一是“财政漏斗”。由于一些地级市本身城区的经济体量较小，靠自身财力不足以每年拿出几个亿或更多的资金维持地级市运转，只能靠行政手段对下“抽血”、对上截留，下级县市敢怒不敢言。广西的东兴市是防城港市“代管”的县级市。东兴市财政局一位负责人告诉《瞭望新闻周刊》，由于防城港市本级的财政收入难以维持其自身的运转，财政收入较好的东兴市就被防城港市“抽血”，主要体现在以下几个方面：首先，按照《防城港市人民政府关于实行分税制财政管理体制的决定》，东兴市收缴的地税中要按照一定比例上交给防城港市。如2003年东兴市财政总收入1.9亿元，上交中央税收2 800多万元，上交防城港市180多万元。其次，采取各种办法截留上面划拨下来的资金。如2003年国家民委给东兴市民委80万元的项目资金，被防城港市截留30万元。上面拨给东兴市的各种专项资金有3 000多万元，都要经过防城港才能转到东兴，到年底还有900多万元的资金没有划到东兴市财政账户上来。
第三，行政划拨东兴市的“财源”到防城港市“管理”。东兴市是对越南经贸口岸，到越南的游客每人可收取旅游服务费145元，每年有几千万元的收入。防城港市用行政命令将这个收费权划到防城港市，东兴市的财政收入受到较大影响。
二是“权力漏斗”。福建省晋江市港口投资发展有限公司一位人士告诉《瞭望新闻周刊》，晋江市在深沪镇建一个化工储罐区，工程建好了，营业证却还没有办下来。泉州市港务局帮助协调让这个化工储罐区“试运行”，条件之一是晋江市每年要向泉州市港务局上交50万元的“货物港务费”。争权和争利益的事情不断在一些地级市和县级市之间发生。福建省的武夷山风景区原来一直归武夷山市（县级市）管理，但从前年开始，南平市设置了“南平市委武夷山风景区工作委员会”，南平市一位副市长任“一把手”，人事权收归南平市，形成武夷山市管旅游促销和日常管理，南平市管决策的局面。由于南平市的这位副市长分管工作太多，常常“十天半个月才来风景区上一次班”，很多事情要等他来上班时才能拍板。
三是“效率漏斗”。福建省晋江市有进出口业务的企业达700多家，企业进口商品要到省里面办理“自动进口许可证”，晋江市外经部门审核完后，企业还要经过泉州市外经部门审核才能报到省里。晋江市外经局一位副局长抱怨说：“泉州市外经局分管这一业务的只有几个人，他们不了解下面企业的具体情况，也不负责验货，却一定要盖上他们的章才行。”企业来回办手续耽误了大量时间。让晋江市企业恼火的还有泉州市金融机构的办事效率。晋江是县级市，尽管经济规模远超过福建山区的一些地级市，但是金融机构的管理权限还是县级行的权限，每笔贷款都要到上级行严格审批．尤其是首批贷款，至少要过七八道手续，经过十几个人手，没有两个月时间根本办不下来。
市管县体制在实施进程中的确产生过积极的效应，对于促进城乡发展功不可没。
但是，随着经济体制改革的深入和国内外发展环境的改变，特别是市场经济条件下对政府的责任性、回应性以及服务质量和效率都提出了更高的要求，市管县体制的消极因素逐渐增多，弊端日益暴露出来，市管县体制对县域经济发展制约加大。从总体上判断，这种体制已不能适应经济社会发展的需要，必须进行改革。
第一，市管县体制增加了管理层次和管理成本，同时也降低了行政效率。
管理科学揭示了这样一条规律，即控制幅度与管理层级之间存在着一种内在的对应关系：在一个巨型组织中，控制幅度大，就会减少管理层级，相反，控制幅度小，就必然增加管理层级。而控制幅度大小，既受到技术条件的制约，也受到管理目的和管理理念的影响。在交通、通讯等技术条件不够发达的时代，管理手段比较有限，组织的控制幅度不可能太宽，于是，增加管理层级，实行层层控制，就成为维系组织生存的必然选择。在现代社会，交通技术和通讯技术高度现代化，不仅大大提高了组织的控制手段和控制能力，而且也为扩大组织的控制幅度提供了强有力的技术支撑。与此同时，当今世界日趋激烈的国际竞争和市场竞争，要求政府和企业等组织由过去自上而下的控制型组织转变为自主创新型组织。国际竞争和市场竞争的压力，组织自主创新的内在需求和交通、通讯手段的现代化，促使组织结构出现了扁平化的趋势。因此，有专家强调指出，“这不是个别现象，而是一种适应经济、政治发展和社会变革的世界性潮流。”组织结构的扁平化，毫无疑问会促使政府管理更加符合实际，更加机动灵活，更加富有创新精神，从而将极大地提高整个政府管理系统的效能。
