军队体制
南朝军队体制，主要分为中军、外军两部分。
中军又称内军。南朝中军以六军为主，即领军、护军、左卫、右卫、骁骑、游击六将军所统军队。此外，有左、右、前、后四将军，称为四军。宋武帝刘裕曾恢复屯骑、步兵（梁为步骑）、越骑、长水、射声五校尉所统军队，以扩大宿卫宫城及京都的兵力。还有虎贲中郎将、冗从仆射、羽林监所统军队，谓之三将。萧梁曾改骁骑将军为云骑将军、游击将军为游骑将军，另置左、右骁骑将军，左、右游击将军，位在云骑、游骑将军之上。上述诸军皆为中军，但六军是中军主力。中军中的左、右卫宿卫宫阙，其余众军平时保卫京师，战时出兵征讨。宋武帝曾下令：“有征讨悉配以台见军队，行还复旧。”所谓“台见军队”，主要是指中军。南朝中军兵力总数不见记载，但从多次出兵数量看，最多当不过10万人左右。南朝中军实力远不如魏晋中军，甚至不如南朝某些大州都督所拥有的兵力，这也正是南朝内轻外重政治军事形势的特点。
六军中的领军将军，是中军首领，资历名望轻些的为中领军。史称：“领军将军一人，掌内军。”齐、梁、陈各代大体如此。领军将军权力很大，南朝人称其为“端戎”。
南朝太子东宫宿卫兵，由太子左卫率、太子右卫率所统兵。刘裕曾增置太子屯骑校尉、太子步兵校尉、太子翊军校尉共21人，太子虎贲中郎将10人，殿中将军10人，他们或领兵，或为太子身边的高级侍从武官，以加强东宫防卫，保卫皇位合法的继承人。宋代东宫宿卫兵数量多时有万余人。东宫设太子詹事，职比尚书令和领军将军，总管东宫军政，统率东宫宿卫兵。宋世曾规定，东官兵不得入台城。东官兵由太子直接掌管，不隶领军。但朝廷有事出征，可以征调。
南朝外军，即各地都督所统军队及地方州郡兵。沿东晋旧制，南朝都督几乎遍布于全国，扬、南徐、南兖、徐、兖、青、冀、豫、荆、江、湘、雍、梁、秦、交、广、益、司等州都曾置都督。南朝都督所辖少则一、二州，多则八、九州，最多者至十六州。凡都督皆领兵，有些都督拥有军队数量十分可观，所以当时人说：“群蕃岳峙，锐卒精旅，动有万数。”南朝都督皆兼任刺史，既总数州军事，又总民政，独揽一方大权。各地都督军队总数当为中军数的若干倍，有时某一都督统兵多者，也可超过中军数。南朝外军兵力除布防在与北朝接壤的沿边镇戍外，内地主要分布在荆、扬、南徐等州。荆州驻扎重兵，以接应南北争夺的襄樊前线，扬、南徐二州为京都两翼，其雄厚兵力则为拱卫首都建康。南朝都督由中央任命，君主当然有对其征召调遣的权力，对他们也还有一些具体的限制。如宋孝武帝大明（457～464）年间，曾命令。刺史守宰，动民兴军，皆须手诏施行。”都督概兼刺史，这自然是对都督的限制。但南朝某些都督军队实力既超过中军，又独擅一方军政大权，完全有条件抗命不遵，乃至起兵谋叛。南朝齐、梁两代开国君主都是凭借方镇军队起事，夺得皇帝宝座的。
中央以六军中的护军将军总统都督外军，资历名望较轻的为中护军。史称：“护军将军一人，掌外军。”又说：“今护军总方伯。”因此，护军将军权力也很大，当时谓之“总戎一。但中央对外军的调遣，一般通过皇帝下诏，而护军将军直接指挥都督军队的记载不甚明显。
