义和团运动首领，有的被处死，有的被放逐，个个下场凄惨，看到如此结果，列强的怒火才逐渐平息。此时，慈禧太后内心深知，若想大清国繁荣昌盛，就不能够再继续墨守陈规，未来政策需要调和，未来政治需要改革。为此，她第一步便是发布了以下谕旨（1901年2月13日），修改了之前谕旨中部分内容。此谕旨内容如下：
谕本年夏间拳匪衅起，凭恃城社，挟制朝廷。当时所颁谕旨，首祸诸人竟于事机纷扰之际，乘间矫擅，非出朝廷本意。所有不得已之苦衷，业经宣示，中外臣民，谅能默喻。
现已将首祸诸人，分别严惩，著内阁将五月二十四以后，七月二十以前（6月20日至8月14日）谕旨汇呈，听候查明，将矫擅妄传各谕旨提出消除，以重纶音而昭信史。
凭借这道谕旨，慈禧太后保住了臣民的尊敬。接下来，为不失皇族颜面，她以体面的方式，承认了自己的过错，以皇帝的名义颁发谕旨，叙述了朝廷在1900年危急时刻扮演的角色，遭受的悲惨命运，还详细描述了自己和皇帝在逃亡中的艰辛困苦，郑重地承认了过错，并承诺改革。这样的谕旨在中国历史上意义长远且重大。谕旨内容如下：
悔过谕旨
光绪二十六年十二月二十六日（1901年2月13日）
谕内阁，本年夏间拳匪构乱，开衅友邦，朕奉慈驾西巡，京师云扰，迭命庆亲王奕劻、大学士李鸿章，作为全权大臣，与各国使臣止兵议款。昨据奕劻等，电呈各国和议十二条，大纲业已照允，仍电饬该全权大臣，将详细节目悉心酌核，量中华之物力结与国之欢心。
既有悔祸之机，宜颁自责之诏，朝廷一切委曲难言之苦衷，不得不为尔天下臣民明谕之。
此次拳教之祸，不知者咸疑国家纵庇匪徒，激成大变，殊不知五六月间屡诏剿匪保教，而乱民悍族，迫人于无可如何，既苦禁谕之俱穷，复愤存亡之莫保。迨至七月二十一日之变，朕与皇太后誓欲同殉社稷，以上谢九庙之灵。乃当哀痛昏瞀之际，经王大臣等数人勉强扶掖而出，于枪林弹雨中，仓皇西狩。是慈躬惊险，宗社阽危，阛阓成墟，衣冠填壑，莫非拳匪所致，朝廷其尚护庇耶？
夫拳匪之乱，与信拳匪者之作乱，均非无因而起。各国在中国传教，由来已久，民教争讼，地方官时有所偏，畏事者袒教虐民，沽名者庇民伤教，官无持平办法。民教之怨，愈结愈深，拳匪乘机，浸成大衅，由平日办理不善，以致一朝猝发，不可遏抑，是则地方官之咎也。涞涿拳匪，既焚堂毁路，急派直隶练军弹压，乃该军所至，漫无纪律，戕虐良民。而拳匪专持仇教之说，不扰乡里，以致百姓皆畏兵而爱匪，匪势由此大炽，匪亦愈聚愈多，此则将领之咎也。该匪妖言邪说，煽诱愚人，王公大臣中或少年任性，或迂谬无知，平时嫉外洋之强，而不知自量。惑于妖妄，诧为神奇，于是各邸习拳矣。或资拳以粮，或赠拳以械，三数人倡之于上，千万人和之于下。朕与皇太后方力持严拿首要，解散胁从之议。特命刚毅前往谕禁，乃竟不能解散，而数万乱民，胆敢红巾露刃，充斥都城，焚掠教堂，围攻使馆。我皇太后垂帘训政将四十年，朕躬仰承慈诲，夙昔睦邻保教，何等柔怀。而况天下断无杀人放火之义民，国家岂有倚匪败盟之政体！当此之时，首祸诸人，叫嚣隳突，匪党纷扰，患在肘腋。朕奉慈圣，既有法不及众之忧，寖成尾大不掉之势。兴言及此，流涕何追，此则首祸王大臣之罪也（这一部分将责任先是推到地方官身上，责备他们没能处理好民教之间关系，后又责怪前去镇压的官军不守纪律，失了民心。最后还斥责朝中部分大臣，扰乱圣听。这部分内容与袁昶和许景澄奏折内容完全一致，可惜二人因上奏而丢了性命，后讲述了义和团进京后的情形，说朝廷已经有“尾大不掉之势。）
然当使馆被围之际，累次谕令总理各国事务衙门大臣，前往禁止攻击，并至各使馆会晤慰问。乃因枪炮互施，竟至无人敢往，纷纭扰攘，莫可究诘。设使火轰水灌，岂能一律保全？所以不致竟成巨祸者，实由朝廷竭力维持。是以酒果冰瓜，联翩致送，无非朕躬仰体慈怀，惟我与国，应识此衷。今兹议约，不侵我主权，不割我土地，念列邦之见谅，疾愚暴之无知，事后追思，惭愤交集。惟各国既定和局，自不至强人所难，著奕劻、李鸿章于细订约章时，婉商力辩，持以理而感以情。各大国信义为重，当视我力之所能及，以期其议之必可行，此该全权大臣所当竭忠尽智者也。
