十一月十四日，度过了漫长而又兴奋的一天，慈禧太后虽十分疲惫，但身体大好。第二天一大早，她照常六点起床，召见军机大臣，而后又和光绪皇帝的遗孀（隆裕皇后）、监国摄政王及其福晋荣禄之女交谈多时，并以年幼新帝的名义下一谕旨，尊封太后为太皇太后，尊封皇后为太后，计划在册封当天举行庄严的受封大典，并且正式宣布让摄政王（载沣）监国。
中午用膳时太后却突然昏厥，持续了好长一段时间，情况十分严重。最终醒来时，大家才知道，过去那段日子，慈禧太后辛劳疲乏，心焦气躁，导致旧病复发，再加上长久以来受到痢疾折磨，元气大伤。慈禧太后意识到自己所剩时日不多，遂急召新的皇太后，监国摄政王以及军机大臣进宫，颁布了以下这道谕旨，谕旨语气清晰平静，是她临政时惯用的口气，诏书内容如下：
奉太皇太后懿旨，昨已降谕，以醇亲王为监国摄政王，禀承予之训示，处理国事。现予病势危急，自知不起，此后国事，即完全交付监国摄政王，若有重要之事，必须禀询皇太后者，即由监国摄政王禀询裁夺。
但凡熟悉宫廷历史及太后生平的人，看到这道谕旨，都知道其中结尾的几句话意义非凡。这道圣谕措辞独特，想要给新册封的皇太后以及叶赫那拉家族提供机会参与国家要事，保住叶赫那拉家族的权威和地位。万一摄政王及其一党有任何图谋不轨的敌对行为，新太后皆可凭此谕旨干涉。直隶总督端方因在慈禧太后葬礼上失敬，被撤职，由此可以看出，隆裕太后仿效慈禧太后这个威严的前任，不失时机树立权威，维护叶赫那拉族的地位，这样一来，监国摄政王一职确实难当，监国摄政王载沣在这场权力的游戏中举步维艰。
下发了以上圣谕，太后病情日益严重，命令起草遗诏，军机处草拟后进呈太后。细细审阅后，太后修改了多处，又添加了一句话，这句话甚是引人注意。慈禧称自己垂帘听政实为不可推诿的责任使然，迫于形势，然而不止一次，不知情者总是认为她贪恋权力，将她为大清国的福祉而做出的牺牲误解为个人的野心与权力欲望。遗诏最后那笔触忧伤的结论，同样出自慈禧之手，即“回念五十年来云云”。
遗诏中，她称自己此生没有遗憾，唯愿能够多活些年日为大清尽忠。接着，慈禧情词恳切，和自己的侍从和宫女们道别，在场者无不伤心落泪。末了，太后神智还是一如往昔的清醒，弥留之际，语气冷静平和，一如平常，好像即将起程去颐和园一样。
一次次，每当所有人都认为太后已经宾天时，她就又恢复了神智，一直到最后，床榻边的人无不希望（或者说，害怕，好似这样的情形发生在自己身上一样）她能够从死亡线上挣脱出来。最后，在她弥留之际，依中国习俗，他们请她宣读最后的遗诏。然而这位执掌中国政权达半个世纪之久的传奇女性最后的话却出人意料，她说道：“再不能允许女人掌权，女子干政违背我朝法律，理应严厉禁止。同时需警惕，决不允许太监扰乱朝纲。明朝就是被太监给毁掉的，理应为我臣民前车之鉴。”说完，慈禧太后薨，正如活着时一样，她死时依旧凌驾于法律之上，其成就足令人心生嫉妒。
仅仅几个时辰前，她才刚将权力移交给自己同族的一个女氏宗亲：如今面对前方险恶局势，她犹豫了，迟疑是否还让这个造成中国混乱现状的体系经久不衰地运作下去，她深知不管落到谁的手中，这样的统治制度只能带来混乱。她去世时竟如她活着时一样，心血来潮又变幻莫测。
下午三时，太后驾崩，死时面向南方，据中国人的观点，君主临终，必须向南。据当时在场的人称，太后死的时候，口张而不闭，中国人解释为其灵魂不愿离开其体魄，不愿启程归于九泉。
慈禧太后就此驾崩，宫女们为她换上龙袍，连同皇帝遗体一齐由西苑抬移到了紫禁城，沿途臣民皆跪于两旁，到达紫禁城后，遗体分别安放于不同的大殿。
