经过几番审讯，1951年4月26日，帕萨迪纳移民局通知钱学森，他的案件经过审理，认定他“曾经是美国共产党员的外国人”。依据美国国家安全条例的规定，凡是企图颠覆美国政府的外国人，必须驱逐出境。因此，帕萨迪纳移民局决定驱逐钱学森！
钱学森本来就打算离开美国，根本用不着美国“驱逐”他早在1950年8月28日就准备要离开美国。
然而，移民局马上受到来自华盛顿的干涉，被要求暂缓执行对钱学森“驱逐出境”的决定。还是美国海军副部长丹尼尔·金贝尔的那句话：“他知道所有美国导弹工程的核心机密，一个钱学森抵得上五个海军陆战师，我宁可把这个家伙枪毙了，也不能放他回红色中国去。”
于是，对钱学森“驱逐出境”的裁定，就一直被拖着，拖着……其实，这“拖”的策略，无非是在一日千里的科技时代中，让钱学森脑袋中的那些导弹知识老化，变得陈旧，变得无用。
没有被“驱逐出境”的钱学森，依然处于无限期的软禁之中。导师冯·卡门最能深刻理解钱学森的性格和为人，他曾经在《中国的钱学森博士》中写道：
此举严重伤害了钱的自尊心。他去找杜布雷奇即杜布里奇院长当面申述，没有安全执照他无法留在喷气推进中心继续工作。他情绪激吊地说，与其在这里遭受怀疑，宁愿返回中国老家去。杜布雷奇以好言相劝，希望他先保持镇静，并建议他就此事提出上诉。钱不想上诉，他觉得在当时那种紧张气氛下，一个侨居的中国教授难打赢这场官司。更何况他秉性高傲，认定没有必要去向美国司法当局申述自己不是共产党人。我想，在当时情势下，要是有人利用我曾经为匈牙利短命的库恩·贝拉政府干过事而诬陷我，那么我也会作出和钱同样的反应。
为了便于一且允许回国就能马上动身，钱学森没有固定住所，他的租房合同往往只签一年，到期后就搬家。那些从海关退回的总重量达800公斤的个大木箱，钱学森再没打开过，一资直放在那里，以便一旦有机会离开美国，随时可以再度交船托资运。夫人蒋英还准备好三个手提箱，放着随身用品。
钱学森的好友郭永怀夫妇来到加州理工学院看望他，这使他在困境中得到宽慰。钱学森曾经回忆说：
1953年冬，他（引者注：指郭永怀）和李佩同志到加州理工学院。他讲学，我也有机会向他学习奇异摄动法。
我当时的心情是很坏的，美国政府不许我归回祖国而限制我的人身自由，我满腔怒火，向我多年的知己倾诉。他的心情其实也是一样的，但他克制地劝我说，不能性急，也许要到1960年美国总统选举后，形势才能转化，我们才能回国。
据李佩回忆，当时她看到钱学森家空空如也，客厅里只有一张餐桌，几把椅子，还有三只手提箱。钱学森说，一旦美方同意他回国，他和蒋英怜起这三只手提箱就可以马上动身。
蒋英告诉李佩，钱学森被捕的那些日子里，幸亏有郑哲敏帮忙。当蒋英去拘留所看望钱学森时，郑哲敏就过来照料两个孩子。
在软禁期间，钱学森仍不时受到移民局的审讯，审讯的主题一直是为了确证钱学森“曾经是美国共产党员的外国人”而钱学森自始至终否定。双方对峙着、僵持着。
有一回，检察官突然换了一个角度，问钱学森道：“你忠于什么国家的政府？”
钱学森答道：“我是中国人，忠于中国人民。”
检察官追问：“你说的‘中国人民’是什么意思？”
钱学森答：“四亿五千万中国人。”
当时，中国的总人口为四亿五千万。
检察官又问：“这四亿五千万人现在分成了两部分，那么我问你：你是忠于在台湾的国民党政府，还是忠于在大陆的共产党政权？”
钱学森答：“我认为我已经说过我忠于谁的原则了，我将根据自己的原则作出判断。”
检察官问：“你在美国这么长时间，你敢发誓说，你是忠于美国政府的吗？”
钱学森答：“我的行动已经回答了这个问题，在第二次世界大战中，我用自己的知识帮助美国做事。”
检察官问：“你现在要求回中国大陆，那么你会用你的知识去帮助大陆的共产党政权吗？”
钱学森说：“知识是我个人的财产，我有权要给谁就给谁。”
甩掉特工寄出求助信
处于软禁之中的钱学森，终于寄出了一封请求中国政府帮助他回国的信。
钱学森是怎样智斗美国特工的呢？
