慈禧本就不打算为此事采取行动，更何况此时，光绪帝还没做出什么出格的举动。慈禧更愿意任这些人肆意妄为，等时机一到，就可以把他们一并除掉。因此，慈禧表面上按兵不动，却悄悄将自己的心腹裕禄安插在了军机处，命其定时报告京城中动态局势。
裕禄和刚毅一样，也是极端保守主义者，极力反对变法。1900年，刚毅支持义和拳运动，谋杀了大量外国人，作为直隶总督的裕禄，在这件事上也出力不少，称得上是义和拳运动的领袖人物之一。刚毅、王文韶和裕禄这三个保守主义者任职军机处，所以不管皇帝下发怎样的改革圣谕，维新派的指令到了他们手里，就会变成一纸空文，改革之举举步维艰。但是，必须承认，保守派想要彻底打倒维新派，必须争取到慈禧以及荣禄的支持。
就在这时，光绪帝因为他的奏折出现了一个错别字？而大肆责备一个官员。然而，一个星期后，皇帝下发了一道圣旨，称以后的科举考试中不再有书法写字一科，还说道：“在某些公职的选拔考试中，书法确实具有极大的价值，自此以后，书法一科将成为抄写员考试中的主要科目。”光绪帝如此重视文字书法，却下发了这样一道圣旨，很明显是受到了康有为的影响，六月初八，皇帝又下一旨，令在大清国出版官报，任康有为主管上海总局。这些报纸全部都由政府发行，旨在传播一般常识。官报局官员能够享受政府提供的经费，且每一份报纸都要呈给皇帝细读，各种言论观点都可自由发表、刊登，并命令康有为为此草拟官报章程。
六月二十三日，光绪皇帝颁布了一道语气颇为强硬的诏书，劝诫各位官员集中精力搞好改革，严肃对待改革，不得如同之前那样敷衍。圣旨称，正注释：① 光绪皇帝以自己对奏折中文字的严格要求自豪，当时很多年轻的官员因为这样的事情遭到皇帝斥责，由是对此很是惧怕。是官员在变法过程中的耽搁延误，变法才会难有成效，让人痛心疾首。圣旨中还说道：
变法自强，当除蒙蔽锢习一摺，现因时事艰难，朝廷振兴庶务，力图自强，尤赖枢廷及各部院大臣，共笃棐忱，竭力匡赞，以期挽救颓风，庶事可渐臻治理，乃诸臣中恪共官守者，固亦有人，而狃于积习，不知振作者，尤难悉数。譬如陈宝箴自任湖南巡抚以来，锐意改革，却成为众矢之的，深受士绅诟病。凡在廷大小臣工，务当洗心革面，力任其难，于应办各事，明定限期，不准稍涉迟玩，奋发图强，振兴大清。
另一份诏书中，光绪命令建立北洋水师学堂，以此作为重建中国舰队的首要举措。除此之外，他还下令在北京建立铁路局和矿务局，并委任广东改革者梁启超为办理大学堂译书局总事，出版外国政治、经济和自然科学方面的经典著作，译书局每人每月得一千两开支费用。
这些举措对那些因循守旧的保守派来说，已然无法接受，但是，令他们感觉如晴天霹雳的举措随之袭来。荣禄此前一直支持军事上的锐意改革，还曾经上奏请求重整满军。针对这样的请奏，光绪皇帝批复称，九月初五将陪同慈禧太后乘坐火车前往天津，在那里检阅军队。这道圣旨一出，保守派即纷纷谏言，反对皇帝和太后乘坐火车前往天津，称如此有辱帝王之尊驾。但是，此前慈禧就很喜欢乘坐西苑内的袖珍火车游玩，对于这样一次新奇的出行可以说是期待无比，遂决定乘坐火车前往天津阅兵。如果这样一条建议就能够把满族权贵吓成这样，那么下面一道圣旨对他们来说就不亚于一道晴天霹雳。圣旨中，皇帝称将裁减冗官及闲散衙门。许多满族权贵多年来占据肥缺却闲散至极、无所作为，成为国家的大包袱，此时皇帝定要除去这重担。
