唐太宗继位后以其未登帝位时曾任尚书令为由，不再授予臣下此职，以后此职虽设而不任人，左、右仆射遂为实际的长官，与中书令、侍中同为宰相。这样，尚书省长官的品级和地位也无形中被降低。到了唐代中后期，集体宰相制演变成这些有加衔的“同中书门下平章事”、“同中书门下三品”才算是宰相，三省的长官反而被排除在宰相之外了。唐中宗神龙元年（公元705年），同时任命唐休璟和豆卢钦望二人分别为尚书左右仆射，而只加予唐休璟“同中书门下三品”的职衔。“至是，钦望专为仆射，不敢预政事。是后专拜仆射者，不复为宰相矣”。这样，从隋代至唐代前期形成的尚书省长官为正宰相后位高权重，“朝之众务，总归于台阁”的现象得到纠正，宰相集体决策的制度得到巩固。
唐代朝廷的“号令除拜、刑赏、废置，事无巨细”，均在宰相决策会议中议定。除重要的军国大事外，皇帝一般都予以批准。这样，集体宰相制形成：宰相权力分于三省，宰相又由品位较低的官员充任，并且协同议事；各省分工合作、互相监督。它既避免了宰相的专权，又在一定程度上牵制了君主专制，这一制度是唐前期政治清明的保证。
九寺五监的基本职能
从政务上看，除了六部二十四司，九寺五监也负责许多实际事务的处理。九寺分别是：太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、鸿胪寺、司农寺和太府寺。五监是：国子监、少府监、将作监、军器监和都水监。九寺五监也是中央的重要机构。
太常寺：掌邦国礼乐、郊庙、社稷之事。
光禄寺：掌邦国酒醴、膳馐之事。
卫尉寺：掌邦国器械文物之事。
宗正寺：掌九族六亲之属籍，以别昭穆之序。
太仆寺：掌邦国厩牧、车舆之事。
大理寺：掌邦国折狱详刑之事。
鸿胪寺：掌宾客及凶仪之事。
司农寺：掌邦国仓储委积之事。
太府寺：掌邦国财货。
国子监：掌邦国儒学训导之事。
将作监：掌邦国修建土木工匠之事。
少府监：掌百工伎巧之事。
都水监：掌川泽津梁之事。
军器监：掌缮造甲弩，以时纳于武库。
九寺五监的职权范围，上承尚书省六部诸司，且与六部有大体固定的对应关系；六部负责行政，九寺五监负责具体事务，“故事，诸司、诸使及天下州府有事，准令式合申省者，先申省司取裁”，“然后施行”。
三. 宋代的二府三司制
自宋以降，社会上更无足以威胁帝王的势力，君权的绝对化遂愈演愈烈。相比之下，相权愈来愈微弱。传统相权衰微，宋代是一关键时代。宋代宰相不仅失了兵权和财权，连用人之权也被剥夺了。故宋代的中央集权已可谓是集帝王一身。
自宋代开始，进入中央集权制时期，地方自主权丧失殆尽。在人事方面，地方州县，一命之官，必由吏部。官员任铨叙，亦由吏部主持；在财政方面，地方所有财赋钱物，悉送京师，不得占留；在司法方面，凡涉及流刑以上案件，一律申报中央三法司审核；在军事方面，地方不得拥有军队。所以宋代学者叶适说：“一兵之籍，一财之源，一地之守，皆人主为之。”（《水心别集·法度总论二》）先前地方拥有的自主权几乎全部被剥夺。元明清三朝大体循此制而未改。（《中国古代法律300题》，上海古籍出版社）
二府三司制的基本内容
宋朝行重文轻武，强干弱枝之策，以致其将政务、财政、监察等权分开，而大权则系于皇帝一人之手。二府三司就是其达成目的的中央行政管理体制。
二府指“中书门下”和“枢密院”，二者合称东、西“二府”。中书门下又称政事堂、都堂等，管理国家行政事务，以同平章事为长官，多由中书、门下两省侍郎担任，无定员。此外，以参知政事为副相，分割行政权。
枢密院为中央最高军事机构，长官与副官分别为枢密使和枢密副使，而官职多为文人出任。他们掌士兵名册，边防机密，军队招募、调动之事。他们虽有调兵权，却必须得到皇帝批准。
三司指盐铁、度支和户部，主管财政，号称“计省”；长官为“三司使”，号称“计相”，地位略低于“二府”。户部掌户口及赋税，长官为户部司；盐铁掌全国茶、盐、矿冶、工商税收、河渠及军器之事，长官为盐铁司；度支掌统筹财政收支及粮食漕运，长官为度支司。
