总之，在江苏巡抚任上他做了不少好事。例如他在巡抚衙门里修了一个小小的仓库叫做“丰备仓”。其中所保存的谷子是由他带头捐输和向一些士绅劝募来的。数量虽然不多，好处是能应急。老百姓有个什么小灾小难，立时三刻就可以得到帮助。
又如他在衙门的后园里辟了一块试验田，种了早稻、晚稻。这里既是他和部下“躬亲农事”（公余从事劳动）的地方，又是一块示范农场，有什么改良品种，可以在这里试种。
他还在苏州扩建了育婴堂，收养了许多弃婴、孤儿和残废儿童。他利用一些公房新建了学塾，对于许多私塾也给予帮助，使苏州的街头到处可以听到琅琅的读书声。
林则徐在江苏只当了几年“父母官”，他所做的一些好事并不很大，只能算是涓涓细流。但是这些涓涓细流已经汇集到滚滚洪流之中，推动了这一地区经济和文化的发展。《清史稿·林则徐传》中说：林则徐所从事的这些建设“为吴中数十年之利”，这个估计是正确的。这一地区经济文化的发展直到今天还在全国名列前茅，林则徐功不可没。
勇敢承担禁烟大任
林则徐受命南下主持禁烟一事，并不是意气风发的奉旨出征，却是明知不可为而为之，抱着一种我不入地狱谁入地狱的牺牲精神而慷慨上路的。临行之前，他对他的老师沈鼎甫说：“生死，命也；成败，天也；苟利社稷，敢不竭股肱以为门墙辱。”也就是说：“此行的成败是没有把握的。对于国家民族有利而又非做不可的事，我只有拼命去做，尽人事而听天命，以期不负老师的教诲。”当时他的头脑十分清醒，心中有数，不论事情成败，自己都会因此付出极大的代价。
禁烟一事为什么会有这么大的困难？这得从头说起。鸦片烟是由罂粟制造出来的。罂粟这种植物，是唐代由阿拉伯商人所输入。当时罂粟只用来制药，是外科手术时所用的麻醉剂。用枪管灼火吸食鸦片的方法，是明末清初由葡萄牙、西班牙与荷兰人输入的。以后英国的东印度公司成立，在印度大量种植罂粟，所制造出来的鸦片主要向中国倾销，获取暴利。我国先按阿拉伯语Af yun把鸦片译为阿芙蓉，后又据英语O pi um译为鸦片。吸食鸦片，起初能够提神醒脑，治好一些小病，又有飘飘欲仙的快感，所以很吸引人。等到成瘾，就无法戒断，身体瘦弱，形销骨立。鸦片之害，清代前期已经从南至北，蔓延到北京一带。乾隆年间下令禁止，规定“国内商人贩卖鸦片者，枷一月，杖一百，遣边充戍卒三年；侍卫官吏犯者罢职，枷二月，杖一百，流三千里为奴”。由于有利可图，虽有禁令，贩者自贩，吸者自吸。乾隆末年每年输入鸦片约2000箱（每箱百斤），嘉庆年间增至4000箱，道光初年增至10000箱，道光十五年（1835）猛增至30000箱，约值白银2000余万两，是国家财政上的一大漏卮。鸦片的泛滥成灾，不仅使国库空虚，官民健康受损，而且使社会风气败坏，动摇国本。一些有见识的官员纷纷奏请禁烟。道光十八年（1838）初鸿胪寺卿黄爵滋上书力言鸦片之害，主张对犯禁者处死刑。首先响应黄爵滋的就是湖广总督林则徐，他直指鸦片为“谋财害命”之物。
不少官员慷慨陈词主张禁烟，道光也看到了此害不除，国将不国。为何迟迟不禁？因为内外都有阻力。当时西方殖民者最强大的是英国，他们为了攫取暴利，必然会或明或暗地支持鸦片贸易；满族的王公大臣多已成为瘾君子，国内的鸦片商人不仅长期给他们提供鸦片，还送来大量贿赂。由于利益的驱动，清廷的王公大臣、国内鸦片商人和不法英商已经勾结在一起，织成一张庞大的关系网，共同反对禁烟。因此在朝廷中有人主张严禁，有人主张缓禁。道光举棋不定，就下旨给全国的封疆大吏，要大家提出意见，以供参考。
