日本作为第二次世界大战的战败国，在军事力量的发展上受到了许多制约，特别在特种部队的建设上更是不为外界所知，至今也没有正式“挂牌”的特种部队。但是，近年来日本却悄悄地组建了各种各样的特种部队特种部队。
1、警察特别攻击队
警察特种部队可以算得上是日本成立最早的一支特种部队。1977年9月，日本“赤军旅”组织的恐怖分子劫持了日本民航客机，要求日本政府将在押的6名同伙释放。由于缺乏反恐作战能力，日本政府最终在万般无奈的情况下，只得妥协被迫答应了恐怖分子的条件，这让日本政府觉得大失脸面。
为了避免出现同类的尴尬，1977年，日本以美国、西德、英国等著名特种部队为样板建立了警察特种部队，警察特种部队成立之初设有两个分队，其中一个隶属于东京警视厅第6机动队，另一分队则从属于大阪府警察本部。
1993年，日本奥姆真理教成员在东京地铁站制造了沙林毒气恐怖袭击事件，造成了大量人员伤亡。这次恐怖袭击事件的发生，再次让日本政府如梦初醒。1996年4月，日本为了加强反恐作战的能力，又在警察特种部队的基础上成立了专门用于反恐的特种部队——特别攻击队。
特别攻击队共有200名成员，分为10个战斗小组，驻扎在不同的区域。据了解，该部队的队员曾接受过英国特别空勤团和法国宪兵干预队的专业反恐训练以及其他相关训练，部队队员擅长执行飞机、车辆和建筑物中的人质解救行动。
2、 地面特种突击队
地面特种突击队员是从全国自卫部队中优中选优筛出来的，经过9周高强度训练后，队员们必须掌握遂行特种作战的所有技能，如擒拿格斗、识图用图、爆破、水下和山路潜入、生存技术、理论教育、综合演练等科目。合格后才能成为一名真正的突击队员，并被分回自卫部队，和其他普通军人一起执行任务。当需要遂行特种作战任务时，就迅速集结，进行短时间的适应性训练后，即投入作战。所以人们称他们是富士山下的“鼹鼠”。
在日本，一些先进的武器装备总是为地面突击队员优先使用，该部队先前曾装备64式7.62毫米步枪和62式机枪，如今已被89式5.56毫米自动步枪和米尼米轻机枪所取代。此外，该部队还装备有84毫米反坦克无后坐力炮、106毫米自行无后坐力车载炮、肩式89毫米火箭筒、单兵地雷爆破装置、背负式火焰喷射器、微型手雷等轻便的支援武器。
3、空降特种突击队
20世纪80年代末，日本陆上自卫队成立了另一支特种作战部队，也就是陆上自卫队第1空降师第101空降旅。该部成立之后，对外严格保密，并以普通空降部队的身份示人。其实，这是一支地地道道的特种作战部队，不但人员精干，而且装备极为先进。
第101空降旅，具备破坏、侦察、突击作战、反恐怖等多种特种作战能力，还肩负着情报搜集、保护城市重要设施、敌后破袭、建立空降场，以及破坏敌方的后勤交通补给线和通讯枢纽、摧毁敌指挥所、瘫痪敌军部署等作战任务。
为了掩饰自己的真实身份，空降特种突击队在国内执行反恐等作战任务时，一直是以警察的身份出现。这支神秘的特种部队，其队员全部来自自卫队中的伞兵部队，入选队员要进行为期9周的集中训练，他们除了要接受同地面突击队一样的训练科目外，还要完成有关空降方面的专业训练，如航空照片判读、高空拍照、跳伞训练等。
4、“中央机动集团”特种部队
这是一支更加鲜为人知的特种部队。据悉，2002年，日本为了加强对九州地区和冲绳各岛的防御措施，而组建了“中央机动集团”特种部队。这支部队规模相当可观，计划编制6000人，并且绝大部分成员是军官和士官，几乎没有普通士兵。众所周知，日本军队中的士官比例相对于其他国家的军队本来就高得多，而这支“中央机动集团”的官兵比例又远远超过了普通自卫队的官兵比例，其人员素质及职业化水平之高也可见一斑。
2003年11月16日，日本海上自卫队组织年度大演习时，中央机动集团特种部队公开亮相，格外引人注目。但是该部队的其他详情，仍然处于保密状态。
5、海上自卫队特种突击队
“海上特别警备部队”组建于2001年，隶属海上自卫队。这支特种部队约有300人，主要部署在广岛等地。该部队在编制、武器配备和训练课目上主要模仿美国海军的“海豹”突击队。2002年6月，日本《读卖新闻》等各大媒体透露，日本海上自卫队正在筹建第一支类似于美国海军的“海豹”的海军特种部队，于2003年3月正式成立第一支“海豹”特种部队。这支“海豹”部队要求人员精干、装备精良，只有3个排的兵力，主要部署在广岛等地。日本海上自卫队特种部队的人员挑选要求严格，一般要求在海军服役1-2年以上，体格强壮，并具有一定的特长。他们将拥有多种特种作战技能，能完成包括海上清除障碍、爆破、暗杀和营救工作等任务。为了遮人耳目，日本对外将这支“海豹”部队称作“特种守卫部队”，让人觉得似乎是专门用于担负守卫任务的。
