磁在医学上的应用有着悠久的历史。在西汉的《史记》（约公元前90年）中的《仓公传》便讲到齐王侍医利用5种矿物药（称为五石）治病。这5种矿物药是指磁石（Fe3O4）、丹砂（HgS）、雄黄（As2O3）、矾石（硫酸钾铝）和曾青（2CuCo3）。
随后历代都有应用磁石治病的记载。例如，在东汉的《神农本草》（约公元2世纪）药书中便讲到利用味道辛寒的慈（磁）石治疗风湿、肢节痛、除热和耳聋等疾病。南北朝陶弘景著的《名医别录》（公元510年）医药书中讲到磁石可以养肾脏、强骨气、通关节、消痛肿等。唐代著名医药学家孙思邈著的《千金方》（公元652年）药书中还讲到用磁石等制成的蜜丸，如经常服用可以对眼力有益。北宋何希影著的《圣惠方》（公元1046年）医药书中又讲到磁石可以医治儿童误吞针的伤害，这就是把枣核大的磁石，磨光钻孔穿上丝线后投入喉内，便可以把误吞的针吸出来。南宋严用和著的《济生方》（公元1253年）医药书中又讲到利用磁石医治听力不好的耳病，这是将一块豆大的磁石用新棉塞入耳内，再在口中含一块生铁，便可改善病耳的听力。明代著名药学家李时珍著的《本草纲目》关于医药用磁石的记述内容丰富并具总结性，对磁石形状、主治病名、药剂制法和多种应用的描述都很详细，例如磁石治疗的疾病就有耳卒聋闭、肾虚耳聋、老人耳聋、老人虚损、眼昏内障、小儿惊痫、子宫不收、大肠脱肛、金疮肠出、金疮血出、误吞针铁、丁肿热毒、诸般肿毒等10多种疾病。利用磁石制成的药剂有磁朱丸、紫雪散和耳聋左慈丸等。
总的说来，在各个朝代的医药书中常有用磁石治疗多种疾病的记载。
我国在1921年出版的《中国医学大辞典》（谢观编著）记载了利用磁石作重要原料的几种中成药，如磁石丸、磁石大味丸、磁石毛、磁石羊肾丸、磁石酒、磁石散和磁朱丸等。1935年初版、1956年修订的《中国药学大辞典》中详述了慈（磁）石的种类、制法、用法、主治和历代的记载考证，还列举了磁石在医药上的10余种应用。1963年我国卫生部出版的《中华人民共和国药典》中列举了以磁石为重要成分的几种中成药，如耳聋左慈丸、紫雪（散）和磁朱丸等。
磁在生物学和医学方面的一项重要应用是原子核磁共振成像，简称核磁共振成像，又称核磁共振CT（CT是计算机化层析术的英文缩写）。这是利用核磁共振的方法和电子计算机的处理技术等来得到人体、生物体和物体内部一定剖面的一种原子核素，也即这种核素的化学元素的浓度分布图像。
核磁共振成像技术的基本原理如下：原子核带有正电，并进行自旋运动。通常情况下，原子核自旋轴的排列是无规律的，但将其置于外加磁场中时，核自旋空间取向从无序向有序过渡。自旋系统的磁化矢量由零逐渐增长，当系统达到平衡时，磁化强度达到稳定值。如果此时核自旋系统受到外界作用，如一定频率的射频激发原子核即可引起共振效应。在射频脉冲停止后，自旋系统已激化的原子核，不能维持这种状态，将回复到磁场中原来的排列状态，同时释放出微弱的能量，成为射电信号，把这许多信号检出，并使之进行空间分辨，就得到运动中原子核分布图像。核磁共振的特点是流动液体不产生信号，称为流动效应或流动空白效应。
因此血管是灰白色管状结构，而血液为无信号的黑色。这样使血管很容易被软组织分开。正常脊髓周围有脑脊液包围，脑脊液为黑色的，并有白色的硬膜为脂肪所衬托，使脊髓显示为白色的强信号结构。核磁共振已应用于全身各系统的成像诊断。效果最佳的是颅脑及其脊髓、心脏大血管、关节骨骼、软组织及盆腔等。对心血管疾病不但可以观察各腔室、大血管及瓣膜的解剖变化，而且可作心室分析，进行定性及半定量的诊断，可作多个切面图，空间分辨率高，显示心脏及病变全貌及其与周围结构的关系。
核磁共振技术目前应用的是氢元素的原子核核磁共振层析成像。这种层析成像比目前应用的X射线层析成像（又称X射线CT）具有更多的优点。例如，X射线层析成像得到的是成像物的密度分布图像，而核磁共振层析成像却是成像物的原子核密度的分布图像。目前虽然还仅限于氢原子核的密度分布图像，但氢元素是构成人体和生物体的主要化学元素。因此，从核磁共振层析成像得到的氢元素分布图像，要比从X射线密度分布图像得到人体和生物体内的更多信息。例如，人体头部外层头骨的密度高，而内层脑组织的密度较低，因此，从人头部的X射线层析成像难于得到人脑组织的清晰图像。但是，从人头部的核磁共振层析成像却可以得到头内脑组织的氢原子核即氢元素分布的清晰图像，从而可以看出脑组织是否正常。又例如，对于初期肿瘤患者，其组织同正常组织尚无明显差异时，从X射线层析成像尚看不出异常，但从核磁共振层析成像就可看出其异常了。在核磁共振层析成像中可以检查出的脑瘤，但在X射线层析成像中却看不出来。目前核磁共振层析成像应用的虽然还只有氢核一种原子核素，但从科学技术发展看，可以预言将会有更多的原子核素，如碳核、氮核等的核磁共振层析成像也将进入应用。
磁不仅可以诊断，而且能够帮助治疗疾病。磁石是古老中医的一味药材。现在，人们利用血液中不同成分的磁性差别来分离红细胞和白细胞。另外，磁场与人体经络的相互作用可以实现磁疗，在治疗多种疾病方面有独到的作用，已经有磁疗枕、磁疗腰带等应用。