台湾于光绪十一年改设行省，以原台湾府为台南府，台湾县为安平县。自设省后，所有新政渐逐推行。先生对于新设施都潜心研究，每以为机器、矿务或其他实业都应自己学会了自已办，异族绝靠不住。自庚寅从北京回籍，台南绅官举他管理圣庙乐局事务。安平陈县令聘他做蓬壶书院山长，辞未就，因为他愿意帮助政府办理垦土化番底事业。他每深入番社，山里底番、汉人多认识他。甲午年春，唐巡抚聘他当台湾通志局协修，凡台南府属底沿革风物都由他汇纂。中日开战，省府改台南采访局为团练局，以先生充统领领两营兵。
黄海之败，中枢当局以为自改设台湾行省以来五六年间，所有新政都要经费，不但未见利益，甚且要赔垫许多币金；加以台湾民众向有反清复明底倾向，不易统治：这或者也是决意割让底一个原因。那时人心惶惶，希望政府不放弃台湾，而一些土棍便想乘着官吏与地权交代底机会从中取利。有些唱“跟父也是吃饭，跟母也是吃饭”底论调，意思是归华归日都可以。因此，民主国底建设虽然酝酿着，而人心并未一致。住近番地底汉人与番人又乘机混合起来扰乱。台南附近有刘乌河底叛变。一重溪、菜寮、拔马、锡猴、木冈、南庄、半平桥、八张犁，诸社都不安静。先生领兵把匪徒荡平以后，分兵屯防诸社。
乙未三月，中日和约签定。依约第二条，台湾及澎湖群岛都割归日本。台湾绅民反对无效，因是积极筹建民主国，举唐巡抚为大伯理玺天德，以玄武旗（蓝地黄虎）为国旗。军民诸政先由刘永福、丘逢甲诸人担任，等议院开后再定国策。那时，先生任筹防局统领，仍然屯兵番社附近诸隘。日本既与我国交换约书于芝罘，遂任桦山资纪为台湾总督，会见我全权李经方于基隆港外，接收全岛及澎湖群岛。七月，基隆失守，唐大伯理玺天德乘德轮船逃厦门，日人遂入台北。当基隆告急时，先生率台南防兵北行；到阿里关，听见台北已失，乃赶回台南。刘永福自己到安平港去布防，令先生守城。
先生所领底兵本来不多，攻守都难操胜算。当时人心张皇，意见不一，故城终未关，任人逃避。先生也有意等城内人民避到乡间以后，再请兵固守。八月，嘉义失守，刘永福不愿死战，致书日军求和，且令台南解严；先生只得听命。和议未成，打狗、凤山相继陷，刘永福遂挟兵饷官帑数十万乘德船逃回中国。旧历九月初二，安平炮台被占。大局已去，丘逢甲也弃职，民主国在实际上已经消灭。城中绅商都不以死守为然，力劝先生解甲，因为兵饷被刘提走。先生便将私蓄现金尽数散给部下，几个弁目把他送出城外。九月初三日，日人入台南。本集里辛丑所作《无题》，便是记当日刘帅逃走和他不能守城底愤恨。又，乙未《寄台南诸友》也是表明他底心迹底作品。
民主国最后根据地台南被占领后，日人悬像遍索先生。乡人不得已，乃于九月初五日送先生到安平港，渔人用竹筏载他上船。窥园词中《忆旧》是叙这次底事。日人登船搜索了一遍，也没把他认出来。先生到厦门少住，便转向汕头，投宗人子荣、子明二位先生底乡里，距■浦不远底桃都。子荣先生劝先生归宗，可惜旧家谱不存，入台一世祖与揭阳宗祠底关系都不得而知，这事只得罢论。子荣昆季又劝先生到南洋去换换生活，先生底旅费都是他们赠与。他们又把先生全家从台湾接到桃都，安置在宗祠边底别庄里。从此以后，先生底子孙便住在大陆，其余都留在台湾。
先生在新嘉坡、曼谷诸地漫游，足够两年。囊金荡尽，迫着他上了宦途。但回到兵部当差既不可能，于是“自贬南交为末吏”去了。先生到北京投供吏部，自请开去兵部职务，降换广东即用知县，加同知衔。他愿意到广东，一因是祖籍，二因朋友多。又因漳州与潮州比邻，语言风俗多半相同，于是寄籍为龙溪县人。从北京南下，到桃都把家眷带到广州，住药王庙兴隆坊。丁酉戊戌两年中，帮广州周知府与番禺裴县令评阅府县试卷。己亥，委随潮州镇总兵黄金福行营到惠潮嘉一带办理清乡事务。庚子，广州陈知府委总校广州府试卷。不久，又委充佛山汾水税关总办。辛丑，由税关调省，充乡试阅卷官。试毕，委署徐闻县知县。这是他当地方官底第一遭。
