尽管对常委会会议、主任会议、专门委员会会议作了制度规范，但在实践中，也存在一些问题。如三会的职能衔接还不够紧密，一定程度影响了人大常委会依法高效开展工作。一般说，常委会会议是人大常委会履行职权的主要载体，主任会议、专委会会议都是围绕常委会会议开展工作，为常委会会议作准备、提供服务的。所以，主任会议和专门委员会会议与常委会会议有一个工作内容与工作程序的衔接问题，使主任会议、专委会会议的针对性更强，效率更高。又如六个专门委员会议事规则不够统一完善的问题。市人大七个专门委员会中除法制委员会履行统一审议职责在议事程序上有所区别外，其他如内务司法、财政经济、教科文卫体、城建环保、农村、民族宗教六个专门委员会，在议事的程序上应该大致相同。但实践中，对专门委员会议事应遵循什么规则缺乏深入研究和法定规范，阻碍了专委会议事规则的进一步科学规范。
2不断完善常委会履职的专项工作制度
在工作制度建设方面，随着《立法法》、《行政许可法》、《监督法》等法律的实施和2005年中央9号文件精神的贯彻执行，常委会在不断总结经验的基础上，制定了规范立法、监督、讨论决定重大事项、选举和人事任免等方面工作的法规24件，以及代表工作、信息、培训、会议会务等方面的规范性文件近30件，有效发挥了法规制度对人大工作的规范、引导作用。
第一，积极构建民主立法与科学立法有机统一的立法工作制度。2001年2月市十一届人大第四次会议通过了《北京市制定地方性法规条例》，为规范本市制定地方性法规活动，实行统一审议制度，完善立法程序，提高立法质量提供了制度保证。市人大常委会认真贯彻《立法法》和本市制定地方性法规条例，在健全具体工作制度、规范立法程序上狠下工夫，先后制定了北京市地方性法规草案起草工作规程、常委会立法规划编制与实施工作规程、常委会年度立法计划编制工作规程、地方性法规公布工作规程、代表提出的法规案办理工作规程、常委会立法听证工作规程、地方性法规解释工作规程、地方性法规清理工作规程、地方性法规合法性评估工作规程、地方性法规立法公示工作规程、常委会法规汇编工作规程、常委会规章备案审查工作规程、常委会立法专家咨询工作规程等16项立法工作规程、规则和规定，将立法工作纳入法制化、科学化、民主化、规范化的轨道，对提高立法质量起到了十分重要的作用。逐步形成了市人大法制委员会统一审议，人大专门委员会和政府部门分工合作，人大代表积极参加，人民群众有序参与，专家顾问咨询参谋，市人大常委会审议通过的立法体制和工作机制。建立了人大代表、人民群众参与立法的工作机制和立法公示、立法听证制度。从立法规划的制定、法规草案的起草到法规草案的审议全过程，吸收人大代表和人民群众广泛参与。2003年和2008年两次公开征求市民对五年立法规划草案的意见，把民主立法扩展到立法源头，群众踊跃参与，社会反响强烈。这些措施的实行，既提高了立法的质量，也为法规的实施打下了坚实的民意基础。
第二，积极构建以监督权力运行为核心的监督工作制度。1996年，市十届人大常委会制定了《北京市预算监督条例》，逐步将预算监督纳入制度化轨道。2006年《监督法》颁布实施后，市十二届人大常委会在总结监督工作实践经验基础上，先后制定了《北京市人民代表大会常务委员会机关贯彻实施监督法若干意见》、《北京市各级人民代表大会常务委员会听取和审议人民政府、人民法院和人民检察院专项工作报告办法》、《北京市各级人民代表大会常务委员会检查法律法规实施情况办法》、《北京市人民代表大会常务委员会办公厅关于市人大常委会行使监督职权情况向社会公开的试行办法》。2007年3月再次修订了预算监督条例、常委会议事规则等，废止了监督司法工作条例，使监督工作形式、程序更加符合国家法律，更加规范有序，有力地推动了监督工作的开展。
