贺长沙学生自治会成立，欢呼“学生已能自立矣！”希望他们抵制“必含多分的奴性，藉奴势以伸权力行压制”的湘学堂，“以百折不回之气概，振刷精神，整齐秩序，力求进步，毋少懈怠，毋少退让，以自治会为政党会、新国会之基础。”并鼓励学生们“再进一步，创立群治大会，为各省倡”《禹之漠史料》，第33页。。这样的学生自治，不仅是对清王朝腐败统治的否定，而且是对专制制度的根本否定，表明了学生参政主政的意愿。
学生自治团体的广泛涌现，反映出学界民主倾向普遍强化，推动了不断扩大的联合趋势。有的团体按学科组成，如京师高等巡警学堂的中国警察协会，“以研究警学，团结警界为宗旨”，吸收在堂与毕业的巡警学生入会，“拟办《中国警察学报》，以期改良全国警务”《警察协会之成立》，《大公报》1907年。12月4日。。北京八旗师范前后班组织“宗室觉罗八旗师范同学会”。法政、陆军、实业、专门、普通和教会学堂，均有不同形式的学生自治团体。有的据民族籍贯联合，京师大学堂的八旗同学会，“凡中学以上之学生教员以及本国外国各学堂之旗生皆行入会”《立同学会》，《大公报》1906年。12月13日。。江苏泰州姜堰镇旅外学生10余人暑假回里时，也相互联络，“公同组织一自治会，专以发达德育，实行自治为宗旨”《创办自治会》，《盛京时报》1906年。11月1日。。有的则跨学堂学科而设，北京仕学、师范两馆合组学界联合会，旨在互相补充促进，“诸君之入政界以政法为己任，仆等之入学界以教育为己任。政治之所不及，恃教育以补助之；教育之所不足，恃政法以提倡之”《京师大学堂仕学师范两馆联合会之祝词》，《大公报》1906年。6月23、24日。。
区域性联合的自治团体也相继出现。1905年。成立了扬州学生自治会、广东全省学界公会、山西全省学会；1906年。成立了湖南全省学生自治会、芜湖皖南学会、浙江全省学会；1907年。吉林法政馆学生发起组织吉林全省学会，陕西三原宏道学堂与西安学界联合成立国民自治会；1911年。黑龙江成立学界联合会，云南学生则以三迤总会名义展开活动。这些组织多以“联络群情，交换知识为宗旨”《吉省学会之阻力》，《盛京时报》1907年。12月24日。。江苏、河南、四川、江西、直隶等省的学生救亡团体也起到合群自治的作用。还有一些省份则在1905年。以前已经产生省级学生自治团体，如福建的学生自治会。
在区域联合的基础上，出现了成立全国性学生组织的尝试，把邹容1903年。提出的建立全国学生同盟会的构想付诸实施。1905年。上海成立了以国内外高等学生为对象的环球中国学生会，以“助中国进步”、“联络环球中国学生情谊”、“交通社会，互相扶助”为宗旨，“无论已毕业未毕业在本国在外国，曾进高等学堂以上者为合格”，计划设总会于上海，“其他无论何处，凡有中国学生者可立分会”《环球中国学生会章程》，《大公报》1905年。8月23日。。
由于高等学生数量不多，该组织的活动与影响受到局限；况且国内就学与国外留学、在校与毕业相混合，不完全反映国内在校学生的动向。1908年。上海学界“以各省人士来学海上者颇有蒸蒸日上之势，惟风习不齐，学派殊别，不有机关以为之汇，何以融结国团，交换知识。爰发起二十二省学生总会。已刊布简章，签注名册，由各校分布。”《各省教育汇志》，《东方杂志》第5年。第6期，1908年。7月23日。该会得到陈佩忍、于右任等人的支持，“以破除省界，融结各校团体，以为他日敷设国会之权舆”为宗旨，提倡“尚公德”，“惜名誉”，“重实践”《各省留沪学生总会第一次简章》，《近代中国教育史料》第4册，第169页。该简章原刊于《江宁学务》，署期为1906年。疑误。准备开展办报宣传、社会调查、赞助自治、研究法政、传播西学、兴办实业、联络学界、发扬国粹、促进女学、推动教育、挽救路矿等一系列活动。但该会只是旅沪各省学生的联合体，而且虽有详细计划，此后却不见活动踪影。
到1911年。4月，终于出现了全国性的“中国学界联合会”，以“联合全国学界，实践救亡责任”为宗旨，计划“首具规模于上海，依次扩充于各行省，每省复设本会之支会数所”《学界联合会出现》，《民立报》1911年。4月20日。。国会请愿风潮中，天津也曾组织“在津全国学界国会请愿同志会”。南北两大学生团体的成立，反映出学生群体独立意识和社会地位的增强提高，表达了学界联合的共同心愿，推动和加强了全国学界的团结。在此影响下，改良学塾也组成大型团体。1911年。25所学塾的758名学生“以时事多艰，凡为国民者当力图振作，共谋自强”，在上海首次召开学艺联合会，《学艺联合会志盛》，《民立报》1911年。9月13日。奏响了学界同盟的副旋。
