梁思成曾经这样回忆那段生活：“在菜油灯下，做着孩子的布鞋，购买和烹调便宜的粗粮，我们过着我们父辈在他们十几岁时过的生活但又做着现代的工作。有时候对着外国杂志和看着现代化设施的彩色缤纷的广告，真像面对奇迹一样。”
林徽因和梁思成在这里整整生活了６年。这是贫穷与疾病交困的６年，与世隔绝的６年。这里生活条件非常艰苦，即使是两华里外的李庄镇，也只不过是个万把人的镇子，谈不上什么粮菜供应，生活条件比在昆明时更差了。林徽因不得不抽出大量的精力来操持家务，这是她最苦恼的一件事，每当大段大段时光在无聊的家务劳作中流逝，她便莫名其妙地想发火，可是家务又不得不做。
李庄的贫困生活和潮湿气候，让林徽因的肺病越来越严重，身体消瘦得厉害，几乎不成人形。她大部分时间只能卧床不起，而家里能提供她养病的“软床”也只是一张摇摇晃晃的帆布行军床。偶尔有朋友从重庆或昆明带来一小罐奶粉，就是她难得的高级营养品。整个李庄没有一所医院、一名正式的医生，惟一的一支体温计被儿子打破后，林徽因竟有大半年无法测量体温。
李庄的６年大概是林徽因一生中情绪最抑郁的时期。困于战争与疾病，几乎失去和所有朋友的联系。病榻上的阅读成了她最大的享受。关于这６年，林徽因曾经在给费慰梅的信里写着：
“我们遍体鳞伤，经过惨痛的煎熬，使我们身上出现了或好或坏或别的什么新品质。我们不仅体验了生活，也受到了艰辛生活的考验。我们的身体受到了严重的损伤，但我们的信念如故。现在我们深信，生活中的苦与乐其实是一回事。”
虽罹重病，但仍保持她的创造天赋和坚毅乐观态度，并以此感染周围的人。梁思成曾说：“在战争时期的艰难日子里，营造学社的学术精神和士气得以维持，主要应归功于她。她在李庄完成了诗作《一天》、《忧郁》等，论文《现代住宅设计的参考》；协助梁思成编著英文注释的《图像中国建筑史》，更不要说梁思成在李庄完成了中文的《中国建筑史》；试图把他和营造学社其他成员‘过去１２年中搜集到的材料系统化’。”
梁从诫曾经回忆当年梁思成和林徽因为躲避日本人的轰炸，跟着营造学社在李庄的情景。梁从诫和母亲聊天，问：“如果日本人打到四川你们怎么办？”林徽因特别平静地回答：“中国读书人不是还有一条老路吗？咱们家门口不就是扬子江吗？”实际上她是表现了传统知识分子的气节。梁从诫后来说：“我当时看着妈妈，我就觉得她已经不是我熟悉的那个妈妈了，她好像变成另外一个人，面对死亡，那样超脱。”
梁思成在后来回忆中也写道：“刚到李庄不久，就到重庆去为营造学社筹点款，而后徽因就病倒了，一病不起，到现在已有３个月。３月１４日（１９４１年），她的小弟林恒，就是我们在北总布胡同时叫‘三爷’的那个孩子，在成都上空的一次空战中牺牲成仁。我只好到成都去帮他料理后事，直到４月１４日才返家，我发现徽因的病比她在信里告诉我的要严重得多。尽管是在病中，她勇敢地面对了这一悲惨的消息。”
在同一个信封里，有林徽因的一张字条：“我的小弟，他是一个出色的飞行员，在一次空战中击落一架日寇飞机，可怜的孩子，他自己也被击中头部而坠机牺牲了。”
老金在信中这样写他：“从开战以来，他随航校从一个地方迁到另一个地方，１９３９年夏天到了昆明。１９４０年春以优异的成绩毕业，在全年级１００多个学员中名列第二。短短几年内，他已成为一个老练的飞行员，一个军机驾驶员。他得到了自己选择的事业，完成了他的使命，他是死得其所。”
因对她弟弟的悼念和她为其他８个“兄弟”（在晃县认识的年轻学员）阵亡的伤痛结合在一起。３年后，她写了一首诗：
哭三弟恒
——三十年（１９４１）空战阵亡
弟弟，我没有适合时代的语言
来哀悼你的死；
它是时代向你的要求，
简单的，你给了。
这冷酷简单的壮烈是时代的诗
这沉默的光荣是你。
假使在这不可免的真实上
多给了悲哀，我想呼喊，
那是——你自己也明了——
因为你走得太早，
太早了，弟弟，难为你的勇敢，
机械的落伍，你的机会太惨！
三年了，你阵亡在成都上空，
这三年的时间所做成的不同，
如果我向你说来，你别悲伤，
因为多半不是我们老国，
而是他人在时代中辗动，
我们灵魂流血，炸成了窟窿。
我们已有了盟友、物资同军火，
正是你所曾经希望过。
我记得，记得当时我怎样同你
讨论又讨论，点算又点算。
每一天你是那样耐性地等着，
每天却空的过去，慢得像骆驼！
现在驱逐机已非当日你最理想
驾驶的“老鹰式七五”那样——
那样笨，那样慢，啊，弟弟不要伤心，
你已做到你们所能做的，
别说是谁误了你，是时代无法衡量，
