田兴恕完婚不久，又奉命率军从征。此后的两年内，他又屡获战功，因而不断提升。咸丰十年11月，24岁的田兴恕在贵阳正式担任提督之职，并补诏授为钦差大臣，从而成为一省的最高指挥官。
田兴恕当提督不到半年，一场意想不到的教案事件的发生，使得他的仕途命运很快发生了逆转。且说咸丰十一年四月初四上午，田兴恕的提督衙门外，忽然空前热闹起来，一位名叫胡缚理的法国传教土，因为新近获得了“传教士护照”，又担任了贵阳地区的天主教教主一职，想乘此机会见一见贵州的军政官员，企图取得贵州官府对传教活动的正式承认。
胡缚理出门前精心打扮了一番，他肩挂着紫带，头戴着方帽，又乘坐了一辆豪华紫呢大轿，在数十名教徒的前呼后拥下，一路招摇过市，显尽了主教的威风和气派。胡缚理先到巡抚何冠英那里去拜会，说了一番来黔传教请求支持的话，不料，何巡抚对他态度十分冷淡地回答说：“汝等来此传教，实有不便之处。黔省教门已多，亦无增加教门之必要。今后，教徒如有违法乱纪之事发生，汝等不能辞其责。”
胡缚理在何巡抚处碰了钉子，只得悻悻离开。接着他来到提督府前，欲要见田兴恕，想看看这位提督的态度如何。田兴恕此时早已得到通报，为了杀一杀这位主教的傲气和威风，他借口事忙让主教在门外等候。这一等过了两个小时，胡缚理终于等得不耐烦了，而看热闹的人又越来越多，还有巡街的士兵不断穿梭来往，胡缚理惟恐等下去更有麻烦，就悄悄弃了轿子溜回教堂。
胡缚理走后，提督府猛然响起炮声，田提督传命让主教进门，可是衙役已找不着他了。过了一会儿，一位探子回府向田兴恕报告，胡缚理已溜回教堂，并派另一位传教士梅西满去了重庆，欲向在重庆逗留的法国驻清政府公使馆秘书德纳马汇报并商议对策。田兴恕了解这一情况后，立刻带侍卫骑马出城，亲自去追赶梅西满，想阻止他去重庆。可是追出城外不远，那匹坐骑突然一颠，竟将这位提督坠下马来。田兴恕由此十分气恼，他决定不再追赶，随即忍痛回到城内。接着将何冠英叫来，俩人一起商议，制订了一个扑灭洋教的“秘密公函”，决定对不法传教士“处之以法”，并且还规定了奖惩办法。
此“秘密公函”一发，驻青岩的团务道赵畏三立刻抢先筹划执行起来。这一年的端午节，青岩街上众多群众照传统习惯“游百病”，在经过姚家关大修院门口时，一群小孩高声叫道：“火烧天主堂，洋人坐班房。”那大修院的4个修士闻声而出，立刻和守门人一起对小孩和群众进行恐吓和谩骂，双方争吵激烈。正在冲突之时，赵畏三派兵包围了大修院，对教徒们给予了警告，并要修士们放弃洋教，限期五天答复。五天后，赵畏三见无人来答复，立刻又派人对大修院进行了查抄，将衣物、书籍及宗教用品统统收缴，抄完又将大修院一把火焚毁了，然后将教民罗廷荫、张文澜、陈昌品抓起来关进了监狱。接着，赵畏三便飞奔贵阳，把消息报告给田兴恕，田兴恕听后十分高兴，立刻将赵畏三由团务提升为团务总办。
与此同时，贵阳主教胡缚理得知此消息后，急如热锅上的蚂蚁。他一连写了两封信给田兴恕和何冠英，要求立即放人，田何二人却置之不理。胡缚理遂又向德纳马告急，德纳马以法国公使馆的名义写来了一份措辞强硬的信，逼迫田兴恕马上放人。田兴恕认定这信是拿中法不平等条约来进行威胁恫吓，但他全然不怕。他将来信退回，并立即下令，让赵畏三将几个教徒押赴刑场斩首。当团练们押着张文澜等三人来到青岩北门城外的谢家坡时，忽又发现大修院厨工王马尔大在院中洗衣，于是索性一道抓去，将4人全部斩首。此次事件，即是贵州历史上有名的青岩教案。
青岩教案发生后，田兴恕和巡抚何冠英的处境就渐渐不妙了。清总理衙门在法国公使的压力下，不久罢去了田兴恕的钦差大臣之职，只保留了提督一职。而何冠英此时已经病死，青岩教案的责任，就全部落到了田兴恕一人的头上。尽管压力大，但他反洋教的决心却没有动摇。过了一段时间，在开州地方，又发生了一件重大教案。此次教案的起因是：同治元年正月十五元宵节，开州地方按习俗要举行祭龙仪式，事前“一心团”总办周国璋通知天主教徒参加，但天主教不准教徒参加。双方为此发生争执，周国璋将此事禀报知州戴鹿芝，戴又飞报给田兴恕，田兴恕对洋教徒本无好感，现又见其传教士敢如此对抗，遂又提笔批示给予正法。结果，周国璋率领团练数十人，立刻将天主教传教士文乃尔，教徒张天中、吴圣、陈显恒、易路济抓获，并凌迟处死，将他们的首级挂在开州城门上示众。此案历史上又称“开州教案”。
