1898年8月，即光绪二十四年七月末，紫禁城内大局已定。慈禧太后暗中已经被保守派拉拢，之所以一直按兵不动，在她看来，是因为行动的时机还未到来。
1898年9月，同光绪皇帝到天津阅兵，慈禧才决定采取击垮改革派决定性的一步。采取行动重新掌权之前，她召见了荣禄，与之商讨大计。当时，南方各省民众普遍仇视她，慈禧想要尽最大努力平息这种仇视情绪，因此这个时候定要避免任何公然篡权的举动，否则无异于火上浇油。
慈禧默默等待着，直到准备工作万无一失，才最终放手行动。同年八月初一，光绪皇帝在颐和园召见了直隶按察使袁世凯，就帝国政治之需与他详细长谈。袁世凯（当时已经四十多岁了）仰仗直隶总督李鸿章的提拔，宏图大展，扶摇直上。不过，其对手与劲敌多将1894年甲午中日战争的爆发归咎于他，称正是由于驻高句丽时，他独断专职，才导致了这样祸国殃民的灾难。袁世凯关于高句丽状况的报告和出兵建议虽然没有直接造成危机，但必定是起到了催化剂的作用，清政府在其建议下，派兵至高句丽，却落入日本的圈套。此前日本早已对这场战争做好了准备，只等着中国向其宣战。中国毫无准备，大败给日本，失去了对朝鲜的宗主国权力，袁世凯责任确实重大。即便如此，袁世凯的个人声誉和在朝廷上的威望没有受到一丝影响。
在与皇帝谈话中，袁世凯信誓旦旦，宣称自己支持维新改革大业，光绪皇帝大悦，认为自己赢得了袁世凯的效忠，改革大业又增加了一个强有力的支持者。此前，康有为上奏，建议皇帝更多仰赖自己的权威，慈禧太后知道后，勃然大怒，严厉指责光绪帝竟然听信如此言论。慈禧太后仗着自己的权威，屡次责难，光绪皇帝已然忍无可忍，遂决定反抗。
此时，光绪心里清楚，荣禄不可能背叛慈禧太后，所以，此人拉拢不得，只能除掉。他也知道，若慈禧太后宣布支持保守党，反对变法，京城之中，定无一位杰出满族权贵乃至汉官敢出来与之对抗。京城中光绪皇帝可以放心倚重的仅有两位高官，分别为广东人张荫桓、贵州人李端棻。只要光绪皇帝掌控北方新军，彻底击垮保守党派依然大有希望，这点他心知肚明。为达此目的，就必须除掉直隶总督、新军总领荣禄，又不能被慈禧太后事先察觉。
改革派大臣康有为、御史大臣杨深秀、军机章京谭嗣同、林旭、杨锐和刘光第觐见，建议皇帝派人到天津衙门处死荣禄，后迅速带领一支万人新军回京，火速包围颐和园，活捉慈禧太后。与此同时，派兵前往保守派官员，如刚毅、裕禄、怀塔布和许应骙的府宅，将他们逮捕，送至刑部大牢。
这次会谈中，皇帝昭显了自己坚持改革的决心，问袁世凯若被任命为统帅新军首领，是否会为自己效忠，忠心耿耿。“为报圣恩，”袁世凯回答道：“即使仅是沧海一粟，只要臣一息尚存，必肝胆涂地、愿效犬马之劳。”
袁世凯在这次会谈中，言语及举动都极似忠诚，表现出自己对改革的由衷热忱，皇帝看在眼里，信以为真，即刻颁发了下面这道圣旨：
现在练兵紧要，直隶按察使袁世凯办事勤奋，校练认真，著开缺以侍郎候补，责成专办练兵事务。所有应办事宜，著随时具奏。当此时局艰难，修明武备，实为第一要务。袁世凯惟当勉益加勉，切实讲求训练，俾成劲旅，用副朝廷整顿戎行之至意。
对将荣禄革职一事，这次的会见中，皇帝只字未提。袁世凯刚踏出仁寿宫大门，慈禧太后就将他召进了颐和园，详细询问皇帝都对他说了些什么。慈禧说道：“改革军队乃国家之要务，此谕所言甚是。然皇帝急如星火，哀家怀疑其定有深谋，且待你再次被召见，再听哀家指示。”
随后，慈禧太后传见光绪皇帝，命他即刻将康有为逮捕，称康有为竟敢对太后的私生活及道德品行妄加评论，实为大不敬。此时，慈禧已经知道了皇帝夺权的计划，却避而不谈，佯装不知。但她此时不知道光绪帝计划将自己和荣禄除掉。她再一次责备光绪，称光绪对自己越来越缺乏孝道。没有办法，光绪皇帝只能顺从地允诺依照太后意愿将康有为逮捕。但是，当日傍晚，慈禧在昆明湖边游览用膳时，光绪皇帝趁机亲自草拟一道圣旨，派自己的亲信太监到了北京城。诏书内容如下：
