登记机关是负责对个人独资企业的设立申请进行审查登记的专门机关，本法第十二条规定：“登记机关应当在收到设立申请文件之日起十五日内，对符合本法规定条件的，予以登记，发给营业执照；对不符合本法规定条件的，不予登记，并应当给予书面答复，说明理由。”这是法律规定登记机关在负责个人独资企业设立登记中应当履行的职责。在个人独资企业的设立和经营活动中，与其关系最为密切的行政机关是登记机关，即各级工商行政管理机关。
登记机关依法对设立个人独资企业的申请是否符合法定条件，有关文件是否真实、合法、完整等进行审查，并决定是否准予登记c此外登记机关还要对企业的登记事项、经营情况进行年检和其他监督管理。因此，登记机关是否公正执法，对个人独资企业的设立和生产经营活动有重大影响。但在登记实践中，少数个人独资企业登记机关的工作人员循私舞弊或者严重失职，对不符合条件的个人独资企业予以登记，这不仅破坏了国家行政管理秩序，而且还会造成一系列的消极影响；或者对符合本法规定条件的企业不予登记，这是一种典型的滥用职权的行为，直接侵犯了申请人的合法权益。登记机关若具有以上行为之一的，就应承担相应的法律责任。
依本条规定，个人独资企业登记机关违法登记或者应予登记而拒不登记的，应承担的法律责任包括：一是对直接责任人员依法给予行政处分。行政处分有广义和狭义之分，从广义上讲，是指国家机关、企业事业单位和社会团体依据行政管理法规、规章、章程、纪律等，对其所属人员或者职工所作的处罚或者称惩戒；从狭义上讲，是指国家行政机关对于行政工作人员的一种处罚或者称惩戒。
本条所讲的行政处分属于后一种情况。根据《国家公务员暂行条例》第三十三条的规定，行政处分包括六种形式：
（1）警告。指对违反纪律并经批评教育仍不改正的人员，在其档案中记载的批评。这是行政处分中最轻的一种，可以是口头的，也可以是书面的。（2）记过。指对国家机关工作人员和企业事业单位的职工的过错在其档案材料上进行登记，以表明受过处分。（3）记大过。指对国家机关工作人员和企业事业单位的职工所犯的比较严重的错误，在其档案材料上进行登记，以表明受过处分。（4）降级。指降低国家机关工作人员和企业事业单位职工的工资级别。（5）撤职。指对犯有严重错误或者存在违法乱纪行为不再适合担任现任职务或者工作的人员，解除其现任职务或者工作。（6）开除。指对严重违法失职或者严重违反纪律、屡教不改的人员解除公职。开除是行政处分中最重、最为严厉的处分形式。二是构成犯罪的，依法追究刑事责任。具体追究何种刑事责任，视不同情况而定。例如登记机关的工作人员非法收受他人财物，将不符合法定条件的个人独资企业予以登记，若符合《刑法》第三百八十五条的规定，就应按受贿罪定罪量刑。
第四十五条登记机关的上级部门的有关主管人员强令登记机关对不符合本法规定条件的企业予以登记，或者对符合本法规定条件的企业不予登记的，或者对登记机关的违法登记行为进行包庇的，对直接责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
【释义】本条是关于登记机关的上级部门的有关主管人员法律责任的规定。
在我国，个人独资企业的登记机关为工商行政管理机关。具体来说，由个人独资企业所在地的市、县工商行政管理机关负责本辖区内的个人独资企业登记工作。个人独资企业登记机关应严格审查企业设立是否符合本法规定的条件，把好市场准入关。与此同时，个人独资企业登记机关在审查批准个人独资企业设立登记时，不受任何单位和个人的干涉。作为个人独资企业登记机关的上级部门的有关主管人员，可在法定职权范围内按照法定程序对登记机关的行为实施有效监督和指导，以保证法律、行政法规的贯彻实施。但在实践中，登记机关的上级部门的有关主管人员往往滥用行政权力，如强令登记机关对不符合本法规定条件的企业予以登记，或者对符合本法规定条件的企业不予登记。这是一种越权干预登记机关依法办理登记工作的违法行为。此外，对登记机关的违法行为不仅不予以制止，反而基于部门利益而千方百计地予以包庇、袒护，.其实质上构成了对违法行为的纵容。
针对上述违法行为，本条规定了登记机关的上级部门的有关主管人员的法律责任。具体包括：一是对直接责任人员依法给予行政处分；二是构成犯罪的，依法追究直接责任人员的刑事责任。
至于给予何种行政处分或追究何种刑事责任，应视具体情况而加以判定。
第四十六条登记机关对符合法定条件的申请不予登记或者超过法定时限不予答复的，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
