在义律极力怂恿之下，英国终于在1840年4月决定派遣侵略军东来，发动可耻的鸦片战争。全军主力是英军3团，印军1团，兵船16艘，兵员共计4000余人。他们于6月初陆续到达广州口外海面。
林则徐得到消息之后，毫不惊慌，沉着备战。他深知英军虽然船坚炮利，可以得逞于一时；但是由于兵力不足，补给路线太长，势难持久。只要我方能够坚决抵抗几个月，侵略军必然败退。只有到这时候，禁烟的大业才算真正圆满完成。当时英国的总兵力约有13万人，大致是留在本国的6万人（主要用于镇压爱尔兰人的抵抗运动），驻防印度3万人，驻防其他殖民地4万人，无法抽调更多的兵力到中国来作战。从英国到中国的单程航行要4个月，如此漫长的补给路线会把富国拖穷，穷国拖垮，这样的战争是支持不了多久的。
这一次英国兵船到广东来，中国军民严阵以待。不仅水师兵船、沿海炮台布防固守，林则徐还充分发动群众，共同抗敌。他颁发《英夷鸱张安民告示》说：
英吉利夷人本多狡诈，且以鸦片害我民人性命，骗惑内地资财，当亦为吾民所共仇共愤。本部堂今与汝等约，如英夷兵船一进内河，许以人人持刀痛杀。凡杀白头鬼一名，赏银洋一百元；杀黑鬼子一名，赏银洋五十元。
当时陆上有乡勇、团练，水上有 户、渔民，人人熟悉地形，随时配合水师，进行袭击。英船屡被火攻，不敢停泊一处，“每日东飘西泊，莫定行踪”。船上缺淡水，“以布帆兜接雨水，几于不能救渴”。英军坐困1月，无计可施。他们分兵进攻厦门，随即被邓廷桢督水勇击退；留粤英军进攻澳门附近的关闸一带，又被林则徐、关天培督水陆兵勇击败，逃向外洋。只要能再坚持几个月，英军就会全线败退，禁烟的大功即可告成。然而在这两军决战、生死存亡的关键时刻，林则徐所最担心的事终于出现了。进攻受挫的英军冒险北上，他们无法在广东沿海登陆，就去攻占了孤悬海上的浙江定海县城。远在英军北上之前，林则徐早就“飞咨闽、浙、江苏、山东、直隶各省，饬属严查海口，协力筹防”。道光根据林则徐的奏报，也都“迭经降旨，令沿海各督抚严加防范”。但是沿海督抚如直隶总督琦善、两江总督伊里布等等都是满人腐败官僚，根本就不赞成禁烟，所以从浙江到直隶，沿海防线“毫无准备”，英军一攻即破。在听到浙江定海县城失守的消息以后，林则徐非常担心。孤悬海上的定海一城的得失，对中英之战的全局并无多大影响，原不足虑；林则徐担心的是许多满人官僚会以此为借口，攻击自己的禁烟大计；更怕皇帝听信一些谗言之后，会动摇彻底禁烟的决心。他在给郑夫人的家书中，透露了这种担心：
而今英夷兵船来华，既不能在粤思逞，必然改窜他省。他省海口皆无设备，苟有疏失，则该督抚必然诿罪于余之惹启夷衅焉，则是非亦只可听之公论而已。
他这个“必然诿罪于余”的担心不幸而言中。他后来被罢官，被充军，竟当了一大批腐败官僚的替罪羊。为国家民族立了大功的林则徐无辜获罪，真是是非何在？天理何存？
青史凭谁定是非
一生尽职尽责、屡立奇功的林则徐在禁烟一事中受尽了委屈，后来他在送邓廷桢回籍诗中发出了这样的感慨：“青史凭谁定是非？”
林则徐禁烟的胜利，既打击了国内外的鸦片贩子，也打击了那些吸鸦片成了大瘾而又借包庇鸦片走私发了大财的满人王公大臣。这些人老羞成怒，包围皇帝，日进谗言，认为这次鸦片之战，都是林则徐惹的祸，一定要把林则徐和支持林则徐的人（如邓廷桢）扳倒而后已。他们挖空心思，制造出以下这些谣言。
有人说：“林则徐在广东缴烟，原答应照付烟价，后来反悔食言，所以激成大变。”
有人说：“林则徐所订章程，洋商均已接受；但他遽停贸易，因而激变。”
有人说：“林则徐纵容愚民截杀洋人，引发冲突。”
还有更离奇的说法，说林则徐已经收到英国女王文书，隐匿不奏，居心叵测。这一说很容易引起道光的疑忌。
总之，林则徐是汉人，受到重用，自然引起满人王公大臣的不满；林则徐是出名的清官，在无官不贪的腐败的清王朝中，自然被视为异类，受到孤立。道光原来是支持他的，在禁烟工作一步步得到胜利的时候，也还不断地下旨慰勉，说“卿之忠君爱国 然于域中化外矣”，“所办可嘉之至”；但在定海失守之后，战局急转直下，英军在沿海横行无阻，道光的态度也急转直下，从一再嘉奖林则徐，一变而为严厉斥责。他竟然说：
外而断绝通商，并未断绝；内而查拿犯法，亦不能净。无非空言搪塞，不但终无实济，反生出许多波澜，思之曷胜愤懑。看汝以何词对朕也。
道光的指摘毫无道理。林则徐南下禁烟的一切措施都是事先和皇帝商量好了的，临时又请旨认可才付之行动。他是汉人，岂敢擅自做主。林则徐主张只禁鸦片，并不完全停止中英贸易，并不主张激化矛盾，但是主张在沿海讲求战备。道光在打了几次小胜仗之后，大闹意气，断然下旨全停中英贸易，且又不作战守准备。后来海疆战事失利，他就把责任全部推到林则徐的头上。