谕内阁，工部主事康有为、前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人，与商治法。闻康有为素日讲求，是以召见一次（实际上，皇帝曾多次召见康有为），令其督办官报，诚以报馆为开民智之本，职任不为不重。现筹有的款，著康有为迅速前往上海，毋得迁延观望。
康有为收到此旨，意识到事态严重，次日一早赶乘首班火车离开了京城，安全抵达塘沽，从那里搭乘客轮到达上海？。
慈禧太后得知康有为已经逃跑，怒不可遏，立即发电报给荣禄，令其抓注释：①康有为随后在英国的保护下逃跑，本书作者布兰德曾经受英国领事委托，帮助康有为出逃。此事在1899年出版的第一号蓝皮书的401号急件中有详细的记载。捕康有为。但是，不知是何原因（慈禧的指令在康有为到达天津之前就已经到达荣禄手中），荣禄竟然没有对此采取举动，康有为侥幸逃脱。这时，他并不知道康有为这些改革派计划要将他杀掉的计谋，否则，他肯定不会让康有为轻松逃脱掉。康有为却从来没有因为此事感激荣禄，总是不停地指责他，称他为慈禧之下第二邪恶之人，是改革的阻碍和改革者的宿敌。实际上，当时将康有为引荐给光绪皇帝的众位高官中，荣禄也是其中一个。直到逝世的那天，荣禄还开玩笑说自己也是康党一员。慈禧老佛爷也觉得甚是有趣，经常诙谐地问他可否有好朋友叛党、反贼康有为的消息。
当月初二一早，皇帝召见了林旭和袁世凯，会谈中，袁世凯再次信誓旦旦地向皇帝保证，自己会绝对忠诚。之后，皇帝离开颐和园前往紫禁城，准备在紫禁城中举大事，因为他知道颐和园中每个太监都是慈禧手下的奸细，于颐和园举事绝对不可能成功。
到了如此的紧要关头，光绪皇帝依然没有失去对改革成功的信心，第二天一早，他便下发了两道圣旨，一道命令在公学内教授外国语言，另一道则严令地方政府严饬吏治。
袁世凯受命离开京城前往天津，出发前，光绪皇帝在紫禁城的乾清宫接见了他，这也是他离开京城前与皇帝的最后一次会谈。为了防止密谈内容泄露，光绪帝采取了万全之措。
此时的光绪皇帝怎知这将是他最后一次坐这龙椅，召见大臣了呢？他又怎能料想，不久慈禧太后又会重新占据这个位置呢？
光绪论帝坐在龙椅上，大殿内抑郁昏暗，早晨微薄的阳光几乎无法透入，皇帝向袁世凯交代了任务的细节，命令袁世凯到达天津后，立即处死荣禄，即刻带兵返回京城，活捉慈禧太后，并将其拘禁。为方便他执行任务，皇帝还将象征着皇权的一支令箭交给了他，并命他火速前往天津，将荣禄于天津衙门就地正法。随后，光绪皇帝交给他一道圣旨，承诺待他完成任命，暂时担任直隶总督，返京面圣，再赏。
袁世凯承诺遵从皇帝，为光绪效劳。没有吐露半点风声，袁世凯于次日乘坐首班火车离开了北京。当天早八点，慈禧太后从颐和园出发前往西苑，亲祭蚕神，皇帝则按照礼节在西苑英秀门，即瀛台坐落之地，亲自跪拜迎接老佛爷。
中午之前，袁世凯到达天津，立即前往荣禄的衙门，问荣禄是否把自己当歃血为盟的好兄弟（两人几年前曾经结拜为兄弟）。“当然，”荣禄惊诧道。袁世凯由是说：“这样最好，皇上派我来杀你，但我现在背叛了诺言，因为我效忠于慈禧太后，也因为顾惜我俩的兄弟之情。”荣禄闻听此言，并没有惊慌失措，却因慈禧太后对此事一无所知感到吃惊，称自己定要即刻前往京城，通报太后。袁世凯遂将皇帝给予他的圣旨交给了荣禄，荣禄当即乘坐专车，下午五点多钟就到达了京城。
一到京城，荣禄便直接前往西苑慈禧太后的住所，全然不顾朝廷规定的严禁地方官员未得特殊传召，不得进京的严格规定，更不顾严格的宫门禁令，一路冲到了慈禧太后的住处，叩头三次，叫道：“请老佛爷救命！”慈禧说道：“禁城里面，你有什么事要我救命？这里没有危险，宫里也不是你避难的地方，你如何冒昧前来？”荣禄向前，跪在太后面前，将光绪皇帝的密谋，一一陈奏。慈禧太后一听，勃然大怒，凭借曾经帮助自己克服一切困难的阳刚智勇，令荣禄秘密通知保守党首领，传他们即速来西苑觐见太后（而此时，皇帝还在紫禁城中）。
不到两个钟头，整个军机处的大臣、几位满族亲王和权贵（礼亲王，每次遇到危急之事，总以生病为由请假，此次亦是如此，并不在场）、七部高官，包括已被皇帝开缺的许应骙和怀塔布全部聚齐，跪在慈禧太后面前，纷纷陈言，请求慈禧太后重新掌握政权，以救王国免遭蛮夷文化的荼毒。