二府三司各自独立，互不统属，直接对皇帝负责，构成最高辅政机关。
宋代中央行政机构，在二府三司之外，仍有三省六部、九寺、六监之设。中央虽设三省，但已非宰相机构，三省及六部长官不经特许不得管理本司事务，已成为闲职。九寺和唐没有太大变化，六监比五监多了一个司天监。这些仍只属于中央政府的办事机关。
二府三司制的弊端
二府三司制的实行进一步削弱相权，使皇权得到进一步地加强，在某种程度上适应了当时历史形势的需要，但这种体制的弊端也是非常明显的。机构庞杂、名实不符，同一种职能却由两个或数个机构分担，不但叠床架屋，空耗经费，而且互相掣肘，影响效率。
·相权薄弱，巩固君权
政务、军事、财政、监察四权并立，各部门直接向皇帝负责，宰相只能事事按旨行事。宰相权力大大削弱，事事听命皇帝，且受台谏掣肘，造成政风因循。但是，这使君权得到前所未有的巩固。在宋以前的君主，集权大都依靠个人能力；宋以后，制度即确立了君主权力，即使君主为平庸之辈，亦能凭藉权力分割的建制，达致君主集权。宋代权相如蔡京、秦桧、贾似道等，权力虽大，但也在皇帝控制下掌权。
·政出多门，效率偏低
政制以分权为原则，部门各自独立，互不统属，形成政出多门和行政效率低的弊病。如二府三司各自独立行政，军事与财政无法协调，政出多门，行政效率低下。特别是如有特殊情况出现，机构更是无法灵活应变。由于政出多门，官员互相推诿之风遂成。如真宗时，李沆任宰相，常寡言，时人称他为“无口匏”。
·机构臃肿，官无定员
为了加强君权，行政机构重复，职能重叠，增设副职，官员的职权并无明确规定，令上事无专职，责任不明。这样既无效率，又浪费俸禄，导致国家财政困难。如尚书省职权多被其他部门侵夺，但仍保留六部二十四司。
另一方面，中央官员往往一身兼任数职，导致官无定员，员无定职。
所以，宋神宗元丰改制，废除二府三司制，以左、右仆射为宰相，左仆射兼任门下侍郎，右仆射兼任中书侍郎，重新恢复三省六部制。
四. 明清的内阁六部制
内阁六部制：中国君权独裁的成熟期
明太祖朱元璋以丞相胡惟庸谋反案为由，于洪武十三年（公元1380年）废中书省和大都督府，不再设相，分相权于吏、户、礼、兵、刑、工六部。六部听命于皇帝，直接对皇帝负责。洪武二十八年（公元1408年），朱元璋又宣布，以后嗣君不许议置丞相；大臣如敢奏请者，处以重刑。
但是，由皇帝一人直接领导六部以及其他国家机关，无论从国家政务或从皇帝本人的时间和精力来讲，都是难以持久实行的。于是，朱元璋从翰林院等文翰机关指派官员加殿阁大学士衔，协助他看奏章、拟诏旨。因为皇帝在宫里办公，他的秘书班子于是也跟着在宫里办公，所以，皇帝的这些秘书就称为内阁学士或内阁大学士。明成祖时，翰林院的官员入值文渊阁，开始参预机务。到了仁宗、英宗以后，这些内阁学士们多是几朝元老，权位更重，这时的内阁已有点儿唐朝政事堂的架式了。明世宗嘉靖以后，大学士们更是“朝位班次，俱列六部之上”，俨然是宰相之职了。
由于朱元璋明文规定不准设丞相，所以，人们称大学士为辅臣、阁老，对首席辅臣则称首辅、元辅。内阁大学士“无宰相之名，有宰相之实”。例如：明万历年间，张居正以首辅资格（实际上他是当时唯一的阁臣）教导幼主、治理朝政，让内阁成为政府运转的中枢，而张居正的地位实际上已经接近于现代首相的地位。
当然，大学士的权限与以往的宰相还是有别的。正如闵琦在《中国古代官制》一书中分析的那样：第一，其与皇帝之间承转文书要受制于太监；第二，用人之事要受制于吏、兵二部；第三，受制于六科给事中和御史等监察官。
可见，明代以六部为主体的政务机构基本上是在辅政部门的指导下行使权力的。
明代的六部建制和职权划分打破了唐以来的六部二十四司框架，结合当时的政治需要和实际历史情况，将主管税收和刑罚的户部和刑部改为按地区划分所辖之司。六部分工大体如下：
吏部，掌人事，下辖文选、考功、稽勋、验封四个清吏司，是当时公认的六部之首。
