由于形势紧急，康熙决定亲征噶尔丹。公元l690年，康熙分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙亲自带兵在后面指挥。右路清军先接触到噶尔丹军，吃了败仗。噶尔丹长驱直人，一直打到离北京只有七百里的乌兰布通(今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗)。康熙命令左军统帅福全反击。叛军被杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。噶尔丹一看形势不利，带了残兵逃到漠北去了。
公元l694年，康熙约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。
公元l696年，康熙第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻。
康熙的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达。这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹，随行的一些大臣劝康熙班师回北京。康熙气愤地说：“朕这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代?”当下，康熙决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
康熙一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多(在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南)正好遇到费扬古军。最终叛军死的死，降的降，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解。康熙要噶尔丹投降，但是噶尔丹仍然继续顽抗。隔了一年，康熙又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄几策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹
走投无路，只得服毒自杀。
清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。
后来，噶尔丹的侄子策妄阿那布坦攻占西藏。公元l720年，康熙又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。
皇权的进一步加强
满清皇权到了康熙时期有了进一步的加强。居《清圣祖实录》记载，康熙帝认为：“天下大权当统于一”，“天下大小事务，皆朕一身亲理，无可旁贷。若将要务分任于人，则断不可行”。
为此，康熙帝通过各种手段、措施，对满洲贵族的权力进行来了限制，例如剥夺了各旗王公干预旗务的权力，破除了“军功勋旧诸王”统兵征伐的传统，削弱了议政王大臣会议的政治影响，等等。与此同时，康熙亲自控制用人、奖惩的权，大臣不得干预；设立密奏制度，以便于广泛体察下情。之后这种统治方式在雍正、乾隆二帝时期得到了继承和发展，并为清朝之后的皇帝所沿用。
清朝农业的发展
清朝的历代皇帝都十分重视农业生产，清朝入关以后，就仿效历代帝王，在京南设立了先农坛，把祭先农神列为国家中祀之一。同时，在先农坛东南还开辟一亩农田，叫做稽田，专供皇帝每年春天到这里来行耕糟礼。
在清朝的十二位皇帝中，如果论重视农业生产，并将其付诸实践，可以说做的最好的是康熙皇帝。康熙并没有像以往的皇帝那样，把重农仅仅体现在每年春天的耕糟礼上，而是切切实实地对某些植物、土壤及栽培技术进行了调查研究，并做了一些有效的试验。
据记载，康熙研究考察过的植物多达二十几种，如黑龙江麦、御稻、吐鲁番西瓜、樱额果、葡萄、果单、菱角、杨柳、枫树、竹子等。他对这些植物的产地、生长期及根、茎、叶、花、果的性能、用途、味道等等，都做过较深入的考察。
在康熙考察过的二十多种植物中，他亲自试种过的有十来种，如稻麦、人参、花木等。康熙南巡时，十分喜爱江南的香稻和菱角，他便带了一些种子回京试种。结果没有收获，试种失败了。他总结失败的教训，才悟出种庄稼不能生搬硬套，“南方虽有霜雪，然地气温高，无损于田苗。……南北地气不同，节候各异”。以后康熙又留心改良土壤，提高地温水温，终于使他的栽培试验取得了成功。
