自8世纪末开始，一些原本是皇室外戚的氏族祭祀，逐渐地被纳入国家祭祀体系，使得国家祭祀的数目不断增加，如春日祭、平野祭、园韩神祭、贺茂祭、松尾祭、大原野祭等等。延历二十年（801）五月，桓武朝廷发布太政官符，对于懈怠国家祭祀事及犯有诸禁忌者，依据诸祭祀的重要性，规定了科以祓物的具体种类和数量。在该太政官符列举出的诸国家祭祀中，除了大忌祭、风神祭、镇花祭、三枝祭等令制规定的祭祀以外，还有平野祭、园韩神祭、春日祭等源自氏族祭祀的祭事。
平野祭是在平野神社举行的祭事，每年两次，时间分别在四月和十月的上申日。根据《延喜式》，平野祭所祭祀的神祇是今木神、久度神、古关神和相殿比卖神四神。其中，今木神是桓武天皇的生母高野新笠的出身氏族——和氏的氏神；久度、古关二神是朝鲜系的灶神。前已叙述，高野新笠是来自朝鲜半岛的移民的后裔。平野神社位于平安宫之北（今京都市北区），建于延历年间，桓武天皇将今木、久度、古关三神合祀，其意图是祈愿其母系的祖神护佑桓武皇统的长久。正是因为如此，《延喜式》规定，桓武的后人无论是王族还是改姓为臣者，都必须参加平野祭。
春日祭是在春日神社（位于今奈良市春日野町）举行的祭事，于每年二月、十一月的上申日祭祀鹿岛神、香取神、枚冈神和比卖神四神。春日祭形成于8世纪后半叶，本是藤原氏的氏族祭祀，9世纪以后成为国家祭祀。平安时代初期的淳和天皇、仁明天皇二代天皇均非出自藤原氏。但是嘉祥三年（850），藤原冬嗣之女藤原顺子所生的文德天皇即位，同年九月，春日神社即被称为“春日大神社”，其地位升至与伊势神宫、贺茂神社相提并论。贞观十一年（869）二月，春日祭举行之时，鹿岛、香取、枚冈、比卖四神又被统称为“春日大神”，护佑“天皇朝廷宝位无动”，“天下平安，风雨随时，五谷丰登”。
与平野祭、春日祭同样，被视为平安时代象征性祭祀的还有贺茂祭。在律令制规定中，根据祭祀前的行斋时间长短，国家祭祀被分为大祀、中祀和小祀三级，“一月斋为大祀，三日斋为中祀，一日斋为小祀”。律令制虽然对践祚大尝祭的行斋时间作了规定（散斋一月、致斋三日），但对其他祭祀的行斋时间没有规定。在成立于10世纪的《延喜式》的规定中，践祚大尝祭为大祀；祈年祭、月次祭、神尝祭、新尝祭、贺茂祭等为中祀；大忌祭、风神祭、镇火祭、三枝祭、相尝祭、镇魂祭、镇火祭、道飨祭、园韩神祭、松尾祭、平野祭、春日祭、大原野祭等为小祀。显然，贺茂祭的地位高于平野祭、春日祭等。
贺茂祭是于每年的四月中酉日在贺茂神社举行的祭事。贺茂神社原是贺茂县主氏的氏社，天平年间（729—749）的末期，贺茂神社分立为上下二社，即上贺茂神社（亦称贺茂别雷神，位于今京都市北区）和下鸭神社（亦称贺茂御祖神社，位于今京都市左京区）。关于贺茂祭的起源，《本朝月令》引用〈秦氏本系帐〉有如下记载：
妋，玉依日子者，今贺茂县主等远祖也。其祭祀日乘马矣。志贵岛宫御宇天皇之御世，天下举国，风吹雨零。尔时，敕卜部伊吉若日子令卜，乃贺茂神祟也。撰四月吉日马系铃，人蒙猪影而驱驰，以为祭祀，能令祷祀。因之五谷成熟，天下丰年，乘马始于此也。
志贵岛宫御宇天皇是指6世纪的钦明大王。根据上述记载，贺茂祭的起源似乎可以追溯至6世纪，其最初的祭祀形态是人头戴猪形假面驱使系有铃的马奔跑，以祈愿“五谷成熟、天下丰年”。律令制国家成立以后，贺茂神被定为天神之一。但是，贺茂祭并没有被纳入国家祭祀的体系。不过，贺茂祭始终是受到朝廷的关注的。《续日本纪》文武二年（698）三月辛巳条载：
禁山背国贺茂祭日，会众骑射。
据此可知，7世纪末的贺茂祭，参加人数众多，而且还继承了骑马的传统活动，祭祀时举行骑射行事。对于贺茂祭时的聚众骑射，律令制国家似乎非常不安，下令予以禁止。但是，朝廷对于贺茂祭本身并没有加以禁断。文武二年的禁令发布后，并未达到预期的效果。大宝二年（702），文武朝廷再次发令：
禁祭贺茂神日，徒众会集，执仗骑射，唯当国之人不在禁限。
虽然此次禁令的内容仍然是禁止贺茂祭时的众人“执仗骑射”，但与文武二年禁令不同的是，贺茂神社所在国——山背国（后改称为山城国）的民众没有在禁限范围之内。毋庸赘言，贺茂祭的影响力并不只限于山背国，也泛及其他国。和铜四年（711），元明天皇发布诏令：
贺茂神祭祀日，自今以后，国司每年亲临检察焉。
