目前，虽然我国企业为了吸引、留住和激励员工，在员工薪酬管理上采取了许多措施，也取得了一定的效果，但伴随着新技术革命的到来和经济全球化的挑战，我国企业薪酬体系出现了许多缺陷，集中表现在战略性薪酬意识不强、薪酬体系与企业战略不匹配。
3.2.1 战略性薪酬意识不强
当前，我国许多企业已经意识到员工薪酬激励的重要性，也顺应市场竞争需要积极尝试新的有效的激励方式，但从整体来看，效果并不理想，其中首要的原因就是这些企业战略性薪酬意识不强，没有从战略高度系统设计一套完整的员工薪酬激励的框架体系，对员工的薪酬激励普遍缺乏理性的战略思考，极少将员工的薪酬作为其发展战略实施的杠杆。当前我国企业战略性薪酬意识不强主要表现在以下几点。
1.薪酬确定跟着感觉走，缺乏战略层面的分析和思考
企业对薪酬缺乏系统思考，也缺乏理念牵引。在进行薪酬设计时，基本上还是跟着感觉走，只是为设计而设计，往往容易在薪酬设计一开始就陷入具体细节的设计中，而忽略了薪酬设计的目的是帮助企业实现其战略目标。有些经营者对其他企业尤其是同行业竞争对手和劳动力市场的薪酬水平往往不甚了解，更不知道科学的薪酬结构、薪酬支付方式同样具有重要的激励作用。薪酬设计、管理带有很大的随意性，有时领导一句话就能决定工资的等级和晋升。
2.没有恰当的激励，不能给员工以准确的定位
在传统的薪资制度中，定人定岗、定岗定薪已成一个不成文的规矩，要想突破以前的工资级别，只有提级，在一个固定的岗位上员工干得再好，也不能得到大幅度地加薪，唯一的奖励只有以奖金形式发放，在这种薪资模式下员工所受的激励就是不遗余力地“往上爬”，而不管他最终爬上去的这个岗位是否适合他去干，所以，这种激励带有很大的盲目性。在对薪酬的功能理解上常过于偏颇，只注意到薪酬的保健功能，而忽视了薪酬的激励功能。不管工作中贡献多少，“上班拿钱”已成天经地义。而奖金在相当程度上已失去了奖励的意义，变成了固定的附加工资。其结果是企业员工长期积累的是惰性和安全感，使薪酬失去了应有的激励功能。
3.将薪酬仅仅视为企业的纯支出
不少企业对厂房、设备方面投资热情颇高，而对员工薪酬水平提高却积极性不高，在薪酬管理中主要是做“减法”，其中一个重要原因就是企业的经营者还不十分了解，员工薪酬水平提升与员工素质提高、企业发展这三者之间存在互动良性循环关系，是企业兴旺发达的重要标志。员工薪酬水平如果较高，其流失率将会降低，并会导致员工培训费用的节约，同时，企业将可能从外部吸纳更多优秀员工。这样可以形成员工素质提升与其薪酬水平提高相互推动之势，对企业与员工均是有益的。
4.“物质资本论”误区
许多企业经营者仍然认为企业的利润是物质资本的产物。根据这一认识，员工所得既然已经以工资形式发放了，就不能再参与企业的利润分配。显然，他们还停留在传统的原始薪酬管理观念上，还没有在实践上承认“人力资本”的重要作用。同时，他们还广泛坚持古典的边际生产力工资理论，认为员工“得到的取决于付出的”，没有理解“付出的依赖于得到的”内涵，即员工的工作的积极性和业绩应该首先取决于他们所得到的薪酬多少；企业不能把员工的薪酬仅仅视为企业的成本耗费，而应该将其视为企业的一种投资行为。
3.2.2 薪酬体系与企业战略、政策、文化和外部环境脱节
西方企业薪酬体系受到普遍关注的主要原因在于其能够支持企业战略实现。我国很多企业没有从战略高度来看待薪酬问题，基本不考虑政策方面的问题。在薪酬政策缺失的情况下，企业不能理解薪酬体系对于企业战略的重要性，更不能明确薪酬体系所要达到的具体目标。在感受“松绑”的同时，企业不是从自身发展角度考虑薪酬问题，而是盲目利用政策“便利”，谋求近期和局部利益，如毫无根据地把整体薪酬水平普遍提高，不但没有改善原来的平均主义弊病，也没有留住人才，反而让高昂的人工成本削弱了企业的市场竞争力，同时高薪给企业控制成本带来难度。薪酬政策的缺失使企业薪酬管理缺乏基本思路，不能突出企业在特定时期内需要解决的重点问题和特殊问题。我国宏观薪酬政策仅仅是薪酬管理的一般性描述和规定，无法为企业提供具体的指导思路。
薪酬体系与企业文化是紧密联系的，然而很多企业往往是企业文化强调的是一套，薪酬体系向员工传递的却是另外一套信息。比如，有些企业一方面高呼创新和学习口号；另一方面却不在薪酬体系中对那些努力进行创新和不断学习的人提供任何报酬。目前我国企业战略性薪酬还普遍缺少积极向上的薪酬文化支撑，薪酬制度的设计还不是以企业战略和核心价值观为基础，相当一部分企业对企业文化建设经验不足，使得目前企业文化建设只是停留在口头上。
