（六）完善管理体制。按照财力与事权相匹配的原则，科学配置地方各级政府的财力，增强市（地）、县（市）政府提供公共服务的能力。继续推进省直接管理县（市）的财政体制改革，有条件的地方可依法探索省直接管理县（市）的体制，进一步扩大县级政府社会管理和经济管理权限。
进一步理顺和明确垂直管理部门与地方政府权责关系，建立健全协调配合机制，严格执法监管。
（七）严格控制机构编制。要严格控制机构数量，中央规定的地方各级政府机构限额不得突破。对人员编制实行总量控制，各省、自治区、直辖市行政编制总额不得突破。在同一层级内，可根据职能的调整，对人员编制实行动态管理，优化结构。需要跨层级调整行政编制的，必须按程序报批。严格按规定核定部门领导职数。
严格执行机构编制审批程序和备案制度。加强对机构编制规定执行情况的监督检查，对违反规定的要认真查处，限期纠正。建立健全机构编制管理与财政预算、组织人事管理的配合制约机制，建立完善机构编制考核、责任追究制度，积极推行机构编制实名制管理。严禁上级业务部门干预下级机构设置和编制配备。
（第四节 政府职能定位和机构设置
在新的形势下，深化政府行政管理体制改革，正确回答政府是什么、该干什么和能干什么的问题，必须牢牢把握政府的职能定位，必须牢牢把握政府的活动边界。
第一，进一步转变政府职能。市场经济条件下的政府职能主要在四个方面：经济调节、市场监管、社会管理、公共服务。此外，战略规划、安全保障的职能也要加强。目前，我们的政府机构和管理体制尚不适应市场经济发展的要求，各级政府及有关部门都要坚决把不该管、管不了、也管不好的事，进一步交给企业、市场、中介机构和城市社区，使政府能够集中力量履行好自己的核心职能；在综合运用经济、法律和必要的行政手段继续履行好经济调节和市场监管职能的同时，更加注重强化社会管理和公共服务职能，增强构建和谐社会的能力；在经济全球化背景下，注重政府对国际经济的协调能力，加强外交、国防等维护国家统一的主权职能，为中国式和平崛起创造条件。
第二，提升政府管理经济的能力。发展是执政兴国的第一要务。政府必须抓经济发展，但要彻底改变计划经济体制下形成的直接干预微观经济活动的做法，彻底改变主要用行政手段管理经济的方式方法，必须学会用经济的、法律的、舆论的手段调控经济的运行。要规范市场准入和退出、强化市场监管、加快社会信用体系建设，着力为各类企业创造良好的市场发展环境。要恪守WTO的国际贸易规则，加快建立并完善国际经贸的磋商机制，努力提高国际经贸磨擦和争端的解决能力。从根本上说，提高政府领导经济工作的能力，就是要深刻认识和正确把握社会主义市场经济发展的内在要求和运行特点，增强全面落实科学发展观的意识和能力，增强按市场经济规律管理经济的意识和能力，增强按国际通行规则办事的意识和能力，增强主要运用经济、法律手段调节经济运行的意识和能力。
第三，注重并切实加强社会管理。市场经济的发展和社会经济结构的深刻变化带来了经济利益的多元化，使过去原有的社会管理体制和方式越来越不适宜新阶段新形势发展的要求。由于经济和社会发展中政府的社会管理职能尚不到位，社会上存在着一些因征地拆迁、移民安置、企业改制、劳资纠纷、就业保障等引发的利益矛盾和冲突，受损群众的利益需要政府和社会来维护。由于劳务经济的发展和人口流动的加快，城市社区和社会组织逐渐增多，政府的社会管理职能越来越重要，任务也越来越繁重。要通过制定社会政策和法规，依法管理和规范社会组织、社会事务，要充分整合并运用各种社会资源来进行社会管理，要紧紧抓住协调各种利益关系这个关键，综合解决群众反映强烈的突出问题，要大力强化基层基础工作，注重社会综合治理，促进社会公平和正义，维护社会秩序和社会稳定。特别是要加快建立健全各种突发事件应急机制，提高政府保障公共安全和处置突发事件的能力。
