朱元璋从一个穷和尚当了皇帝，经常想起历史上的汉高祖刘邦。刘邦从一个普通老百姓斩白蛇起义，最后创立了汉朝的四百年天下。朱元璋觉得自己和刘邦很相似，所以许多事情都仿效他。第一件事是立太子。朱元璋认为，立了太子就可保证朱家皇位传下去。那么，谁当太子呢？在26个儿子中（有两个早亡），朱元璋选中了长子朱标。于是，在洪武元年（1368）正月朱元璋当皇帝的同时，即立朱标为太子。第二件事是封诸子为王，把他们派到全国各重要地方，作为强藩保护中央。为此，洪武二年（1369）四月，朱元璋制定了封建诸王的制度。三年（1370）四月，封第一批皇子九人为王，四子朱棣就是在这一批中被封为燕王。十一年（1378）正月，封第二批皇子五人为王。二十四年（1391）四月，封第三批皇子十人为王。立了太子，又封了王，朱元璋认为朱氏天下从此可以万世一系。
朱元璋对太子标的教育很有计划。他在皇宫中修建了一座图书馆，取名“大本堂”，收集许多图书放在里面；又从全国各地选调知名学者，专给太子讲课，还选了些聪明的少年陪伴太子学习；他本人也经常写诗吟赋，企图给太子以启发。这样，到了洪武十年（1377），太子标23岁，开始见习从政。其实，早在洪武五年（1372）十二月，太子标就已经开始见习政事，那时朱元璋就命令百官，有事首先向皇太子启奏。
洪武二十四年（1391）八月，朱元璋令太子标巡视关中地区，顺便考察秦王樉在西安的活动。金色的秋天，气候凉爽，风物宜人，太子标离开京师，渡过浩浩的长江，经徐州，奔洛阳，人潼关，一路跋涉，最后到达西安。他巡察完毕，返回京师的时候，已是初冬时节。三个多月的旅途疲劳，以及繁忙的事务，使太子标原本虚弱的身体实在禁受不住，他病倒了，在床上躺了四个月。尽管朱元璋命令御医精心治疗，仍未见效，洪武二十五年（1392）四月，竟死了。朱元璋想到自己已经65岁，太子却命归黄泉，痛苦极了。一天，他实在忍不住，就在皇宫的东角门，面对群臣大哭起来。翰林学士刘三吾劝他：“你不要过虑，皇孙不是已经长大了吗？他可以即位。天下不会乱的。”出于对太子标的感情，以及立嫡长子的传统习惯，朱元璋立了太子标的儿子允炆为皇太孙。允炆这一年刚刚十岁。
允炆生下时外貌有些缺陷，头盖骨又偏又歪。一次，朱元璋摸着他的脑袋，叹着气说：“怎么像半边月亮呢？”由于允炆聪明，学习努力，性情宽厚，朱元璋逐渐喜欢他了。当时，朱元璋的九个儿子顺序镇守从辽东到甘肃的广大地区，以备北方蒙古贵族的袭扰，他们的王号分别是辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庄、肃，被称为“九边”。一天，朱元璋和允炆在一起聊天，朱元璋说：“备边抵御外侮，我交给你的皇叔们管，只要边境上没有战争，你就可以放心地做太平天子。”不料允炆却说：“如果叔叔们有异心，谁来对付呢？”这一问，出乎朱元璋意料之外，他竟沉默了好大一会儿，最后才问：“你的意思怎样呢？”允炆回答：“以德争取他们的心，以礼约束他们的行，如不起作用，就削他们的属地；再不行，就更换他们的封地；这些都不管事，就兴兵讨伐。”朱元璋听了，默默地点了点头。
允炆的想法并非没有根据。他被立为皇太孙后，那些王叔们很不服气，每次返回京城，都要以长辈的口吻教训他。这使允炆不得不考虑怎样保住皇储的位置。一天，他坐在东角门，将侍读黄子澄召到面前，低声问：“叔叔们都拥有重兵，我怎样控制他们呢？”黄子澄轻轻地给允炆讲了汉景帝采纳晁错意见，削除吴楚七王之乱的故事。允炆听了十分高兴，说：“有你出主意，我就不用担心了。”