【释义】本条是关于当事人在登记机关对符合条件的申请不予登记或者超过法定期限不予答复时可申请行政复议或提起行政诉讼的规定。
根据本法第十二条的规定，个人独资企业登记机关收到投资人或者其代理人设立个人独资企业的申请后，应当在法定期限内作出予以登记或不予登记的决定，如果不予登记的，应当给予书面答复，并说明理由。法律规定给予书面答复的一个重要原因，是当事人可以该书面答复为依据，向上级机关申请行政复议，或向人民法院直接提起行政诉讼，以此来保护当事人的合法权益。是否予以登记的决定是由个人独资企业登记机关依其管理职权作出，性质上属于具体行政行为。所谓具体行政行为，是指行政机关对特定的行政相对人（包括个人或者组织）作出的影响其权益的具体决定和措施的单方行为。行政机关在行使行政管理权的过程中，其具体行政行为只可能会出现三种情况，一是合法行为，一是违法行为，再一种是不当行为。行政机关在其具体行政行为中，如果出现违法或处置不当的情况，就会侵犯公民、法人或者其他组织的合法权益，在客观上也会破坏行政管理程序。我国宪法规定，公民“对于任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关国家机关提出申诉、控告或者检举的权利。”因此，通过立法设立行政复议和行政诉讼制度，就是具体落实宪法的这条规定，通过法律制度有效地防止和纠正行政机关所作的违法或者不当的具体行政行为，给予行政管理相对人以法律上的救济手段。
依本条规定，依法履行登记职责的机关，对符合法定条件的申请不予登记或者超过法定时限不予答复时，当事人寻求法律救济的手段包括申请行政复议与提起行政诉讼。这两者属选择关系，即当事人可以申请行政复议，也可以直接向人民法院提起行政诉讼。
（一）申请行政复议。行政复议，是指公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益，有权向作出该具体行政行为的行政机关的本级人民政府或者上一级主管部门申请复议，要求撤销或者变更具体行政行为，维护自己合法权益的活动。
根据《行政复议法》的规定，当事人申请行政复议，应当自个人独资企业登记机关作出不予登记的决定或者自法定期限届满之日起六个月内提出行政复议申请。行政复议机关收到行政复议申请后，在五日内进行审查。行政复议机关经审查后，依法做出下列行政复议决定：
（1）对符合法定条件的申请不予登记的，经审查属实，行政复议机关责令登记机关改变不予登记的决定；经审查不属实的，维持登记机关不予登记的决定。
（2）对超过法定时限不予答复的，经审查属实，行政复议机关应作出要求登记机关在一定期限内履行其法定职责的复议决定，亦即要求登记机关对符合法定条件的，予以登记，发给营业执照；对不符合法定条件的，不予登记，并应当给予书面答复，说明理由。
行政复议机关作出复议决定后，当事人对行政复议决定不服的，可以依照行政诉讼法的规定向人民法院提起行政诉讼。这是对于行政管理相对人的合法权益予以保护的司法救济途径。
（二）提起行政诉讼。行政诉讼俗称“民告官”的诉讼，简单地讲，通过诉讼的途径解决行政争议的制度，就是行政诉讼。我国《行政诉讼法》第二条规定：“公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的具体行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。”因此，具体地讲，所谓行政诉讼，是指公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为（包括行政处罚）侵犯其合法权益，依照行政诉讼法或者有关法律、法规的规定，向人民法院提起诉讼，由人民法院进行审理并作出裁决的诉讼制度。行政诉讼与行政复议虽然都是当事人的法律救济手段，但两者又有很大区别：第一，受理的机构不同，行政复议由行政机关受理，行政诉讼由法院受理。第二，审查的范围不同，法院对具体行政行为是否合法进行审查，行政复议不仅审查行政行为的合法性，也审查行政行为是否妥当。第三，适用的程序不同，行政诉讼适用司法程序，行政复议的程序比行政诉讼的程序简单。第四，处理的方式不同，法院审理行政案件，原则上不直接判决变更，只作出维持、撤销等判决，而行政复议在认为原具体行政行为违法或者不当时，可以直接改变。