圣旨一出，群官哗然，纷纷上奏，称此圣旨违背了大清祖制。此类奏折也从四面八方涌向慈禧老佛爷，请求她保护满族权贵的权力，废除圣旨中的诏令。出乎他们意料的是，两天后，又一道如同晴天霹雳的诏书降下，所有的礼部高官包括许应骙和慈禧太后的亲戚怀塔布，因扣押礼部主事王照奏折一事全部被罢免革职。此前王照写了一封奏折，建议皇帝和太后游历外国，先到日本，后至欧洲各国，但是却被礼部官员扣了下来。
此时，满族权贵意识到，随着维新变法运动的深入开展，“大清朝的统治岌岌可危。”保守派高官一齐前往颐和园，对慈禧太后说道，能够拯救大清国的唯一办法只有太后重新听政、掌权。老佛爷劝他们耐心等待，称现在时机未到，不打算采取任何行动。
康有为虽然早就意识到变法前路危机重重，但此时看到慈禧太后按兵不动就误以为慈禧优柔寡断，因此劝导皇帝趁机反抗夺权。康有为信誓旦旦地告诉光绪皇帝，称慈禧支持改革，完全是虚情假意，万万不可轻信。其实，她才是中国觉醒之路上的最大障碍。如今大清朝如此腐败堕落、国家沉睡不醒，都是慈禧一手造成的。怎么能够允许她每年动用几百万的国库之财，来维持她在颐和园放荡奢华的生活呢？因此，康有为建议皇帝发动政变，包围颐和园，活捉太后。他建议皇帝下发诏书，数落慈禧的过失，并在诏书中明示决心，禁止她再参与任何的国家政事。
康有为与光绪皇帝是在宫中一个密室中密谈的政变之谋，但却不慎被一个小太监偷听了去，还报告给了慈禧太后。这个小太监十有八九是李莲英安插在皇帝身边的奸细。
密谈中皇帝愚蠢地应允了这次密谋，却决定在天津阅兵回来后将之付诸实施。光绪知道，要想获得政变胜利，就必须掌握兵权，可是只要直隶新兵掌握在荣禄手中，荣禄就会拼劲全力与他对抗，绝对不会允许他们动慈禧一根汗毛。皇帝以为，此时最大的障碍是荣禄，他不知道的是，真正的危险在于慈禧，她权倾朝野，手下亲信众多，极难对付。皇帝明显低估了慈禧太后的能耐，以为她的按兵不动真的是优柔寡断。
光绪帝一如既往地下发新的改革诏书，一会儿令在京城修筑沥青大道，一会儿招募民兵自卫队，增强国防，一会儿又批准满族权贵离开京城，遵其所愿，到其他各省谋生。
7月27日，光绪帝发布了百日维新期间最后一道重要的改革诏书，考虑到之后发生的一系列不堪之事，再看这封诏书，心中甚是悲哀。圣旨内容如下：
国家振兴庶政，兼采西法，诚以为民立政，中西所同。而西人考究较勤，故可以补我所未及。今士大夫昧于域外之观者，几若彼中全无条教，不知西国政治之学，千端万绪，主于为民开其智慧，裕其身家。其精乃能美人性质，延人寿命，凡生人应得之利益，务令其推扩无遗。
朕夙夜孜孜，改图百度，岂为崇尚新奇？乃眷怀赤子，皆上天之所畀，祖宗之所遗，非悉使之康乐和亲。朕躬未为尽职，加以各国环处，陵迫为忧，非取人之所长，不能全我之所有。朕用心至苦，而黎庶犹有未知，职由不肖官吏与守旧之士大夫，不能广宣朕意，乃反胥动浮言，使小民摇惑惊恐。山谷扶杖之民，有不获闻新政者，朕实为叹恨。今将变法之意，布告天下，使百姓咸喻朕心，共知其君之可恃，上下同心，以成新政，以强中国，朕不胜厚望。著查照四月二十三日以后，所有关乎新政之谕旨，各省督抚均迅速照录，刊刻誊黄，切实开导。著各州县教官，详切宣讲，务令家喻户晓。各省藩臬道府，饬令上书言事，毋得隐默顾忌。其州县官应由督抚代递者，即由督抚将原封呈递，不得稍有阻格。总期民隐尽能上达，督抚无从营私作弊为要。此次谕旨，并著悬挂各省督抚衙门大堂，俾众共观，庶无壅隔。
但是此时，慈禧的耐心已尽，从那幽宫中走出，再次卷入紫禁城的权力之争，光绪帝辉煌的百日维新也走到了尽头。