格兰萨姆的皇家学校，在英国的学制是叫做文法学校，着重于拉丁文的教授。
那时代的英国所通用的是拉丁文。举凡大学的讲义、学术书籍、公文、圣经等，都用拉丁文。所以，想进入上流社会的少年，不先进入文法学校的话，就会有很大的困难。
牛顿如果只想做一名农夫，就不需念文法学校了。
当然，文法学校的学科不只是拉丁文，还有神学和数学。
神学是讲授有关基督教的学问。不探究神学，就无法正确地讲述基督教的神，也就无法传教。所以想从事牧师这一类神职的人，必须念神学。
文法学校的数学，主要是几何学。几何学就是研究圆、直线、三角形等图形的学问。在几何学里，三角形内角的和一定是180度，学生必须思考如何合理地证明。所以几何学可以说是训练人怎样合理地思考。
牛顿就是在格兰萨姆的皇家学校读这样的书。那时候的文法学校还没有理科这一学科。因为自然科学还没有发达到足以设科教授的地步。
罗伯特·波义耳就是在牛顿回皇家学校复学的这一年发表《波义耳定律》。
这位英国科学家，在一口封闭的U形管中注入水银，以研究空气体积与水银量之间的关系，也就是增减水银量，以观察空气体积的变化。根据研究的结果，波义耳发表了有名的定律：“一定量的气体在一定温度时，其体积之大小与其所受的压力成反比例。”
在同一时期，也是在英国，有一位名叫列文虎克的人。这个常被人们排斥的人物，把轻的或重的东西吊在弹簧上，以观察重量和弹性的关系。研究结论是：“弹簧的弹性与所施予的力量成正比。”这就是所谓的“虎克定律”，一直传与后世。这个定律发表于艾萨克复学的第二年。
回到格兰萨姆的牛顿，除自修科学之外，还学习拉丁文、神学和几何学，没有人比他更用功。
勤奋的牛顿，到了星期六也和常人一样，与镇里的人并肩坐着，倾听牧师讲道。
牛顿从教会出来时，只要天气好，大都和史托丽一起到郊外游玩。
秋天的某日，天空蔚蓝一片，史托丽说：“艾萨克，今天的讲道很有趣吧。”
“有趣，也很妙。能那样明白地论证神的存在，我是做不到的。”
牛顿近来开始以大人的口气和史托丽谈话了。
“但，神本来不就是存在的吗？”史托丽说。
“人们的肉眼看不到神，而是以心看见的。”
“不论哪一个国家，总有不信神的人。”
清爽的秋风抚弄着史托丽的秀发，天上飘浮着朵朵白云。
“论证是件很有趣的事情，史托丽。”
牛顿把一束鱼腥草放在鼻头，蹙着眉丢掉了。
“神是会显现奇迹的。”
牧师式的语调，使史托丽感觉奇怪。仔细地看着他的脸，没有说话。
“基督是现了奇迹的。”他又继续说下去。
史托丽睁大了眼。
“所以，基督是神。”
史托丽再回过头去瞧着牛顿的脸。
“这就是论证，叫做三段论法……”
“当然是这样啊。”史托丽不大爱理地说。
明明白白的事情，故意说得玄奥高深，使她感到讨厌。
“史托丽，其实这个论证并不正确。”牛顿突然皱缩着嘴，小声地说。
“那个什么论法是错误的吗？”史托丽有点不了解。
“不，三段论法本身无误，问题在于使用的方法。”
“我一点都不懂。”
牛顿的话，史托丽难以理解，不想听下去了。
“史托丽，再听一下吧。”
听到他的请求，史托丽转变了态度。
“《圣经》里面记载奇迹。但，事实上没有奇迹。只要发生了罕见的事情，愚昧的人们就认为是奇迹，但事实上只是一种自然规律。”
牛顿顺着思路，朗朗说道。
“艾萨克，你说的自然规律，我认为好像是神的法律……”
一听到这句话，牛顿高兴得要跳起来。
“这样想就对了。自然界的万事万物，无一不是神的安排。一切都是奇迹，一切也都不是奇迹。”
这句话，史托丽听来倒觉得真像是奇迹。完全相反的事情，怎么会都是正确的？
“那是什么意思呢？”史托丽娇柔地歪着头问道。
“同一个神的显灵，你认为有的是奇迹有的不是奇迹吗？”
“不知道。”史托丽回答。
史托丽刚在教会里听了基督的奇迹。虽然觉得牛顿的说法比牧师的讲道更为合理，但不能全盘接受他的说法。“不知道”就是表示她的迷惑。
“我想说的是自然界的事物只是两种情况之一，都是奇迹或都不是奇迹。”
起先有点羞涩的语调，愈来愈激动，牛顿的脸颊显现了红潮。
“回到论证的话题吧。”
牛顿口若悬河，滔滔不绝。
“以我的想法来推论，‘神会显现奇迹’的这个前提是错误的，所以‘基督是神’这个结论就错了。三段论法是没有错……”
史托丽默默地低下头。牛顿对基督、对奇迹的这番言论，她认为是在正面攻击牧师的说法。
“你知道犹大吧。不论这个背叛者怎么要求，基督都拒绝显现奇迹。奇迹不是被祈求就能显现的，这对于神或对于基督都是一样的。最重要的是，基督拒绝显现奇迹。”
“但，基督显现了奇迹。”史托丽的声音欠缺活力。
“《圣经》虽有记载，但那是不正确的。事实上，一切都是遵循自然规律而产生的结果，不是奇迹。”牛顿反驳道。
史托丽更觉得莫名其妙了，也不知为什么，一阵悲哀袭上心头。
那个时期的牛顿，正热衷阅读山达松所写的《论理学》。论证和三段论法就是从这本书里学到的。
牛顿在学校里学习几何学，解决几何上的问题，最重要的就是证明，论述证明就是论理。几何也可以说是图形的论理学。牛顿学习几何学的时候，深深地被论理所吸引。对于论理，非得打破砂锅问到底不可。
母亲汉娜和舅父詹姆士牧师送牛顿回皇家学校的目的是准备接受大学教育，当然他本人也了解。
任何时代都一样，没有钱是很难进入大学念书的。幸而詹姆士牧师念过的剑桥大学三一学院有工读生制度。
1661年6月5日，十六岁的艾萨克·牛顿经由格兰萨姆皇家文法学校校长推荐，成为该院公费生。