宫廷中的器乐合奏主要有教坊大乐、随军番部大乐、马后乐等。规模较大，乐器种类也多。如北宋教坊大乐乐器用筚篥、龙笛、笙、箫、埙、篪、琵琶，箜篌、方响、拍板、杖鼓、大鼓、羯鼓13种，其中琵琶50面，拍板10串、杖鼓200面，整个乐队人数一定不少。另一方面，民间的器乐合奏形式，如清乐、小乐器等也影响宫廷，都曾在宫中演奏。
宋元时期的琴乐发展较大。琴家师承清楚，琴派明确。如北宋宫廷琴师朱文济及弟子几代相传，在琴界影响很大。除朱文济外，各代都是和尚，所以学者称他们是琴僧系统。又如南宋著名琴家郭沔(字楚望)晚年定居湖南衡山，见九嶷山为氵萧湘之云所遮蔽，有感于民族危亡在即，创作了琴曲《氵萧湘水云》。其门生刘志方传其艺给徐天民、毛敏仲，形成著名的浙派，他们的传谱称"浙谱"。这一琴派至元、明仍代代相传，不断有著名琴家出现，出版了许多谱集。明代浙派琴家强调自己为"徐(天民)门正传"，在琴界有很高的声望。宋元时期其它的汴梁、江西等琴派也各具特色，师承有绪。
宋元时期琴乐还受到宫廷的喜爱。如北宋宫廷广收琴谱，藏于秘阁并称之为"阁谱"。宋元历代帝王也多有好琴者。如能书善画的宋徽宗，曾搜罗南北名琴绝品，设"万琴堂"珍藏。金章宗爱琴，得到宋徽宗珍藏的唐代名匠雷威所制"春雷"琴，与之形影不离，临死还要"挟之(琴)以殉"。统治者尤其是帝王的喜好，对琴乐的发展也能产生不小的推动和促进。
北宋时期音乐理论著作有不少，最重要的如《乐书》200卷和沈括的《梦溪笔谈》及《补笔谈》。《乐书》是一部音乐百科全书式著作。前面摘录古籍经典中有关音乐文字，加以训义诠释。后面论述乐律、乐章、乐舞、杂乐，对唐宋雅、胡、俗各类音乐乐器的记述尤其宝贵。沈括是一位著名科学家，也是一位音乐理论家。《梦溪笔谈》等书有许多论及音乐的文字，涉及乐曲、乐律、乐器、演唱演奏艺术和音乐思想诸方面。
北宋朱长文的《琴史》，汇集了先秦至宋初156名琴人的事迹，是我国第一部琴史专著。
南宋王灼的《碧鸡漫志》是研究歌曲的专著。记述了上古至唐宋歌曲的发展，考证了唐《霓裳羽衣曲》等28曲源流与宋词的关系。张炎的《词源》关于音律及唱曲的论述，也有很高的参考价值。
元代芝庵的《唱论》主要论述宋元戏曲的歌唱方法，提出不少精辟见解，是我国古代有关声乐艺术的较全面的理论著述。
明清的器乐明初琴界主要分江(松江)、浙(浙江)两派。江派是松江刘鸿一派，浙派即南宋徐天民后学。他们以"徐门正传"见称。浙派多出谱集，多授生徒；江派远为逊色。明后期则出现了虞山派、绍兴派、江派(不同前松江派)等琴派。
严澄(严天池)在常熟虞山组织"琴川社"，又称虞山派。严澄主持编印《松弦馆琴谱》，提出"清微淡远"的艺术标准，成为风行一时的虞山派的琴风。虞山派另一位代表人物是徐上瀛(号青山)，他与严澄既是琴友又是师兄弟。但他的演奏风格与严澄有所不同，他主张："调之有徐者必有疾，犹夫天地之有阴阳，四时之有寒暑也。"他传有琴曲30余曲，由他的弟子夏溥在康熙十二年(1673年)编印为《大还阁琴谱》。徐上瀛还著有《溪山琴况》，总结了琴乐演奏中"和、静、清、远、古、淡、恬、逸"，等等，共24"况"(状况、况味)。前9况可以说是对琴乐况味、情趣的要求，其精神可归纳为"淡和"；后15况则提出琴的美声要求。 "琴况"是古琴美学集大成者，在中国音乐美学史上占有重要地位，是与《乐记》、《声无哀乐论》三足鼎立的重要论著。
明代宁王朱权为远离权力争斗而闭门读书、弹琴。他主持编印了《神奇秘谱》，经过12年精心校正，于1425年成书，共收琴曲62首。其中有《广陵散》、《高山》、《流水》等唐宋以前的古曲，也有编者"亲受者三十四曲"。这是现存最早的古琴曲谱集，有很高的史料价值。