道光十八年（1838）十月，皇帝收到各方覆奏28件，其中赞成立即禁烟的只有8件，不赞成者倒有20件。在这20件中，满人官员就占13件。知道了这个结果，力主速禁的黄爵滋不免灰心，只有等待皇帝作出最后裁决。这时候，林则徐的奏章中有几句画龙点睛的话，使得道光读后内心产生了极大的震动。这几句话是：
鸦片流毒天下，危害甚重，必执重法而雷厉风行……若犹泄泄视之，几十年后，中原几无可以御敌之兵，且无可以充饷之银。
就是这几句话，帮助皇帝下了立即禁烟的决心；就是这几句话，在古老的东方引发了一场鸦片战争；也就是这几句话，使得林则徐身不由己地走上禁烟战场的第一线，成为千秋共仰的民族英雄。
林则徐当时是湖广总督，虽然他是第一个响应黄爵滋的建议力主速禁的大员，虽然他在自己所管辖的湖北湖南两省之内已经厉行禁烟，而且卓有成效，但他并没有想到他自己会荣膺重任，成为主持禁烟的钦差大臣。因为他是汉人，按照清王朝的惯例，这样的重责大任不会落到汉人的头上。即使皇帝要用他，他大概也只能当个副职，从旁襄助而已。形势的发展，把他一步步推上了主角的地位。皇帝既下决心，就于道光十八年（1838）十一月召林则徐进京，研究禁烟办法。在13天里，林则徐被“召对十九次”（《清史稿·林则徐传》）。道光对他的一切建议十分赞赏，最后断然拍板说：“就由你出任钦差大臣，前往广东主持禁烟，内外诸事，全权处理。”随即下诏谕曰：
谕内阁：湖广总督兼兵部尚书衔林则徐，着颁给钦差大臣关防，驰驿前往广东，查办海口事件，所有该省水师兼归节制。
禁烟，本来只是个内政问题，怎么会派出钦差大臣到广东海口去查办？这是要彻查鸦片来源，矛头直指鸦片贸易的后台———英国殖民者。而且，林则徐挂的是兵部尚书衔（国防部长），又有权节制（指挥）广东水师（海军），这显然是一副不惜一战的姿态。既然皇帝为了彻底禁烟，对于外部的强敌都可以不惜一战，内部的王公大臣岂能阻挡得了！清王朝自开国以来，一共只颁布了三次钦差大臣关防，林则徐得此殊荣，实感意外。陛辞之日，他向皇帝表示了此行将全力以赴，不获全胜决不收兵的决心。这是他和道光最后一次见面，从此以后，一直到他充军、复起，以至病故，就再也没有机会和道光见面了。
小心翼翼做大事
如果是有官瘾好虚荣的人当了钦差大臣，就会大摆威风，要沿途地方官接送，因为惯例如此，无可指摘。林则徐则不然，他在南下广州的途中，完全是低调处理，偃旗息鼓，毫不张扬。出发之前就给沿途的州县驿站发了正式通知《本部堂奉旨前往广东查办海口事件传牌稿》，其中说：自己此行“并无随带官吏书吏”，只有几名“随身人员”，沿途乘轿坐车雇船，费用一律自付，所经各地州县不必张罗迎接事宜；至于临时住宿之处“只用家常饭菜，不必备办整桌酒席”；自己随身人员“不许暗受分毫”钱财礼物。他发这个通知，一是杜绝给钦差送礼行贿的歪风，二是防止地方官员及身边随从借机勒索敲榨。他还一再申明，这些规定并非官样文章，如有违犯，定当严惩。
他们走到江西，正遇到大风雪，除夕和元旦都在大风雪中度过。道光十九年（1839）三月，他们到达广州，随即在办公的衙门门口挂出一块公告（《关防示稿》），说明钦差随行人员一律在公馆用餐，不要地方供应。钦差出门坐轿，也是自己雇人，不须地方伺候。晚清官场腐败成风，大小官员无不讲求排场，像林则徐这样一位钦差居然清廉如此，使人耳目一新。广州的老百姓一传十，十传百，不久之后，林青天到广州来查禁鸦片的消息就传遍了全城。
