从逃亡北京到居留西安期间，慈禧太后一直犹豫不决。这种行为与她在义和团运动及北京陷落时无异。这可能一部分归咎于其年迈体衰，另一部分则要归结于占星师和算命先生对她的影响。危难之际，慈禧太后总是相信这些术士之言，将他们所说视为真理。
之前，我们已经提到过太后容易受到各种征兆和迷信的影响，因此带来的后果显而易见。现在，她年岁增高，更容易受到迷信思想影响，其返京途中发生了一段小插曲，恰好给了我们充足的凭证。
西安的荣禄、北京的李鸿章均劝谏太后返回京城。不能否认，他们的建议确实触动了太后。此时，京城议和条约已经谈好，她也接受大臣劝谏，下旨治了几个义和团首领的罪。一切似乎都妥当了，但是慈禧太后心中依然充满了猜疑和担忧。她下令火速离开太原府向西逃至西安，便是心中疑虑所致。
打从一开始，李鸿章就认为朝廷支持围攻使馆区一举愚蠢至极。后来，在他不断劝谏下，慈禧太后也逐渐意识到当年自己采取那样的政策确实是愚蠢的。1900年6月21日，中国国内危机白热化，慈禧太后意识到中国义和团和清兵远远不是那些源源来华的洋军的对手，京城亟需一个擅长与洋人打交道的外交使臣。情急之下，她任命李鸿章为直隶总督，命其火速从广东赶到北京。为此，她竟然建议李鸿章借一艘俄国轮船从上海赶到天津。李鸿章对此发了一封电报交给了袁世凯，由袁世凯转送给了太后。虽然，这封电报措词用字看似毕恭毕敬，字里行间却明显暗示，大清遭遇如此灾难，太后责无旁贷。电文内容如下：
仰蒙倚任优隆，曷胜感悚。惟念前在北洋二十余年，经营诸务，粗有就绪，今一旦败坏，扫地尽矣。奉命于危难之中，深惧无可措手，万难再当巨任。
接着，他指责太后对其行程的建议完全没有意义，说道：
上海无俄国轮船，现在战事为止，俄国即有船，亦必不借。
最后，他请求太后原谅自己不能火速从命，称英国使臣要求，直到所有外国使臣从北京被安全护送到天津后，他才可以离开，为此他说道：“不知现在能安送外使至天津否。”最后，他请求袁世凯转告太后，若自己体气稍复，即陆行北上。这封电文言简意赅，慈禧太后的回复同样言简意赅，仅朱批两行而已，说道：
李鸿章电悉。现在事机甚紧，著仍遵前旨，迅速北来。毋再藉延。
尽管，朝廷圣旨不容违抗，但李鸿章不理会这些。他清楚自己的处境，继续留在上海，表面上是在协商，实际上是在观望，想看围攻使馆区最后导致的结果。7月23日，上海《泰晤士报》记者采访了他，在采访中，他称若有充足证据表明太后已经意识到之前政策的愚蠢，他会遵旨北上就职，又称自己将要针对盛怒的列强，采取和解策略。7月底，李鸿章获悉，两宫已经决定逃离京城，遂拟了一份著名奏折，派专人送至京城。他请求太后，明布谕旨，急速改变政策。太后离京之前，就收到了这份奏折。它彰显了李鸿章最盛时期之貌，展现了他的智勇双全，正是这样的特点，造就了他的官场传奇，二十年来，堪称中国官员中的佼佼者，得到全世界的承认和赞扬。这份奏折有些部分非常有价值，值得在此列出：