第四，加快建设服务型政府。坚持把以人为本作为建设服务型政府的出发点和归宿。由单一的、片面的发展观向科学的发展观转变，由以GDP衡量政府政绩向把公共服务水平放在突出位置的全面政绩观转变，加快完善考评运行机制；加强政务公开，建立了解民意、公众参与决策的规则和程序，强化政府行政责任制度与监督处置机制、群众诉求和利益维护保障机制的创新，把政府的公共服务置于公众的监督之下；充分发挥政府在公共服务创新中的主导作用，建立和健全公共财政体制，加大政府对农村和欠发达地区公共服务的投入，保证最低收入人群能够在教育、卫生、保障等方面获得最基本的公共服务；制定公共服务的标准，对公共服务的业绩、效率和成本进行科学的评估，以不断提高公共服务的质量和水平；通过招投标、合同承包、特许经营等市场化的运作方式来调节公共服务的供给和需求，降低成本、提高效率；要打破行政垄断，逐步开放公共服务领域，鼓励各种民间组织参与兴办公用事业和社会服务。根据不同公共服务项目的性质和特点，采用不同的供给模式，实现公共服务供给主体的多元化和供给方式的多样化，形成以政府为主导、各种社会主体共同参与的公共服务供给格局；大力推进公共服务的法治化建设，通过公法的变革来优化公共服务，通过一系列的实体法和程序法建构，为公私合作供给公共服务提供制度性的保障。
为了保证政府职能的实现，首先需要界定设置国务院和地方政府行政机构的原则，只有遵循这些，在实践中真正履行政府职能才有保证。
一是要按照现代市场经济国家治理结构的要求设置国务院机构和地方政府的机构。我们改革的目标是建设和完善社会主义市场经济体制，政府机构的设置，首先要适应市场经济社会的需要，哪些服务需要政府进行管理，哪些放由社会管理，让企业提供？对于市场经济的管制应当怎样管，管到什么程度，哪些管理可能阻碍投资、创业和就业，阻碍经济发展？这些都要进行认真的研究，以此来设置政府的机构和职能。
二是政治上要集中，经济上要分散决策，要形成统一的市场。要用政治上的集中保证中央的权威，保证国家在政治上的统一；用分散决策但又有分工协作、紧密联系的市场经济，包括国家管理的社保、转移支付等，保证国家经济上活力、统一和安全；市场经济下，投资、创业、要素分配（包括土地）等等，是分散决策的，要交由市场选择和企业、个人决策；相反，从前苏联的教训看，经济上高度集权，反而会导致各地政治上的分裂倾向。
三是宏观调控不宜过细、过繁、过杂。宏观调控主要是指中长期计划、重大发展战略规划、重大政策制定，特别重要的用财政税收和货币政策来对经济进行调节。目前，投资者和企业仍然感觉到投资、创业和经营，有许多行政环节需要攻关。有时开一个商场，需要盖60个左右的公章。投资者、创业者和企业的攻关成本在某些领域并没有降低下去，办事效率并没有提高。因此，仍然需要大量减少对具体项目的审批和许可。由于中国的就业压力日益严峻，如果政府在创业和就业方面管制过严，将会造成极大的社会不和谐问题。特别需要强调的是，应当按照世界许多国家通行的规则，允许非正规个体经营户和微型及中小企业发展，以降低它们与政府规制和行为有关的成本，增加非正规就业的容量。
四是不能把政府的市场监管等同于行政管制。市场统一是中央政府要管理的事务，而市场监管则是微观的事务，市场监管不能由政府事无巨细而全部管理起来，应当下放给基层地方政府，并配之以人大、法律、社会组织、新闻舆论等综合的方式加在监督和管理。市场监督管理机构，宜少不宜多；宜集中不宜分散；监督管理宜前置，不宜后置；执法不宜与收费和罚款相结合。目前，市场出了问题，就要加强管理。加强管理，就是组织落实。组织落实就是设置机构和机构升格。机构成立后，设置前置审批和许可，规定收费项目，扩大执法权力，成立执法机构，规定处罚项目和金额。于是政府的各机构都热衷于强调自己管理市场中的问题，以获得国务院给它们更多的授权和重视。最后，到经济社会中，政府市场监管之中的重复、交叉、矛盾执法现象非常严重，其收费和罚款使经济发展的投资、创业、经营、就业等空间越来越困难。
五是行政、执法与利益相分离。目前．行政和执法中的一个引起群众、个体工商户和企业非常不满的是，政府的许多行政和执法机构设置了许多收费和罚款项目，而且，其中绝大部分没有进入财政预算，称之为预算外资金。这种行政和执法收费和罚款，行政和执法与金钱相结合，使得行政和执法失去了公正和正义性，并且形成了机构和公务员合法的腐败。因此，行政、执法与金钱利益相分离，应当是建设廉洁、公正政府的最重要原则。