在康熙进行的若干种栽培试验中，最有成效的是御稻的培育。康熙花费了近二十年的时间试种御稻，到晚年时，还曾命江宁织造曹寅、苏州织造李煦在江宁、苏州等地进行过推广。据史书记载，御稻第一季亩产在四石左右，与当时苏州稻田的亩产量接近，第二季亩产量一般都在二石至二石五斗，两季加起来，比原来就增长了五成左右，所以受到当地百姓的欢迎。御稻在江南曾流行过一段时期，但当时还没有解决在一块土地上不倒茬、连种的种种弊端，同时农民也缺乏长期栽种双季稻的积极性，御稻慢慢地就绝迹，。
康熙重视农业、关注农民，不仅体现在他亲自参加农业劳动上，还体现在他的农业政策上。众所周知，清初实行的圈地政策就是在康熙朝彻底废止的。当时还规定，奖励垦荒，地方官能招徕垦荒者晋升，否则罢黜。实行“更名田”，将明藩王土地给与原种地的农户，耕种藩田的农民成为自耕农。实行蠲免政策，鼓励农业生产。康熙朝曾先后将河南、直隶、湖北等九省田赋普免一周；又将全国各省钱粮分三年轮免一周。这在中国古代史上是罕见的。由于实施重农政策，全国耕田面积由顺治时代的五亿五千万亩发展到康熙时代的八亿亩，农业生产得到显著发展。人口随之迅速增长，国力呈现了盛世局面。
康熙朝的经济发展
康熙帝在位六十一年，在这期间，经济状况得到了很好的恢复，清朝成为了当时世界上幅员最辽阔、人口众多、经济最富庶的帝国。
康熙在位期间，除了在继续采取轻徭薄赋，与民生息的政策之外，还采取了一系列措施，康熙认为“家给人足，而后世济”，他对民生经济问题的关注充分展现了其仁爱的一面。
康熙下诏书废止了“圈田令”，取消了满清贵族圈近京州县田地的特权，把土地让与百姓耕种。清初的规定是垦荒三年内免税，之后又改为六年，康熙十二年重申新垦荒田十年后征税。这个政策很好地调动了农民垦荒的积极性，使得耕地面积有了迅速的增加。而对于哪些农民耕种的原本属于明朝宗室的土地，康熙下诏农民可以照常耕种，并且不需要支付田价。
清初人口从明末的五、六千万急剧下降，1661年（顺治十八年），全国人丁数字是1913万，到1711年（康熙五十年），增为2462万。这只是丁数，不是人口总数。
康熙年间的文字狱
康熙年间，仍有明朝后裔四处兴风作浪，手执“反清复明”的大旗招兵买马，所以康熙帝对这一类问题十分敏感，以致当时的一些章表诗文，一切能够得上影射、暗示，甚至牵强附会的字句，都会给作者带来杀身灭族之罪。
按清律，凡谋反者和共谋主犯凌迟处死，三代内父、子、兄弟及同居之叔伯兄弟及子中十六岁以上男子全部斩首，不满16岁的男童阉割后罚为奴，母、妻、妾、姐、妹，不论长幼全部罚为奴。外戚师生朋友也逃不了干系，就是死了也要挖出来戮尸。这便是著名的康熙年间制造的文字狱。文字狱的犯人包括家属、出版者、参订者、抄写人、装订人乃至买书人和当地官员。每起文字狱案件被奴、流、刑、杀的少则几十人，多则几百人，告发者往往升官发财，于是告讦成风，人人自危，因此一般文人不敢研究和反映现实问题。
《明史》纂修始末
康熙四年(1665)，康熙帝下令征集《明史》资料，康熙二十一年(1682)，修撰《明史》被正式纳入了国家重要议事日程，由满汉大学士共四人负责《明史》的编撰工作。
康熙对修《明史》工作特别重视，把这看作清朝不可推卸的责任。到康熙六十一年(1722)，已完成了三百一十卷的全稿，为雍正和乾隆两朝的完稿奠定了坚实的基础。
《明史》纂修时间很长，最早从顺治二年(1645)开局，至乾隆四年(1739)定稿，历九十五年，经四朝，中间是有间断，但主要工作是在康熙年间完成的。
《明史》尽管有较高的史料价值，又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，失误之处在所难免，而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其刻意隐蔽历史真相。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身的关系。其所隐没的主要有两个方面：一是隐没清在建国之前曾臣服于明朝的事实；二是隐没清入关之后南明诸朝廷（弘光、隆武、绍武、永历……）等长达20多年的历史。
说到清初修史的避讳，必须要提一下清初的文字狱。清初著名文字狱《庄氏史案》，罹祸者至七十余人，其实本里面并没有讪谤清室的语言，关键在于提到清兵入关的事，迹未加避讳而直接用“夷氛”、“夷寇”、“奴酋（努儿哈赤）”这些字。而于李成梁传中，称努尔哈赤为成梁所豢养：“已而并杀教场及他矢于阿台城下。他矢子便是清太祖，以幼得不死，留置帐下。”这是清廷最忌讳的事情，庄氏以及其他修史的人全部因此遭大祸。
涉及南明诸帝的著名文字狱有戴名世《南山集》狱。戴名世著《南山集》，用南明永历年号，以存明朝统绪，论斩。所有为《南山集》作序的人，如方苞等数十人，全部受到株连。
隐讳史实固然是《明史》一大缺失，又是必然结果。由上面两大文字狱案可知清廷这两大避讳是触及不得的。史官如何敢冒杀身之祸而写其事实呢？就算有人写了，以清初文禁之严，又怎么能下只言片语于官修史书之中呢？