这次的教案发生后，在国内外又引起了极大反响。法国公使馆当即向清朝廷提出了严重交涉，清朝廷再也不能等闲视之了。恭亲王奕出面亲自与法国公使进行谈判，法方认为传教士被中国官员处死，是损伤了法国“尊严”，必须处死田兴恕；而清朝廷则认为田兴恕是一品重臣，封疆大吏，如果处死，会损大清帝国威信，还怕引起群众反对，所以双方的谈判相持不下。
在谈判的同时，清朝廷于开州教案发生的当年11月撤销了田兴恕的提督一职。接着又先后派了成都将军崇实、两广总督劳崇光、四川总督骆秉章、云贵总督张亮基等大臣对两次教案问题进行查处。这些大臣大都和田兴恕有着公私情谊，因而在处理此案中自然都对田兴恕有所偏袒。结果经过了几年周折，直拖到同治四年（1865年）初，清廷才与法国官方达成协议了结此案，决定将田兴恕与“教案”有关人员张茂萱、谢葆龄三人一起发配新疆，永不赦免。
同治五年三月，田兴恕一行被解送到了陕西秦州，因为通往新疆的道路阻塞，他被左宗棠接收监管。左宗棠与田兴恕曾是老相识，当年，他曾在骆秉章发怒时救过田的命，现在，田兴恕虽被革职发配充军，左宗棠对他仍然信任有加，且十分关照。在左宗棠安排下，田兴恕来到了甘肃兰州，衣食无忧，虽然无职无权了，日子还算过得舒适。为了打发寂寞，田兴恕此时开始用功读起书来。他看了《史记》和《汉书》，尤对《汉书》颇感兴趣。
这一日中午，田兴恕正将《汉书》中的李陵传看得津津有味时，忽然有人径直走进屋来叫他道：“兴恕兄，你可真用功啊！”
田兴恕抬头一看，认得是湘西乾州厅的老乡杨岳赋来了，他惊喜地忙起身招呼说：“哟，杨大人，你怎么屈驾到我这寒舍来了？”
“你还客气什么？我早就想来看看你哟！”杨岳斌是个爽直的汉子，他在十多年前跟随着曾国藩人了湘军，与彭玉麟一道组织水师队伍，立下了汗马功劳，官职一直升到了陕甘总督。数年前，他和田兴恕在江西征战时就有过几次面交，所以彼此熟悉。
“你来看望我，真是难能可贵呀！我田某现在是什么人，一个革职的囚徒，还值得你看吗？”
“管你现在什么身份，在我眼里，你还是一条好汉！你敢下令杀洋教徒，长我大清帝国威风，我怎能不佩服！”
杨岳斌的这番话，说得田兴恕热泪盈眶，他连连感谢说：“还是你这同乡理解我！”
“走，咱俩难得一聚，我请你到外面喝几盅去！”杨岳斌热情地邀请着。
田兴恕也不推辞，两人走出门去，早有杨岳斌的侍卫备好了两乘轿子，待二人上了轿，就径直抬到了街上一家酒楼前。
俩人下了轿，一道相邀着人店内楼上坐下，店家很快端来热气腾腾的酒菜，俩人边喝边谈。杨岳斌喝过几碗酒后，忍不住就发牢骚说：“兴恕兄，这官场上的事，真是祸福难测呀！你堂堂的一品被革了职，我现在也被降为三品顶戴，我真没想到，到陕甘来当了总督，却会成为这个结局。”
田兴恕听罢杨岳斌的话，不禁生出几分同情。这杨岳斌本来是个水师统领，朝廷调他到陕甘来镇压捻军。杨岳斌新招募的5000湘军来到甘肃后，因为军粮缺乏，军营处于十分困顿的状态。由于兵饷接济不上，军营里还闹起了兵变，幸亏杨岳斌临机决断，处决了为首者百余人，才将兵变平息下去。而朝廷派来的布政使林之望还连上两次奏折内称杨岳斌“未能防范”，朝廷由此将他降为三品顶戴，并另外任命左宗棠当了陕甘总督。杨岳斌心灰意冷，现在，他借酒浇愁又对田兴恕说：“官场的风险很大啊，我这些年的经历也算看透了。这一次，我已几次向朝廷坚请回原籍养病，若朝廷批复，我将返回故里！”
“我衷心祝愿你早日脱离这地方！”田兴恕喝口酒又道，“这陕甘边疆也不是久呆之地，我亦日夜思念回到家乡去才好！可还不知有没有盼头哩！”
“有，一定会有的！”杨岳斌又说，“你在左大人手下充军，他不会亏待你的！这甘肃有个提督杨占鳌是湘西古丈人，你可去结识，也可相互关照！”
“杨提督我亦早闻大名！”田兴恕说，“看来我们湘西人才真的不少，在这边陲之地就有几多将领，这真是一种福缘。我在这里充军也就不会寂寞。”
“你也可以战场上立功，这样或者可以将功折罪，使朝廷放你回原籍！”
“我亦有这种奢望，但不知左大人会让我带兵否？”
“相信左大人会让你带兵上战场的！”杨岳斌肯定地说。
俩人边谈边喝，直到傍晚时分，才尽兴而别。