王国维生前与陈寅恪即为“许我忘年为气类”的相知，二人在动荡时局之下，都对传统文化肩负着沉重使命感与忧患意识，并为其衰亡深深感到苦痛。1927年6月，王国维在留下“五十之年，只欠一死。经此世变，义无再辱”的遗书后，在昆明湖鱼藻轩旁纵身投湖。他身后各种揣测纷起，在与王国维心灵相知的陈寅恪看来，这些皆为“流俗恩怨荣辱萎缩龌龊之说”，他在《王观堂先生挽词序》中替亡者宣告：“凡一种文化值衰落之时，为此文化所化之人，必感苦痛，其表现此文化之程量愈宏，则其所受之苦痛亦愈甚；迨既达极深之度，殆非出于自杀无以求一己之心安而义尽也。”说明“先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡”。王国维并非单纯殉于某个朝代、一家一姓，而是殉于传统文化的衰亡：“盖今日之赤县神州值数千年未有之巨劫奇变，劫尽变穷，则此文化精神所凝聚之人，安得不与之共命而同尽。”这苦痛的道白是为王国维而发，但又何尝不是出于陈寅恪的内心独白。因为陈寅恪的诠释，王国维之死得到了升华，其精神人格超越而得到了永生。王国维的死亡也给了陈寅恪巨大的震动和一生的影响，王国维没有完成的事业要留给他去继续完成，这历史给人带来的悲壮的使命意识使陈寅恪不禁“谬承遗命伤神”，这种自觉也促使他一生历经辛苦而终不改其志向。即使在政治气氛非常紧张的50年代，面对北京向他的召唤，陈寅恪在《对科学院的回复》中仍说：“独立精神和自由意志是必须争的，且须以生死力争……一切都是小事，唯此是大事。碑文中所持之宗旨，至今并未改易。”陈寅恪确实是用一生的时间去孤独地实践着独立自由精神的实现。
虽然追求科学真理之独立、自由之观念来自于近代西方，但陈寅恪这种毕生追求的信念实与春秋战国时孔孟所云“士，志于道”何等相似。这种古典儒家的知其不可而为之的坚毅决绝，注定造就了陈寅恪的悲剧人格。他出身名门，继承了祖父陈宝箴与父亲陈三立的家门学风，终身保持着名门士族的傲骨与清高。好友吴宓曾评价：“先生一家三世，宓夙敬佩，尊之为中国近世之模范人家……先生父子，秉清纯之门风，学问识解，唯取其上；而无锦衣纨绔之习，所谓‘文化之贵族’。”这种文化贵族的孤傲倔强心态使他更加不愿向政治权威屈服，但也体会到更深的痛苦。早年流离中丢失了弥足珍贵的书稿资料，致使他计划中的许多书未能见世人，颠沛流离的岁月毁坏了他的健康，更在创作力最旺盛的中年夺走了他的双目，晚年更遭遇膑足之苦，同时忍受着极大的羞辱与折磨。这一切都注定了他早期宏伟的学术理想难以实现，属命河汾的强烈愿望与残酷的现实在煎熬着他，他悲凉的生命情调浸染在诗歌中，留下了大量带有“泪”、“伤”等字眼的血泪诗句。像王国维那样选择高贵的死去也许比继续艰难生存要容易得多，但弘扬独立精神与自由思想的强烈生命意识促使他坚持在黑暗中钩沉索隐，以口述而完成了经典巨著《柳如是别传》。
王国维的死和陈寅恪的生都是一种深沉的文化选择，带着“天将降大任于斯人也”的强烈使命感，与类似司马迁那样忍辱偷生发愤著书、藏之名山留待后人的坚强愿望，陈寅恪在晚年将生命之火全力点燃，丹青难写是精神，他用传统士人的坚贞完成了他最后的工作。有如《陈寅恪的最后二十年》中所说，他“为后世学人提供了一种在文化苦恋及极浓的忧患意识煎熬下生命长青的典范”。
生活状态在于自己的选择，学人可以选择与当权者合作，追求名利双收，也可以固执地坚持理想，痛苦或者毁灭。陈寅恪在对历史的考索中，意识到“值此道德标准社会风习纷乱变易之时，此转移升降之士大夫阶级之人，有贤不肖巧拙之分别，而其贤者拙者常感受苦痛，终于消灭而后已；其不肖者巧者，则多享受欢乐，往往富贵荣显，身泰名遂”。陈寅恪选择做贤者拙者，生死力争独立与自由，坚决使学统独立于政统之外，不惜做时代边缘的孤独者。他拒绝登上国民党的飞机前往台湾，在50年代向“毛公”、“刘公”提出惊世骇俗的请求，“允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治”。在他晚年回顾自己的一生，虽痛惜自己未能完成年少时的宏愿，但“默念平生固未尝侮食自矜，曲学阿世，似可告慰友朋”。他终其一生实践了他写在王国维纪念碑铭上的宗旨。
在“晚年唯剩颂红妆”与“聊作无益之世，以遣有涯之生”的自嘲中，陈寅恪将晚年的光阴都倾注在陈端生与柳如是这两位女子身上。听说过陈端生之名者甚为寥寥，其《再生缘》于常人看来也就是平庸的才子佳人小说，而身为“秦淮八艳”的柳如是一向受正统文人鄙薄。一代治史大师，选择如此“非主流”的研究对象，必有深意存焉。因为这两位女子与陈寅恪本人有着太多的相似之处：坚持独立自由的灵魂，而不为世人所容。陈寅恪不忍见到这样的奇女子终究湮没在历史的尘埃中，他就是要为历史上不受重视甚至屡受讥谤的弱女子“正名”树传，来谱写自己独立精神、自由意志之心曲。