近年来，市人大常委会按照围绕中心、突出重点、依法办事、讲究实效的思路，抓住本地区具有根本性、全局性、长远性的重大问题开展监督工作，不断扩大公民的有序参与，把人大监督与群众监督有机地结合起来，年度监督计划和重要的监督项目向社会公开，征求市民意见。在听取和审议专项工作报告、开展执法检查等监督活动中，吸收相关领域的人大代表参加，进行广泛深入的调查研究，充分了解人民群众的意愿和要求。市人大及其常委会改进工作方法，创新工作机制，完善预算监督制度，坚持每半年听取预算执行情况报告，审批决算前听取审计工作报告；常委会工作机构每季度听取预算执行情况报告，综合分析全市经济运行情况，衡量预算执行效果；进一步加大对经济运行情况的监督力度，使计划、预算监督工作的内容、程序更加完整和系统。从2004年开始，每年选择若干重点部门和重点项目预算进行跟踪监督，预算监督工作点面结合，逐步深入。市人大常委会不断改进执法检查方式，实行全面检查与专项检查相结合、集中检查与分散检查相结合、明查与暗访相结合、定点检查与随机抽查相结合，这些措施保证了法律的贯彻执行，切实增强监督工作的实效。
第三，不断完善人事任免工作制度。2000年，市十一届人大常委会制定了《北京市人民代表大会常务委员会任免国家机关工作人员条例》。2007年根据《监督法》进行了修订。市人大常委会依法规范了行使人事任免权的具体范围和工作程序，始终坚持党的领导，充分发扬民主，严格依法、按程序办事，正确处理好市委推荐干部与常委会依法决定任免干部的关系，把党管干部原则与常委会依法履行职权有机统一起来，在工作中做到“三坚持、三严格”：一是坚持党组会议通报情况，严格主任会议制度。在常委会会议召开前，凡遇提请重要人事任免议案，按照市委的部署安排，由市委及时向常委会党组通报情况，加强常委会党组对人事任免工作的领导。凡需常委会审议决定的人事任免事项，都必须经过主任会议决定提请。二是坚持按市委精神统一思想，严格常委会会议程序。常委会党组及时召开党员委员会议，讲明市委意图和人事调整安排，提出贯彻市委意图的具体要求。在常委会会议上，严格执行重要提名任职人员同常委会组成人员见面和提请人或者其委托人介绍拟任职人员情况的程序并请重点发表意见，以便于常委会组成人员准确了解拟任职人员的情况，正确依法履行职责。三是坚持常委会会议审议制度，严格任免表决程序。对市人大常委会主任会议和“一府两院”提请的任免案，严格按照常委会会议的审议程序，分别逐项进行表决，依法任命国家机关工作人员，为本市国家机关协调高效运转提供组织保障。
第四，不断完善代表工作制度。市人大常委会不断提高对代表工作重要性的认识，把加强代表工作作为人大常委会的一项基础性工作抓实抓好。1983年开始，市人大常委会就以完善代表议案建议提出、办理制度入手，加强代表工作，先后制定了关于议案的若干暂行规定、实施代表法办法、代表建议、批评和意见办理条例、代表视察办法等。特别是2005年中央下发9号文件以后，市人大常委会把加强代表工作作为当前坚持和完善人民代表大会制度的一项重要内容来抓，不断完善代表工作制度、规范代表活动形式、构建代表工作格局，加强代表与原选举单位的联系。2007年，市人大常委会在总结历届代表工作经验基础上，研究提出了《关于进一步加强人大代表工作的意见》，并以市委文件进行转发，进一步推动了代表工作的深入开展，为保证代表依法行使职权、履行义务、发挥作用起到了积极作用，代表工作出现了新局面。
3建立健全常委会工作机构自身运转的规则体系，以及常委会机关各项工作程序
在增强机关干部素质能力建设的同时，常委会工作的基础建设也不断加强。各部门把加强调查研究工作作为提供服务保障的基础环节，围绕常委会立法、听取和审议专项工作报告、执法检查、督办代表议案和建议等重点工作，进行深入的调查研究，为常委会审议和决定重大事项做好充分准备。办公厅与各部门在基础工作制度建设上狠下工夫，先后制定各项规章制度135项。各部门普遍建立了工作规则、办事程序、会议保障和各项服务制度等，依法按程序办事，规范文书草案，理顺审批环节，提高工作质量，加快工作节奏，增强工作实效，使常委会机关工作统筹运行、协调一致、务实有序，更加团结和谐。
常委会结合人大工作特点，创造性地提出了项目管理的工作方法。根据立法、听取和审议专项工作报告、执法检查、立法调研等项目，确定一名常委会工作机构负责人为项目组长，把机关各厅、办、室的同志们，以及常委会组成人员和市人大代表组织起来，成立项目组，充分发挥每一位常委会组成人员的主动性、积极性和创造性，把常委会工作和常委会机关的工作，与组成人员、人大代表行使职权有机地联系起来。为进一步推动项目责任制的落实，常委会开展了工作项目质量实效评价试点工作。按照“坚持正确政治方向，完善科学工作方式，提高工作质量和实效”的总体要求，采取自我评价与民主测评相结合、工作评价与干部绩效考核相结合等方法，对厅办室完成项目任务的工作质量和实效进行评价，推进机关改进工作，不断提高为常委会依法履行职责的服务保障水平。