林则徐一路南来，一直忧心忡忡。因为此行任务艰巨，内外阻力都很不小，稍一不慎，就会招致失败。为了取得最后的成功，他必须小心翼翼地前进，一步也不能走错。
第一步，他需要力争两广总督邓廷桢的支持。虽然皇帝已经下旨，要广东督抚全力协助禁烟，但他早已知道邓廷祯是主张“缓禁”的人物，如果他不真心支持，只抱着应付态度，工作中就会遇到很大的困难。幸好邓廷祯不是腐败官僚，他之所以主张“缓禁”，只不过是担心自己的水师实力不够，敌不过西方殖民者的兵船，想争取时间充实军备而已。因此，林则徐就尽最大的努力去争取他的同情。由于敬佩林则徐的勇于任事，邓廷桢迅速地改变了态度，从原来的主张缓禁一变而为主张速禁，公开表示愿意“共矢血诚，俾祛大患”，从此与林则徐站在一起，并肩战斗，直到最后与林则徐同受处分，也都无怨无悔。
第二步，林则徐以自己的实际行动来打破中外鸦片商人想以行贿来解决问题的幻想。当时清王朝的贪污腐败举世闻名，连英国政府也知道，通过外交谈判发展正常贸易千难万难，通过行贿手段维持鸦片走私却十分容易。但是他们想尽一切办法都无法收买林则徐。林则徐则通过给洋商的谕帖表明了自己的态度：“若鸦片一日未绝，本大臣一日不回，誓与此事相终始，断无中止之理。”必须让中外鸦片商人知道此路不通，不存侥幸心理，他们才会老老实实地接受禁烟的法令。
第三步，林则徐在采取行动之前，已经摸清了鸦片走私的内幕，和主要的中外鸦片商人的情况，以及当时他们存烟的数量。所以到任之后立即开始查办，把勾结外商走私鸦片的13个商行的老板都集中到越华书院附近暂住，听候审问，并且禁止外商离开广州。随即颁布“谕帖”两份，一给本国商行，要他们“责令夷人呈缴烟土”；一份给外商，由商行转交。中外鸦片商人慑于林则徐的声威，不敢公开对抗，大家决定共缴鸦片1037箱（每箱百斤），以图搪塞。由于林则徐早已掌握了真实数字，他们搪塞不了，最后只有如数缴出。经过38天，林则徐总共收缴鸦片19187箱又2119袋，总重量为2376254斤。对于这些鸦片，林则徐奏准后就地销毁。过去销毁鸦片，是拌桐油用火烧毁，但是事后仍有残渣存在。他是采用以石灰水销毁的办法，挖大水池以石灰铺底，再把鸦片倒入浸泡，最后把整块的石灰投入，池中沸腾起来，就可以把鸦片销毁干净。从1839年6月3日（道光十九年四月二十二日）开始，经过20多天的努力，才把这一大批鸦片销毁完毕。这次在海内外万众瞩目之下的虎门销烟，大长了中国人的志气，大灭了英国不法官商的威风。对于禁烟大业，林则徐又稳稳当当地跨出了一大步。
第四步，一时的胜利不足恃，为了长期禁绝烟毒，林则徐要求各国商船来到广州进行贸易的时候，必须具结，否则不准进口。具结的内容是：“永不夹带鸦片，如有带来，一经查出，货尽没官，人即正法，情甘服罪。”当时的外国商人，为了获利，不怕飘洋过海，来到中国，对于中国这块市场，他们是舍不得放弃的。他们不怕没收货物，但是对于中国的“正法”（杀头），实在非常害怕。因此在“人即正法”这一点上，一再进行讨价还价。林则徐持强硬态度，绝不松口。相持了一段时间，除了狡猾的英国外交官义律（C harl es El l i ot）一再暗中阻挠，不让英国商船具结之外，其他愿意从事正当贸易的各国商船一一具结进口。这样，对英国的贸易实际上已经暂时停止，促使其他各国特别是美国的商船来得更多，出现了外国商船一次带来银元一二百万元这种“近年颇为罕见”的可喜现象。连年白银外流的情况开始扭转。
