历史上，决定突厥人第二次命运的遭遇，是同拜占廷帝国的冲突。在同拜占廷帝国的冲突中，突厥塞尔柱人的势力最大，他们的首领经常依靠其他突厥民族部落的帮助来打仗，这些人通常被称为土库曼人。他们喜欢采用“信仰武土”的作战方式，在伊斯兰国家边境上同非穆斯林信徒交战，把扩大伊斯兰教的领土，侵占非穆斯林居住的土地，看作是一种神圣的宗教义务。他们在不断掠袭小亚细亚的过程中，发现拜占廷帝国正处于内部争权夺利，国力江河日下的历史时期。再加上拜占廷帝国统治下的东部各族人民心怀不满，纷纷揭竿而起，特别是不久前通过武力才割让给拜占廷帝国的亚美尼亚地区，广大民众的反抗斗争如火如茶，这就极大地削弱了拜占廷帝国对突厥塞尔柱人统帅下的“信仰武士”们的防御抵抗。到了公元11世纪中叶，“信仰武士”们竟然大胆地深人到了拜占廷帝国统治下的小亚细亚内部地区。1064年，他们的深人竟远至今日的开塞利。
“信仰武士”们袭击拜占廷帝国所带来的巨大收获，一方面是使突厥塞尔柱人的疆士得以不断地向西北扩张，另一方面也使得他们的首领改变了原先打算长驱直人叙利亚，再向埃及进发的计划，决定挥戈北上，攻打拜占廷帝国。1071年，突厥塞尔柱人在首领阿尔普。阿尔斯兰的率领下，在凡湖附近的小镇曼齐克特，以少胜多，以弱治强，一举击败了由拜占廷帝国的皇帝戴奥吉尼斯统率的20万大军。这次战役可以算是一次具有决定性重大意义的历史事件，它使得小亚细亚向突厥人敞开了大门，使得像洪水似的突厥人得以全面人侵和永久性地在小亚细亚定居了下来，从此，小亚细亚开始了它的突厥化和伊斯兰化的漫长发展过程。
突厥塞尔柱人是游牧于锡尔河北岸吉尔吉斯草原上的乌古思部落联盟中的一支。大约在公元10世纪中期，他们在其首领塞尔柱的统率下，越过吉尔吉斯草原漂泊瓢了河外地区。在布哈拉定居后不久，他们皈依了伊斯兰教。在参与河中各种政治势力的角逐中，突厥塞尔往人遭受到了失败，从此臣服于阿富汗人的伽色尼王朝，被称之为突厥塞尔往人。
突厥塞尔往人晓勇镖悍，善于骑射，为阿富汗人伽色尼王朝的对外军事扩张屡立战功，从而获得大量的封地，政治与军事势力逐渐的强大。1037年，突厥塞尔往人在其首领托格鲁尔的率领下反叛阿富汗人的伽色尼王朝，并在1040年著名的丹丹纳于战役中，依靠强大的骑兵，打败了他们的宗主国伽色尼王朝，建立起了突厥塞尔往帝国。此后，他们靠强大的军力征服了整个伊朗，不久又攻占了阿拉伯帝国阿拔斯王朝的首都巴格达，迫使哈里发授予突厥塞尔柱人的首领托格鲁尔东西方之王和素丹的称号。此时的阿拉伯帝国已经名存实亡，而突厥塞尔往人则强盛崛起，他们的疆域西至小亚细亚东部，南达阿拉伯海，北至基辅罗斯边境，东与中国接壤。
突厥塞尔往人建立起帝国之后，所面临的主要问题之一，是为突厥塞尔往人以及随他们而来的大批其他的突厥游牧部落，如土库曼人等，去寻求一个良好的生存之地。这些突厥游牧部落与突厥塞尔柱人在血缘上是相同的，在语言和文化方面也是相近的，他们是突厥塞尔柱人可靠的同盟者。他们今天可以和平地去放牧他们的畜群，或者去耕种他们的谷物，明天就可能拿起刀枪用武力去支持突厥塞尔往人进一步征服小亚细亚。