4建立健全人大与“一府两院”的公文模式、会议文件的起草制度
本届人大常委会在深入把握人民代表大会制度优越性与人大工作定位基础上，提出人大的评价体系跟政府的评价体系不能完全一样，对“一府两院”提交给人大的工作报告，包括给代表大会的工作报告，要按照法律评价、公众评价、效果评价相统一的原则进行人大自己的评价。这是人大确立新的工作评价体系的指导性原则。即要以科学发展观为指导，按照党的领导、人民当家作主和依法治国有机统一的要求，进行法律评价、公众评价和效果评价，避免与政绩评价体系相混淆。只有这样，人大才能够提出有针对性、可操作性的意见建议，推动和帮助政府依法行政、“两院”公正司法。首先，常委会从自身做起，在市十二届人民代表大会第五次会议上，常委会改变了以往工作报告的写法，更加突出人大常委会在保障人民当家作主中的作用，更加突出人大常委会在推进首都民主法治建设中的作用。2009年，常委会以作风建设年为契机，提出要改进学风、文风、会风，大兴调查研究之风，提高会议文件质量。常委会着力要求压缩各项报告篇幅，专门委员会、政府提交常委会审议的各项报告、执法检查报告等，都要简明扼要，说真话、说实话，减少空话、套话。其次，积极与政府沟通，努力使政府转变观念，逐渐使政府在代表大会会议上的工作报告由动员功能转变为接受审议批准的功能，使政府在闭会期间向常委会会议作的专项工作报告由工作总结性质转变为接受审议的性质。再次，针对“两院”工作报告在人民代表大会会议期间得票率不是很高的情况，常委会认为，尽管“两院”每年做了大量工作，但得票率表明“两院”工作没有得到人民群众充分认可。这里除了工作尚需努力之外，“两院”工作报告的写法上也需要进一步改进。“两院”的工作报告要从总结性的报告转变为回应性的报告，不要简单地汇报自身工作情况，工作成绩要实事求是地反映，工作中的困难和问题也要实事求是地反映，特别是不能回避矛盾，要努力从人民群众关注的问题出发进行回应和解答。
（四）人大常委会重要工作关系（外部）的现状
主要是逐步正确处理好以下六个方面的关系（从工作方式角度）：
1正确处理人大常委会和党委的关系
一是坚持重大事项请示报告制度。坚持将常委会年度工作安排在人代会前请示市委，把党的意志通过法定程序转化为国家意志。市人大常委会每年的年度工作要点、立法计划和规划、监督工作计划等重要工作安排；每次市人民代表大会召开之前，大会日程和工作安排、主席团名单草案和大会组织筹备工作等重大事项；每次市人大常委会召开会议之前，对会议即将审议的法规和其他议案中涉及的重大问题，市人大常委会党组都要及时向市委请示、报告。坚持将市委的重大决策部署落实在常委会履行职能和开展的各项工作中；市人大常委会党组紧密结合人大工作实际，妥善处理和协调好各方面的关系，加强对常委会日常工作的领导。除一些必须报告的程序性事项之外，坚持主动汇报某些专项工作，积极沟通，争取支持；二是参加市委的有关重要会议。市人大常委会党组领导同志列席市委常委会会议，市人大常委会组成人员列席市委召开的重要会议，市人大常委会工作机构的负责人列席市委全委会会议，及时了解掌握市委的有关重要精神，把握全市的中心工作，参与研究有关重大问题，提出意见建议。三是保证党的路线方针政策和市委工作部署的贯彻落实。按照市委的部署要求，召开常委会组成人员中的党员会议，通报情况，听取意见，统一思想，提出要求，保证市委推荐的干部依法任命。加强党对人大选举工作的领导，在代表大会期间，发扬民主，充分尊重代表意愿，引导代表依法正确行使民主权利，保证选举工作依法有序顺利进行，使党组织推荐的人选顺利进入国家政权机关，党的主张通过法定程序成为国家意志。四是善于把代表和人民群众的意见通过人大常委会反映到党委，转换为党委的意见，让党委理解和接受人大常委会反映的民意，并不失时机地通过党委主张和人民意愿有机结合起来，上升为国家意志，使人大工作更具创造性和活力。
2正确处理人大常委会和“一府两院”的关系