明代大、中型琴曲如《秋鸿》、《雁落平沙》、《渔樵问答》及小型曲《良宵引》，都是近几百年流传很广的作品。
清代琴人很多，仅见于记载的就超过千人。清初有庄臻凤等人创作了不少琴歌，这些琴歌体裁短小，形式多样。蒋兴俦(1639一1696年)，字心越，原为杭州永福寺住持，清初避乱东渡日本，任水户岱宗山天德寺住持。他在日传授琴艺，被尊为东皋禅师。现存《东皋琴谱》等，收有他所传琴歌。
清代扬州交通发达，经济文化繁荣。以扬州徐常遇等琴人为中心形成一大琴派，称广陵派。徐常遇为清初名琴家，编有《琴谱指法》；他的三个儿子以琴艺轰动京师，受康熙皇帝召见。这一派琴家中的徐祺用30年功夫，编成《五知斋琴谱》，广收各流派乐曲并进行艺术加工。秦维翰是较晚的广陵派琴家，在19世纪中叶战乱中，仍编出《蕉庵琴谱》传世。
清末，以张孔山为代表的川派，以王溥长、王心源等为代表的山东诸城派，以黄勉之、杨时百为代表的九嶷派等，都是较有影响的琴派。
清代琴曲作品中艺术成就较高的是一些器乐化的琴曲，如《水仙操》、《龙翔操》及《鸥鹭忘机》等。它们往往借用传统题材，但内容则是新的创作。
明清随多民族统一国家的巩固发展，多种少数民族乐器和外来乐器突破民族界限，成为共用的乐器，各族乐器也不断改进提高。拉弦类乐器运用日广，除二胡外又有了四胡(四根弦)、京胡(用于京剧)、板胡(用于梆子戏)及蒙古族的马头琴、维吾尔族的艾捷克、藏族的根恰等。明以来始见于记载的唢呐，明戚继光将它用于军乐；民间运用更是广泛，仪仗、吹打及戏曲等等都不可少。又如明代传入的"洋琴"(扬琴)不仅被广泛使用，还被认同逐渐融入传统民族乐器行列。
明清有多种多样的民间鼓吹乐、丝竹乐合奏，各地节庆赛会或婚丧嫁娶，由专业、业余艺人演奏，形成多种有代表性的器乐乐种。
下面简单介绍主要的几例：
西安鼓乐流行于陕西西安地区，以长安县何家营、周至县南集贤村等处最著名，并保存至今。使用鼓、铙、钹、锣、云锣、星、梆子等击乐，和笛、笙等管乐。曲调从名称看绝大多数出于南北曲牌，也有民间歌舞与戏曲曲调。现存最早的乐谱为清康熙二十八年抄本，用宋姜夔时流行的工尺谱符号记写。大型鼓乐套曲有法鼓段和八拍鼓段两种。演奏分坐乐和行乐，坐乐在室内演奏，有严格固定的曲式，曲调活泼；行乐在街上行进或在庙会等群众场合演奏，平稳徐缓，风格典雅。研究者认为鼓乐与唐代燕乐大曲有千丝万缕的联系。
十番锣鼓简称"十番"或"锣鼓"，流行于江南无锡、扬州、宜兴等地。明《万历野获篇》等著作中有十番锣鼓演奏的简略记载，说明至少在明代江苏南部已流行。曲调源于元明南北曲曲牌和民间小曲，节奏变化非常复杂。所用乐器有唢呐、曲笛、笙、箫、二胡、板胡、三弦、琵琶等"丝竹"，有鼓(两种)、锣(五种)、钹(三种)、云锣、拍板、木鱼、双庆(星)。乐器的组合变化多样，如只用击乐的"清锣鼓"、兼用管弦的"丝竹锣鼓"(又叫荤锣鼓)。管弦又分"粗细丝竹锣鼓"、"笛吹锣鼓"、"笙吹锣鼓"等。演奏时管、弦更番迭奏，管弦与击乐又交替重复进行，音色变化丰富，情绪热烈。
十番鼓流行于江南苏州、无锡、常熟一带。但击乐器种类、奏法，所用管弦曲牌，与十番锣鼓大不相同。明余怀《板桥杂记》已记载南京秦淮河游客奏十番鼓事。清李斗《扬州画舫录》记当时十番鼓用笛、管、箫、弦、提琴、云锣、汤锣、木鱼、檀板，大鼓10种乐器。清嘉庆时它已传人北京宫廷。曲调小部分源于唐宋歌舞曲和词牌，大部分是明清南北曲。十番鼓套曲结构形式独特，进行一般由慢到快。
福建南音又称南曲、南管、南乐等，流行于闽南泉州、晋江、厦门、台湾和东南亚一带。与唐宋以来古代音乐有密切关系，如琵琶(南琶)面板上有月牙形音孔，横抱演奏，均与唐曲项琵琶相类似。曲调名有不少是汉唐古曲名，音乐也保留古代某些风貌，有"活化石"之誉。南音乐队分上四管与下四管，前者清淡闲雅，后者流畅活泼。曲目分"指"、"谱"、"曲"三大类。"指"是有词、谱及琵琶演奏符号的大型套曲，每套有一个故事情节；"谱"是有标题的器乐套曲；"曲"是结构短小、词曲活泼的散曲。