林则徐受命主持禁烟工作，一步步的工作都做到位了。虎门销烟，惊动中外，维护了中华民族的尊严。英国侵略军东来，原在估计之中。林则徐在广东沿海屡战屡胜，从未丧师辱国。且不说在军事上他未立军令状，就是立了军令状，他也没有半点失误，有何可以指责之处！至于海疆战事失利，“从浙江到直隶”毫无准备，怎么怪得了他。广东沿海之战，他尽心竭力，以弱胜强，创造了奇迹。“从浙江到直隶”的沿海驻军，他无权指挥，怎么能对战败负责！
在定海失守，英军北上威胁京津之时，道光大概是对周围满人王公大臣的埋怨、指责抵挡不住，只好迁怒林则徐与邓廷桢，对他们一再加以斥责。当时的林、邓两人完全处于内外夹攻之中，内要应付皇帝的斥责，朝廷的掣肘，谣言的攻击；外要尽心竭力地防御英国侵略军，日夜不敢大意，真是朝夕不安，心力俱疲。直到双双被革职的那一天为止，他们一直坚守在炮火连天的保卫祖国的最前线，毫不动摇。
在革职、交卸的那一天，林则徐热泪长流，挥笔给郑夫人写信说：
外间悠悠众口，都谓我激起夷衅，殊不知实出圣躬独断（皇帝做主），屡颁严旨，谓不虑诸臣操之过切，只愁诸臣畏之过甚耳。予明知禁烟妨碍奸夷大利，必有困难，而毅然决然不敢稍存畏葸之心者，盖以身许国，但求福国利民，与民除害，自身生死尚且付之度外，毁誉更不计及也！
“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”
1840年6月，当英国侵略者的兵船到达广东海面的时候，正是整个中华民族面临兴衰成败的关键时刻。经过林则徐的苦心经营，妥善布置，广东沿海已经成为铜墙铁壁。侵略者在连碰几次钉子之后，知道广东不能轻易得手，只好冒险北上以图一逞。如果“从浙江到直隶”的沿海各地文武官员能够负起守土之责坚守三五个月，则劳师远行的侵略者因为补给不易，必然败退。经过这次“鸦片之战”的冲击，长期闭关自守的中国人也许会惊醒过来，在林则徐这样一些先进人物的带动之下，开始学习西方，从此走上变法图强的道路，这并不是不可能的事。君不见：
14年后，美国用武力打开日本门户，促成了日本的明治维新，从此日本走上了近代化的道路。
19年后，洪仁 到达南京，献上《资政新篇》，劝太平天国天王洪秀全推行新政。
20多年后，中国的“洋务运动”开始，当然，这是一种只要科学技术不要政治改革的残缺不全的“新政”。
可惜，当时已经被鸦片腐蚀了的清王朝完全容不得像林则徐这样具有先进思想的人物，他们立了大功，仍然逃不了被排斥的厄运。就在定海失守的两个月之后，林则徐、邓廷桢两人被革职，以对禁烟一事“办理不善”的罪名，“分别交部严加议处”。
在这样的关键时刻，腐败的清廷竟在抗英前线上撤下了林则徐与邓廷桢，等于自毁长城，自决长堤，从此，大局急转直下，一溃而不可收拾。清廷任命满人琦善为两广总督，到广东来与英人议和。他为了“得外洋之欢心”，不惜“一切力反前任（林则徐）之所为”，到任之后，即断然裁兵，撤防，把林则徐招募的民兵、水勇一律遣散，听任英船出入内河，不加禁阻。在议和中，他擅自答应赔款、割地。他对力守虎门炮台的关天培拒不增援，坐视关天培因弹尽援绝而战死，让林则徐所购置的380门西洋大炮全数落入英军手中。在他这些倒行逆施被揭发之后，清廷把他逮捕回京治罪。此后，清廷或战或和，举棋不定，直到吃了几次大败仗之后，才被迫与英军在南京订立了城下之盟———南京条约。从此，“堂堂天朝”就下降为许多强国共有的半殖民地。
林则徐被革职后，有一段时间还在浙江军前效力，“戴罪图功”。后来清廷一再打败仗，就拿林则徐出气，把他“从重发往伊犁效力赎罪”，充军到新疆去。当时黄河在河南东部决口，工程繁重，缺人主持，清廷军机大臣汉人王鼎奏请留下林则徐协助办理河工。林则徐虽然受尽了折磨，心情沉重，但因为治河是救民于水火的大事，他还是勇敢地把这一重任承诺下来。经过几个月的辛劳，河工如期完成。本来治河有功，他应该免罪或者减罪，但是这时清廷求降困难，道光心情烦躁，迫令林则徐仍去伊犁，不得耽搁。1842年8月，也就是《南京条约》签订之时，林则徐从西安启程西去。他写了家书，附诗两首，其中的一首为《赴戍登程口占示家人》。诗曰：
力微任重久神疲，
再竭衰庸定不支。
苟利国家生死以，
岂因祸福避趋之！
谪居正是君恩厚，
养拙刚于戍卒宜。
戏与山妻谈故事，
试吟断送老头皮。