学生们在自治活动中表现出高涨的热情。京师法律学生在松筠庵讨论自治规则，赴会者近200人，陆军部附读生也致函赞同。大型团体活动时，学生更形踊跃，人数动逾千百。早在1906年。《新民丛报》就敏感地指出：“中国近来之团体思想发达极矣，其学界中为尤甚。”《论主张竞争者当知法制》，《新民丛报》第72期。学生民主热忱的普遍高涨和学界自治团体的迅速发展，对统治者构成严重威胁。按照清政府制定的章程，学生不得以任何形式集会结社。经过斗争取得自治权利并建立组织，不仅是对专制权威的蔑视，而且具有某种合法性，造成统治秩序的紊乱。因此，各级官吏千方百计地阻挠破坏，必欲去之而后快。陕西的宏道、师范、奉天的锦州中学堂学生组织自治会，被当局认为是“为抵抗教员与管理员而设”《宏道高等学堂之风潮》，《夏声》第4号。遭到开除斥革。浙江法政学生要求组织同学会，提学使声称：“法政科目繁多，时间短促，学生于听讲后稍有余暇，正宜温习功课，终日伏案不遑，更何有从容开会之时。若再编辑调置，分其心力，则正课必多荒废”，因而批复道：“不必特设专会，致滋纷扰。”《不准组织同学研究会》，《大公报》1908年。12月19日。南京东台学生乘星期日在鸡鸣寺举行同乡会，地方督抚虽明知“但为联络乡情起见，既未开会演说，更无迹涉悖逆之举”，亦予查禁，理由是：“结会本干例禁，当此事杂言庞，人心不靖之际，难保无匪徒诱惑，误入歧趋。”又借口会中有常捐特别捐、会员名誉赞成员等名目，荒谬地推论道：“论其心则无他，推其极即为敛费结党之渐。”遂以“学界中人不得借切磋学业互换知识为言，设立学会，聚众演说，致长嚣凌而为厉阶”《札饬严禁学界立会》，《盛京时报》1907年。7月26日。为口实，把它打入冷宫。吉林学生倡设全省学会，也被当局指为“非真为求学起见，不过预备同盟罢课，要挟长官”，借口“结党立会，国有禁令”，牌示禁止。《吉省学会之阻力》，《盛京时报》1907年。12月24日。当局甚至对各学堂校友会“皆极力反对，运动使之解散而后快”《吉省学界之前途》，《盛京时报》1909年。1月19日。。陕西蒲城县令更因学生自治于己不利，派兵捆捉拷打，酿成血案。
民众任何改变无组织散漫状态的努力，都意味着专制权威的沦落丧失。而学生自治的威胁更具有双重性，一方面，自治联合的学生争得小块自由天地，受到制度化民主的加速陶冶感化，反专制情绪更为炽烈，容易走向反清革命。另一方面，学生从中学习到管理自我和社会的技能，成为地方自治的先导，并对民众理解接受民主原则和制度起到表率作用。维新派倡导民权，但对皇权的敬畏使之不能脱离臣民姿态。革命党鼓吹国民意识，而公开活动限于海外，且只有思想影响，缺少实体示范。学生自治虽然是民主制的初级形态，却使近代中国的民主化进程由宣传、运动进入实行，由理论演变为制度。他们在封建城堡中公然树起一面民主大旗，现身说法，使缺少民主传统，又没有感性认识的国人亲眼目睹、亲身体验到实实在在的民主制雏形，弥补了中国没有民间民主社团以及由此形成的社会制衡机制的缺陷。尽管程度、影响仍然有限，但潜力强劲，将全面推进民主化由低级走向高级。所以，统治者不得不拼死抵拒学生自治。
面对高压，学生们坚定地捍卫和争取自己已得应有的权利。有的打击群体中的败类，浙江法政学生在大庭广众下揭露痛斥个别破坏团体的学奸，使其无地自容。绍兴府中学堂学生严惩蛊惑人心，瓦解校友会，使“此番团结力不能如前此之固”《府学生蛮法三千》，《民立报》1910年。11月18日。从而导致斗争失利的变节分子。有的逆流而进，愈挫愈奋。吉林组织学会事一度受阻于当道，学生们“加意运动，期于必达目的”。不到一个月，即拟就章程，择期开会。《吉省学会又将成立》，《盛京时报》1909年。1月29日。陕西学生发动全省总罢课，向破坏自治的官吏发起强大攻势。学生为自治而战的斗争加剧了统治秩序的紊乱失范。清政府明令禁止的学生自治团体广泛持久地公开半公开存在发展，既表明政府机器已不能对社会各层面实施有效控制，又反映出统治集团内部态度分歧，有人容忍，有人同情，有人大打出手，有人但求自保，有人畏之如虎，也有人掉以轻心。清政府陷入被迫变革与变革结果否定其存在价值的两难境地，这为力量有限的学生的自治活动留下发展间隙。
当然，这时的学生自治尚未汇成全国统一行动，相继出现的各省学界团体缺乏稳定持久性，往往是一省刚刚建成，他省已形涣散。全国学界大联合的蓝图也只是组建起中枢机构，尚未来得及争取各省的实际加盟（与五四时期不同，中枢机构并非建立在各省学界联合的基础上）。由于力量分散，容易被各个击破。1905—1906年。间，湖南学生自治运动颇具声势，在禹之漠等人的发动、组织和领导下，通过抵制美货、收回利权，为陈天华、姚宏业举行公葬，打击学务总办俞浩庆等一系列重大活动，显示了力量，使官府和地方顽固势力受到强烈震撼。但是，这时其他各省学生自治活动尚未进入高潮，而学生又缺乏更为广阔的群众基础与后盾，加之策略上操之过急，禹之漠被捕后，虽然成立了学生自治会继续斗争，终究孤掌难鸣，回天无力，在当道孤立分化和严厉镇压下被迫转入低潮。湖南学界因此元气大伤，长期沉寂，直到1911年。才开始恢复原有声势。
国会请愿中异军突起