根据《行政诉讼法》的规定，个人独资企业登记机关对符合法定条件的申请不予登记或者超过法定时限不予答复的，当事人可以在登记机关作出不予登记的决定或者法定时限届满之日起向登记机关所在地人民法院起诉。对登记机关依法应予登记而不予登记的，经审查属实，判决撤销登记机关不予登记的决定；对登记机关超过法定时限不予答复的，经审查属实，判决登记机关在一定期限内履行法定职责。
第四十七条外商独资企业不适用本法。
【释义】本条是关于外商独资企业法律适用的规定，也是对本法调整范围所作的限制性规定。
本法第二条规定：“本法所称个人独资企业，是指依照本法在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。”这是对本法调整范围的规定。从该规定来看，本法所规范的独资企业仅为自然人独资企业，法人和其他组织单独投资设立的企业不适用本法。但该规定并没有明确排除外商独资企业，因而有必要就外商独资企业是否适用本法作出明确规定。
外商独资企业，又称外资企业，是指外国的企业、其他经济组织或者个人依照中国有关法律，在中国境内设立的全部资本由外国投资者投资的企业，不包括外国的企业和其他经济组织在中国境内的分支机构。外商独资企业虽属于独资企业的范畴，但又具有特殊性。就两者的共性而言，只有一个投资者，且企业财产归投资人所有。但是，外商独资企业符合中国法律关于法人条件规定的，依法取得法人资格。这就意味着，外商独资企业可以具有自己独立的法律人格，独立承担民事责任，并且投资人只负有限责任。
而传统之独资企业则不具有独立的法律人格，不能独立承担民事责任，并且投资人对独资企业债务承担无限责任。与此同时，外商独资企业的投资人不限于外国自然人，而且包括外国企业及其他经济组织；而传统独资企业的投资人一般为自然人。此外，我国于1986年4月12日已就外商投资企业专门立法，即颁行了《中华人民共和国外资企业法》。该法是我国在改革、开放的情况下，为吸引外资而制定的涉外企业法律。在该法中，专门就外商独资企业设立的条件及程序、法律地位、出资方式、注册资本、外汇管理、财务管理、劳动管理等作了不同于内资企业的规定。正因外商独资企业与传统之独资企业存有明显区别，因此将两者放在一起加以规定显然不太适合，反而会使问题复杂化。故本条规定，外商独资企业不适用本法。这也是对个人独资企业法的调整范围所作的一项限制性规定。
第四十八条本法自2000年1月1日起施行。
【释义】本条是关于本法生效日期的规定。
任何一部法律都有其生效的日期。所谓法律生效日期，是指法律从何时起开始生效。只要有法律的存在，就有法律施行日期的规定。否则，一部法律就不完整，社会公众就不知所从，法律也难以执行。生效日期是法律的重要组成部分，是其产生社会规范功能的起点，对法律适用有着重要的影响。
我国法律关于施行日期的规定，主要有三种做法：一是规定自公布之日起施行，如《中华人民共和国外资企业法》第二十四条规定，本法自公布之日起施行；二是以另一部法律的生效日期为前提，这是比较特殊的规定，如《中华人民共和国企业破产法（试行）》第四十三条规定，本法自全民所有制工业企业法实施三个月之日起施行；三是规定生效日期在法律公布一段时间以后，如《中华人民共和国合伙企业法》公布于1997年2月23日，而该法第七十八条规定，本法自1997年8月1日起施行。本法生效日期的规定就属于第三种做法。
为什么个人独资企业法不自颁布之日起施行而是经过一段时间再施行？这主要考虑到这样几个方面，一是个人独资企业法的制定和实施，是完善我国市场主体立法所必不可少的，它将对我国个人独资企业发展产生深远的影响，对发展经济、扩大就业等具有重要作用，实施前有一些准备工作要做，以确保本法的贯彻实施；二是个人独资企业法是我国首部规范个人独资企业的法律，无论是企业登记机关还是社会公众，都有一个学习、宣传和熟悉的过程，对个人独资企业法的各项规定有所了解和掌握，这将对规范个人独资企业的行为，保护个人独资企业和债权人的合法权益，维护社会经济秩序，促进社会主义市场经济的发展，具有十分重要的意义。
另外，本法生效后，依据《私营企业暂行条例》登记成立的私营独资企业应当重新规范。《个人独资企业登记管理办法》第四十八条规定：“本办法施行前依据《中华人民共和国私营企业暂行条例》登记成立的私营独资企业，符合《个人独资企业法》规定的条件的，依据《个人独资企业法》和本办法登记为个人独资企业。”具体实施工作由国家工商行政管理局负责组织。