在突厥塞尔住人的建国初期，素丹们把那些归顺的突厥游牧部落，看成是国家统治秩序的巨大威胁，因此极力地把他们的迁徙浪潮引向小亚细亚。这样，既保证了突厥塞尔住人国家的统治秩序不混乱，又可以把他们作为防御拜占廷帝国的坚强屏障，更主要的是为这些突厥游牧部落解决了大量的土地和牧场。于是，在突厥塞尔柱人的率领下，大批的突厥游牧部落开始了向小亚细亚的进攻。
当大批的突厥游牧部落在突厥塞尔柱人的率领下，势如破竹，横扫小亚细亚的时候，拜占廷帝国正处于王朝更迭的馄乱之中。1057年，马其顿王朝结束，开始了拜占廷帝国的都卡王朝统治时期。在都卡王朝统治的24年中，拜占廷帝国的政局异常动荡。在军人强大势力的左右下，都卡王朝像走马灯似的先后更换了五位皇帝。1059年，年轻有为的君士坦丁·都卡，在以大主教奥斯为首的东正教势力的支持下，登基当上了拜占廷皇帝。为了不断地削弱军人们的特权，防止军人们左右宫廷政务，君士坦丁·都卡皇帝实行了一系列裁减军队人员和庞大军费开支的改革措施。然而，来自东方的突厥塞尔住人对小亚细亚不断的掠夺性进攻，使得拜占廷帝国的周边环境越来越恶劣，也为军人们再次显示自己的力量，干涉宫廷政务创造了有利的条件。1068年，拜占廷帝国的军人们密谋杀害了君士坦丁·都卡皇帝，而把他们的亲信罗马纽斯推上了皇位。
罗马纽斯登上皇位以后，首先做的第一件事情，就是亲自率领着由希腊人、俄罗斯人、格鲁吉亚人、法兰克人、亚美尼亚人和突厥裴奇内格人组成的20万雇佣大军，在小亚细亚以东凡湖附近的小镇曼齐克特，试图与突厥塞尔柱人决战。1071年8月26日，突厥塞尔柱人素丹阿尔普·阿尔斯兰仅率15万人的军队前往迎战。在双方激烈的交战中，突厥塞尔柱人充分利用他们的骑兵善于机动作战的优势，勇猛灵活地歼灭了大量拜占廷帝国军队的有生力量，再加上那些非常不可靠的外国雇佣军临阵倒戈，使得拜占廷帝国的军队大败，死伤无计，甚至连皇帝罗马纽斯也被俘获。然而突厥塞尔柱人的素丹阿尔普·阿尔斯兰宽恕了罗马纽斯皇帝，条件是拜占廷帝国必须交纳150万第纳尔（1第纳尔相当于2.4克黄金）作为赎金。此外，两国之间还签订了一个50年的和平协定，要求当突厥塞尔柱人对外发动征服战争时，拜占廷帝国应及时提供一定数量的军队，并无条件地释放被拜占廷帝国监禁闭押的所有穆斯林。
百般无奈的拜占廷帝国皇帝罗马纽斯，被迫接受了以上苛刻的条件，然后，突厥塞尔柱人派了一支庞大的舰队护送他回国，此外，素丹阿尔普·阿尔斯兰还赠送给了他一件荣誉之袍和一顶帐篷，外加1.5万第纳尔。同时，突厥塞尔柱人还释放了罗马纽斯皇帝的随从和政府官员，让他们与罗马纽斯皇帝一同回国。这次战败，使得拜占廷帝国名誉扫地，也使得罗马纽斯皇帝丧失了权力和威信。不久，拜占廷帝国愤怒的臣民们通过阴谋废黝了罗马纽斯皇帝，他与突厥塞尔柱人签订的丧权辱国协议也被终止。
