1898年初，军机处由以下官员组成：刚毅？、廖寿恒以及曾任光绪皇帝师傅的翁同龢等。
此时，慈禧太后在颐和园正过着怡然自得、安逸舒适的日子，日日有两位挚友相伴，一为荣禄的妻子，一为其过继来的女儿，即皇家大格格。据称，慈禧太后经常在昆明湖边散步野餐，或欣赏戏剧演出，或散步至四周山上的寺庙膜拜，或吟诗作画，过得甚是自在。然而，她仍命令刚毅和礼亲王及时将紫禁城中一切事务汇报给自己。因此，可以看出，慈禧太后虽然表面上将国家政权交给了皇帝，仍然时不时回紫禁城看上一看，丝毫不放松对权力的掌控。
光绪皇帝，则准时被宣召到颐和园向太后请安，每月约有五六次，以此表示对太后的尊敬。这段期间，两者关系表面上依然和和睦睦，风平浪静。每次光绪帝颁发任何重要圣谕前，必定会先到颐和园征询慈禧太后意见，而太后此时对光绪皇帝也是和蔼可亲。注释：①刚毅乃是一个极其固执的保守派。也是京城义和拳运动的主要煽动者。当时他的一段言论被历史记载了下来，他说道：“建立学校和大学只会令汉人强大，而满人将面临危险。这些学生应该立即处决。汉人强，满人亡。”
不可否认，太后确实不止一次听信太监打的小报告，责备光绪皇帝脾气暴躁，对下人态度过于恶劣。大多时候，都是太监李莲英从中作祟，他为了达到自己的目的，不惜编造谣言，或夸大事实。但是，正如后来事实证明，光绪帝完全清楚慈禧太后温和的外表下，实则手段强硬，心狠手辣。因此，每次太后回驾紫禁城，光绪总会严格遵照礼节，在皇宫门口跪着迎接她。
前往颐和园请安，他不能亲自宣布驾临，必须跪在内门，等候大太监前来传见。大太监李莲英内心痛恨光绪帝，总是乐于让他跪在那里等候，有时候甚至会拖上半个小时，才去向太后禀报皇上驾临。每次觐见太后，光绪也不得不像其他朝臣那样买通太后的侍奉太监才可以开道。
实际上，这些奴才根本不把光绪皇帝看在眼里，甚至对待其他满族官员时，他们还稍微更加客气尊重些。这宫闱间，天子根本无足轻重，所以，1898年夏季，光绪百日维新期间展现出来的决心、采取的坚决行动让宫廷中人大吃一惊。这时，人们才意识到，光绪皇帝只要得到机会，一样能够办得起大事，能够配得上浑身上下流淌着的皇族的血液。
这一时期，对皇帝影响最深远的大臣为翁同龢，即皇帝的师傅。1894年，甲午中日战争爆发，国难当头，很多军机大臣都因此被撤了职，为补职缺，翁同龢得以再次进入军机处任职。作为皇帝的师傅，翁同龢在皇帝还是五岁的孩童时，就已经获允进出皇宫。他是江苏？本地人，是京城南方党派的领袖。他痛恨满族狭隘的保守主义，也痛恨京城中的汉人，认为他们的政治观点和意见与满族人并无差异。这南北之争早在光绪皇帝统治伊始，便已硝烟弥漫了。北方党派的主要代表人物有：徐桐，一个学识渊博的汉军旗人，身为汉人，内心却早已同化为满人，曾经担任过同治皇帝的师傅。李鸿藻也是北方党派的领袖人物之一，他是直隶本地人，和翁同龢同一时间进入军机处任职。南党则由翁同龢和潘祖荫领导，潘祖荫祖籍为苏州，也是一位杰出的学者和散文家。关注这两党之争及其进展极为必要，两党之争是1898年戊戌
注释：①江苏是当时许多卓越学者的出生地，是当时国家的文化中心。变法的首要原因，也是后来慈禧政变夺权及最终义和拳运动爆发的导火线。
二十多年来，这四位高官同在京城任职，不论是私事抑或公事，难免经常碰面。一碰面，他们就免不了唇枪舌战。一般情况下，精明机智的南党人士常常大获全胜，这些唇枪舌战成为京城中人的街谈巷论。
人人皆知，四人为人皆正直，那些刚刚进入官场的后辈文人都愿意投在他们门下。但就当时情形来看，追随南党的人数要稍多一筹，这引起了李鸿藻和徐桐的嫉妒。这嫉妒之心越来越强烈，直到1899年进士与博士殿试时，他们才找到了发泄的出口。