户部，掌民政财务，下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南等十三清吏司，每司又设民、度支、金仓四科，分管各省户籍、田土、税粮、漕运、盐政、钱钞等事务，同时分工分管中央各衙门、卫所、边镇的俸禄及粮饷。礼部，掌文教礼仪及部分对外关系。下辖仪制、祠祭、主客、精膳四清吏司，分管贡举、学校、宗教、军嘉礼仪、吉凶礼仪、宾客礼仪、典礼宴席等。另设铸印局，主管中央、地方官印的规制和制造。
兵部，掌军事行政及武职任免，下辖武选、职方、车驾、武为四清吏司。
刑部，掌司法行政事务，下辖浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南等十三清吏司，分管各省刑名案件兼审核诉讼、朝审、秋审、刑具、狱政、答疑、决囚等事务。
工部，掌工程修建，下辖营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司。
朱元璋成立内阁以后，把原来宰相拥有的决策权牢牢把持在自己手中，议政权分给内阁，行政权分给六部。地方上分三司，分管司法、军事、行政，直接对六部负责。内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国发达的驿站和驿道，层层下发到大明帝国的每一个角落。
通过几代皇帝的努力，明朝形成了一套完整的政务体系，它在权力平衡方面堪称完善，是中国君权独裁的成熟期。
设立军机处，清朝皇权专制的再度强化
清入关之后，基本承袭明制，只是略有改变：
增使明代户部所辖的十三司加江南司为十四司；使明代刑部所辖十三司相继增江苏、安徽、直隶、奉天四司为十七司。
清代中央政体最大特色就是于雍正年间设立的军机处，它进一步加强了君权统治。
军机处全称为办理军机事务处。雍正七年（公元1729年），正值清军在西北与准噶尔部作战，为了能及时处置军情，遂在内廷设军需房，直接转达前线军情及皇帝旨意，这样既可省去内阁的复杂手续，而且不易泄密。雍正十年（公元1732年）正式改称“办理军机处”，简称军机处，其职权也扩大为参预全部军国大政。
军机处分割内阁之权，所以有人说它是“内阁之分局”。它由皇帝特召三品以上满汉大员各若干人［无定额，一般以特选的大学士、尚书、侍郎等官充任。但依清制，亲王不能入军机。嘉庆四年（公元1799年）一月，曾以军机处事繁为由，命成亲王永瑆在军机处行走。同年十月，又以“非祖制”罢值。至咸丰三年即公元1853年以后，始有亲王任军机大臣。］入值为军机大臣，由满汉大学士各一员为其首领，领班的军机大臣叫做“首揆”；各部、院考录四品以下官员入值为军机章京。军机章京职掌机要，负责奏折文书的处理及谕旨的撰拟；军机大臣常侍皇帝左右，以备顾问，并参与国家庶政之讨论及重大案件之审拟；凡文武官员的简放、换防、记名、引见、赐予及外藩之朝使者颁赐等事，亦由军机处办理。
军机大臣的待遇、权力各有不同。例如有的满洲大臣只准阅看满文奏折，或新任大臣不准阅看皇帝朱批的奏折。这些不同待遇都是由皇帝亲定。
宣统三年（公元1911年）四月，责任内阁成立，军机大臣改任总、协理大臣，军机处与旧设内阁并撤。
军机处在清代统治了一百八十余年，成为大政所出的宰辅之区。它的体制特殊，职官简练，处理政务迅速而机密。皇帝召见军机大臣，不许太监在侧，即使王公大臣，非奉特旨，亦不准进入。但军机处只是君权的附庸物，它虽有特殊待遇，但军机大臣必须绝对听命于皇帝，没有独立行动、决策的余地。
军机处的设立，是清王朝对中央行政机构的一次重大变革，表现出清代前期政治制度高度集权的趋向。军机处既无官署，亦无专官，又无属吏，不是一个独立的正式的衙门，容易受皇帝的制约。它逐渐代替了清建国以来所依靠的满洲亲王、贝勒参与议政的制度，废除了议政处；同时也削弱了内阁参与国政的权力。军机处以“君权附庸”的地位，成为凌驾于内阁及各部、院之上的全国政务的总汇机关，军国大计，无不总揽，是君权极度集中的产物。