几千年来，中医学是我国人民救死扶伤、防病健身、生存繁衍的有力武器。同时，中医学对我国人良破除迷信、消除愚昧，提高科学意识，对增进各族人民的文化交流和团结友谊、对提高中华民族的国际威望都起过不容低估的作用。
然而，1840年鸦片战争爆发后，我国逐渐沦入半殖民地半封建社会的深渊。一百多年来，和中国的国力，包括科学技术整体水平在内的全面衰退相吻合，中医学这块瑰宝也日渐黯然失色，甚至到了山穷水尽、奄奄一息的地步。
中医学的衰败，有外因，也有内因。
自16世纪始，建立在近代自然科学形成和发展基础上的西方医学开始传入我国，近代以来，西医学大规模地进入我国。长期以来，对于这一陌生的医学，生活在自然经济占统治地位、政治上闭关锁国、思想上固步自封的旧中国的多数中医学家抱着排斥、拒绝、抵制的态度。纵有少数目光较远大者别有看法，但总不过五十步笑百步而已。如明代汪昂（1615～1694年），对西医态度较开明，主张不分畛域，择善而从，开“汇通论”之先声，但他对西医只不过有一点皮相的一鳞半爪的接触。近代名医唐宗海（1862～1918年）著有《中西汇通医书》五种，提出“中西汇通”一词，主张“损益乎古今”“参酌乎中外”，也吸收了一些西方解剖学知识，但其基点也只是用西医印证中医。汇通派代表之一的张汤纯（1860～1933年）也断言“中医之理多包括西医之理”“天朝”心态总不能涤尽。而如恽树珏（1873～1935年）之既肯定“西医断不能代替中医”，又强调“中医不改良，亦终无自存之希望”，需“取西医学理补助中医”的较公允、较科学、较全面的观点，和者甚寡，而实行起来更是难于上青天。而旧社会的历届反动政权，无不竭力迎合帝国主义的殖民政策，在文化上践踏、抛弃祖国的包括中医学在内的优秀遗产。1914年，北洋军阀政府即主张取消中医中药。1925年，国民党政府拒绝全国教育联合会关于把中医纳入医校教育课程的申请；1928年，“第一次中央卫生委员会议”通过了“废止旧医以扫除医药卫生之障碍案”，制定了中医限期登记、训练、改造中医、限制中医开业、禁止中医登报介绍，宣传等六条措施，并高压解散了全国中医药团体代表大会。在这种情况下，不可避免地出现了近代中医学每况愈下的局面。
作为中医学理论基础和指导思想的阴阳五行说和整体观，体现了我国古代朴素唯物论和辩证法，但是，毋庸讳言，这种哲学思想受时代的限制，远未能达到辩证唯物主义的水平，它对人与自然的关系及人自身的认识，与其说是建立在观察、分析、认知的基础上，毋宁说是更多地基于天才的预测和思辨。同时，中医学理论在具体应用这种哲学思想时，又往往过于大胆地用类推、比附代替了冷静、实事求是的研究、总结，因而中医学理论不但终归不能摆脱唯心主义和形而上学的影响，而且表现出经验大于理性，推断多于实证，并且蒙上一层浓郁的玄学的神秘色彩。几千年的封建专制使中国近代科学处于久孕未育的难产状态，也就使中医学始终无法冲破旧的羁绊，开拓出崭新局面。如：既然近代化学一直没能挣脱中国的炼丹术的母腹而呱呱坠地，那么中医使用的药物只能原封不动地采自原始状态的动、植、矿物，而不可能进一步分析、认识它们的化学结构。更谈不上提炼、人工合成其中的有效成分，因而人们对药物的认识只能停滞于感性阶段而未能真正上升到理性阶段。又如，封建礼教严禁解剖人的尸体。南朝时唐赐一次饮酒吐出二十条虫，临终前嘱其妻、子剖尸观察。其子唐副遵遗命而从，官府发现后判其妻“伤夫五脏”、子“大不孝”，一并斩首。因为长期不能作人体解剖，中医理论对人体器官的认识就始终达不到建立在解剖学基础上的西医的水平，而“经络”的物质存在状况也一直处于虚无缥缈之境。由于中医缺乏实证科学的依据，使得西方近代科学大量输入中国后，不但一些服膺和鼓吹“全盘西化”的人物将中医贬为“迷信”，就连像鲁迅这样的进步思想家，也曾一度误认中医为“有意或无意的骗子”（后来鲁迅纠正了自己的误识）。