1239年6月，因对突厥塞尔柱人罗姆素丹国朝廷所过的奢侈生活，以及软弱的对外政策不满，在小亚细亚地区爆发了以伊斯兰教什叶派苦行僧长老巴巴·伊斯哈克为首的，具有宗教色彩的突厥民众起义。起义军纪律严明，英勇善战，屡败突厥塞尔柱人罗姆素丹国的军队，并相继攻占了小亚细亚的许多重要城镇。后因起义军内部人员的叛变出卖，巴巴·伊斯哈克被捕身亡，使得起义大军群龙无首，失去了凝聚力和斗争的方向。而此时的突厥塞尔柱人，在拜占廷帝国军队的帮助下，使用极其残酷的屠杀手段，最终无情地镇压了这次民众起义。但是，这次大规模具有宗教色彩的民众起义，沉重地打击了突厥塞尔柱人的上层统抬集团，严重地削弱了罗姆素丹国的政治、经济和军事实力。尤其是继之而至的蒙古大军对小亚细亚的人侵，给显著衰微，对其他突厥人再也没有什么尊敬可言的塞尔柱人，带来了灭顶之灾，加速了他们的罗姆素丹国的灭亡。
公元13世纪初，原居住在贝加尔湖东南和黑龙江上游的蒙古人，随着生产力的发展和生产关系的变化，社会形态发生了重大的变革，形成了新的封建生产关系。蒙古封建贵族们为了确立其统治地位，摆脱氏族部落间的彼此混战和相互劫掠，渴望建立一个强大统一的国家。横空出世的铁木真，在建立蒙古族统一国家的斗争中脱颖而出，英武盖世，1206年，被蒙古草原上各氏族部落的首领们拥立为大汗，尊号“成吉思汗”。成吉思汗在顺利地完成了蒙古氏族部落的统一大业之后，亲率蒙古大军开始大规模的远征。他首先夺取金朝北部的大片疆土，然后接着进军中亚。当时的中亚地区，早已摆脱了阿拉伯帝国阿拔斯王朝的统治，出现了许多封建割据的小公国，并且彼此长期争战，军事力量非常脆弱，不堪一击，根本不是勇善战、所向披靡的蒙古大军的对手。至1220年左右，蒙古人已经征服了整个河外地区，丝绸之路上的许多重要城池变成一片废墟。只是由于成吉思汗于1227年不幸死亡，蒙古人的整个征服活动才暂告停止。
在蒙哥大汗统治时期，蒙古人再次发动西侵。对于西南亚地区的征服，是由成吉思汗的孙子、蒙哥大汗的弟弟旭烈兀进行的。旭烈兀于1256年1月，亲率蒙古大军渡过乌浒河，向波斯进军。面对排山倒海、势如破竹的蒙古铁骑大军，这一地区的诸小公国都不战而降1257年，旭烈兀率领蒙古大军将进攻的矛头指向阿拉伯帝国阿拔斯王朝的都城巴格达，并向哈里发提出最后通谍，令其拆除巴格达的外城，自动缴械投降。然而昏庸无能的哈里发一味贪求享乐，不听忠言相告去作迎战的准备。甚至直到蒙古大军己经包围了巴格达整个城池时，还让幕僚们放出危言耸听的话语，说什么“哈里发是宇宙的中心，如果杀害哈里发，整个宇宙即陷于混乱，不出太阳，也不下雨”。试图靠这些危言耸听的话语吓跑蒙古人。然而，旭烈兀并未上当受骗，他指挥蒙古铁骑大军，于1258年2月10日攻破阿拉伯帝国阿拔斯王朝的都城巴格达。在蒙古军人连续数日的烧杀抢掠之中，都城巴格达的金银财宝被洗劫一空，满城的男女老少尽遭杀戮，死者达数十万之众，人头堆成了几座金字塔，整个昔日繁华热闹的都城此时变成为一片废墟。除极少数阿拉伯帝国阿拔斯王朝的王室成员逃到埃及外，丢魂落魄的哈里发与王室要人、大臣、法官等300余人全部被蒙古人处死。曾经在历史上辉煌一时的阿拉伯帝国阿拔斯王朝就此结束。