中国还要上前，黑夜在等天亮。
弟弟，我已用这许多不美丽言语
算是诗来追悼你，
要相信我的心多苦，喉咙多哑，
你永不会回来了，我知道，
青年的热血做了科学的代替；
中国的悲怆永沉在我的心底。
啊，你别难过，难过了我给不出安慰。
我曾每日那样想过了几回：
你已给了你所有的，同你去的弟兄
也是一样，献出你们的生命；
已有的年轻一切；将来还有的机会，
可能的壮年工作，老年的智慧；
可能的情爱，家庭，儿女，及那所有
生的权利，喜悦；及生的纠纷！
你们给得真多，都为了谁？你相信
今后中国多少人的幸福要在
你的前头，比自己要紧；那不朽
中国的历史，还需要在世上永久。
你相信，你也做了，最后一切你交出。
我既完全明白，为何我还为着你哭？
只因你是个孩子却没有留什么给自己，
小时我盼着你的幸福，战时你的安全，
今天你没有儿女牵挂需要抚恤同安慰，
而万千国人像已忘悼，你死是为了谁！
１９４５年８月，日本侵略者宣布无条件投降。消息传来，贫病交加的林徽因、梁思成夫妇欣喜若狂，８年的离乱终于结束了，好像陷进古井里的人，一下子看到了阳光。可是梁思成当时不在李庄，在重庆正与两位年轻的作家在美国大使馆食堂共进晚餐。
林徽因庆祝的方式是极其特别的，她拖着病骨支离的身体，坐轿子到茶馆去。这是她４年来第一次离开她的居室，以茶代酒，庆祝抗战的胜利。梁思成兴致勃勃地回到李庄镇后，把家里仅有的一点钱，买了肉和酒，还请了莫宗江一起相庆。林徽因也开了不喝酒的戒，很痛快地饮了几杯。
在这同时，林徽因为另一桩事心情一直很沉重。营造学社经费来源完全中断，已无法再维持下去，刘敦桢与陈明达已先后离去，留下的也人心散乱。梁思成觉得，中国古建筑研究，经过营造学社同人数年努力，已基本理清了各个历史时期的体系沿革，可以告一段落，战后最需要的是培养建设人才。
她后来写信给费正清，欢迎他去李庄，还说：“告诉慰梅，上个星期天我又坐轿子进城，还坐上再冰的两个男友用篙撑的船，在一家饭馆吃了面，又在另一家茶铺休息，回来途中经过足球场，从河边的茶棚里看了一场排球赛。
“前一天我还去了再冰的学校，穿了身休闲服，非常漂亮，还引起了轰动！但现在那难得的阳光日子消逝了、被遗忘了。这星期的天气灰而多雨，看起来似乎不像是真的。
“如果太阳能再露脸，而我身体又能恢复到像样的程度，不管天气冷不冷，哪怕就为了好玩，也要冒险到重庆去。我已经把我的衣服整理好、缝补好，准备动身，当适合的时候，我收拾行装来找你应该没问题。但天一直在下雨……而且也没有船。显然你从美国来到中国要比我们从这里去到重庆容易得多。”
林徽因和梁思成商量着，先到重庆看看病，再到昆明会会老朋友，建议西南联大负责人梅贻琦在清华大学增设建筑系。过了一段时间，他们搭乘史语所一辆去重庆的汽车，一大早就上路了。去之前，史语所的朋友们劝她：“林小姐，还是到协和医院去治疗吧，重庆毕竟不是北平。”
到了重庆，林徽因大部分时间待在中研院招待所里，那时费慰梅来华在美国大使馆当文化专员，继李庄相会不久，她们又第二次在重庆见面。费慰梅有时开车带他到城里去玩，有时开车到郊外南开中学去接在那里读书的儿子小弟，有时开车到美国大使馆食堂一同就餐，有时到她和费正清刚刚安顿下来的家里小坐。
当她的身体允许的时候，费慰梅还带她们全家去看戏和电影，林徽因和儿子小弟还参加了马歇尔将军在重庆美新处总部举行的一次招待会，在那里见到了共产党的高级领导人周恩来，“基督将军”冯玉祥等名人。
抗战胜利使林徽因看到恢复正常工作与生活的希望，与金岳霖、张奚若、钱瑞升等老友重聚也给她带来了欢乐，但病魔却在时时威胁着她。林徽因通过梅花残枝对绿阴、园子，对西山夕阳和飞鸟的眷恋，表达了对未来、对生命的渴望，写下了《对残枝》和《对北门街园子》等诗篇。
李欧·艾娄塞（Ｌｅｏ Ｅ１ｏｅｓｓｅｒ）医生，著名的美国胸腔外科医生，当时在战后的重庆中国善后救济总署（Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｒｅｌｉｅｆ ａｎｄ Ｒｅｈａｂｌｌｉｔａｔｉｏｎ Ａｇｅｎｃｙ）服务。当他知道林徽因长期患肺病后，慨然答应到招待所宿舍去看她。在用听诊器做了简单的床边检查和询问她的病历后，他说断定她两片肺和一个肾都已感染。他告诉梁思成，林徽因病情严重，将不久于人世。她那短暂而多彩的一生，在几年内，也许是５年，就会走到尽头。他没有告诉她，她也没有问，但聪明的林徽因全都知道。