3.2.3 对企业重要部门和核心员工未实行倾斜薪酬政策
薪酬分配中的平均主义倾向还很明显。目前，中国贫富悬殊已经达到“黄灯”警戒水平或者“红灯”危险水平。但是，中国的社会财富分配不公并不是由薪酬差异造成的，而是由薪酬以外的其他因素引起的，引起社会分配不公的因素主要是灰色收入、城乡差别、行业差别、地区差别、财产收入、地产收入等。我国大多数企业内部薪酬差距（至少显性收入的差别）并不大，从薪酬分配这一角度看，我国仍属于一个平均主义相当严重的社会，绝大多数企业基尼系数低于0.25，远远没有达到引起社会分配不公的程度。关键性岗位的薪酬水平远远低于市场水平，严重挫伤了知识型员工经营管理和技术研发的积极性。
在一个企业里，每个部门都有其存在的价值和必要性，但是，部门的重要性、功能以及其在企业价值增值过程中的作用是有差异的。我国企业在此方面走入了两个极端：要么因不正确的实行了差别化管理与对待政策，导致企业内部各部门之间摩擦不断，部门合作困难；要么不正视不同部门在企业中的价值与地位，对所有部门采取一视同仁的政策。目前企业存在的主要问题是没有根据所处行业、企业战略等特点，对不同部门实施差别化管理和不同的薪酬政策。同一职能在不同行业和所使用的技术不同的企业，其所起的作用是不同的，其薪酬水平应不一样。例如，在微软这样重视技术与研发的企业，就比一般制造业更重视研发部门的工作；实行成本领先战略的企业比实行差异化战略的企业，更重视生产部门和财务部门的工作。
3.2.4 薪酬构成复杂、结构较散，基薪的决定基础混乱
我国企业的薪酬职能过于复杂，在我国很多企业的薪酬表上都能看到多达十几项的薪酬构成。事实上，企业的薪酬构成被划分得越是支离破碎，员工的薪酬水平差异就越是不容易得到合理的体现，使员工的薪酬水平的高低到底取决于什么变得模糊，员工既不清楚决定自己的薪酬与他人的差异主要是什么原因造成的，也不清楚自己怎样通过个人的努力来增加薪酬，更看不到企业的薪酬系统鼓励的是什么，与企业的战略之间是一个什么样的关系。
基薪的决定基础混乱。薪酬给付基础是确定员工薪酬等级和薪酬差距的依据，其设计必须考虑到行业特征、组织战略、内部环境以及岗位工作特性等因素。根据相关战略理论，不同的战略应与不同的薪酬体系相匹配；根据工作特性的相关理论，由于岗位绩效可察性、工作复杂性的不同决定了应该采用不同的薪酬给付基础，薪酬的给付基础应与工作特性相匹配。导致薪酬给付基础失效的原因归结为两个方面：设计偏差和匹配偏差。设计偏差是指抛开组织环境孤立地来看，薪酬给付基础方案本身就存在明显不合理的地方，导致员工对薪酬给付基础的不认可，无法起到有效的激励作用；匹配偏差是指薪酬给付基础方案本身是合理的，但是与环境不匹配，导致无法起到应有的激励作用。从企业外部而言，薪酬调查范围狭窄，数据缺乏真实性、可靠性；从企业内部人力资源管理系统的角度来说，薪酬决策应当在企业对职位、技能、能力进行分析和评价以及制定了良好的绩效管理体系之后才能做出。我国企业长期以来却一直将薪酬管理当成是一个独立的系统对待，既不去做认真细致的职位、技能、能力分析和评价，也没有进行客观公平的绩效评价，导致没有明确而科学的支付依据。
我国企业长期以来执行的是等级薪酬制。在员工薪酬总体构成中，固定薪酬（包括基本薪酬、福利等）所占比例很高，按照平均主义发放的津贴，补贴数额较多，薪酬的构成过于注重保健性因素，许多企业员工与职位等级相对应的基本薪酬占薪酬总额的45%左右，而真正能起激励作用的奖金等绩效薪酬部分所占比重偏低，从而造成了薪酬结构不合理。员工的收入主要来源于现金收入，薪酬激励方式大都倾向于“即时性”、“一次性”，对利润分享、延期支付等长期激励方式运用不充分，薪酬长期激励效果微弱，导致员工的离职率越来越高，跳槽现象也越来越普遍。
3.2.5 薪酬管理重结果轻过程，薪酬管理过程不透明
企业实行盲目的薪酬保密制度。薪酬制度应该是公开的，明确鼓励什么，反对什么；现有的薪酬支付方式只注重内容激励而忽视过程激励。这造成员工对企业支付薪酬是否公平的猜忌，模糊了薪酬与绩效的关系，也使企业有可能通过“暗箱”操作，凭个人的主观好恶分配报酬，忽视薪酬在支付程序进行中对员工心理需要的满足。