自古制夷之法，莫如洞悉虏情，衡量彼己。自道光中叶以来，外患渐深，至于今日，危迫极矣。咸丰十年，英法联军入都，毁圆明园，文宗出走，崩于热河，后世子孙，固当永记于心，不忘报复。凡我臣民，亦宜同怀敌忾者也。自此以后，法并安南，日攘朝鲜，属地渐失，各海口亦为列强所据，德占胶州，俄占旅顺、大连，英占威海、九龙，法占广湾，奇辱极耻，岂堪忍受？臣受朝廷厚恩，若能于垂暮之年，得睹我国得胜列强，一雪前耻，其为快乐，夫何待言！不幸旷观时势，唯见忧患之日深，积弱之军，实不堪战，若不量力，而轻于一试，恐数千年文物之邦，从此已矣。以卵敌石，岂能幸免？即以近事言之，聚数万之兵，以攻天津租界，洋兵之为守者，不过二三千人。然十日以来，外兵之伤亡者，仅数百人，而我兵已死二万余人矣。又以京中之事言之，使馆非设防之地，公使非主兵之人，而董军围攻，已及一月，死伤数千，曾不能克。现八国联军，已将来华，携带大炮无算，不知中国何以御之？但有十万洋兵，节节进攻，即得京师，易如反掌。皇太后皇上即欲避难热河，而今日尚无胜保其人，足以阻洋兵之追袭者。若至此而欲议和，而今日尚无胜保其人，足以阻洋兵之追袭者。若俟至彼时，乃欲议和，恐今日之势，且非甲午之比。盖其时日本之伊藤，犹愿接待中国议和之使。若今日任用拳匪，围攻使馆，犯列强之众怒，朝廷将于王公大臣之中，简派何人，以与列强开议耶？以宗庙社稷为孤注之一掷，臣思及此，深为寒心！若圣明在上，如拳匪之妖术，早已剿灭无遗，岂任其披猖为祸，一至于此？历览前史，汉之亡，非以张角黄巾乎？宋之削，非以信任妖匪，倚以御敌乎？臣年已八十，死期将至，受四朝之厚恩，若知其危而不言，死后何以见列祖列宗于地下？故敢贡其戆直，请皇太后皇上，立将妖人正法，罢黜信任邪匪之大臣，安送外国公使至联军之营。臣奉谕速即北上，虽病体支离，仍力疾冒暑遄行。但臣读寄谕，似皇太后皇上仍无诚心议和之意，朝政仍在跋扈奸臣之手，犹信拳匪为忠义之民，不胜忧虑！臣现无一兵一饷，若冒昧北上，唯死于乱兵妖民，而于国毫无所益。故臣仍驻上海，拟先筹一卫队，措足饷项，并探察列强情形，随机应付，一俟办有头绪，即当兼程北上，谨昧死上闻！
李鸿章这道直言劝谏的奏折，深深触动了慈禧太后。她分别于八月十九日与二十日，以皇帝名义在怀来下诏，首次向外界表明，朝廷已经决定采取怀柔调和的政策，为回京做准备。关于回京一事，她已预见到联军内部之间滋生、蔓延的分歧和猜忌，认为这些都会对自己回京一事，大有益处。
八月十九日的诏书，对外宣称义和团运动以及对外国使馆区发起的进攻，是中国的基督教民与非教民之间的分歧导致的。她抱怨道，列强派兵剿杀义和团暴民，本出自好意，但他们的行事方式暴露出对中国觊觎之嫌。她悲叹，列强完全不顾国家友谊，实在令人心寒。此外，她还不无幼稚地称，中国政府竭尽全力，即便困难重重，依然尽心尽力保护京中洋人生命及财产安全，声称大清对他们以礼相待，他们却如此恩将仇报。多亏洋人对中国政治的可信度很是了解，否则怎么会相信如此一番幼稚的话竟然出自这样一位智慧卓群的君主之口。然而就这样，谕旨下发时，慈禧太后就已经得到了谅解和支持。俄国甚至已经开始用同样的论调为清政府开脱责任，支持慈禧太后在北京的政策。
谕旨结尾处，太后命令荣禄、徐桐和崇绮留在北京担任全权议和大臣。她承认，现在洋人有军队撑腰，又取得节节胜利，不免嚣张跋扈，肯定很难达成令人满意的和议结果。她遂将决定权留给全权议和大臣，称要么直接与外国相关官员发电报协商，要么咨询上海的总领事馆，请求他们介入议和。
第二日，太后又以皇帝的名义下了一道谕旨，然而这道谕旨与先前截然不同。这是一封承认错误的悔过书，请求人民怜悯，劝勉臣民回归明智之路。诏书内容如下：
涤虑洗心，匡予不逮。朕虽不德，庶几不远而复，天下之悔祸可期矣。