当京师扰乱之时，曾谕令各疆臣固守封圻，不令同时开衅。东南之所以明订约章，极力保护者，悉由遵奉谕旨，不欲失和之意。故列邦商务得以保全，而东南疆臣亦藉以自固。惟各省平时，无不以自强为词，究之临事张皇，一无可恃，又不悉朝廷事处万难，但执一偏之词，责难君父。试思乘舆出走，风鹤惊心，昌平宣化间，朕侍皇太后素衣将敝，豆粥难求，困苦饥寒，不如氓庶，不知为人臣者，亦尝念及忧辱之义否？
总之臣民有罪，罪在朕躬。朕为此言，并非追既往之愆尤，实欲儆将来之玩泄。近二十年来，每有一次衅端，必申一番诰诫，卧薪尝胆，徒托空言，理财自强，几成习套。事过以后，徇情面如故，用私人如故，敷衍公事如故，欺饰朝廷如故。大小臣工，清夜自思，即无拳匪之变，我中国能自强耶？夫无事且难支持，今又构此奇变，益贫益弱，不待智者而知。尔诸臣受国厚恩，当于屯险之中，竭其忠贞之力。综核财赋，固宜亟偿洋款，仍当深恤民艰，保荐人才，不当专取才华，而当内观心术，其大要无过于去私心，破积习两言。大臣不存私心，则用人必公；破除积习，则办事著实。惟公与实，乃理财治兵之根本，亦即天心国脉之转机。应即遵照初十日谕旨，妥速议奏，实力举行，此则中外各大臣所当国尔忘家，正己率属者也。
朕受皇太后鞠劳训养，垂三十年，一旦颠危至此，仰思宗庙之震惊，北望京师之残毁，士大夫之流离者数千家，兵民之死伤者数十万，自责不暇，何忍责人。所以谆谆诰谕者，则以振作之与因循，为兴衰所由判，切实之与敷衍，即强弱所由分。固邦交，保疆土，举贤才，开言路，已屡次剀切申谕。中外各大臣其各懔遵训诰，激发忠忱。深念殷忧启圣之言，勿忘尽瘁鞠躬之谊，朕与皇太后有厚望焉。将此通谕知之。
这份谕旨在二月份颁布，恰值太后接受京城议和协议中列强提出条件的日子。自此之后，直到六月议和全权大臣才在条约上正式签字。在此期间，太后一直有些顾虑。跟在自己身边的这位大阿哥是端王之子。慈禧太后清楚，如果继续让义和团首领的儿子作皇位继承人，回了京城无法向列强交代，议和之事便很难有成效，更无法赢得世界的同情。若是大阿哥将来作了皇帝，绝对不可能让自己的父亲继续被放逐，定会下诏将其赦免召回，这也是列强万万不会同意的。但是，当初朝廷郑重下谕，封大阿哥为同治皇帝嗣子，现在想要修改这样庄严的决定，似乎太过随意，不合祖制正统。但老佛爷再一次用行动向我们表明，大清国神圣的继承法在她的意志下，不值得一提。
老佛爷想要废黜大阿哥，当然，也不全部是因为这些政治因素。众所周知，大阿哥品行不端，举止粗鲁。不止一次，太后因其野蛮行径或粗鄙行为蒙羞。即使是在太后面前，大阿哥也毫不收敛，既不注意宫廷礼节，也不顾及自己皇嗣子的身份，胡作非为。慈禧经常后悔当年选定他为皇帝嗣子，当然对废黜他不会觉得惋惜。
废黜皇帝嗣子的圣旨中，太后称大阿哥父亲端王竟然置整个大清王朝于几乎亡国的危险境地，其对列祖列宗犯下的罪过无法弥补。为保住大阿哥和太后自己的颜面，谕旨称，在如此艰难之境地，大阿哥深知自己无法继续担任皇帝嗣子，曾多次请求太后收回之前成命。太后最后准许他的请求，废黜其皇帝嗣子之位，并断绝了他与皇室的一切联系，赐予他皇族最低级别的爵位，并许他不必行使官员职责。
太后通过这份谕旨向世人诉说着对大阿哥的不屑与蔑视。太后赐予大阿哥的爵位很低，不需执行官员职责，因而没有任何俸禄，因此注定一生穷困潦倒，成为一个无名之辈。
这位曾经的皇帝嗣子在北京城污秽之地成为了“知名人士”，他是臭名昭著的无赖之徒，是声名狼藉的酒鬼，终日以赌博为生，常常摆空架子，自夸当年的荣耀，称若不是当年时运不济，可恶的洋人干涉，自己早就是当今皇帝了。
废黜大阿哥后，太后告知天下，在“找到合适人选”前，为同治皇帝立嗣一事，要暂时搁置。这也就意味着，要等到大清与洋人关系处理好，且自己在京城的势力重新稳定下来后，再考虑立嗣的问题。观谕旨所言，众皆心照不宣。
逃亡过程中，太后一直很后悔、很自责。她深知洋人的忍耐力，并且她认为洋人很快便会忘记之前的事，因此想要重新回到京城，重掌权力。
