1843年开始招兵买马的时候，他就提出“以爱民为第一义”，将之作为治理军队的首要理念，不准官兵骚扰百姓。对于这一理念的施行，他反省说：“历年以来，纵未必行得到，而寸心总不敢忘爱民两个字，尤悔颇寡。”他认为：
天之立君、国之设官，皆以为民也。吾辈居官者，与百姓交涉，只有词讼与钱粮两端。钱粮不能无浮收，但不可过于浮勒；词讼不能必听断之公允、曲直之悉当，但不可过于拖累，便算是极好之官。仆尝谓统兵而不知爱民，即百战百胜，也是罪孽；居官而不知爱民，即有位有名，也是罪孽。
国家设置官吏，目的是爱民。因此，一个好官，一个好的统领，必定爱民。不爱民，即使百战百胜，也是造孽；不爱民，即使有位有为，也是罪孽。由于曾国藩的极力维护，主动争取，百姓对湘军的态度逐渐发生了变化。1854年11月，他在上给咸丰的奏折中写道：
臣等一军所到之处，民间焚香顶祝，夹道欢迎。扎营之地，或送薪米，或送猪羊，蓄发之民，愿为侦探，愿为向导。贼匪虽严刑禁杀，百姓不甚畏忌，犹殷殷输诚于官军。视往年官兵过境，无物可供采办，无人愿为向导，气象为之一变。此民心之可恃者一也。
过去老百姓是支持太平军的，为什么现在转过来支持官军？这是值得思考的一个问题。造成这种转变的一个重要因素，我认为是曾国藩的爱民思想与爱民行为，感动了百姓。为了做到行军不扰民，曾国藩制定了《劝诫营官四条》，第一条即是“禁骚扰以安民。”条文规定：
所恶乎贼匪者，以其淫掳焚杀，扰民害民也。所贵乎官兵者，以其救民安民也。若官兵扰害百姓，则与贼匪无殊矣。故带兵之道，以禁止骚扰为第一义。百姓最怕者，惟强掳民夫，强占民房二事。掳夫则行者辛苦，居者愁思；占房则器物毁坏，家口流离。为营官者，先禁此二事，更于淫抢压买等事一一禁止，则造福无穷矣。
明确禁止骚扰百姓，不准强掳民夫，强占民房，也不准拆民房修建工事。有一支军队在皖南某镇驻扎，强拆民房门板等盖营房，当地绅士将状子搞到曾国藩那里，他专门派人去调查，事实调查清楚后，给予军事主官严厉处罚。
曾国藩极其重视爱民教育，预防军队扰民。有一段时间，湘军在江西纷纷出现扰民现象。有些地方甚至发生江西地方团练枪杀湘军的现象。为了教育湘军爱民，他亲自编写了一首《爱民歌》，教给广大兵勇背诵遵守。这首歌从各个方面教育兵勇要爱护百姓，设身处地，通俗易懂，对湘军士兵起到了良好的教育作用。当时战争处于犬牙交错、此涨彼消状态，曾国藩从民心的转化中看到了其中所蕴藏的力量，并且切实做到充分发挥与利用，成为日后胜利的根本。从这个角度来说，打败太平军的不是曾国藩与他领导的湘军，而是当时的百姓。而造成这种现象的原因又是太平军不注重民心向背维护与争取。
战争给人民带来的巨大灾害，曾国藩心中非常沉重和痛苦。1860年“繁华甲于天下”的苏州阊门外民房十馀里，先遭到金陵大营逃兵溃勇的焚烧劫抢，后又遭到太平军的蹂躏，曾国藩戚戚心痛，发出了“兵犹火也，弗戢自焚，古人洵不余欺”的感叹。并且说“吾辈不幸生当乱世，又不幸带兵，日以杀人为事，可为寒心，惟时时存一爱民之念，庶几留心田以饭子孙耳。”战争使百姓流离失所，家破人亡，“白骨露於野，千里无人烟”的现象比比皆是。这些在曾国藩的日记中都有记载。1863年4月22日，曾国藩在日记中记载：
皖南到处食人，人肉始卖三十文一斤，近闻增至百二十文一斤，句容、二溧八十文一斤。荒乱如此，今年若再凶歉，苍生将无噍类矣！
一次，陈舫仙告诉他，香口一带，田地荒芜，杂草丛生，家家都有饿殍僵尸，有的舌头吐出数寸，有的口含草根，上百里内，没有太平军，也没有百姓，一片荒凉的景象，到处有陈尸臭秽气息。对这种现象，曾国藩发出了“盖大乱之世，凋丧如此，真耳不忍闻也”的叹息。认为“乱世而当大任，岂非人生之至不幸哉！”他对自己兄弟选择了带兵打仗这一职业感到悔恨，但是有没有办法脱离，因此要求自己与国荃从爱民角度多做些好事。他说：