徐闻在雷州半岛南端，民风淳朴。先生到任后，全县政事只用一位刑名师爷助理；其余会计钱粮诸事都是自己经理。每旬放告，轻底是偷鸡剪钮，重底也不过是争田赖债；杀人越货，罕有所闻。“讼庭春草荫层层，官长真如退院僧”，实在是当时光景。贵生书院山长杨先生退任，先生改书院为徐闻小学堂，选县中生员入学。邑绅见先生热心办学，乃公聘先生为掌教，每旬三、六、九日到堂讲经史二时。有清以来，县官兼书院掌教实是罕见。先生时到小学堂，与学生多有接触，因此对于县中人情风俗很能了解。先生每以“生于忧患，死于晏安”警策学生。
又说：“人当奋勉，寸晷不懈，如耽逸乐，则放僻邪侈，无所不为。到那时候，身心不但没用，并且遗害后世。”他又以为人生无论做大小事，当要有些建树，才对得起社会，“生无建树死嫌迟”，也是他常说底话。案头除案卷外，时常放一册白纸本子，如于书中见有可以警发深思德行底文句便抄录在上头，名为《补过录》，每年完二三百页。可惜三十年来浮家处处，此录丧失几尽，我身边只存一册而已。县衙早已破毁，前任县官假借考棚为公馆，先生又租东邻三官祠为儿辈书房。公余有暇，常到书房和徐展云先生谈话，有时也为儿辈讲国史。先生在徐闻约一年，全县绅民都爱戴他。
光绪二十九年广东乡试，先生被调入内帘。试毕，复委赴钦州查办重案。回省消差后，大吏以先生善治盗，因阳春、阳江连年闹匪，乃命他缓赴三水县本任，调署阳春县知县。到阳春视事仅六个月，对于匪盗剿抚兼施，功绩甚著，乃调任阳江军民同知兼办清乡事务。在阳江三年，与阳江游击柯壬贵会剿土匪，屡破贼巢。柯公以功授副将，加提督衔；先生受花翎四品顶戴底赏。阳江新政自光绪三十年由先生渐逐施行，最重要底是遣派东洋留学生以造专门人材，改濂溪书院为阳江师范传习所以养成各乡小学教员，创办地方巡警及习艺所。
光绪三十二年秋，改阳江为直隶州，领恩平、阳春二县。七月初五日，习艺所罪犯越狱，劫监仓羁所犯人同逃。那时，先生正下乡公干，何游击于初五早晨也离城往别处去。所长莫君人虽慈祥，却乏干才；平时对于所中犯人不但未加管束，并且任外人随时到所探望。所中犯人多半是礅犯，徒刑重者不过十五年，因此所长并没想到他们会反监。初五日下午，所中犯人突破狱门，登监视楼，夺守岗狱卒枪械，拥所长出门。游击衙门正在习艺所旁边，逃犯们便拥进去，夺取大堂底枪支和子弹。过监仓和羁所，复破狱门，迫守卒解放群囚。一时城中秩序大乱，经巡警和同知衙门亲兵力击，匪犯乃由东门逃去，弃置莫君于田间。这事情本应所长及游击负责，因为先生身兼清乡总办，不能常驻城中。
照例同知离城，游击便当留守；而何游击竟于初五早离城，致乱事起时，没人负责援救。初六日，先生自乡间赶回，计逃去重犯数十名、轻罪徒犯一百多名。乃将详情申报上司，对于游击及所长渎职事并未声明。部议开去三水本任，撤职留缉。那时所中还有几十名不愿逃走底囚徒，先生由他们知道逃犯底计划和行径，不出三个月捕回过半。于是捐复翎顶，回省候委。十二月，委办顺德县清乡事务，随即委解京饷。丙午丁未两年间可以说是先生在宦途上最不得意底时候，他因此自号“春江冷宦”。从北京回广州，过香港，有人告诉他阳江越狱主犯利亚摩与同伴都在本岛当劳工，劝他请省府移文逮捕归案。先生说：“上天有好生之德，我所以追捕逃犯，是怕他们出去仍为盗贼害民。现在他们既然有了职业，当要给他们自新底机会，何必再去捕杀他们呢！况且我已为他们担了处分，不忍再借他们底脂血来坚固自己底职位。任他们自由罢。”