曼齐克特之战，是突厥塞尔柱人与拜占廷帝国，在小亚细亚长期争夺中具有决定性意义的历史转折点。从拜占廷帝国方面来看，这次战败加剧了拜占廷帝国内部的社会矛盾和各派系之间的斗争。拜占廷帝国的官吏和将军们竞相将许多城镇和战略要塞奉献给人侵的突厥塞尔柱人，以求在突厥塞尔柱人的行政部门中，谋取一官半职。失去小亚细亚的拜占廷帝国像一个枯瘦的躯体变得十分空虚，因为富庶的小亚细亚再也不能为拜占廷帝国提供粮食、原料、税收、人力和兵源了，从而注定了拜占廷帝国的灭亡。从突厥塞尔柱人方面来看，曼齐克特之战产生了三个结果。首先打开了征服小亚细亚的大门，锐气势不可挡，从根本上震撼了拜占廷帝国的统治基础。在曼齐克特之战以前，突厥塞尔柱人对小亚细亚采取的是打了就跑的掠夺性远征。而此后，大批突厥人像蝗虫似的拥人小亚细亚，并且开始在那里定居扎根。其次，曼齐克特之战以后，突厥塞尔柱人对当地居民或者进行屠杀，或者强迫他们集体饭依伊斯兰教，使得小亚细亚在人种、宗教和文化等方面都发生了裂变。从此，这一地区开始了一个漫长的突厥化和伊斯兰化的历史发展过程。最后，曼齐克特之战以后，突厥塞尔柱人以小亚细亚的西部重要城镇尼西亚为其首都，建立了一个强大的罗姆素丹国。在多次打败拜占廷帝国的军队之后，趁机不断扩张领土，相继占领了博斯普鲁斯海峡，并陈兵于马尔马拉海沿岸，对拜占廷帝国在欧洲的统治直接构成了威胁。
突厥塞尔柱人为什么会所向披靡，横扫小亚细亚，如此迅速地摧毁了拜占廷帝国在小亚细亚的统治呢？其主要原因有以下几个方面：
第一，拜占廷帝国的内部长期军政不和，政局一直不稳。具体表现为，王朝更替频繁，皇帝像走马灯似的不断变换，再加上军人势力屡屡千政，使得国内政治、经济形势更加动荡不安。尤其是君士坦丁·都卡皇帝登基以后，为了加强皇权所实行限制军人势力的改革措施，也在一定的程度上削弱了拜占廷帝国的军事防卫力量。这样，当面对来自突厥塞尔柱人的外部威胁时，拜占廷帝国缺乏统一坚定的领导核心和强大有效的军事防御能力。
第二，拜占廷帝国在小亚细亚的腐朽统治，也是突厥塞尔柱人在小亚细亚不断取得军事胜利的重要原因之一。拜占廷帝国都卡王朝的历代皇帝都时小亚细亚诸省横征暴效，此后又取消了小亚细亚地区的政治特权和中央政府的财政支持。因此，小亚细亚地区的广大臣民一直都心怀不满，很少给予帝国皇帝在政治、经济、军事上的有力支持。所以，当拜占廷帝国在曼齐克特战役中一败涂地时，小亚细亚地区的广大民众，都纷纷揭竿而起，不断地倒戈。他们把突厥塞尔柱人当作大救星，将拜占廷帝国的溃败看成是他们摆脱束缚，争取解放的大好时机，并主动地配合突厥塞尔柱人在小亚细亚进行的军事行动，积极从事推翻拜占廷帝国腐朽统治的斗争。
第三，突厥塞尔柱人对小亚细亚采取的灵活多变的征服政策，也是他们取得决定性胜利的根本性原因之一。首先，突厥塞尔柱人巧妙地利用了拜占廷帝国的矛盾和内证。如突厥塞尔柱人全力支持拜占廷帝国内部，以尼斯福大臣为首的反叛势力去篡夺皇位，并与其共同进犯占领了小亚细亚的军事重镇尼西亚和赫里索堡，从而极大地削弱了拜占廷帝国在小亚细亚的军事防务。其次，突厥塞尔柱人一进人小亚细亚，就宣布给予这一地区的农奴和奴隶们自由，并免除了他们过去所有的债务，只让他们缴纳很少量的人头税，这样一来，小亚细亚的下层民众，由于切身的利益关系，而同突厥塞尔柱人的统治结合了起来。