洪武三十一年（1398）闰五月十七日，朱元璋和大臣们议政之后，回到后宫，觉得十分疲倦，便躺在床上，略微休息会儿。谁知这一睡就再也没有醒过来，时年71岁。朱元璋虽突然而死，但遗嘱还是早准备好了。他在遗嘱中写道：“我奉上天的意志，担任起皇帝的重任，31年来，格外小心，不敢懈怠，希望能给老百姓带来好处。无奈我出身寒微，没有圣人那博大的才智，虽然做了些事情，但还有许多没考虑周到。我的精力日益衰微，这使我从早到晚战战兢兢，很怕一些事情没有结果。现在我就要离开人世，回顾以往，也没有什么感到遗憾的事了。皇太孙允炆，性情宽厚，处世聪敏，讲究孝道，众望所归，应当继承皇位，文武大臣要同心辅佐。在封地的诸王，得到我去世的消息，不要前来京城，应当管好各自的封地。各王所属的文臣武将，都要听朝廷节制。”
洪武三十一年闰五月十八日，21岁的允炆继承了皇位，改明年为建文元年，历史上称为建文帝。
建文帝援引朱元璋的遗诏，禁止各位王叔回京师会葬，甚至朱棣已经到达淮安，也被命令返回封地，这引起了诸王极大不满。他们议论纷纷，互相串通，说朝廷有人挑拨诸王和皇帝的关系，制造叔侄间不和。不久，燕、周、齐、湘、代、岷诸王又同时操练兵马，准备进京问罪。消息传到京城，建文帝感到很不安。他和兵部尚书齐泰以及黄子澄商量对策，决定削夺诸王权力。按齐泰意见，应先搞掉燕王朱棣，因为他握有重兵，早有野心，最危险。但黄子澄不同意，他认为燕王已有准备，不容易除掉，可先削夺其他诸王，剪掉燕王手足之后，再搞掉燕王就容易了。事情就这样决定下来。洪武三十一年六月，建文帝出其不意，首先将燕王同母弟周王 从开封押到京师，削掉爵位，废为庶民，又迁往云南。十一月，废掉代王桂，把他关在大同。建文元年（1399）四月，又相继废掉岷王楩、湘王柏、齐王榑。这就使燕王棣成了惊弓之鸟，日夜不安。
朱棣，洪武三年（1370）被封为燕王，十三年（1380）从南京来到北平（今北京，古代亦称燕京）。十五年（1382）孝慈高皇后马氏去世，朱棣和诸王子回京师奔丧。事后，朱元璋选了许多和尚，派他们随诸王到封地，为马氏皇后祷告。跟随朱棣的和尚俗名姚广孝，法号道衍。他与朱棣一见如故，非常投机。道衍诡密地对朱棣说：“你如果用我，我送一顶白帽子给你戴。”原来，“王”字加“白”字成“皇”字，道衍的意思，是朱棣将来能当皇帝。朱棣将道衍带到了北平。当时，燕王府是元朝故宫（今北京故宫西半部）。朱棣招了许多有本事的人在府内操练兵马，还修建了一个很大的铸造兵器的地下室。为了遮没丁当丁当的声音，他养了许多鹅和鸭，让它们整天嘎、嘎、嘎地叫个不停。朱棣当时还不敢马上造反，因为在朱元璋去世一周年的时候，朱棣曾派自己的三个儿子高炽、高煦、高燧进京行礼，尚未返回。朱棣要谋反，三个儿子马上会被杀掉。于是，朱棣写信给建文帝，说自己有病，请求遣还三子。对此，黄子澄认为，如果放还高炽兄弟，可使燕王不疑，然后对他突然袭击，定可成功。这样，朱棣的三个儿子便被送回燕京。当朱棣父子相聚时，燕王喜出望外，连声高喊：“老天帮助了我！老天帮助了我！”