整道谕旨读来，能够感觉到其中异乎寻常的诚意。它以皇帝名义接受了导致整个大清王朝陷入天翻地覆之灾难的全责，但又提醒诸位官员，称正是他们根深蒂固的懒惰奢侈之风才造成了帝国的灾难。从忏悔深度来说，这份诏书也完全承认了朝廷在此事中的责任。说道：
朕为天下之主，不能为民悍患，即身殉社稷，亦复何所顾惜？敬念圣母春秋已高，岂敢有亏孝养？
改革政策的诏令已明确颁布，被概括为未来清政府的基本政策。慈禧命令地方官立即进宫，以便改革方案快速实施。她嘉赏长江一带的总督能够依照条约，维持地方安全稳定，又对中国的基督教民做出承诺，定会保护他们的安全。
这些诏令被一字不漏地由庆亲王和他的同僚转达给了各个列强，很快消除了皇室和大臣对自身安全的担忧，取得预期的效果。九月初，所有总督大臣、高级官员联合上奏，催促朝廷立即起銮回京。如果联军有一丝对太后不利的可能，他们是不会提出如此的建议。同时，朝廷上下热火朝天地讨论着将来皇都选址一事。
这份总督奏折是由袁世凯草拟，由他呈给了南京的刘坤一，又由刘坤一转发各省。奏折明确提出义和团和其首领应该为这次的巨大灾难负责，但令人庆幸的是，现在“困难已过，和议已开。”他们得知两宫很有可能离开太原府，继续西逃至西安，指出这是不明智之举。阅读这封奏折，我们可以了解到中国官员是如何处理高层政策策略的，以下摘选奏折部分内容，很有价值，内容如下：
伏查自古国家多难之时，亦有迁都之举，然必须敌人不能悬军深入，即深入亦不能持久，我使能立国图存。今日联军谋坚势众，实与古来不同。况陕西自宋元明志同治以来，屡次兵火，商稀民瘠，古称天府，今非雄都。又与新疆、甘肃为邻，新疆逼迫强俄，甘肃尤为回薮，内讧外侮，在在可虞，较之京师素云完善。即就目下言之，各国方以新胜之师，谋和图进，我能往，彼亦能往，不畏数万里之海，岂畏数千里之陆？
接着，奏折申明宗庙宫阙，列祖列宗之神灵都在北京，北京乃是根本重地，四方拱极，为朝宗者也。接着，朝中官员提醒太后，各国已经请求撤兵回銮，且不占中国土地。如果朝廷坚持继续向西，拂洋人之意，便无法达到预期结果了。如果联军永久占据京城，后果不堪设想，预计灾难会接连发生，包括财政危机，甚至无法保障朝廷在西安的生活供给，偏远地区的供给更无从谈起。如果朝廷决定继续西逃至西安，至少应该下谕，称这次西狩只是暂时之计，一旦议和成功，朝廷定会回銮京城。“存亡关键，实在于此。”奏折最后恳请两宫任命庆亲王为全权大臣告知外国使臣，果真退兵，示以必返。
后来，总督大臣和官员再次上了一封奏折，称俄国外交大使暗示中国驻圣彼得堡使臣，朝廷定都西安实在很不合适，那里非常贫穷，两宫势必会西行至甘肃兰州府。鉴于这件趣事，上奏大臣说道：
臣等闻各国议论，大率皆同，今日幸陕之举，议者必以秦中远隔海口，有黄海潼关之阻限，其险隘可守，敌来较难，拒敌较易。不知古今兵事，实有不同，八国环攻，与一国构兵，又不同。今日战斗，须凭枪力，守险须凭炮力，潼关同州等处之黄河，仅宽四五里，愈上愈狭。外国陆路行营快炮七生的口径者，及八九生的口径用马拖运者，可击七八里，新式长田鸡炮可隔山遥击七八里，中国皆无之，仅凭土炮小洋炮，岂能守关守河？各省枪少弹缺，自造无多，假使洋兵深入中原，运道必然梗阻，不过数战，弹子即罄，虽有忠义民兵，徒手亦难击敌。盖一国则深入难，八国则接济易，此陕省拒敌之难也。