第四，突厥塞尔柱人的军队多属骑兵，因而作战时灵活、机动，士兵们各个漂悍、勇敢，再加上突厥塞尔柱人正处于上升时期，充满了活力，锐不可当。突厥塞尔柱人的社会属于加齐社会，这个社会是由一帮勇于献身的信仰武士们所组成。他们必须担负向异教徒作战的义务，所以经常越过伊斯兰国家的边境对外进行侵征，并带回丰富的掠夺品。这些掠夺品在大多数情况下，使得这个加齐社会有了经济上的生存能力，因为他们的日常生话不是建立在一种可靠的国家经济基础之上的，所以，每当对外侵征不成功时，这个加齐社会也就行将瓦解了。加齐们在社会和政治地位上是平等的，其社会地位井不是平步就可以登上去的，权贵的产生是因为他们的行为和领导才能，而不是靠血缘关系，因此，每一个人都必须要用行为和品德，来证明自己配当加齐。在小亚细亚的历史上，每当处于一个纷乱棍沌的世界和在一个政权行将解体的时期，加齐们对外侵征的行动就异常的话跃。
总之，突厥塞尔柱人本身所具有的以上特点和优势，及其在拜占廷帝国衰微之际的充分发挥，是突厥塞尔柱人打败拜占廷帝国，侵占小亚细亚的主客观因素。
曼齐克特之战以后，拜占廷帝国的皇帝米查尔七世曾于1074年2月，向罗马教皇乔治七世呼吁，愿意东正教与西方天主教联合，请求教皇召集欧洲诸国国王和西欧基督教世界组成十字军，共同对付侵占小亚细亚，直接威胁拜占廷帝国在欧洲统治的突厥塞尔柱人。但是，由于神圣罗马帝国与教皇之间的斗争，使得组织十字军的工作整整推迟了20年。当拜占廷帝国的皇帝米查尔七世，对从欧洲获得帮助而感到失望之余，1074年10月，无奈的他曾多次派使者带着许多昂贵的礼品，到突胀塞尔柱人的罗姆素丹国，希望能够缓和两国之间的紧张关系，但是一切努力都没有产生实际的效果。
1092年6月，突厥塞尔柱人的罗姆素丹国国王马立克沙因病去世，由于突厥塞尔柱人实行了分封制，使得国内公国林立，相互对抗，混战不已，从而削弱了突厥塞尔柱人的罗姆素丹国统一抵御外敌的能力。尤其致命的是他们政治的无政府状态，以及它所带来的社会和经济方面的灾难性混乱，引来了基督教十字军的东征。
西欧社会经济在11世纪时普遍高涨。在社会生产力发展的基础上，劳动分工更趋精细。西欧与东方在商业贸易上的相互关系也有所改变。西欧原来在对东方的商业贸易中，是处于被动的地位，而此时已经变被动为主动，不仅向东方输出原料，而且也输出大量的手工业品。尤其是西欧的商人们向东方进行贸易旅行的次数不断地增多，这些商贸旅行不仅具有贸易上的目的，而且也夹杂着宗教上的目的。在商贸旅行中，西方的骑士和商人们亲眼目睹到东方在技术上和文化上都优于西方，并自觉或不自觉地把那些先进的技术和文化带回到了西方。但是，到了11世纪后半期，东西方之间的这种交往关系，特别是西欧向东方进行贸易和朝圣的活动，在很大的程度上被突厥塞尔柱人破坏了。他们占据着小亚细亚，经常抢劫西欧的商队，即使不去抢劫，也要通过课以重税的办法，获取西欧商队的贵重商品。因此，在西欧开始广泛传播一种思想，这种思想就是要在从伊斯兰教徒手中夺回“主的坟墓”的口号下，通过武力直接征服东方。