实行市管县体制以后，地区一级政权由过去的虚设变为实置，从而在省与县之间多出一个环节。凡是县政府及其职能部门需要向省请示解决的问题，无论是政策性的，还是业务性的问题，无论是与市有关的还是无关的，本来可以直接与省沟通，一般也要通过市一级审查，这样人为地造成工作效率的降低。另外，从省、自治区与县里工作关系的角度来看．由于市管县体制的推行，许多事务省、自治区要通过市与县联系，也造成许多不便，主要表现在如下几个方面：第一，在资金转移支付方面。在资金的拨付过程中，通常的做法是省财政只受理地级市财政部门的报告，不受理县级财政报告。因此，在许多情况下，涉及省县的转移支付时，省财政先把资金发放到地级市，再由地级市把资金发放到县，这样就会使得资金周转不畅，影响资金的使用效益。第二，在行政审批方面。县里的审批项目需要层层审批，地级市成为不可逾越的一级，这样一个项目便要推迟半年甚至一年才能审批下来，不仅浪费大量的人力、物力、财力，而且影响经济发展。虽然为了彻底解决这样的问题，行政审批制度在进行改革，但就是改革也存在许多问题。如中央和省在下放审批权限的过程中，都是直接下放到市里，再由市下放到县。许多时候，中央和省都已经完全下放的审批权限却被地级市截留，处在经济建设第一线的县却并不能从中获得相应的好处，仍然会制约经济发展。第三，在城镇建设方面。在现代化进程中，有关城镇化、工业化等问题都直接关系到县，但由于市作为一级政府的存在，省县联系并不紧密，省主要是通过市与县进行联系。而且城镇规划审批程序过于繁琐，工作环节过多，严重影响城镇化建设。
随着生产力的不断发展和我国行政审批制度等改革的推进，我国层级过多，行政成本过大的矛盾逐渐显现出来。因为，一级政府设置必然要有相应的一级权力机构、审判机关、检察机关等各类机关、事业单位的对口设置，由此导致运行成本巨大。随着行政审批制度改革力度的加快，一些审批事项越来越多地被取消，地级市行政职能事实上趋于“空心化”，许多地市政府部门因人设事，人为增加运行成本。于是，层出不穷的审核、检查和评比等让基层政府和企业疲于奔命。
管理科学理论研究还表明，行政组织每多出一个层级，信息的失真率就会增加。
市管县体制导致行政层级增加，本来省县之间可以直接沟通传递的，现在却经由市一级中间层次，这一方面影响了信息传递速度，降低行政效率；另一方面也增加了行政管理成本。因此，无论从提高行政效率还是促进经济发展，减去地级市层级应是较为可行的选择。
第二，市管县体制下市对县产生了经济学意义上的“挤出效应”，不利于加强城乡统筹。
实行市管县后名义上是市受省委托进行代管，但事实上省不再“关心”县的发展，市进行真正意义上的管理，从而成为实际上的一级行政区划。市把县视为自己的下属行政单位，要求县的发展必须与市的发展相统一。在计划经济体制时代，表现为市通过截留指标和资金、争项目、财政提取和各种行政审批来侵占县的利益；在市场经济条件下，表现为市依靠自己的行政力量来配置资源，产生“市刮县”、“市压县”
的局面。
推行市管县的初衷之一是利用中心城市的优势地位拉动所辖县的经济发展，从而实现城乡协同发展、进而缩小城乡差距的目标。在实践的过程中发现，有些地级市确实起到了辐射作用，带动了县域经济的发展，缩小了城乡差距。但是有更多的市并未起到这一作用。原因在于很多地级市本身就遇到很多瓶颈和障碍，有些市管辖县的数量多，面积大，包袱沉重，市对县的经济社会发展难以发挥正面作用，无力也无法带动县的发展。一些市为了在任期内搞出政绩，往往集中县财力建设地级市，从而富了一个地级市，穷了诸多县和乡镇。而县在市的行政压力下，又将财政收支的压力，通过层层分解，压到了基层的广大农村，进而使得越往基层地方政府的财政越是困难。
反映到财政领域是事权不断下移，财权不断上移，所谓“领导请客，群众买单”的现象是比较普遍的，这也是近年来虽然农民收入有较大幅度增长，但与城市差距却越来越大的诱因之一。