州郡兵是州、郡所领军队，属地方军。南朝时期，州、郡皆有兵。宋初，北魏犯境，弘农郡太守窦应明曾率郡兵500人参与抵抗。宋元嘉末，孝武帝亦曾令州郡“并出兵”讨伐叛逆。南齐时，曾发南康、庐陵、始兴郡兵征交州。各州、郡根据大小领兵不等。州、郡无权擅自出兵，受所隶都督节制，有战事时直接听命于中央。
南朝中外诸军的领导权总归于皇帝。征发调遣时，皇帝颁诏，尚书下符。南朝尚书八座中有五兵尚书一人，专总兵事。尚书诸曹郎中有中兵、外兵等曹。宋代虽曾一度废五兵尚书，但中兵、外兵曹郎仍设置。中军、外军、东官兵，中央都有权调遣。南朝除皇帝而外，总领中外一切军队的职位，叫都督中外诸军事，凡任此职的可以调遣中外各军。南朝开国之君，都曾在前朝任此职务，因而凭借军权争得皇位。
兵役制度
南朝通行的兵役制度是世兵制、征兵制和募兵制并用。南朝世兵称为军户，仍与普通民户分立户籍，军府统辖，军户不经放免，子弟要世代为兵。但由于长期的战争消耗、士兵逃亡、私家分割等原因，南朝世兵的数量日渐减少。再者，由于军户的低贱身份，使其战斗力日见低落。世兵数量的减少和战斗力的低下，反映了南朝世兵制的衰落。因此，南朝兵士来源不得不以征兵与募兵进行补充。征兵即征发民丁为兵。南朝曾多次征发民兵，如宋元嘉末北伐，曾以兵力不足，征发南兖州“三五民丁”。所谓“三五民丁”，即户有三丁者，出一人为兵；户有五丁者，出二人为兵。所征民丁接到命令10日后，就要到指定地点集合。南齐时，齐武帝也曾发扬、徐二州民丁为兵。南朝的征兵，不是经常性的制度，仅在有重大战事时临时征发。征平民为兵，常为临战应急。因未经训练，军纪和战斗力极差，所以他们在军队中并不占有主要地位。南朝军队的主要兵源来自招募。募兵时多招募有军事技艺的劲勇为兵，战斗力强。这是维持军队数量，尤其是维持军队战斗力的可靠途径。南朝募兵极为盛行，内外军队大多由招募者组成。如宋元嘉末与北魏大战前，就曾招募“天下弩手，不问所从，若有马步众艺武力之士应科者，皆加厚赏”。宋明帝即位时，四方反叛，曾派人募江西楚人，得“快射手八百”。南齐时，防戍北边与北魏对垒的军队，多为募兵组成，对外用兵，也多用募兵，永明年间，因北魏声言南下，齐武帝曾“广设召募”。梁、陈也都是以募兵为军队主力，其开国之君梁武帝、陈武帝都以募兵起事。南朝各代方镇所统的大量军队，大都是靠召集宗族乡里或流亡农民组成的。总之，南朝时期，募兵是军队的主要来源，通过招募集兵是最重要、最流行的方式。募兵不是终身为兵，应募为兵者，在一定期限后，就可以免除当兵的义务，因而兵士身份地位提高了，其战斗力也增强了。
军队的兵种
南朝军队有水军、步兵、骑兵等兵种。南朝的地理特点是江河湖泊星罗棋布，又曾先后以黄河、淮水、长江为守，因而南朝水军极为发达、南朝各代出兵，或以舟师为主，或必辅以舟师。如宋元嘉末，与北魏大战，太子刘劭总统水军，当时沿江战船相接，达六、七百里之远。梁代平定侯景之乱，荆州水师起了重要作用。陈宣帝在位时，平西将军、郢州刺史鲁广达曾领舟师4万，进驻江夏。南朝水师战船种类很多，见于史籍记载的，大船有金翅、青龙、平虏、楼舰等名称，大舰上置重楼，高达10余丈。