（一）寻找病灶的模式
随着现代解剖学和生理学的建立与发展，18世纪医学的另一个重要分支建立起来，就是病理解剖学。在解剖大量尸体的基础上，将解剖结果与正常器官的解剖结果相比较，解剖学家和外科医师开始系统地认识到器官异常。病理解剖就此建立起来。代表人物是莫干尼（Giovanni Battista．Morgagni， 1682—1771），代表著作是《论疾病的位置和原因》。
由于病理解剖学的发展，西方医学确立了“寻找病灶”的医学模式，得以摆脱“调整四体液平衡”的整体论模式。直到今天，西方医学的基本原理也还是找病灶。在此之前，医师面对患者的时候，通常是整体地判断患者的4种体液出现了怎样的失衡，然后利用一些手段笼统地调整平衡。例如患者腹痛、寒战，医师诊断患者体内有过多的冷、干性质的黑胆汁，于是给患者开处一些湿、热性质的药物，以此平衡黑胆汁。虽然腹痛、寒战的症状可能缘自人体很多器官的损害，如胃、十二指肠、盲肠、脾、胰等；而且疾病性质也有不同，如细菌感染、平滑肌痉挛等。但在古代医学模式下，医师还没有寻找准确病灶的观念和能力。确立“寻找病灶”的观念，这个变化是非常深刻的。
寻找病灶的医学模式，粗略讲可以将其比喻为人类社会的“户籍制度”，而医师在这里扮演的角色便是“警察”。西医在现代解剖学的基础上，伴以现代生理学、病理学等学科发展，将人体的组织结构进行了详细的客观的确认和记录。小到血液中的每一种细胞，都有它自己的身份记录。如果我们将人体比作一个人类城市，那么组成身体的各种成分就像组成城市的人民一样，西医给每个人都建立了明确的户籍记录。张三、李四、王二麻子（红细胞、白细胞、转氨酶），等等。警察局（也就是医学界）详细客观地记录着每个人叫什么名字、住在什么地方、负责什么工作、长什么样子等。一旦人体出现问题，警察（医师）便拿着户口簿挨家挨户检查户口，看看究竟谁家出了问题。并且，在正常户籍档案以外，警察局还有另一套档案，就是常见的坏蛋分子的黑名单，或者叫做通缉令。警察（医师）一手拿着户籍档案，一手拿着通缉令，挨户排查。一旦发现坏蛋分子出现，当场拿下；如果没有坏蛋分子，只是居民自己出了问题，比如张三不在自己家里呆着，反而住到了李四家里，搞得李四家里鸡犬不宁，那么就想办法把张三搞回去。这是一套点对点的，针对性极强的模式。
今天的患者去看西医，医师会开出大量的检查单、化验单。其中大部分化验与检查的目的，就是为了明确病灶。医师要根据这些化验与检查结果判断究竟是体内哪一个器官组织出现了问题，究竟是胃、十二指肠、胆囊，还是别的什么。所以，当医师开出化验单的时候，不论是胃镜、心电图、X线，还是尿常规、便常规等，我们首先意识到，他正试图通过这些检查与化验，发现可疑的器官组织，同时排除正常的器官组织。普通患者容易出现对医学的盲目崇拜，将各种化验与检查看得神秘高深，其实这是不必要的。再尖端，再昂贵的仪器检查，其目的与作用仍不出最基本最朴素的几条，就是寻找病灶、辨别病原体。知道疾病发生在哪个器官（比如肠道），知道是什么病原体在捣乱（比如痢疾杆菌），这两条是西医诊断的最核心最主要的内容，一切治疗必须以此为基础。其他如增强免疫力等处方，通常都是附加的。