这次科考中，李鸿藻担任主考官，潘祖荫则为副主考。潘祖荫的职责是选出最好的文章，因此他推荐了一个来自江苏的考生为第一名，但是，李鸿藻却不买他的帐，将第一名给了一个来自直隶的考生。潘祖荫心中不平，公开指责李鸿藻心存偏见，对南方人不公，并称李鸿藻学识只能算得上二流水平。
1880年，俄国侵略并占领了伊犁，徐桐和翁同龢当时分别担任礼部尚书和工部尚书。在一次宫廷高级官员会议上，翁同龢站出来，称支持向俄国宣战。此前，徐桐已经承诺将在会议上支持他的意见，但是在最后一刻他却背信弃义，留翁同龢一人左右为难，尴尬至极，丢了颜面。自此之后，两人间的敌意与日俱增，分别成为了对立党派的领袖人物，矛盾更是加深了许多。翁同龢和荣禄的关系也一直不好，荣禄从来没有忘记过1880年，翁同龢向慈禧报告自己与一位妃子私通一事，正是那通报告，致使自己被撤了职。但是，不考虑个人恩怨，客观来说，荣禄本人乃是一个忠诚的满族人，自然倾向于支持北党势力，私人恩怨仅仅与之不谋而合。
19世纪90年代，两党间矛盾与摩擦愈演愈烈。李鸿藻和翁同龢在1894年双双进入军机处任职，整个宫廷都卷入到两党争斗的腥风血雨之中。慈禧太后支持北派，而光绪皇帝则支持南派。当时，人们习惯于称他们为李党和翁党，后被称作后党和帝党，人们还给他们起了不雅的诨号，分别为“老母班”和“小孩班”。
1897年，潘祖荫和李鸿藻先后逝世。李鸿藻死后，徐桐便开始阴谋对付皇帝，称光绪皇帝汉奸。徐桐曾经担任过同治先帝的师傅，对慈禧太后颇有影响。但是，光绪皇帝非常讨厌徐桐这个老家伙，断然拒绝他进入军机处。
1887年至1898年十余年间，光绪仅在朝堂上接受过一次徐桐的觐见。徐同与刚毅则是关系甚好的同盟。刚毅这个人痛恨所有的汉人，不管是北方人还是南方人。他有效利用自己的影响力，在慈禧与皇帝之间播种不和的种子。1887年，刚毅敦促皇帝下令，更加有效率地训练满族军队，为他们配备更好的装备。光绪皇帝回复说道：“你似乎坚持认为，满族士兵英勇善战，我告诉你吧，他们都是废物。” 这席话激怒了刚毅，他立即将此事告知老佛爷，称皇帝视满人为敌，密谋将所有的高级官职全部由汉人担任。他的这些说辞致使朝廷上下对光绪帝颇为不满。
帝国的外交政策也受到了京城中两党相争的影响。慈禧、满人以及汉军旗人支持与俄国修好，而皇帝、翁同龢及南方汉人则倾向于联合日本，希望能够借鉴日本变法成功的经验。李鸿章的意见，在当时已经无足轻重，自从承认与中日甲午战争中国战败一事有关后，他的意见在朝中的影响力便大打折扣。即便如此，他反对帝党而支持联俄这一事实还是被后党利当成打击帝党的理由。恭亲王乃是皇族老前辈，判断成熟、思维老练，就连慈禧有时也不得不折服于他的睿智，听从他的建议。除此之外，他还是唯一和汉人交好的满族高官，德高望重，学识渊博，极其敬重翁同龢，欣赏翁的渊博才识。后来，在家闲居十四年后，再次入职军机处，同时应诏的还有翁同龢。
不为人知的是，翁同龢此时迫切希望自己被委任为特使，到俄国参加沙皇的加冕仪式。因为，他已经意识到，慈禧太后对自己的敌意与日俱增，希望能够赶在危机来临前脱身，免受其害。1895年，朝廷下诏，不准翁同龢继续在毓庆宫教授皇帝功课。此后，他便无法像之前那样，随时影响皇帝，而他的敌手却能够在皇帝面前恶意中伤他。
恭亲王居军机大臣之首， 1898年初，因病在家休假。他染上了无法治愈的心肺疾病，整日饱受病痛的折磨。皇帝曾经三度陪同慈禧太后前往他的住处看望，还命御医为其治病。但是，这些都没能保住恭亲王的生命，4月10日，恭亲王逝世。慈禧随即颁发了下面这道圣谕：