恭亲王奕，谊笃亲贤，久襄密勿。溯当同治初元，予与孝贞显皇后垂帘听政，其时东南未靖，国事多艰，恭亲王翊赞谟猷，削平大难，论功行赏，特命以亲王世袭罔替。三十余年，恪恭奉职，殚竭忠忱，其间养疾家居，旋复起膺机要，朝夕从事，力任其难。二月之杪，旧疾举发，予率皇帝节次亲临看视，方冀安心调理，可即就痊。不意本月初十日，遽尔长逝。时事方殷，失此良弼，予怀震悼，曷可胜言？本日临邸奠醊，追维畴昔，眷念成劳。恭亲王著赐谥曰“忠”，入祀贤良祠。守卫园寝，添设丁户，四时祭祀，官为经理，伊孙溥伟著即日承袭亲王，用示笃念宗亲，怆怀贤辅至意。
这道圣谕明显表明，当时宫中党派纷争对慈禧有直接影响，尽管名义上，慈禧太后已经将政权交给了光绪皇帝，但是，只要她愿意，她依然是大清王朝的唯一独裁者，可以时刻发挥自己的权威。光绪皇帝接着，以自己的名义下发了一道圣谕，一看便知，完全是慈禧之前那封的附属品而已。紧接着，慈禧又下一诏，呼吁朝中大臣要像恭亲王一样恪职尽守。谕旨的结尾，称恭亲王的遗折建议皇帝不论何事都要听从慈禧太后的意思，要组建一支有效率的军队，整饬吏治。
恭亲王之死影响极深刻。他的聪明才智曾经引导满族统治者作出正确决定，他去世后，满族就失去了一位德高望重的代表人物。除此之外，恭亲王用自己的威望和影响压制住了满人过分排汉反外的倾向，如今，这种倾向很有可能会泛滥成灾。
恭亲王是道光皇帝的儿子中唯一仍然在世的，所以拥有可以与慈禧相抗衡的地位和实力，这是其他亲王不能比拟的。假设他依然在世，就不会发生后来的义和拳运动。另一方面，光绪皇帝也经常参考、听取恭亲王的建议。恭亲王逝世后，光绪皇帝才开始轻率地听取康有为及其同党的意见，实施改革。恭亲王并非执迷不悟的保守主义者，但是针对改革中的许多措施，也定会反对并加以指责。对翁同龢而言，恭亲王之死，是很大的损失。他深知，恭亲王是他难得的挚友。
恭亲王死后不久，翁同龢向光绪皇帝引荐康有为，称康有为的才能远在自己之上。同时他希望康有为受到光绪皇帝的赏识和重用，这样自己便可以利用康有为增强南党势力，对抗满族，最重要的是对付他的宿敌刚毅和徐桐。但他万万没有料到，康有为会建议皇帝与慈禧太后对抗，甚至计划谋害太后。他仅仅希望能够巩固自身的地位和党派的势力而已。光绪帝接受了他对康有为的引荐，于1898年6月14日，即光绪二十四年四月二十八日召见了康有为。
翁同龢对朋友兼同僚廖寿恒说，等觐见结果出来之后，再做定夺。如果康有为给皇帝留下了好印象，他就继续留任，否则，他会请辞。他又说，如果端午节皇帝给自己送来寻常赏赐，那就意味着自己还没有危险。他希望能够逃脱慈禧太后对自己的敌意，不要像广东的副职张荫桓那样随时都可能被罢免。后来的百日维新中，张荫桓成为光绪帝的左膀右臂，发挥了重要的作用。
4月20日，翁同龢请了一周的病假，想避避风头，他深知数日之内，朝廷将发生巨大变故。23日，光绪皇帝颁发了第一道变法圣旨。此前，皇帝已经就圣旨一事到颐和园征求过慈禧太后的意见，还特地召见了荣禄。慈禧向他保证，只要改革措施不侵犯到满族人的特权，她不会对政策加以阻挠。同时，她称翁同龢正在煽动一项排满运动，如若进展成功，大清的统治将岌岌可危，因此要求皇帝即刻将翁同龢撤职。荣禄极力向皇帝推荐一个有名的进步人士，即湖北总督陈宝琛的儿子。这很有趣，因为在欧洲，荣禄反对变革这一观念极为盛行。之后的一系列事情，迫使他转而反对这个自己一手推荐上来的官员，这并不是因为他的观念有变，而是因为改革者的政策正朝着意想不到、越来越危险的方向发展。
光绪皇帝颁发的第一道变革的圣旨内容如下：