北京智化寺京音乐和山西八大套均是寺庙中保存的古老器乐合奏形式。
明正统年间修建的智化寺，僧人代代相传的管乐--京音乐，曲调有的来自唐宋词牌和元明南北曲，有的是民间久已失传的器乐曲牌。现存曲谱300余首，最早曲谱为清康熙三十三年抄本。
八大套是流行于山西五台、定襄两县的民间器乐乐种，被五台山青庙音乐吸收保存。记谱符号与南宋张炎《词源》中基本相同。八大套指所保存的八整套器乐合奏曲，每套由二三个至十来个曲牌组成。音乐简朴清雅，热烈欢快。
其它一些地方的器乐合奏，如广东潮、汕地区的"潮州音乐"，河北的"吹歌"，辽南的"鼓吹"等，难以备述，都各有特色，其历史也都可以追溯到明或清。值得一提的，还有1814年手抄的以弦乐器为主的器乐合奏曲集《弦索备考》。内收《合欢令》，《将军令》、《月儿高》、《普咒庵》、《阳关三叠》等13套"古曲"，说明它们原是久已流传的曲目。所用乐器则是琵琶、弦子(三弦)、筝、胡琴4种。
少数民族中也有很多著名的器乐合奏形式，如苗族、侗族的芦笙合奏。相传元世祖忽必烈南征大理，赠给云南丽江纳西族土司木氏《白沙细乐》一部，它以器乐演奏为主，兼有歌舞。乐器有"苏古笃"(火不思)、二黄、胡琴、笛、芦管等。乐曲有《笃》、《一封书》等10首。
明清琵琶艺术有很大发展，琵琶曲不仅数量多，除小曲外还出现多套大曲。新近发现的明嘉靖七年(1528年)琵琶谱抄本《高和江东》，较清代刊行的第一本琵琶谱《华秋苹琵琶谱》要早近300年，所收10曲实际分属《清音串》、《月儿高》和《平韵串》3首套曲。谱中指法也比较复杂。明清琵琶名手辈出，先后涌现张雄、李近楼、汤应曾、钟秀之、华秋苹、李芳园等优秀演奏家。
明张雄弹《海青拿天鹅》，使人感觉"虽五楹大厅中，满厅皆鹅声也"。〔(明)李开元《词谑》〕李近楼目盲后潜心琵琶，能用琵琶模仿军中教场演练鼓乐炮喊之声；又能用琵琶模仿言语与人对话，"字句分明，俨如人语"；还能模仿琴、筝、笛等乐器音色。李近楼号称"琵琶绝"，在京师诸绝艺中被推为"第一"。
明代汤应曾(别号汤琵琶)弹过《胡笳十八拍》、《洞庭秋思》等琵琶古曲百十余曲，大到风雨雷霆，小到百虫之号和一草一木之吟，都能淋漓尽致地表现。最杰出的是他演奏的《楚汉》，乐曲表现"声动天地，瓦屋若飞坠"的刘、项垓下决战，在决战中，有金鼓箭弩和人马惊退之声，又有悲怨四起的"楚歌"和霸王慷慨哀凄别姬之曲，乃至项王乌江自刎声和汉骑践踏争夺项王的嘈杂声。使听者由兴奋到恐惧，最终涕泣泪下，极为感动。
一般认为《楚汉》是今天著名琵琶独奏曲《十面埋伏》的前身。《十面埋伏》乐谱最早见清琵琶家华秋苹所编《琵琶谱》，标题《十面》，全曲分13段，按楚汉相争历史故事将乐曲各段串联成为"武套"琵琶大曲。
清代琵琶演奏形成南、北两派。南派代表人物有陈牧夫，北派有王锡君等。清中叶开始有《华秋苹琵琶谱》(1818年刊)等曲谱集问世，对古曲的保存和传播具有重要意义。
三弦在明代用于北方小曲、传奇作伴奏，昆曲则使用魏良辅等人设计的圆形音箱的小三弦。后来，粗犷豪放的方形大三弦盛行于北方，清末成为北方鼓词的主要伴奏乐器；柔婉纤丽的圆形小三弦流行于南方，是弹词的主要伴奏乐器。三弦还流传到日本本土及琉球等地，也成为重要的弹拨乐器。三弦也有不少名家高手。明代北京"都城八绝"中既有"琵琶绝"李近楼，也有"三弦绝"蒋鸣歧。清末三弦艺人王玉峰、李万声、沈易书等，用三弦模仿京剧的"场面"和角色的演唱，形成"三弦弹戏"、"拉戏"，也受到群众的喜爱。