吾家兄弟带兵，以杀人为业，择术已自不慎，惟于禁止扰民、解散胁从、保全乡官三端痛下工夫，庶几于杀人之中寓止暴之意。
爱护百姓，就要切切实实为民干实事，切切实实为民谋福利，让老百姓得到实惠。由于战争、水旱灾害等因素，当时银价高涨，铜钱贬值，一石粮有的地方竟然征钱四千二百，甚至六千五百。百姓负担沉重，对此曾国藩也心急，但是没有切实的解决办法。他的态度和出发点是：“能令小民少完一分，有一分之益；贱完一年，有一年之益”。所以他尽力在减免百姓钱粮上做些好事，以减轻百姓负担。1861年，太平军进入江西南部几个州县。当时正值农忙季节，百姓为了躲避战乱，逃亡外地，土地抛耕。紧接着九江、南康等地发生严重水涝灾害，“田庐悉为泽国，人民荡析离居”，给脆弱的农村经济加上了一层严霜。第二年，曾国藩专门组织力量清查受害地区情况，按照极重、次重、较轻、遭受水灾四个层次，请求朝廷分别减免钱粮。
这次请求使30个州县地方受到不同程度钱粮减免。1869年、1870年曾国藩连续上奏朝廷，请求减免新安、河间、任县、冀州、南宫、新河、隆平、宁晋、文安、永清、东安、武清、天津等州县，积涝大洼地亩应征粮赋。摊捐是清朝的一大弊病。所谓摊捐，就是地方政府财政赤字，收入没有着落，全部按照人丁数量平均摊派给地方百姓。江西从道光以来的摊捐款就高达215万两，这些钱全部要由百姓偿还。在曾国藩的请求下，朝廷全部减免这笔烂账。曾国藩重视战后生产恢复，组织耕牛、种子帮助农民尽快开展农业为生产；采取特殊措施，鼓励农民、退伍兵勇耕种荒芜无人耕种的田土；开设粥厂，发放钱粮救济难民，帮助他们渡过难关；采取减免盐税等优惠政策扶植遭到严重破坏的盐场恢复正常生产；对被胁迫参加太平军以及投降的太平军士兵，发给遣散费，让他们回家。
战略思想
曾国藩是一个战略军事家，其主要特点就是从战略高度规划、设计与太平天国的战争，并且以矢志不渝的态度践行其战略意图、战略思想与战略设计。他的战略思想是在长期的军事实践、领导生涯中逐渐形成的，有过失败的教训，也有过成功的喜悦，有过一帆风顺的畅意，也有过陷于困顿的挫折，最后终成大器。
三河镇战役的失败是湘军历史上最大的败仗，也是曾国藩战略思想形成的标志。1858年10月，李续宾率领的六千湖湘子弟兵，包括曾国华在内，被陈玉成全歼于庐州辖内的三河镇。庐州是太平天国和清军必争的战略要地。9月28日，李续宾遵旨进扎三河，救援庐州。三河镇处于舒城、桐城以及六合、庐江之将的交通要道，太平军收复庐州后，在这里建筑城池一座、壁垒九座。10月2日，李续宾亲攻率军进攻九垒。陈玉成、张乐行分别从六合、庐江以及庐州前来增援，共计军队十余万，昼夜兼程，直抵金牛镇，连营数十里，抄湘军后路。双方苦战十余日，到13日亥刻，湘军弹药、水米俱尽，全军覆灭。
这次失败和咸丰的调度有关。按照从东路突破的思路，咸丰下令李续宾增援庐州。这是他一贯的作风，“头痛医头，脚痛医脚”，哪里太平军多、哪里叫的凶，就往哪里派兵。心中没有全局、没有一盘棋。当年江忠源就是被这种瞎指挥丧了性命。曾国藩分析这次战役失败的原因时认为：
上年李续宾锐意深入，连克四城。因兵数太少，有战兵，无守兵；有正兵，无援兵；是以中道挫衄。誓惩前之失，须合全力图之。
“锐意深入”，是好听的话，真实的话就是孤军深入。“连克四城”是指潜山、太湖、舒城、桐城。每攻克一城，李续宾都要安排军队驻守，所以到三河时军队数量锐减。几千人和十多万人对抗，即使以一当十，也是必败无疑。曾国藩不做赔本的买卖，他认为军事指挥应该 “全军为上，保城池次之。”不是争一城一地之得失，而重视军队的整体实力，不为一座城池，而丢失一支军队。