数年以来，中外臣工，讲求时务，多主变法自强。迩者诏书数下，如开特科、裁冗兵、改武科制度、立大小学堂，皆经再三审定，筹之至熟，妥议施行。惟是风气尚未大开，论说莫衷一是，或狃于老成忧国，以为旧章必应墨守，新法必当摈除，众喙哓哓，空言无补。试问今日时局如此，国势如此，若仍以不练之兵，有限之饷，士无实学，工无良师，强弱相形，贫富悬绝，岂真能制梃以挞坚甲利兵乎？朕惟国是不定，则号令不行，极其流弊，必至门户纷争，互相水火，徒蹈宋明积习，于国政毫无裨益。即以中国大经大法而论，五帝三王不相沿袭，譬之冬裘夏葛，势不两存，用特明白宣示。
中外大小诸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，发愤为雄，以圣贤义理之学植其根本，又须博采各学着切于时务者。宝力讲求，以救空疏迂谬之弊，专心致志，精益求精，毋徒袭其皮毛，竟腾其口说，务求化无用为有用，以成通经济变之才。京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。著军机大臣、总理各国事务王大臣会同妥速议奏，所有翰林院编检、各部院司员、各门侍卫、候补候选道府州县以下，各官大员子弟、八旗世职、各武职后裔，其愿入学堂者，均准入学肄业，以期人材辈出，共济时艰，不得敷衍因循，徇私援引，致负朝廷谆谆告诫之至意。
第二天，殿试成绩揭晓，光绪皇帝希望这是最后一次在旧制度下举办科考。原定的第一名是一个江苏考生，但是慈禧太后改变了名单顺序，将那令人垂涎的第一名给了一个贵州考生，以此表现她对翁同龢出生地江苏的不满。同时，朝廷下旨，建议皇族成员到欧洲留学，即使是血族亲王也被鼓励出国，调查国外的政治状况。这些改革圣旨，在众满族官员间引起了轩然大波，有史以来第一次，他们感觉到大清统治受到了威胁，王朝特权的古老壁垒处于危险中。孟子本人曾经说过：“吾闻用夏变夷者，未闻变于夷者也。”
第二天一早，翁同龢请假一周后回朝，和往常一样，早晨四点钟，天还未亮，便前往颐和园，参加军机大臣会议。但他却从御前大臣那里接到了一份罢免自己一切官职的上谕。这是慈禧代表满族党派所采取的第一步公开举动，明显是慈禧太后胁迫光绪帝所书，这封圣谕的内容如下：
谕协办大学士、户部尚书翁同龢，近来办事，多未允协，以致众论不服，屡经有人参奏。且每于召对时，咨询事件，任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任。本应查明究办，予以重惩，姑念其在毓庆宫行走多年，不忍遽加严谴。翁同龢着即开缺回籍，以示保全。
另有一道圣旨，可以明显看出，此时光绪皇帝已经完全在慈禧太后的掌控之下。圣旨中称新授二品大员，必须到太后那里谢恩。自从甲午战争之后，慈禧便不再每日朝见，而只在重大国家庆典上接见群臣。但是，从这一天起，一切都发生了变化。同一天，她还发布了一道圣旨，将荣禄调往天津，担任直隶总督。第二日一早，荣禄和康有为接受召见。皇帝命令荣禄重整直隶步兵，同时希望荣禄能够在这次变法维新中忠心耿耿，竭诚听令。之后，光绪帝与康有为谈了几个小时，其会谈多是如此（但这是唯一一次在公报中有记载的会谈）。
康有为内心痛恨慈禧，却也非常畏惧慈禧。一开始，他竭尽全力在皇帝面前诋毁慈禧太后，让皇帝对太后产生偏见。他一再重申，慈禧太后支持变法纯属假象，并非真心。他还严厉指责她在颐和园沉迷酒色、生活肆无忌惮、奢侈堕落，称南方民众之所以反对满族的统治，都是因为慈禧太后不得人心。他还将慈禧的私生活和唐朝武则天那臭名昭著的私生活作对比，建议皇帝将慈禧打入冷宫，称慈禧是变法之路上最大的障碍。
很快，皇帝便彻底被康有为的言辞折服，对其言听计从，之后皇帝下发的每一道圣旨，都有康有为辅助。
中国人普遍认为，康有为热衷于改革并非没有半点私心，并非如其所说仅仅是为了富民强国，实际上，他想要依靠对皇帝的影响，获得参与朝政的大权，利用皇帝感情上的柔弱，达成自己的目的。如果从这个角度看的话，他如此抨击谴责慈禧太后及荣禄，并非出自真正的爱国之心，而是因为他心里清楚，只要慈禧重掌了政权，他的野心及雄心壮志就不可能实现，自己的位置和权力也就无从谈起。