六是政府机构改革一定要编制与预算相结合。西方一些国家没有组织、人事和编制部门，而机构数量和官员及公务员规模却在数量上能控制住，其重要的原因就在于建立机构和增加公务员，需要有预算，而预算需要议会批准。实际上预算在控制编制，政府增加机构和人员的权力在议会，政府是不能自我膨胀的。中国为什么机构和公务员数量和规模日益膨胀，主要是预算与机构增加和人员膨胀脱节，许多政府行政和执法机构可以先设置进人，如果财政经费短缺，或者没有经费，可以给“政策”，即差额拨款，自己通过收费和罚款解决一部分；或者全部自己收罚解决；导致预算不能控制机构和公务员数量。
（第五节 政府机构设置新的实现形式
近两年理论界对政府机构设置和机构职能有一些新的研究，现根据有关发表的研究成果和内部研讨以及民间的各种议论，综合各种思路如下：
其一，逐步向“大部制、宽职能、少机构”方向发展。国务院所属机构可考虑继续整合，拓宽部委的职能和覆盖空间。中央政府规模可考虑适当扩大。根据中美两国中央政府规模的比较，为强化中央政府推动经济和社会发展以及应对各种重大危机的能力，在现阶段需要在对省级以下特别是县乡政府规模进行精简的基础上，适当扩大中央政府的规模。根据这个思路，除外交部（整合新闻办）、国防部、安全部、公安部外，逐步向大商务、大建设、大农业、大交通、大能源、大环保、大民生、大劳动人事、大文化、大财政、大科技、大司法、大民族宗教、大事务等过渡；加强改革的统筹协调和推动部门，以打破部门利益，可考虑重建国家体制改革委员会、设置国家金融保险管理委员会、继续整合国家发展改革委员会、国有资产管理委员会，新设总理预算管理办公室。此方案好处是加强了综合协调能力，减少了职能交叉，但由于力度较大，阻力也会较大，也有很大的困难。作为发展方向，是可以考虑探索的。
其二，探索政府决策、执行、监督适度分离的模式。在同级政府中，对以提供公共服务和行政执法为主要职责的政府部门进行权责分解，避免部门“一身三任”的弊端。理顺中央与地方的关系，中央部门以制定政策法规为主，地方对口部门以执行法律和政令为主，专门的监督部门一般实行垂直领导体制。目前中国政府的许多行政和执法门，包括一些有授权的行政性事业单位，有税收形成的财政支出供养的机构，如信访局等；由允许去收费交到财政再由财政下拨满足经费的机构，如工商、质监、药监、城管、交通公路等等，有吃财政拨款和收支两条线相结合的机构，如运政、交警等等；还有一大部分没有进入行政事业编制，由收支两条线和自收自支供养的一些非编制机构和人员，诸如政府临时性的某某办公室和大量的协管员等等。财政的“收支两条钱”，就是以前财政以没有经费为由，许多政府的机构，包括行政性事业单位，可以设立，可以增加公务员，但是，其经费财政不拨款，通过自收自支来解决。工商、质监等部门是典型的此类机构。后来随着个体户和企业的增加，财政发现这些机构收的费和罚的款，比它们需要的支出要多得多，再加上自收自支中私分、乱支、挪用和贪污问题较多，于是，进行了收支两条线改革：即收费和罚款先交上来，再由财政拨下去。这似乎杜绝了一些问题。然而，在这种体制下，几乎没有一个政府部门不收费。2004年政府各部门行政和执法收费和罚款9 367亿，检察院和法院收了356亿。根据新华社的报道，2005年全国仅行政事业性收费总额达4 000多亿元，越权立项、无证收费、收费不公示、任意扩大收费范围、随意提高收费标准等现象普遍存在。估计这个数额还不包括各种罚款。中央党校周天勇教授估计2006年政府各部门的收费罚款可能达到12 000亿，检察院和法院可能达到500亿。加上税收、社保、土地收入各种经费的征收，GDP的财政负担率高达30%以上，为发展中国家的最高限。这些收费和罚款，其中有合理的内容，但不合理的也混在其中，不合理的数量甚至可能超过合理的数量，群众真假难辨，有抵触也难有办法应对。政府各部门繁多的收费罚款，已经成为了扰乱经济秩序、破坏社会和谐的公害，严重影响党和政府在人民群众中的形象，也影响了社会的稳定与和谐。应当加快制定《行政收费法》，明确依法收费的原则，明确行政性收费标准的确立程序，明确设立收费项目的条件和标准，彻底破除“管理=收费”或“收费后不管理”的怪现象。