特指明清中央行政机构中直接对皇帝负责的吏部、户部、礼部、兵部、刑部及工部。汉光武帝刘秀在尚书台设三公、吏部曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。南北朝亦有六部，然名称因王朝而异。隋初六部名为吏部、礼部、兵部、度支、都官及工部。至唐代改度支为户部，改都官为刑部，遂成吏、户、礼、兵、刑、工六部，统于尚书省。宋代因之。元代改统于中书省。明代废中书省，六部乃直接对皇帝负责，成为主管全国行政事务的最高机构。各部置尚书一人，总管本部政务，下有左右侍郎各一人，为尚书之副。清代于天聪五年（1631）仿明制设六部。初以贝勒（亲王、郡王）分别总理各部部务；各设满洲、蒙古及汉承政、参政、启心郎、额哲库等官。顺治元年（1644），停贝勒总理部务；并改承政为尚书，参政为侍郎，理事官为郎中，副理事官为员外郎，额哲库为主事；启心郎未改，至顺治十五年裁。雍正元年（1723）以后常以大学士兼管各部，尚书以下各官时有增减。据光绪朝《大清会典》及《历代职官表》记载，清代各部职官设有：尚书（从一品）、左右侍郎（正二品）、郎中（正五品）、员外郎（从五品）、主事（正六品）以及堂主事、司务、笔帖式、七品小京官等。六部职掌，明清略同，各部下辖诸司及官属，则有出入。
吏部
吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。吏部下设四司：明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
户部
户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司：河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。清增江南司，为十四司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。除以上各司外，清还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶于户部的机构有：掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。
礼部
礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，明清皆为：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。
兵部
明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令，清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，制诰之宝士籍、军实之数。兵部下设四司：武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，清设稽俸厅，掌稽察武职官俸；会同馆，管理京师驿传事务；捷报处，掌递送文书。
刑部
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司，明为十三司，名称与户部诸司同。清增加直隶、奉天、江苏、安徽四司，为十七司。清刑部各司除分核本省刑名外，职掌他省及衙门的部分文书收发和某些日常政务。此外，清设督捕司，掌督捕旗人逃亡事；秋审处，掌核秋审、朝审各案；减等处，掌汇核各省及现审各案之遇赦减等事；提牢厅，掌管狱卒，稽察南北所监狱的罪犯，发放囚衣、囚粮及药物等；赃罚库，掌收放现审案内赃款及没收各物件，并保管本部现银及堂印；赎罚处，掌罚罪事；律例馆，掌修订法律。
工部
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。明清工部下设四司：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。除四司外，清设有制造库，掌制造皇帝车驾、册箱、宝箱、仪仗、祭器等；节慎库，掌收发经费款项；料估所，掌估工料之数及稽核、供销京城各坛庙、宫殿、城垣、各部院衙署等工程。
光绪二十七年（1901），清政府改总理各国事务衙门为外务部，这是六部之外增设新部之始。二十九年又增设商部。三十一年再增设学部及巡警部。六部之制逐渐变化。
光绪三十二年，清政府宣布“仿行宪政”，将户部改称度支部，兵部改称陆军部，工部与新设之商部合并为农工商部，原来的理藩院改称理藩部，刑部改称法部，另增设民政部、邮传部。将原设之太常寺、光禄寺、鸿胪寺并人礼部，礼部内部机构中添设承政、参议二厅，仪制、太常、光禄三司及礼器库、礼学馆。至宣统三年（1911）四月，清政府成立责任内阁。五月，责任内阁颁布官制，设立制诰、铨叙等局，吏部遂撤。六月，将礼部改为典礼院，成为清政府专管朝廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制的机关。六部之制，遂告变革。