在公元13世纪蒙古铁骑大军的西征过程中，以往的掠夺和袭击总是绕过小亚细亚，可是却在1243年6月的柯塞达格战役中，凶猛漂悍的蒙古铁骑大军击败了突厥塞尔柱人。尽管突厥塞尔柱人的罗姆素丹国经过蒙古人的毁灭性打击之后，还是一直维持到了1303年，但此后它再也未能恢复元气。自此以后，所有的突厥塞尔柱人的统治者都仅只是蒙古人的藩属和傀儡。因为蒙古人没有足够的兵力驻守各城市，他们是异教徒，他们对于被征服的人民的文化和文明，既不了解，也不赏识。所以他们根本就没有兴趣在小亚细亚牢固地树立他们的势力，更不想直接统治小亚细亚。蒙古人感兴趣的是任意掠夺他们所需要的东西，是要突厥塞尔柱人向他们纳贡称臣。
不久，蒙古人在政治上肢解了突厥塞尔柱人统治下的小亚细亚，把小亚细亚划分为两部分。把克泽尔河以东的所有地方赐给基利吉·阿尔斯兰四世，而把那条河以西的地区赐给他的兄弟卡伊考斯二世，但都必须纳贡交赋，成了听命于蒙古人的傀儡。蒙古人在政治上对小亚细亚的肢解，突然间，使得每一个突厥王公都可以自行其是了，尤其是无数个加齐领袖建立了独立的领地，而有些强有力的首领则逐渐地把许多小的领地，合并成为了几个具有相当规模的加齐公国，即埃米尔国。这些埃米尔国，同以后奥斯曼帝国的崛起与发展，有着极为重要的关系。因为奥斯曼帝国的崛起，就是建立在对这些埃米尔国的征服与吞并的基础之上的。
人类历史的发展有的时候实在使人不可思议。13世纪蒙古铁骑大军横扫小亚细亚，给予突厥塞尔柱人灭性的沉重打击，不但没有使大批突厥人逃离小亚细亚，反而导致了小亚细亚的进一步突厥化。这其中主要有两个方而的根本原因。首先，生活在中亚、西亚的突厥游牧民族，又开始大规模地向小亚细亚迁徙，出现了新的迁徙浪潮。他们或是受到蒙古大军的武力驱赶，或是紧随着蒙古铁骑大军的西征洪流而来。其次，遭受到蒙古铁骑大军严重军事打击的突厥塞尔柱人，由于中央统治能力削弱，引起整个小亚细亚突厥人社会的一片棍乱，造成控制力量逐渐向外溢散。小亚细亚在一种新的狂乱状态下，许多突厥小公国和加齐领袖们，不愿再受突厥塞尔柱人的约束和统治，而开始自行其是闹起独立。尤其是那些紧靠在拜占廷帝国边境上的突厥小公国和加齐领袖们，又开始像从前那样，猛烈地袭击和掠夺非伊斯兰教信徒的财产，担负起向异教徒世界进攻作战的神圣义务。此时，在小亚细亚地区，“信仰武士”的宗教精神再次显露锋芒。
这一时期，突厥人和那些“信仰武士”们人侵拜占廷帝国又变得相当容易了，因为拜占廷帝国在1261年，从基督教十字军和西欧封建骑士手中，用武力收复首都君士坦堡以后，立即卷人了巴尔干地区的事务。当时拜占廷帝国所控制的只是小亚细亚北部的一小部分，而巴尔千地区则被保加利亚和塞尔维亚的统治者们所占有，他们的支持者是基督教十字军和西欧封建骑士。为了重新获取对巴尔干地区的实际控制权，拜占廷帝国将其主要的军事力量用于对村基督教十字军和西欧封建骑士，以及他们支持的那些巴尔干地区的封建统治者，而忽略了在小亚细亚的统治地区。因此，在不多的几年中，拜占廷帝国在小亚细亚的整个统治地区，除西北角的一小块地方外，全部都被一些突厥小公国和“信仰武士”们靠武力掠夺而占领。其方式和速度与将近200年前的曼齐克特战役后，他们的突厥祖先占领小亚细亚东部和中部的情况差不多。