1901年6月，议和条约中各项条款谈定，9月7日，大清与各国列强正式签订条约。这条约就像一粒毒种，慢慢生根发芽，多年后长成了参天毒树，给大清朝惹来不少麻烦。
在西安时，由于担忧，慈禧太后于幽宫之中追悔。回京的路途上（1901年10月20日至1902年1月6日），她思量着，该用何种手段笼络洋人。可以说，此时她依然心存疑虑，忐忑不安。与此同时，京城之中，满清官吏得知议和条约已经签订，认为和平局势已定，很快便恢复了往昔的骄纵跋扈，之前的恐惧如同一件披风，瞬间抖掉，不见了踪影。他们故态复萌，深信大清乃天朝大国，至高无上，又得意洋洋起来。他们这种随处可见的高傲态度就像花骨朵般，在协商修订条约时，绽放开来，让人看得分外真切。这让人不禁再次想起几年前一位英国驻中国代表对这类事做的研究，他说道：“这些人蛮不讲理，但却时时屈从于恐惧。”
此外，还有一件事明显体现出了他们的故态复萌，妄自尊大，不可一世。这件事很具代表性，意义非凡，是关于醇亲王（时为摄政王）任职谢罪大臣前往德意志柏林道歉的。这个小插曲一度险些造成中德两国决裂。
根据议和条约第一款的要求，醇亲王被特派为谢罪大臣亲自前往德国向其皇帝表达中国政府对杀害德国公使克林德一事的歉意。1901年6月12日，他离开北京前往德国，此前朝廷就如何向德国表示歉意已经有了详细的明令。
到了德国，醇亲王认为德国皇帝提出的仪式要求与朝廷的指示不符，于是，拒绝道歉。德国政府迟疑了很久，迫于中国外交上一贯的消极抵制政策，最终妥协。
下面这封有关此事的电报具有永恒的意义。醇亲王（名为载沣）九月二十六日从德国发此电报给全权议和大臣庆亲王和李鸿章，电报内容如下：
前接啸枢电，相机因应，并示折中，仰见周密，欣有遵依。十四日，德皇停止礼节后，遣来朝车提督礼官俱未撤回，察其动静，似有挽回之机。因与荫昌、李希德等再四筹维，命荫昌用德文信致赓音泰？，婉商外部。以跪礼我国万难应允，于德既无所取，更与两国体面大有相关。作为出自沣意，恳请德王宽免。一面又驻巴在尔艾领事面商，或将此意由沣备函，径达外部，让其先为代通消息。复于十八日晚面命吕使赶回德京，设法接办。十九
注释：①这是由德国名字翻译而来。号吕回后，接啸电，亦即转电吕，命其遵示，再与外部切商。旋于廿日，据艾领事来称，顷得外部电，命询王爷何时起身，以速为宜，我皇必见，跪礼已免，递书只带荫昌一人，余在别殿侍侯等语。
当晚，复接吕电云，德皇六号出巡。现据外部大司员云，王爷前来，德王必见，事由转机云云。据以上各情，事以挽回，但为时甚迫。沣未敢稍涉拘泥，赶即于十一钟时令该国来接，各官备车前往。二十一号三时？到坡思丹，德皇又遣朝车并头等提督接沣等均至旧皇宫居住，供应优渥，随商定次日进见，并送故德后花圈礼节。二十二日巳刻，亲至故德后墓如礼，十二时复遣朝车提督迎至新行宫，沣随带荫昌进见内殿，递书宣读颂词，张冀六人在外殿侍立。礼成，德皇遣马队送归旧行宫。两时德皇亲来答拜，意极殷勤，坐谈良久，并命备舟车游览哈芳湖孔雀岛。二十三号早看操，午后仍至新行宫进见，德皇并留多在柏林居住，看各厂院，又面属前赴丹西，会晤亨利亲王，看其水师，沣未便拂命。现拟见德后后，即赴柏林，另住客寓。所有一切，均赖国家鸿福，俱臻妥协，堪慰宸念，祈代奏。载沣。
醇亲王此次出访德国，结果令慈禧太后大为满意，并对其赞赏有加。毫无疑问，在中国人眼中，这是一次外交胜仗。尽管中国战争失利，然而如此的外交胜利对中国而言，手到擒来。这封电报中，无论如何都看不出醇亲王此次是代表中国政府以一种友好的态度，去为残杀德国公使一事道歉的。
人们皆认为，当今摄政王自从去了一趟德国，就学到了很多东西，较之从前发生了很大变化。今年，摄政王几个弟弟也被派往国外学习，主要是学习中国急需的训练海军、陆军方面的知识和技术，在这些国家，他们均受到贵族礼待。然而，那些对北京观察细致的知情者则认为，这些所谓的官派出国学习，只不过是一场闹剧而已，这仅仅是皇族亲王想要在百姓中获得更高威望的一种手段，并非是为了真正改革中国体制。
注释：①这是中国的纪年时间，按照国际通历，觐见日期为九月四日。