众所周知，日本与美国关系密切，日本三军自卫队大多按照美军的编制来建设和训练的。日本海上自卫队特种部队也不例外，其编制、体制、武器配备和训练科目等均模仿美国海军“海豹”部队。据说，日本还准备派人去美国海军进行特训，因为美国海军的“海豹”部队毕竟是世界有名的特种战部队，拥有十分丰富的特种作战经验和技术。关于日本海上自卫队特种部队组建和训练的具体事宜，日本防卫厅官员对此避而不谈，只是轻描淡写地声称这是个“秘密”。海上自卫队声称，组建特种部队主要是对付外来的海上入侵事件。然而，这种说法很勉强。海上自卫队拥有先进的海上预警系统和高超的拦截能力，还有驻扎在日本的美国海军的协助，哪来的外来入侵呢？即使发生外来入侵，海上自卫队现有力量也足够处理了。其实，这是日本海上自卫队加强自身特种作战能力的一种手段。有时，一支精悍的特种部队的威力，是一艘巡洋舰甚至一艘航母都难以发挥的。
日本海上自卫队特种突击队在队员招募上，主要面对现役海军士兵，通常，申请者要有1-2年的海军部队服役经历，身强体壮，而且还必须具备一定的特长。经过训练，新队员将能够掌握多种特种作战技能，能顺利完成包括海上清除障碍、爆破、暗杀和营救工作等任务。据了解，日本海上自卫队还准备将这支特种突击队的队员送往美国海军基地去进行专门的特种作战训练。对外，为了遮人耳目，日本通常将海上特种突击队称作“特种守卫部队”。
据《产经新闻》报道，自从朝鲜进行核试爆后，这里气氛就非常紧张，担负对过往朝鲜船只进行检查任务的“特别警备队”提高了训练强度。据介绍，1999年3月，日本在近海发现朝鲜间谍船，萌生了组建一支专业部队的想法，它能对可疑船只进行登船检查，还可担负登陆作战的先遣侦察等任务。2001年3月“特别警备队”正式成立，训练基地设在广岛县江田岛市的一个基地。
2006年12月中旬，江田岛市海湾岸边的基地上，黑色的特种部队专用高速艇停靠在岸边，10多名头戴防弹头盔、身着防弹背心和救生衣的特种队员集合，围着指挥官开会后，分乘2艘艇高速向湾外驶去。在另一处集合地，MH－53E直升机旋转翼急速旋转起来，头戴防弹头盔、身穿藏青色战斗服的特种队员，携带战斗装备，迅速钻进机舱，离地而去。这是自卫队连续几天向媒体记者开放的“特别警备队”训练场景。
欧洲一些研究东亚问题专家也认为，日本海上自卫队已经是亚洲乃至全球一流的作战力量，包括强大的水面舰艇作战能力、防空能力和反潜能力。然而，自卫队对此并不满足，除加强自己特种作战能力外、还积极建造万吨级的“准航母”运输舰，发展远程投送力量，目的是要成为世界级军事大国。
6、反恐特种作战部队
日本于2004年成立反恐特种作战部队，计划编制约500人，部署在千叶县的习志野基地，装备有轻型高速装甲车，可实施远程奔袭作战。为了对付“新的威胁”，应对恐怖活动和国际争端等突发性事件，日本防卫厅开始具体研究在陆上自卫队内建立专门从事反恐和国际合作的特种部队，并于2006年之内正式组成。这支特种部队的人数编制在5000至6000人之间，由防卫厅长官直接指挥。
据新加坡《联合早报》2011年8月18日报道，日本防卫部门拟加强在东京市区的反恐阵容，当局将把一支由数百人组成的“特种部队”，转移到距离首相府等政府办公楼仅三公里的新宿区。也将在这个反恐基地内，设立统称为应对生化以及核武的反恐特别部门。
日本在1995年发生奥姆真理教沙林攻击事件，当时就曾出动“101化学防卫队”进入东京市区。美国“911”恐怖事件发生后，除更加重视反恐问题外，防卫部的一大工作重点就是推动和深化这类部队的效率以及功能。本月初，日本防卫部拟好一份称为“加强防卫实效力构造改革”，其中就以英国伦敦以及印度孟买的恐怖袭击为例，强调政治以及经济活动繁忙地区往往是恐怖分子锁定的目标。
据日本媒体介绍，日本自卫队内目前担任反恐任务的有两大精锐部队，一支是第一师团的核部队，其驻扎基地是在距离政治中心15公里的练马区内；另一支称为“中央特殊武器防护队”，则设在30公里以外。这两支特种部队都太远，市中心出事，他们无法及时赶到。去年年底，日本防卫部发布新防卫大纲，为新部队取名为“首都防卫集团”；但由于难以在市区物色到土地，当局将这计划推迟了。报道指出，“加强防卫实效力构造改革”计划的出炉，意味着东京市区的反恐系统将很快实现。