这段时期以后，小亚细亚的整个社会越发趋于突厥化了。不仅整个腹地高原地区是这样，而且那些刚从拜占廷帝国手中被加齐们夺过来的沿海地区亦复如此。长期以来，突厥塞尔柱人罗姆素丹国统治下的臣民人种混乱。居住在小亚细亚城镇里的行政官员、神职人员，信仰武士和手工业者绝大多数是突厥人，草原上的广大游牧民也是突厥人，但是从事经商贸易的人员主要是希腊人、亚美尼亚人和犹太人。在小亚细亚耕种的农民中，除少部分是突厥人外，绝大部分仍为希腊人，他们都是基督教东正教信徒。拜占廷帝国的基督东正教僧侣们在小亚细亚的统治，往往很不得人心，因为他们对老百姓，尤其是对那些东方人的暴敛苛索是显而易见的。所以有时候人们发现，比起拜占廷帝国的基督教教义来，伊斯兰教更具有吸引力，要是他们的地区能够被穆斯林所征服，倒是他们彻底摆脱基督东正教的僧侣们苛捐杂税的重要途径。
13世纪后期和14世纪，突厥人强迫非伊斯兰教信徒改宗的措施和倾斜于穆斯林的税收制度，加速了作为社会制度的基督东正教在拜占廷帝国一度最富有的小亚细亚地区的瓦解。此时饭依伊斯兰教的人数，似乎在整个小亚细亚骤然增多，不但普通老百姓，有时甚至是基督教教士、僧侣和犹太教教士，也纷纷改宗，信奉伊斯兰教。另外，基督教与穆斯林交界处的边区民族间的混杂相居，也势必促成了各民族之间的联姻通婚。在14世纪，突厥人的许多公国后宫中收纳一些基督教妇女，乃至王子有一个信奉基督教的母亲，都是完全可以理解的。甚至此时，连拜占廷帝国的皇帝也开始招纳突厥人的王于做女婿，以扩大自己的政治势力。这种趋势的最终结果是，伊斯兰教的势力在小亚细亚不断地发展壮大，而基督东正教的影响则在不断地减小萎缩。再加上外来突厥人的不断迁人，以及当地居民的同化，突厥人在小亚细亚的数目也不断地增加。因此，小亚细亚的伊斯兰化和突厥化，只不过是同一过程的两个方面。
13世纪蒙古铁骑大军对小亚细亚的人侵，所造成的后果和影响是巨大的。它毁灭了一度强盛的突厥塞尔柱人的罗姆素丹国，彻底肢解了小亚细亚地区，特别是极度的混乱和无政府状态，也动摇了拜占廷帝国在小亚细亚的统治。这样，此时的小亚细亚正在寻求一个新的领导，面调整均势以适应新的情况，也就成了不可避免的事情了。此时有一个突厥小公国，自称是名存实亡的突厥塞尔柱人罗姆素丹国的继承者，它以地处小亚细亚西北部，今日埃斯基塞希尔城的北面为中心。它决非是当时最大或最强盛的突厥公国。然面，在历史上雄霸欧、亚、非三大洲的奥斯曼帝国，就是由这样一个小小的突厥公国发展起来的。13世纪90年代，这个突厥小公国统抬者的名字叫奥斯曼，此后，他的名字成为了历史上一个最为强大帝国的称号。总之，在蒙古人的侵略造成小亚细亚的瓦解状态中，孕育着一个由奥斯曼领导的新的突厥公国，它在突厥塞尔柱人和拜占廷帝国的废墟上崛起，在博斯普鲁斯海峡旁的遗址上开辟了一个新的历史时代。