第五步，为了保证取得最后胜利，林则徐努力学习国际知识，不断修改外交策略，争取各国外商的支持，孤立从事鸦片走私的英国。魏源《圣武记》中说：“林则徐自去岁至粤，日日使人刺探西事，翻译西书，又购其新闻纸。”当时的《澳门月报》也说：“林则徐留心外国事务，观其知会英王信函，足见其学识长进之效验。”他还委托一位美国医生代他翻译《万国公法》。当时林则徐已经年近花甲，为了完成禁烟这件大事，他竟能在公务之余如此努力学习“洋务”，实在大不容易。他的努力确有效果。首先，他采用“以夷制夷”的外交手腕，利用各国商人之间的利害冲突，争取了澳门的葡萄牙人与美国商人的支持，顺利完成缴烟工作。当时美国商人虽也进行鸦片走私，但是他们从事正当贸易的人更多。禁烟令下达后，美国商人权衡利害，首先答应缴烟。林则徐对他们给予不少方便，使中美贸易的数额在各国中迅速跃居首位。就是对英国商人，他也不是一概排斥。他一再鼓励英国商人从事正当贸易，不少英国商船也愿意具结进口，只因义律从中阻挠，所以难竟全功。他曾经两次给英国女王写信。第一封信的内容已经不得而知。第二封信写于1840年1月，信中说：
向闻贵国王存心仁厚，自不肯以己所不欲者施之于人；并闻来粤之船，皆经颁给条约，有不许携带禁物之语；是贵国王之政令本属严明，只因商船众多，前此或未加察，今行文照会，明知天朝禁令之严，定必使之不敢再犯。
他虽明知英国政府是鸦片走私的后台，但是仍很策略地把他们的政府与走私商人区别开来，这就给英国政府留了面子，留出交涉余地。
第六步，做好整军备战的工作。林则徐在皇帝召见之时早就估计到严禁鸦片必然损害英国殖民者的利益，有引起战争的可能，应该有所准备，万不得已时不惜一战。这一点必然已经得到皇帝的认可，皇帝要他“节制水师”，就是明证。不过他的任务是禁烟，不是打仗。他的一切工作从一开始就是本着“不怕打仗，但是不愿打仗”的原则进行的。他得到邓廷桢和水师提督关天培的支持，禁烟、缴烟工作一直在广东水师保护之下进行。
广东水师和外商接触的机会很多，在鸦片走私十分猖狂的时候，官兵难免会有一些包庇走私，接受贿赂的现象。林则徐对于惩治贪污从来十分严厉，但是对于广东水师中的犯罪行为却能从轻处理，要他们戴罪立功。同时又召收熟悉水性的当地的渔民、户加以训练，让他们为国效力，来充实国防力量。
在缴烟工作中，由林则徐带头，率领一些文武官员轻舟出海，在外国兵船的炮火射程之内去收缴走私的鸦片。水师官兵亲眼所见，无不感动。所以在后来的几次小冲突之中，水师官兵忠勇奋发，连打胜仗，为国立功。
1839年9月，广东水师参将赖恩爵率领兵船三只在海上巡查，突遇英国的义律率兵船、武装商船多只经过。因义律首先下令开炮寻衅，双方发生冲突，激战10个小时，英船被击沉1只，其余船只向外洋逃窜，英方死伤17人，中方死伤8人。首战获胜，民心士气得到很大的鼓舞。
过了两个月，冲突又起。当时有两艘英国商船愿意遵令具结进口，义律却派兵船到穿鼻洋面阻止。水师兵船奉命保护守法的英国商船进口，双方发生冲突。水师提督关天培亲自督战，英国兵船负伤逃走。前后10天，双方接战7次，中方都获胜利，英方兵员的伤亡远比中方为多。