10%年，大批的西方十字军云集拜占廷帝国首都君士坦丁堡。首先开往小亚细亚同突厥塞尔柱人作战的十字军，是一些光有宗教信仰热情，但武器装备却非常落后的穷人，因此，他们很快就被突厥塞尔柱人围歼消灭了。不久，第二批武器装备精良的欧洲封建骑士军，大规模地到达小亚细亚，在连续攻占了许多城镇以后，他们开始围攻突厥塞尔柱人的罗姆素丹国都城尼西亚。当时突厥塞尔柱人的罗姆素丹国国王苏里曼之子开雷斯·阿尔斯，正统帅着几十万大军在伊朗高原同波斯人作战。闻讯后，他匆忙率军赶回都城尼西亚，但是，当他还未赶到时，都城的守军弹尽粮绝，已经向十字军投降。放在都城国库里的金银财宝，以及开雷斯·阿尔斯的家眷被押运回拜占廷帝国的首都君士坦丁堡。满腔义愤的开雷斯·阿尔斯联合小亚细亚境内的所有突厥人，子1097年7月与十字军展开了生死激战。在战斗中，由于突厥塞尔柱人在人数与武器装备上都远远不及十字军，所以经过数天的浴血奋战以后，终因双方力量相差悬殊而遭到惨败。开雷斯·阿尔斯在腿部负伤后，仅带着剩下不足千人的队伍，西渡萨卡里亚河撤往山区。
坐收渔人之利的拜占廷帝国皇帝阿列克塞，不费吹灰之力，乘机夺回了小亚细亚的北部、西部和南部的沿海地区。这些地区的突厥人，或者被十字军与拜占廷帝国的军队所屠杀，或者被迫大规模地柱东迁徙，人员和财产损失惨重。此时的突厥塞尔柱人仅仅占据着小亚细亚中部的科尼亚，他们的罗姆素丹国完全处于丹尼什曼艾米尔的保护之下。
1155年2月，开雷斯·阿尔斯在沮丧和绝望中病故，其长子继位，为开雷斯二世。开雷斯二世继位之初，受到各种政治势力的威胁。首先是他那些凯靓王位的兄弟们，其次是小亚细亚各独立的公国，包括亚美尼亚人的首领色诺斯。面对如此众多的敌手，开雷斯二世委屈求全，带着大量的金银财宝跑到拜占廷帝国的首都君士坦丁堡，求助于拜占廷帝国的皇帝曼奴尔的支持。此时突厥塞尔柱人的罗姆素丹国，对拜占廷帝国已经完全不构成什么威胁，所以曼奴尔皇帝在接受了大量的贿赂之后，同开雷斯二世签订了和平协议，并为他去攻打其他突厥公国提供了庞大的财政援助，采取了一种积极鼓励突厥人的各种政治势力和各个统治者之间加剧冲突对抗的分化政策。
从拜占廷帝国的首都君士坦丁堡回来之后，为了东山再起，重振雄威，踌躇满志的开雷斯二世集思广益，共商良策，针对当时突厥塞尔柱人所处的极为不利的境地，制定了一整套远交近伐，各个击破敌手的方针策略。开雷斯二世首先镇压了丹尼舍孟德的加齐们在小亚细亚所进行的分裂和叛乱活动，然后越过叙利亚和小亚细亚之间的边境，同长期威胁突厥塞尔柱人安全的亚美尼亚人作战。在取得了骄人的战绩之后，开雷斯二世被拜占廷帝国的皇帝曼奴尔承人为全权负责管理小亚细亚突厥人日常事务的领袖。此时突厥塞尔柱人的统治地区，再次从萨卡里亚扩展到了幼发拉底河地区。
