在菲律宾，一些伊斯兰恐怖分子或共产主义者为了达到自己的目的，常常制造爆炸、枪杀等暴力事件。菲律宾首都马尼拉曾因绑架活动猖獗而被评为“世界绑架之都”。在对付各种暴力事件的行动中，菲律宾特种部队站在了最前线，就如铁拳头时刻对准恐怖分子。
从马尼拉驱车向北几个小时，就来到菲律宾特种部队募选基地拉莫斯?迈格塞塞。路旁的一块路标上写着“特种部队是神圣的兵种”，另一块路标上写着“特种兵是百里挑一的精兵”。菲律宾特种部队以种种激励的标志迎接来自全国各地的候选人。
菲律宾特种部队的历史要追溯到第二次世界大战时期，抵抗日本占领军的游击队。其中最著名的事件是l945年1月30日的卡巴那团袭击，当时，菲律宾游击队帮助美国部队拯救了500名战俘。电影《大突击》就是为纪念该事件而拍摄的。第二次世界大战以后，菲律宾国内最大的威胁就是帕提都?库姆尼斯达组织，该组织试图建立共产主义政府。
菲律宾特种部队在对付这些恐怖组织的过程中，有成功的战例，但也付出了沉重的代价。岛屿众多，大大小小有7000多个，而且大多数岛屿被茂密的热带雨林所覆盖，为恐怖分子提供了天然隐蔽场所。这样复杂的地形极不利于反恐行动。在深草密林里，视野仅有两米左右，只要躺在灌木丛中不动，就很难被发现。而反恐战士身在明处，很容易被匪徒偷袭。在菲律宾，共产主义运动占各反抗运动活动的80%，活动中心位于鲁宗。其活动遍及各社会阶层，因此菲律宾政府将其看作最具威胁的组织。在20世纪80年代最高峰时，大约有25000名共产主义分子，包括政治家、警察、军人、商人，甚至包括一些美国人。频繁的恐怖活动使这个国家的人们对反恐特种部队寄予了更多的希望。
菲律宾特种作战司令部于1996年6月1日正式成立，由司令部和特种作战连组成。现在主要有3个作战单位，即特种作战团（空降兵），简称SFR；第一侦察突击团，简称FSRR；轻型反应连，简称LRB。菲律宾特种作战司令部总共有4000多名士兵服役，大约有90%的兵力随时部署在全国各地执行任务。
1、特种作战团（空降）
为对付国内的反抗组织，1962年6月25日，菲律宾第一特种部队连（空降兵）成立。特种作战团（空降）是菲律宾主要的特种作战部队，它的任务是打击、平息国内叛乱和实施反恐行动。部队成长迅速，以至于到后来，部队的规模对于它最初制定的职责范围来说，显得过于庞大。于是，被更名为国家防御团（空降），这个名称能够比较好地反映出它的行动能力。
部队规模发展的同时，士兵掌握的技能也在不断发展，新增的技能包括潜水和利用高空跳伞、低空开伞进行渗透等。部队后来经历了一次严重的倒退，在越南损失了将近70%的作战人员，这使它的战斗能力锐减至1个连。
从1973年起，这支部队再次进行了人员扩充。当它的行动能力达到拥有5个战斗连和1个指挥连的时候，部队停止了扩容并再次更名，新的名称是特种作战团（空降），隶属于特种行动司令部。从特种行动司令部给出的这支部队的任务说明来看，它的任务是发展、组织、训练、装备、指挥和控制本土的伞降部队；提供机动的训练小队(MTTS)来组织、训练其管辖下的伞降部队，并对它们的常规作战任务提出建议；指挥并执行防御行动，防止敌人入侵，影响并控制具有战略意义的地区；实施心理战；提供人道主义援助；执行特种打击任务和与本土部队协同作战；为执行空中任务提供先行的制空权；执行破坏、颠覆任务以及刺杀特定的人员；执行搜索和救援行动等。
特种作战团（空降）从来没有涉入过任何与其他国家的大规模常规战争，不过它一直在执行打击游击队渗透的任务。此外，特种作战团（空降）也打击海盗，因为海盗会抢劫和劫持国外游客。2001年“9.11”事件后，特种作战团（空降）和美国的特种部队一起实施了广泛的打击当地游击队和已经逃往阿富汗的基地组织的恐怖分子的任务。
特种作战团（空降）选用的武器包括：M16A2突击步枪、柯尔特特种突击步枪、HK MP5冲锋枪、雷明顿870霰弹枪、Ultimax和M249班用轻型机枪、M203榴弹发射器、81毫米口径迫击炮和M2 12.7毫米口径重型机枪等。