光绪三十三年五月，赴三水县任。三年之中，力除秕政。向例各房吏目都在各房办公，时间无定；甚至一件小案，也得迁延时日。先生乃于二堂旁边设县政办公室，每日集诸房吏在室内办公，自己也到室签押；舞弊底事顿减，人民都很愉快。县中巨绅，多有豢养世奴底陋习，先生严禁贩卖人口，且促他们解放群奴；因此与多数绅士不协，办事甚形棘手。县属巨姓械斗，闹出人命，先生秉公办理；两造争献贿赂，皆被严辞谢绝。他一生引为不负国家底两件事：一是除民害，一是不爱钱。《和耐公六十初度》便是他底自白之一。当时左右劝他受两造赂金，既可以求好巨绅，又可以用那笔款去买好缺或过班。
贿赂公行是三十年来公开的事情，拜门、钻营、馈赠是官僚升职底唯一途径。先生却恨这些事情，不但不受贿，并且严办说项底人。他做了十几年官，未尝拜过谁底门，也未曾为求差求缺用过一文钱。对于出仕底看法，他并不从富贵着想；他尝说：“一个人出仕，不做廊庙宰，当做州县宰。因为廊庙宰亲近朝廷，一国大政容我筹措；州县宰亲近人民，群众利害容我乘除。这两种才，是真能为国效劳底宰官。”他既为公事得罪几个巨绅，便想辞职；会授电白县，乃卸事回省。将就新任，而武昌革命军起，一月之间，闽粤响应。先生得漳州友人电召回漳，被举为革命政府民事局长。不久，南北共和，民事局撤销，先生乃退居海澄县属海沧墟，号所居为“借沧海居”。
住在海沧并非长策，因为先生全家所存现款只剩那用东西向汕头交通银行总办押借底五百元。从前在广州，凡有需要都到子荣先生令嗣梅坡先生行里去通融。在海沧却是举目无亲，他底困难实在难以言喻。陈梧冈先生自授秘鲁使臣后，未赴任，蛰居厦门，因清鼎革，想邀先生落发为僧，或于虎溪岩边筑室隐居。这两事都未成功，梧冈先生不久也谢世了。台湾亲友请先生且回故乡，先生遂带着叔午、叔未同行。台南南庄山林尚有一部分是先生底产业，亲友们劝他遣一两个儿子回台入日籍，领回那一大片土地。叔未本有日籍，因为他是庶出，先生不愿将这产业全交在他底手里，但在华诸子又没有一个不愿回乡入籍。先生于是放弃南庄山林，将所余分给留台族人，自己仍然回到厦门。在故乡时，日与诗社诸友联吟，住在亲戚吴筱霞先生园中。马公庙窥园前曾赁给日本某会社为宿舍，家人仍住前院；这时因为修筑大道，定须拆让。先生还乡，眼见他最爱底梅花被移、旧居被夷为平地、窥园一部分让与他人，那又何等伤心呢！
（20）坐起言语终不调戏常应法律而无轻失。 (11)
“借沧海居”地近市集，不宜居住，家人仍移居龙溪县属石美黄氏别庄。先生自台南回国后，境遇越苦；恰巧同年旧友张元奇先生为福建民政长，招先生到福州。张先生意思要任他为西路观察使，他辞不胜任，请任为龙溪县知事。这仍是他“不做廊庙宰，当做州县宰”底本旨。他对民国前途很有希望，但不以武力革命为然。这次正式为民国官吏，本想长做下去；无奈官范、民风越来越坏，豪绅劣民动藉共和名义，牵制地方行政。就任不久，因为禁止私斗和勒拔烟苗事情为当地豪劣所忌，捏词上控先生侵吞公款；先生因请卸职查办。省府查不确，诸豪劣畏罪，来求先生免予追究；先生于谈笑中表示他底大度。从此以后，先生便决计不再从政了。
卸任后，两袖清风，退居漳州东门外管厝巷。诸子中，有些学业还未完成，有些虽能自给，但也不很丰裕。民国四年，林叔臧先生组织诗社，聘先生为社友，月给津贴若干；以此，先生个人生活稍裕，但家境困难仍未减少。故友中有劝他入京投故旧谋差遣底，有劝他回广东去底。当时广东省长某为先生任阳春知县时所招抚底一人。柯参对幕客彭华绚先生在省公署已得要职，函召先生到广州，说省长必能以高位报他。先生对家人说：“我最恨食人之报，何况他从前曾在我部属，今日反去向他讨啖饭地，岂不更可耻吗？”至终不去。