在该条诏令中，没有具体的禁止内容，只是要求国司亲临贺茂祭，检察祭祀的秩序，折射出朝廷在允许贺茂祭的同时，加大了对贺茂祭的管理力度。神龟三年（726），圣武朝廷全面禁止民众参加贺茂祭。但是事隔十余年后，天平十年（738），圣武天皇发布了如下的敕令：
比年以来，祭贺茂神之日，会集人马，悉皆禁断。自今以后，任意听祭，但祭礼之庭勿令斗乱。
重新允许民众参加贺茂祭，但严禁祭祀时发生斗乱情况。天平九年（727），疫病蔓延日本列岛，“公卿以下，天下百姓，相继没死不可胜计”。天平十年（738）的正月，阿倍内亲王被立为皇太子，成为史无前例的女性皇太子。同年四月，为了“国家隆平”，圣武天皇诏令诸国举行转读《最胜王经》三天的行事。由此推测，天平十年（738），朝廷对于民众参加贺茂祭的方针的转变可能是与当时的政治和社会的状况有关。
延历十三年（794）以后，随着平安京的定都，贺茂神社变为近邻京城的神社，因而受到朝廷的格外的重视，贺茂祭也由此渐渐地成为平安时代的重要的国家祭祀。弘仁十年（819），贺茂祭“准中祀”。根据成书于9世纪以后的《仪式》等史料记载，每年的四月中酉日举行贺茂祭，若四月只有两个酉日的话，则下酉日举行；作为贺茂祭仪式的一部分，在中酉日之前，还举行斋王御禊仪式和贺茂祭警固仪。斋王御禊的仪式场所是在鸭川的河边；出自皇女或王女的斋王乘坐牛车，随从人员簇拥在斋王之车的前后左右，从位于紫野（平安京北郊）的斋院前往鸭川。其时，平安京内的许多贵族以及庶民在道路两旁观看斋王御禊队伍的行进。贺茂祭警固仪是在中未日或中申日举行的仪式，其时，大臣召唤六卫府各府的佐以上官人各一人至内里，宣布“欲为贺茂祭，故如常奉固卫”。贺茂祭结束后，还有解阵仪式。
中酉日当日举行的贺茂祭，依照仪式的先后顺序及其仪式场所，贺茂祭的仪式为：祭日的卯时四刻（早晨6点半），作为敕使的奉币使等人至内里，上奏参拜贺茂神社之状；天皇视看奉币使等的乘马，并赐禄；其后，奉币使等移至内藏寮，行解除（祓除）仪，就座；内藏寮供馔行酒，完毕之后，奉币使等出宫，等候斋王；与斋王会合后，一行前往贺茂神社；先至下社，在下社的前面，斋王“暂留社头幄，脱御衣裳更着清服”，换轿前往神社，至社殿前，斋王下轿步行，就社前的左殿座，奉币使奉币、宣读祝词；其后，在马场有走马仪式；下社的仪式结束后，斋王、奉币使等一行前往上社，进行相同的仪式。
贺茂祭时，斋王、奉币使等及其随从一行的人数达至数百人，列队壮观。根据天延三年（975）的太政官符，参加贺茂祭的官人，其随从的人数依其位阶而定，“四位八人，五位六人，六位四人”，但是随着时间的迁移，逐渐地“人心崄岨，好率多数，或七八十人，或五六十人，带弓箭，着绫罗，奔走于骑马之后，眩耀于尘埃之中。枭恶之士相加，动致斗乱伤害，是尤杂人猥聚，各争威权之所致也”。针对贺茂祭使行列中的官人的随从人数众多以及不符合身份的着装，朝廷屡屡推出禁制，但见效甚微。例如，长和二年（1013）四月十九日明令规定：贺茂祭使的随从人数，从者不可超过二十人，童不可超过六人，并且不得着织物，童装束不得着二袭。然而就在5天后举行的贺茂祭使行列中，近卫府使的左少将藤原忠经、马寮使的左马权头藤原保昌等人的随从都超过规定。其中，藤原忠经的随从是“童十人，着织物，杂色并舍人相合五十人，杂色卌余人皆着绢狩衣、袴”；藤原保昌的随从是“童八人，着缣衣、袴，杂色、舍人相加五十人”。无论是随从的人数还是着装，藤原忠经、藤原保昌等人都远远地违背了朝廷的规定。
贺茂祭使行列中，官人的随从人数的庞大以及着装的华丽之所以屡禁不止，其重要的原因是平安京内存在着观看贺茂祭行列的人们。这些观众中，不仅有贵族，而且还有普通的庶民。依据成立于12世纪后半叶的《年中行事绘卷》的描绘，贺茂祭的当日，身份高的人家搭出看台，普通的民众则席地而坐或登梯，观看贺茂祭使队列的行进。
平安时代祭祀制中，还有一个特点就是天皇亲往神社祭祀。天庆五年（942）四月，朱雀天皇行幸贺茂神社，“奉神宝币帛走马”，答谢诸神护佑朝廷平息了承平、天庆之乱。天元二年（979）三月，圆融天皇行幸石清水神社。一条天皇在位期间（986-1011），屡屡行幸石清水神社、贺茂神社等神社。此后的各代天皇也都将亲自行幸神社作为祭祀体制中的重要一环。