2、第一侦察突击团
菲律宾海军还有一个海军侦察营（参看美国海军侦察部队），这支部队也执行登船任务。菲律宾海军的情报部门也控制着一支由海军侦察部队和海豹部队联合组建的反应部队，这和美国海军海豹突击队的DEVGRU很相似。
海军侦察营于1950年11月成立。其名字来自“阿拉莫”侦察团和美国陆军“游骑兵”，第一侦察突击团——FSRR有1个独立连和3个营，每个营有3个连。海军侦察营大约有2000人，其格言是：“勇往直前”。海军侦察营的任务包括直接的军事行动、丛林战、特种侦察、狙击作战等。长久以来，菲律宾一直都是美国的盟友，因此，这个国家的特种部队也深受美国部队的影响。
1972年，菲律宾海军决定创建一支特种作战队，并向美国寻求这方面的指导。由此，一支由战斗潜水人员组成的水下行动部队(UOU)诞生了，这支部队可以说是完全复制了美国海军的海豹突击队。1983年，这支部队更名为特种作战队(SWAG)，并开始承担执行海上反恐作战行动和人质救援任务的职责。此外，它还要执行传统的海军特种部队的任务，如水下破坏和清除、海岸侦察等。SWAG的主体部队是菲律宾海军海豹旅。这个旅又被分成了30支海豹行动队。这和美国海军的海豹突击队的结构很相似，更为相近的是部队的常规训练。菲律宾海豹旅的候选人要先通过他们自己的BUD/S，合格的人将得到一个类似于美国“百威”的徽章。选拔共持续6个月，淘汰率为75%—90%。在执行反游击队的行动中，SWAG积累了丰富的经验。
3、轻型反应连
轻型反映连成立于2004年2月1日，是特种作战司令部内最新最小的作战单位，是菲律宾的精英反恐单位。最初是为紧急应付菲律宾境内的爆炸反应事件而设立的二轻型反应连大约有500人，主要执行城区内的军事行动。另外，轻型反应连也执行丛林作战。轻型反应连士兵一般连续6个月执行任务，然后3个月进行训练，学习新的军事技能，如此往复。轻型反应连有两个排长期驻扎在马尼拉，在那里，他们更好地维护社会稳定。
5、联合军事演习
菲律宾与美国保持着紧密的军事联系。2000年菲美举行多次军事演习。2001年，菲律宾在“9-11事件”后全力支持美反恐行动，向美开放军事设施，提供后勤服务。美则派反恐专家赴菲协助反恐训练。2002年初，菲美在菲南部开展为期半年的以阿布沙耶夫组织为打击目标的“肩并肩”联合军事演习，大约有1200名美国士兵被部署到菲律宾，其中包括350名特种部队士兵。
菲律宾也派士兵到美国参加演习。在美军的支持下，菲军对南部地区的阿布沙耶夫恐阵组织进行围剿，并使其遭受重创。2002年2月，在菲律宾南部岛屿巴西兰，菲美举行了为期一个月的反恐联合军事演习，演习的主要内容是对士兵进行反恐训练，内容包括反狙击和反伏击、直升机驾驶操作、射击及贴身搏击、夜晚飞行和使用夜视镜以及如何打心理战等。美菲两国特种部队每年都进行反恐演习，在美军的技术支持下，菲律宾特种部队清剿阿布沙耶夫恐怖组织的行动初见成效，阿布沙耶夫反政府武装高级头目相继落网。
6、与反政府武装激战
菲律宾军方西棉兰老司令部发言人伦道夫?卡旺旺说，陆军特种部队成员2011年10月18日早晨在巴西兰省巴卡镇执行搜寻武装绑匪任务时，遭遇反政府武装摩洛伊斯兰解放阵线（“摩伊解”）和阿布沙耶夫武装人员，双方随即展开激战。
卡旺旺证实，这场武装冲突导致政府军方面12人死亡、11人受伤，另有10人失踪。另据菲律宾国家警察部门发言人阿格里梅罗?克鲁兹介绍，反政府武装方面有7人被打死。
“摩伊解”现有约1.1万名武装人员，自上世纪70年代末成立以来一直谋求在菲律宾南部棉兰老地区建立自治政府。但因在自治区分界等问题上存有严重分歧，“摩伊解”同菲律宾政府间的和平协议签署尚无实质进展。
反政府组织阿布沙耶夫武装成立于上世纪90年代初，是活跃在菲南部苏禄群岛的一支极端武装力量，曾参与制造一系列恐怖袭击和绑架活动。近年来，在菲律宾政府军围剿下，这一组织势力大大削弱，目前成员不足400人。