国务院发展研究中心2003年对湖北襄阳县做的调查显示，1997~2000年间，全县非涝即旱，农业灾害严重；但县财政支援农业生产的支出，除每年近20%的上级拨款外，剩余的80%是虚数，缺口达4 310万元，相当于实际支出的4.3倍。而据湖北省发改委政策法规处介绍，湖北省60~ 70个县市，普遍财政都比较弱，当地财政都是吃饭财政，很多都是负债的。有关专家研究指出，市管县弊端主要体现在“省对县转移财政时的截留和市对县财政的抽头”，另一表象则在于“项目审批权限的放缓”，其结果导致县域活力的丧失。从对《中国统计年鉴》和《中国乡镇年鉴》的统计来看，市管县实施后，“国家转移县乡财政”与“县乡上交财政”之间的差已从1980年的“正160亿”变为1999年的“负l 600亿”，三农问题的存在与市管县体制有直接关系。
严格说来，现行的市管县体制在城市化启动后，为市服务的倾向性越来越明显，导致农村的资源大量向城市集中，是一种变相的“城市对农村的剥夺”，形成巨大的“效率漏斗”、“权力漏斗”和“财政漏斗”，县（县级市）成为了地级市的“附属行政单位”，城市集聚的要素越来越多。条件较弱的市里依靠行政权力，侵占县及农村地区利益的现象更是屡见不鲜。市县之间存在着相当普遍的利益冲突，如市县之间相互争项目、抢外商、抢市场，貌合神离。特别是在许多经济发达地区，市处于自身考虑，对上级下达的资金、物资、农转非指标等，往往中间截留，分配不合理。上扣拨款、下收税费，政策下达慢，项目审批复杂，客观上形成了“市压县”、“市卡县”、“市挤县”、“市吃县”、…市刮县”的局面。据调查，江西省贵溪市（县级市）在2001年就申报了一个垃圾处理厂项目，只因为鹰潭市（地级市）市区还没有垃圾处理厂故未获批准。与此同时，贵溪市申报的防洪项目也因与鹰潭市本级防洪项目性质相似为由拖延下来。此外，由于鹰潭市经济实力比贵溪市经济实力相对薄弱，贵溪市每年还要向鹰潭市提供建设税和农业附加税，而且还要扣压中央和省对贵溪市的转移支付。其他省份如福建省也存在类似的问题，泉州市（地级市）所属晋江市（县级市）自己建设的万吨港口，硬被泉州市占有相当比例的干股。
第三，市管县体制是导致“地方政府公司化倾向”的重要原因，一定程度上忽略了政府的社会责任。
自斯坦福大学政治系教授戴慕珍提出“地方国家法团主义”的概念以来，关于中国“地方政府公司化倾向”的研究不断增多。在中国，地方政府的公司化倾向是存在的，而且，在以往比较单纯发展经济的背景下，这种倾向被放大。地方政府集中表现为片面追求经济增长，特别是把财政收入为最高动力，GDP成为这个“公司”
的营业额，财政收入成为这个“公司”的利润，地方政府变成了或几乎等同与在市场中比较单纯追求经济利益的公司，地方政府领导成为董事长、总经理，其“政绩”
主要表现为“公司”领导群体的升迁和利益的体现，从而增加行政集团的福利最大化，而一定程度上忽略了政府的社会责任。
我国的市场经济目前仍处于不断完善阶段，地方政府的强力主导是典型特征。市管县体制为地方政府主导型市场经济的发展提供了体制性保障，直接导致地方政府行为的“公司化倾向”。在一市地域范围之内，各种国有资源，如土地、矿产等都可以在市域范围内以极低的成本进行整合。而在兄弟城市之间是一种激烈的政治晋升的博弈关系。在政治晋升博弈中，假定只有有限数目的人可以获得提升，一个人获得提升将直接降低另一个人提升的机会，一个人所得即构成另一个人所失。具体反映到经济领域，从一个市来考虑，只有尽力整合各种资源，扩大投资需求，争取提高资本形成规模才符合本地区和地方政府官员自身的经济与政治利益。当一个地区扩大了资本形成规模而其他地区未能扩大时，前者就将在地区经济增长、可支配财政收入、就业及官员政绩等方面获取更大收益，并在下一步的竞争中占据优势地位。所以，市管县体制是促进地方政府行为“公司化倾向”的“催化剂”。
第四，市管县体制导致农村被忽略，城乡公共服务差距越拉越大。
在现行的市管县体制下，市级政府既要负责城市工作，又要负责农村工作，由此，在政府的工作安排、利益分配等方面难免出现非均衡的状况。对于市级政府官员来说，其工作重心一般放在城区，因为无论是GDP还是财政收入，都和第二、三产业有关，造成市对县以下地区关注很少，而在县里的干部也把到市里工作视为进步和被重用的体现，不能够全身心的专注在县里工作，有的甚至把争取到市里工作做为奋斗的目标，大量的高素质人才流人城市，县域经济乃至农村发展无形中被边缘化。
20世纪90年代以来，县乡财政困难表现明显，90年代中期县级财政赤字面高达40%以上，有的省县级财政赤字面甚至高达60%以上。乡村两级净债务3 259亿元，乡级债务1 776亿元，平均乡镇负债400万元。欠发工资已经成为比较普遍的事情。