很快，太后便安排好了一切，将紫禁城中所有侍卫全部换成荣禄手下新兵，同时，令荣禄即刻赶回天津，等待进一步的指示。这次会议直到午夜，众人才散去。
第二天早晨五点半钟，皇上来到中和殿，阅读礼部草拟的秋祭社稷坛的祭文，刚出殿，就有侍卫、太监将他押到西苑四面环水仅有板桥可通的瀛台，称太后随后来见。慈禧太后遂以皇帝名义发布了一道圣旨，内容如下：
现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万几，兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政，仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率诸王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼节，著各该衙门敬谨预备。
紧随而来另一道圣旨，将御史大臣宋伯鲁罢免，称其臭名昭著、恶名远扬，竟向皇帝引荐奸党人士如梁启超者。慈禧太后与宋伯鲁嫌隙颇深，且嫌隙由来已久，只因之前的一封奏折中，宋伯鲁胆敢谴责自己道德品行不端。但是，宋伯鲁并没有参加杀害自己的密谋，慈禧于是仅将其革职，而未取其性命。
慈禧回到瀛台，身边只带了李莲英一人。这时，李莲英已经按照命令将皇帝身边的太监全部换成了自己的手下，而光绪身边原来那些太监、随从要么被处死，要么被流放。一位满人从慈禧的弟弟桂祥公爵那里听到了这次会面的情形，也是从这位满人口中，我们才得知了此事的具体情形。
根据此人所言：当时慈禧直截了当地说道，暂且饶光绪性命，暂不废帝，但需严格监视，一言一行皆需通报太后。她痛心疾首地斥责光绪，称光绪要变法维新，自己也并未阻拦，可为何光绪听人唆弄，忘其大德，还要设计害自己？自此，改革措施一并废除。光绪只不过是一个木偶傀儡，根本不配做皇帝，只要自己愿意随时都能够废了他。后又叹道说，光绪薄命，根本没有福气做皇帝，现在亲贵重臣，统请自己训政，没有一人向着光绪。汉族大臣中，助他为恶者统是奸臣，自然有法处治。慈禧说至此，恨恨不已，珍妃（皇帝唯一宠爱的妃子），突然跪在太后前面，吁请太后宽恕帝罪，勿加斥责，竟不觉大胆称皇帝系一国共主，圣母亦不能任意废黜。太后大怒，命内监将珍妃带领回宫，引到一个密室，将其幽闭。直到1900年，西逃之前，慈禧下令将这个敢在自己面前放肆的妃子处死，才平了自己嫉恨之心？。
从来没有和光绪皇帝有过共同语言的皇后，却被命令留在光绪身边。皇后是慈禧的侄女，深得慈禧信任，慈禧便命她监视皇帝的一举一动，然后向自己汇报。除了皇后和太监之外，光绪皇帝不许接见任何人，除非慈禧太后在场。
在光绪生命的尽头，他也只能怪罪袁世凯，正是因为袁世凯背叛了他，才导致他现在受到如此的失败和耻辱，自己所珍视的改革计划才化为了泡影，被幽禁在瀛台，度过了二十三个月漫长的禁闭生活。当他躺在床榻，奄奄一息之际，他的遗言竟是让自己的兄弟莫忘他的痛苦，许诺定为自己找袁世凯报仇雪恨。
关于荣禄，光绪说道，荣禄会首先想到保护慈禧，去提醒慈禧太后，这是很自然的，情有可原。毕竟，自己本想将荣禄处死，本就不希望能够从他那里得到任何忠诚。老佛爷对自己如此嫉恨，也能够理解，毕竟他确实密谋想要除掉她，只不过失败了而已。但是袁世凯则不可原谅，他口口声声说着忠诚于皇帝，愿效犬马之劳，却在最后的紧要关头背叛了他。皇帝对他恨之入骨，即使是在袁世凯当上了直隶总督一职，觐见时，皇帝也不愿意与他说话。
后来，光绪皇帝的兄弟，即摄政王遵守了当年的诺言，将袁世凯撤了职，令其整日活在惶恐与不安之中，也算是为光绪皇帝报了仇。正是这紫禁城中围绕在皇位周围错综微妙的点点人性，决定着宫中之人的命运。
注释：①八国联军进入京城，朝廷准备西逃之前，慈禧命人将珍妃推入井中。