此外，又有蒙冲、斗舰，梁徐世谱又创制拍舰、火舫、水车，这些船大多用于攻坚陷阵，如拍舰，上装以拍竿，可以拍碎敌人船具。拍竿本是舰用重型兵器，出现于东晋初，称“桔槔”，至南朝始称“拍竿”。蒙冲，专用于冲锋，划船者和战士皆在船仓内，刘裕征后秦时曾用此类船。火舫，是在船上装以火攻之具，战斗时焚烧敌人舟舰。梁朝侯景军中有一种“舟乌舟了”快艇，配160桨，“去来趣袭，捷过风电”。南朝除水军为主要兵种外，步兵地位也很重要，宿卫守边，攻伐征战，都主要由步兵担任。骑兵在古代战争中战斗力最强，南朝也拥有骑兵，但因其地理环境特点，骑兵远不如水军与步兵发达。南朝虽也常以骑兵出战，如宋元嘉七年（430），就曾命骁骑将军段宏率8000精骑，随到彦之北伐。齐、梁、陈等朝也常以步骑配合出战，但从总体上看，南朝骑兵不甚发达。所以，刘宋元嘉末北伐，太子步兵校尉沈庆之分析南北双方军事形势时说：“我步彼骑，其势不敌。”说明南朝军队脱离了适宜水军的南方地理环境后，就要以步兵为主了。
军队编制
南朝军队编制的最高一级单位是军，军有军主、军副，负责指挥全军。军的基本兵力有多少，史无明文，根据一些史料推测，一军大约有兵2000余人。军以下的单位是队，队有队主、队副，负责指挥全队，一队拥有的兵力，也没有明确记载。但宋武帝刘裕进军讨刘毅，攻破江陵时，“大城内，（刘）毅凡有八队，带甲千余”，又金城（内城）内“尤有六队千余人”。据此推测，则每队大约拥有兵力200人左右。队以下有幢，幢有幢主、幢副，指挥全幢。一幢兵100人，幢主相当于曹魏时的都伯。幢以下又有什、伍，五人为伍，二伍为什，伍有伍长，什有什长。南朝军队的基本编制由上至下依次是军、队、幢、什、伍。
军队训练
南朝各代比较重视中军的训练。刘宋元嘉二十五年（448年），专修宣武场，以操练步兵骑兵。其后，宋孝武帝又在玄武湖大阅水师。南朝各代皇帝都在宣武场讲武，训练步兵、骑兵，在玄武湖训练水师。讲武的主要目的，一方面是平时训练军队，战时便于指挥战斗。另一方面，也是炫耀武力，宣扬国威。
后勤制度
南朝的军事后勤工作，由中央设专门部门管理。制造弓弩枪槊铠甲等兵器战具诸事，由尚书库部郎负责，具体由少府、尚方、东冶等部门制作。南朝中央设南、北二武库，兵器制好以后，入武库储存，由尚书库部郎掌管。建造战船，装配水师等军，则由都水使者、尚书水部郎负责。军队粮食衣着供应，由度支尚书主管。关于外军后勤供给，各地都督府下也有武库、粮仓等后勤设施。军队出征时，由武库配给兵器甲仗。如刘宋元嘉三十年（453），太子刘劭谋反，将原来发给诸王及各处的兵仗，全部收存武库。刘宋末年，桂阳王休范谋反，形势危急，来不及发放兵器，开南、北二武库命将士自取。萧梁天监四年（505）北伐，主帅萧宏为梁武帝之弟，库部发给的兵仗全为精品，因而军容甚整。军队出征时，由中央和地方政府专派吏、民运送军粮兵器等辎重。兵士出征之后，尚书省还要按期供应兵器、战具、粮食等军资。或从京师运送，或命令各州郡运送。当时交通不便，在战争中后勤辎重供应较为艰难，因而对战争的成败影响巨大。