洪武三十一年十一月，建文帝派工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信为都指挥使，负责燕地最高军政事务，作为削弱燕王的第一步措施，目的是使他们监视燕王行动，倘若燕王有个风吹草动，立刻除掉。建文帝步步紧逼，叔侄间的矛盾到了剑拔弩张的程度。建文元年六月，燕王为争取时间，遮人耳目，掩护自己，便装起疯来。他忽而在北平的闹市中大声呼喊，其声尖厉无比，忽而走进酒店，抢夺别人喝酒的杯子。张昺和谢贵听说燕王得了疯病，前往府里探视。只见燕王在六月天气里，坐在火炉旁，还冷得直发抖。但是，张、谢没有被朱棣的假象蒙蔽，通过燕王府长史葛诚的密告，知道了燕王装疯的全部内幕，便立即报告建文帝。建文帝和黄子澄等人商量后，决定立即对燕王下手。就在这关键时刻，都指挥使张信向燕王告密，泄露了建文帝的计划。七月初四日，朱棣以身体康复为名，宴请众官，席间设计擒杀了张昺、谢贵。初五日，燕王正式打起了“靖难”的旗帜，对建文帝的中央政府造反了。朱棣废除建文年号，设置了各种官府的办事机构。二十四日，建文帝下诏讨伐朱棣。从此，叔侄间一场你死我活斗争的戏剧帷幕拉开了。从建文元年七月开始，到建文四年六月结束，这场互相残杀的多幕戏演了整整三年。
建文四年（1402）六月十三日，朱棣统率一支浩浩荡荡的军队，开进了明朝国都南京的金川门，数以千计身披铁甲、手执长矛的士兵，簇拥在他的前后。一时间，南京城里战马嘶鸣，人声嘈杂，矛戈相击，刀光剑影。经过激烈的战斗，朱棣终于占领了南京城。他随即命令士兵团团包围皇宫。突然间，皇宫里火势熊熊，黑烟弥漫。朱棣急忙紧催坐骑，派人飞速冲进皇宫，把守各门，不放任何人出入。尽管经过认真细致的搜查，建文帝还是下落不明。
那么，建文帝到底到哪里去了？他是被乱兵所杀？还是宫火自焚？对此，明代史书中记载了一个十分有趣的故事：
当金川门失守的时候，建文帝在宫里走来走去，连连叹气，很想自杀。翰林院编修程济提醒：“不如出逃吧。”太监王钺也跪在地上讲：“当初太祖高帝（朱元璋）升天时，曾留下一个匣子，嘱咐遇到大难时打开，现收藏在奉先殿左边。”群臣齐喊：“快取出来！”一会儿，王钺拿出一个红匣，四周用铁液浇注，上面两把锁也都用铁液封固。建文帝看见后放声大哭，命令点火焚烧皇宫。皇后马氏投火自尽。程济急忙砸开红匣，见里面有三张度牒，详细写明从何处可以出宫，还有白银十锭，以及僧衣僧帽剃刀等物。程济迅速为建文帝削发换装，并挑选九人随建文帝从地道逃出。以后，建文帝经常身穿僧衣，来往于四川、云南、贵州、广西的深山古寺之中。英宗正统五年（1440），建文帝在外已经流浪了三十九个年头，年纪的增大和身体的虚弱，常常使他追思往事，越发怀念他的祖父，很想死后埋在孝陵的旁边。于是，便向广西思恩州知州讲明了自己的真实身分。州官大惊失色，立刻派人将他送往北京。明英宗为辨明真假，让当年侍奉过建文帝的老太监吴亮出来鉴别。建文帝看着吴亮问：“你不是吴亮吗？”吴亮摇头。建文帝又说：“我记得有一次在御便殿进膳，由你尚食。我正吃子鹅，一片肉掉在地上，你手拿酒壶，学狗的样子，把那片肉舔着吃了。你难道不记得这件事了吗？”吴亮听了，跪在地上哭了起来。建文帝的左脚趾上有颗黑痣，吴亮验过属实，又捧着建文帝的脚哭了一场。后来，建文帝被迎入西内居住，宫中人都叫他老佛爷，直到他老死后，被埋在西山。
上述记载，反映了人们对建文帝殉国的同情，对燕王朱棣夺位的不满。实际上，当皇宫起火的时候，皇后跃入了熊熊的烈火中，八天以后，她的尸骨被当成建文帝的尸骨而秘密埋葬。建文帝呢？他确实逃出了皇宫，并且再也没有回来，最后也不知死在何处。清朝乾隆元年（1736），建文帝被迫谥为恭闵惠皇帝。