陈寅恪赞美因作者的独立精神而带给《再生缘》的优美文字，“《再生缘》一书，在弹词体中，所以独胜者，实由于端生之自由活泼思想，能运用其对偶韵律之词语，有以致之也。故无自由之思想，则无优美之文学，举此一例，可概其余”。从《再生缘》主人公孟丽君的身上，陈寅恪“则知端生心中于吾国当口奉为金科玉律之君父夫二纲，皆欲藉此等描写以摧破之也。端生此等自由及自尊即独立之思想，在当日及其后百余年间，俱足惊世骇俗，自为一般人所非议”，读出了陈端生挑战传统伦理纲常的非凡勇气；而研究柳如是，陈寅恪“披寻钱柳之篇什于残阙毁禁之余，往往窥见其孤怀遗恨，有可以令人不能自已者焉。夫三户亡秦之志，九章哀郢之辞，即发自当日之士大夫，犹应珍惜引申，以表彰我民族独立之精神，自由之思想。何况出于婉娈倚门之少女，绸缪鼓瑟之小妇，而又为当时迂腐者所深低，后世轻薄者所厚诬之人哉！”柳如是虽身为妓女，但历经磨难而始终坚守民族气节和文化操守，却深为流俗所伤，陈寅恪认为其光辉人格不亚于屈原等士大夫，将其引为异代知己，称柳如是为“罕见之独立女子”。
正如学者陈明所说，饱受身心折磨的晚年陈寅恪，“既要维持文化担待，又要安顿生命情怀，柳如是，一个有文化操守的弱者，自是他唯一可能的选择”。在孤寂黑暗的世界中，陈寅恪“必神游冥想，与立说之古人，处于同一境界，而对于其持论所以不得不如是之苦心孤诣，表一种同情”。创造了以心灵情感来研究历史、文史合一的经典之作。在困居一室的精神遨游神交中，陈寅恪也超越了苦难，对自己的境遇释然开怀：“抱如是之理想，生若彼之时一代，其遭逢困厄，声名淹没，又何足异哉！又何足异哉！”
身为学院派的研究学者，陈寅恪对中国的文化建设和人才培养倾注了大量心血。如何在独立、自由的环境下培育出拥有独立自由人格并足以承担弘扬本国文化的人才，是他念念不忘的大事。在1931年清华大学建校20周年的讲话《吾国学术之现状及清华之职责》中，他开篇就强调：“吾国大学之职责，在求本国学术之独立。”认为“士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏”。这“俗谛”便是政治，起初是三民主义，而后是马克思主义，学术之根本在于求真，而这在中国历史上却是经几代学人的抗争才终究被认可的。陈寅恪“论学论治，迥异时流”，疾呼“国可亡，而史不可灭”，认为这是“吾民族精神上生死一大事者”。他忠告“救国经世，尤必以精神之学问（谓形而上之学）为根基”，担心将来中国“专谋以功利机械之事输入，而不图精神之救药，势必至人欲横流，道义沦丧”，将这些话放于现今，更能凸显陈寅恪的远见卓识。
按照陈寅恪的标准，现今大学教育仍然注重培养技术人才，人文精神教育培养缺失，已经引起了一系列的社会问题。在陈寅恪看来，人文精神的陶冶和民族学术的继承发展是文化教育最重要之事。他对于中华文化怀着坚定的希望，在当年“全盘西化”如火如荼之时，他说：“华夏民族之文化，历数千载之演进，造极于赵宋之世。后渐衰微，终必振复。譬诸冬季之树木，虽已凋落，而本根未死，阳春气暖，萌芽日长，及至盛夏，枝叶抚疏，亭亭如车盖，又可以庇荫百十年人矣。”只要我国文化“本根未死”，春风回暖之日必会复兴重振。一味吸收西方文化，必将亡本国之文化，比亡国更为惨痛。他在为冯友兰的《中国哲学史》（下册）撰写审查报告时说得明白：“窃疑中国自今日以后，即使能忠实输入北美或东欧之思想，其结局当亦等于玄奘唯识之学，在吾国思想史上，既不能居最高之地位，且亦终归于歇绝者。其真能于思想上自成系统，有所创获者，必须一方面吸收输入外来之学说，一方面不忘本来民族之地位。此二种相反而适相成之态度，乃道教之真精神，新儒家之旧途径，而二千年吾民族与他民族思想接触史之所昭示者也。”独立之精神与自由之思想即为陈寅恪继承传统文化之精髓而又熔铸西方近代思想，着眼于中国现实而提出的，唯有此学贯中西的大家，才能清醒地看到保持本国学术独立的同时吸收西方文化，才能使本国文化昌盛不衰。先生的遗志，此刻正担负在我辈肩头。陈寅恪先生之学不必人人皆学，但“唯此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光”，值得每个中国学人铭记。