其实曾国藩也是犯过类似的错误的。1854年湘军一路凯歌打到江西，所犯的一个大错误就是直往前冲，而没有建立巩固的后方。刚一打下武汉，立即进攻下游，对武汉的重要战略意义认识不深刻。当时驻守江西的有石达开、黄文金、赖裕新、林启荣、韦昌辉等太平军将领，他们一见湖北空虚，立即西进，很快占领了武昌、汉口、崇义、通城等地，断了湘军的后路。轻进的学费是昂贵的， 1855年到1856年，湘军一直周旋于湖北与江西之间，与太平军争夺一城一地，纠缠不休，罗泽南也战死在这种纠缠之中。自从三河战役后，曾国藩的战略思维得到全面提升与完善。一个真正成熟的统帅横空出世了。
曾国藩的战略思想，可以概括为两句话：中心突破，两翼协进。中心突破，就是瞄准金陵这一根本目标，坚定不移，坚持不懈，不管遇到何种阻力，也不改变。具体进攻路线则是沿着长江由西而东，以攻克安庆为引爆点，兵锋直指下游的和州、巢县、含山、芜湖，已达于金陵。两翼协进，就是由皖北、皖南两路进兵；后来发展为进兵上海、苏州、常州与浙江，从东南两面形成对金陵的大包抄。这种战略思想，有三个特点。
第一，明确了安徽、湖北的重要战略意义。曾国藩认为太平天国的重兵在安徽，其次是江西，至于福建、广东都不是重点，所以官军的重点应该放在安徽。他说：“中原腹地，莫要于皖。生民苦厄，莫甚于皖。就大局缓急而论，臣自应回军援皖，先其所急。”
又说：“湖北……与皖境处处紧接，防不胜防者，莫如湖北；据上游之势，能制皖贼之死命者，亦莫如湖北。”
在安徽与湖北之中，他认为最重要的又是安庆。他认为：
欲廓清诸路，必先攻破金。全局一振，而后江南大营之兵，可以分剿数省，其饷亦可分润数处。欲攻破金陡，必先驻重兵于滁、和，而后可去江宁之外屏，断芜湖之粮路。欲驻兵滁、和，必先围安庆，以破陈逆老巢，兼捣庐州，以攻陈逆之所必救。
这是非常正确的，抓住了与太平天国战争的战略要点。太平军西征目标之一就是安庆，其次是武昌。武昌失去后，将重兵布置在安庆。其意图就是牢牢控制长江流域，控制金陵的上游。所以，曾国藩将战略重点定位于安庆是非常正确的。但是咸丰却不这样认为，朝廷也不这样认为。
第二，明确了以长江为核心轴，实行中路突破的战略。按照曾国藩的设想，湘军沿着长江由西往东推进。在长江两岸设置重兵，整体东进。这是非常稳固的战略，避免了轻进的危险。曾国藩认为：
诚使大江两岸，各置重兵，水陆三路，鼓行东下，剿皖南则可分金陵之贼势，即可纾浙江之隐忧；剿皖北则可分庐州之贼势，即可纾山东、河南之隐忧。
开始，曾国藩规划三路大军齐头并进，后来与胡林翼等商量后，提出四路进兵的计划。一路由宿松、石碑，以规安庆；一路由太湖、潜山，以取桐城。一由英山、霍山以取舒城；一由商城、六安以规庐州。水路连为一气，皖境连为一体，使整个安徽成为一个有机的作战体系。
第三，制定了分步实施作战计划，组织了几次重要战役。一次是1859年底到1860年正月，以小池驿为中心的太湖、潜山战役，击败了安庆周边的太平军，为四路进兵计划创造了有利条件。一次是1860年到1861年的安庆攻城战，占领了军事要地安庆，控制了整个长江。一次是皖南阻击战，打破了太平军从皖南进入江西的作战计划，也为湘军由江西进入浙江扫除了障碍。
按照这一战略思想， 1862年5月曾国荃率兵一万人，进扎雨花台；李鸿章率领淮军进住上海，开创了东部新战场；左宗棠率领湘军一部由江西进入浙江，从西往东推进，形成了东西南北包围金陵的新格局，然后不断往核心紧缩，李鸿章收复苏州、常州，左宗棠收复杭州，曾国荃收复金陵，取得了对太平天国的最后胜利。