很多化石都是地质时代的见证人，在它们的表壁上存在着类似树木年轮的痕迹，可以用来当做计时器。这些化石为什么可以计时呢？古生物钟学家提出了种种学说。
潮汐说：海水中的化学成份（如含盐量)以及压力、光线等海洋的物理条件，都与潮汐的变化有直接关系。
现代的瓣鳃类是生活在潮间带和潮下浅海中的动物，随着一天两次的涨潮，在它的贝壳表面上就留下了生长层。
因为潮汐是受月亮影响的，所以，在珊瑚以及其他化石上留下的每天的条纹，与月亮的潮汐有着直接的关系。
综上所述，潮汐对于海洋生物的生理过程和生活习性有着巨大的影响。
食物供给变化说：动物的进食是有周期性的。实验证明，现代珊瑚也是定时饥饿，定时进食的，推测古代珊瑚亦应如此。
所以，有的科学家们做了更进一步的推断：类似树木“年轮”的痕迹的形成与珊瑚每天进食有直接关系。生育周期说：不论古代或现代珊瑚，都是每一个朔望月繁殖一次。在繁殖期间，珊瑚正常的新陈代谢受到了阻碍，这时候骨骼上的碳酸钙的沉积量急剧地减少，直径收缩，在外观上出现了环沟状的构造。珊瑚过了生育期又恢复了正常。这就是珊瑚出现月增长标志的原因。
内生论与外生论：内生论者认为，某些生物体从遗传上就带有周而复始的循环周期，不受外界的影响（如生育周期说)。外生论则坚持生物之所以能够像上好了弦的钟表，主要原因是因为外来的有节律的刺激信号（如潮汐说和食物供给变化说)。
他们认为：地球的自转，昼夜的交替以及日光、温度等都是生物钟的演奏者。
古生物钟到底是如何形成的呢？这仍然是一个未解之谜，还有待于科学家积极地探索。