又查外洋通例，凡系有和约之国，必驻公使，若其国不能位公使驻者，即不视为与国。一立和约，即使迁都西安，各国肯允，已必遣公使，来陕驻扎。经此变故之后，使馆必留洋兵保守，距海愈远，洋兵愈多。且山西、河南、直隶必至于节节皆驻重兵。是无论迁都何处，必有使馆洋兵，徒使中原数千里皆为洋兵盘踞，此陕省建都之难也。总之，迁都之计，全在平日经营，若战败之后，敌人必不许我矣。守险远海，亦拒敌之一策，若海口既已属人，内地素无守具，则险者失其险矣。各国并力，各省纷扰，彼有接济不便，我无持久之力，腹背受敌，跋前疐后，则远者失其远矣。此须俟事定之后，从容筹之。遇一国生衅之时，必先结援数国，移跸陪都，军械充足，炮台周密，再行开战，然非所论于此时也。以上各情，恐议者或未详考，臣愚见所及，不得不据实上陈，以备朝廷裁夺。
做决定前，慈禧首先要完全确定列强不会将交出国家权力作为议和的前提。确定无疑后，之前关于回京的疑虑担忧一扫而空。保守大臣及文人学士当时皆预测，老佛爷一定不会再愿意回到被洋人亵渎的京师，再也不愿意祭奠遭到洋人亵渎的先祖皇陵。尽管太后很迷信，然而，她头脑平静，具有远见，不会让个人情感干扰国事，即使是在自己的统治面临危境之时，也不会让这些情感扰乱了自己的分寸，打乱了自己的平衡。她表现出来的犹豫不决，只是碍于“面子”而已。
只有确保了她之前的位置和大权，她才会返回京城。就在议和时，她逐渐意识到，利用列强之间互相猜忌的老招数，不仅可以安然无恙地返回京城，还可能受到欢迎。她开始为提前回京做准备。
夏天下过暴雨，这里的道路几乎不能通行。因为收拾打包在西安期间收缴的贡银贡品，又耽搁了数日。太后还收到确切消息说，她在京城宫中的财物没有被联军抢掠一空，这个好消息让她更加迫不及待地想要回归京城。她要亲自监督这些财物的转移，不能让太监们先行盗窃了去。
八月二十四日（1901年10月20日），长长的队伍从两宫暂时居住的知府衙门出发，跟在后边的随从人员非常多。太后首先到城门外的一个小庙祭拜战神，也就是大清朝的保护神（也是义和团的的保护神）。自此之后，朝廷北行，每日约行二十五英里，首先在河南府休息，后行至开封，在那里庆祝了太后的六十六岁大寿，停留几周。这一路上，沿途的安排极为舒适和方便，与之前两宫西逃期间所经受的物资匾乏相比，真是天壤之别。
她在开封时，议和条约在京城正式签署。九月底，离开开封前，李鸿章病逝。李鸿章对外交事宜得心应手，且在与洋人议和谈判方面才能突出，为太后和大清朝立下了卓越功勋。太后虽然极为赞赏他的才能，却从来没有给过他特别优待。还以李鸿章乡音过重，自己听不懂他讲话为理由，拒绝任命他为军机大臣。然而，他死后，太后却赐予他大清汉臣从没有享受过的殊荣：除了在他曾任职的各省为其建造祠堂之外，在京城也为他修建一座祠堂。
尽管太后责备李鸿章称其要为中日甲午战争的爆发和最后的惨局负责，但当皇帝草率行事，要革去李鸿章直隶总督一职时，又不赞同。《辛丑条约》签订后，她特别赞赏了李鸿章的忠心耿耿，说道：“李鸿章乃最先劝谏剿灭拳匪第一人，彼除在军机处供职建功外，又为保护各国使馆最得力之人。”
在开封，太后欣赏了几场为其祝寿的戏后，动身继续向京城进发。临走前夜，满族官员文悌？劝谏太后不要回京，称洋人奸险，太后若回京，洋人必会将太后圣体捉捕，以哗众取宠。太后很生气，狠狠地将其斥责了一番。