钱学森向来有着每日读报的习惯。1955年5月，钱学森在一张华人报纸上，看到了毛泽东主席在北京天安门广场主持庆祝五一劳动节典礼的报道。突然，在长长的观礼者的名单中，有一个熟悉的名字闯进钱学森的眼帘——P东叔通！
陈叔通先生当时任全国人大常委会副委员长。钱学森为什么特别注意到陈叔通的名字呢？
原来，陈叔通先生是钱学森的杭州同乡。陈叔通在26岁时（1902年）中举人，次年中进士，并朝考中式，授翰林。这位清末翰林是钱学森父亲钱均夫的好友。钱均夫进入杭州求是书院学习时，监院（相当于教务长）是陈仲恕先生，乃陈叔通之兄。陈叔通先生也执教于求是书院，与钱均夫亦师亦友。钱学森1947年暑假回国结婚时，曾经看望过“太老师”陈叔通先生。
接着，钱学森又陆续从报纸上读到中美两国谈判双方侨民归国的问题，特别是美国报纸宣称“中国学生愿意回国者皆已放回”于是钱学森决定给陈叔通先生写信，报告自己被美国拘留、有国难归的困境，请求中国政府给予帮助。
细节决定成败。作为导弹专家的钱学森，尤其懂得在发射的时候，每一根导线、每一个焊点、每一个元件，都必须绝对可靠。“差之毫厘，谬以千里”，任何细节都不允许疏忽。为了把这封极其重要的信能够准确“发射”到陈叔通手中，钱学森经过了精心的考虑。
1955年6月15日，钱学森在家中先写好草稿，然后用一手繁体汉字，端端正正写下致陈叔通先生的这封至关重要的信。信的全文如下：
叔通太老师先生：
自一九四七年九月拜别后未通信，然自报章期刊上见到老先生为人民服务及努力的精神，使我们感动佩服！学森数年前认识错误，以致被美政府拘留，今巳五年。无一曰、一时、一刻不思归国参加伟大的建设高潮。然而世界情势上有更重要更迫急的问题等待解决，学森等个人的处境是不能用来诉苦的。学森这几年中唯以在可能范围内努力思考学问，以备他日归国之用。
但是现在报纸上说中美交换被拘留人之可能，而美方又说谎谓中国学生愿意回国者皆已放回，我们不免焦急。我政府千万不可信他们的话，除去学森外，尚有多少同胞，欲归不得者。从学森所知者，即有郭永怀一家（Prof.Yong huai Kuo，Cornell University，Lthaca，N.Y.)，其他尚不知道确实姓名。这些人不回来，美国人是不能释放的。当然我政府是明白的，美政府的说谎是骗不了的。然我们在长期等待解放，心急如火，唯恐错过机会，请老先生原谅，请政府原谅！附上纽约时报旧闻一节，为学森五年来在美之处境。
在无限期望中祝您
康健
钱学森谨上一九五五年六月十五曰
在信中，钱学森还附了一份豆腐干大小的1953年3月6日《纽约时报》特别报道剪报，题为《驱逐对美国不利》：
钱学森——加州理工学院着名的火箭专家，3月5曰在洛杉矶被驱逐回中国。但同时又不许他离开美国，因为他的离去“不利于美国最高利益”。
这个自相矛盾的消息是由美国移民局地区副局长阿尔伯特今天披露的，此时钱学森博士仍在加州理工学院工作。
钱学森博士是8月（引者注：应为1950年9月）份被逮捕的，他试图将180磅的技术资料运往“红色中国”。他被驱逐回他的祖国，但由于美国政府不承认中国，驱逐令并没有起作用。
检查这些打印材料的联邦机构人员没有发现任何秘密资料。
钱学森是怎么把这封至关重要的信件寄到陈叔通先生手中的呢？他当时并不知道陈叔通先生的通讯地址，只能寄给在上海的父亲，请父亲代转。倘若从美国直接寄给父亲，风险很大，因为联邦调査局非常注意拆检钱学森写给父亲的信，万一落到他们手中就麻烦了。他把这封信写好之后，装在一个信封里，并在信封上写了上海家中的地址。然后把这封信夹在夫人蒋英寄给妹妹的信中，那就相对要安全些。蒋英的妹妹蒋华当时侨居比利时。从美国寄往比利时的信，远没有寄往中国的信件那么容易引起关注。蒋英请妹妹在收到这封信之后，从比利时转寄到上海钱学森父亲家中。
为了确保能够寄出这封信，钱学森连每一个细节都精心打理：他让蒋英用左手写，模仿儿童的笔迹，在信封上写了妹妹的地址，以使联邦调査局的特工认不出是蒋英的笔迹。