当正忙于巴尔干事务的拜占廷皇帝曼奴尔逐渐地意识到，开雷斯二世由于击败了每位敌手，声势日隆，影响甚大，不远的将来必定要重新威胁拜占廷帝国的安全，对此使他深感恐慌。于是，他借口突厥塞尔柱人违背了不能向小亚细亚西部扩展的协议，决定发兵攻打突厥塞尔柱人的罗姆素丹国。起初，开雷斯二世为了避免与杀气腾腾的拜占廷帝国军队正面冲突，提议双方重新缔结和平条约，相互之间不要打仗，但被自命不凡的曼奴尔皇帝断然拒绝。于是，1176年9月，决心背水一战的开雷斯二世，亲自统帅突厥塞尔柱人的军队与拜占廷帝国的军队，在埃里迪尔湖北岸的迈里奥法克垅展开了决战。在战斗中，突厥塞尔柱人在开雷斯二世身先士卒的表率下，以一种以一当十、舍命而战的大无畏精神冲向敌阵，所到之处如同摧枯拉朽，拜占廷帝国的军队根本无法抵挡，纷纷弃逃或投降。开雷斯二世完全可以乘胜追击已经溃不成军的拜占廷帝国军队，并俘获曼奴尔皇帝，但是他没有这样做，而是马上接受了拜占廷帝国提出的和谈要求，其主要的原因是害怕引起西欧封建基督教十字军的武装干涉。因此，当拜占廷帝国满足了由突厥塞尔柱人提出的，完全有利于他们根本利益的重新调整双方边境的建议之后，开雷斯二世立即罢兵回营。迈里奥法克垅之战以后，突厥塞尔柱人重新又获取了小亚细亚西部的许多重要城镇。尤其是在1182年占领了地中海沿岸的安塔利亚，以及夺取锡诺普而进人黑海之后，使得突厥塞尔柱人的罗姆素丹国再次成为一个滨海国家。
迈里奥法克垅之战的重大历史意义，在于它从此结束拜占廷帝国总把小亚细亚看成是其重要领土的传统观念，彻底地打消了把突厥人赶出小亚细亚的念头，完全接受了突厥人统治小亚细亚的现实。因此，到了12世纪末，在西欧与拜占廷帝国来往的重要信函中，双方已经把小亚细亚称之为突嫉地区。总之，突厥人与拜占廷帝国在经过100多年的反复较量与争夺之后，拜占廷帝国完全丧失了对小亚细亚地区的统治权。尤其是在突厥塞尔柱人的鼓励之下，那些流离失所的突厥游牧部落开始大量涌人小亚细亚，并在这里安家落户，成为这一地区的永久性居民，从而加快了小亚细亚突厥化的历史进程，使得统治这一地区的突厥塞尔柱人的政治势力达到了顶峰。
然而，不断涌人小亚细亚的突厥游牧部落，很快就引起了突厥人口过多所造成的严重后果。特别是因与拜占廷帝国讲和修好，突厥塞尔柱人停止派出劫掠队伍，是对传统加齐生活和社会经济的沉重打击。那些无教化的加齐突厥人根本无法理解塞尔柱人为什么要同基督教的拜占廷皇帝签汀和平条约，更不愿意接受同基督教的权贵们友善往来的事实。加齐突厥人的不满情绪，一方面造成突厥人之间开始相互攻击和掠夺，从而破坏了小亚细亚和平与安宁的生活，使得小亚细亚出现一片混乱状态；另一方面也使得突厥塞尔柱人永远丧失了小亚细亚的加齐突厥人对他们的忠诚和支持，所以当此后蒙古大军人浸小亚细亚地区时，突厥塞尔柱人完全处于一种孤立无援的困境，被蒙古铁骑所击溃，最终成为蒙古人的落属和傀儡。