慈禧太后弥留之际的遗诏，言语比任何刀剑都更加强大，完美再现了中国古代的传统，这是一个统治者的绝笔，甚至成为了一种信仰。其内容如下：
诰曰：予以薄德，祇承文宗显皇帝册命，备位宫闱。迨穆宗毅皇帝冲年嗣统，适当寇乱未平，讨伐方殷之际。时则发捻交讧，回苗俶扰。海疆多故，民生雕敝，满目疮痍。
予与孝贞显皇后同心抚训，夙夜忧劳。秉承文宗显皇帝遗谟，策励内外臣工，暨各路统兵大臣，指授机宜，勤求治理，任贤纳谏，救灾恤民，遂得仰承天休，削平大难，转危为安。及穆宗毅皇帝即世，今大行皇帝入嗣大统，时事愈艰，民生愈困，内忧外患，纷至沓来。不得不再行训政。前年宣布预备立宪诏书，本年颁示预备立宪年限。万几待理，心力俱殚。幸予体气素强，尚可支持。不期本年夏秋以来，时有不适，政务殷繁，无从静摄。眠食失宜，迁延日久，精力渐惫，犹未敢一日暇逸。本月二十一日，复遭大行皇帝之丧，悲从中来，不能自克，以致病势增剧，遂至弥留。
回念五十年来，忧患迭经，兢业之心，无时或释。今举行新政，渐有端倪，嗣皇帝方在冲龄，正资启迪，摄政王及内外诸臣，尚其协力翊赞，固我邦基。嗣皇帝以国事为重，尤宜勉节哀思，孜孜典学，他日光大前谟，有厚望焉。
丧服二十七日而除。
布告天下，咸使闻知！
宣统十月二十三日（11月15日）
慈禧太后的徽号共二十二字，其中十六字是她生前已有，另外六字则为皇帝宣告太后殡天及赞扬太后之德的诏书追谥。第一个字为“孝”，因先帝而得，为诸后之所同。第二个字为“钦”意指遵循祖制！这与慈禧太后的所作所为恰恰相反。第三个字和第四个字意为“与天等齐”，将她和孔子摆在了同样的高度。然而，第五和第六字“端佑”又把她提高到了比万神殿圣贤更高的位置，意为神圣至极，而孔子只不过是一个“传道者”罢了。在大清国史中，她被称作“孝贞显皇后”。据中国尊称法记载，慈禧太后称号之尊贵、之隆重，没有第二位女性可与之匹敌。
慈禧太后驾崩，她在百姓中的声望却丝毫不减，不逊于生前。她的灵柩，首先放置在宁寿殿，后来移置到了紫禁城北的煤山即今景山大殿，等待下葬吉日。慈禧太后的葬礼上，哀戚尊敬之礼节，较其他帝王而言，异乎寻常。臣民皆认为，慈禧太后宾天，他们就如同失去了强有力的向导，而群龙无首。因为在他们看来，慈禧太后不止是个人，而是整个国家的核心、依靠。自其驾崩那日一直到碑位从帝王陵迁回紫禁城，一年间，对慈禧的隆重祭祀，从未中断过，足见臣民对这位老佛爷的爱戴。
宣统七月恰逢佛教的万灵节，按公元计算，正值慈禧太后宾天后的九月，宫中制成一个纸质驳船，置于紫禁城外，靠近景山的地方。船上堆满了纸质的太监和宫女，日常摆设和食物，据说是人死后在另外一个世界可以享用。船头置有一座龙椅，四周跪着穿朝服的臣子纸人，仿佛慈禧正在执政一般。
万灵节当天早晨，监国摄政王，以皇帝之名，在纸质驳船前拜祭，然后将纸船点火焚烧，以供老佛爷在“黄泉”能够继续享用。慈禧太后下葬前一两天，焚烧的纸质侍从、将士、骆驼等数不胜数，因太后活着时习惯享受华丽的生活，死后准备这些供其享用。
1909年11月27日《泰晤士报》刊登了慈禧太后安葬情形的评述：
十一月五号早晨五钟时，乃钦天监选定大行皇太后金棺由宫中奉安于东陵之日。吉时稍后改为早上七点。
一切情形与前西历五月大行皇帝奉安时礼节略同；惟军队更多，装饰更美，警吏亦更整齐，故其景象尤为壮观。然而有一欠缺，即大行皇帝奉安之日，天气晴朗，阳光明媚，与冰冷灰暗的宫墙形成巨大的反差。此次则是浓云密布，甚为寒冷。再加上时间一再推迟，令观者颇为不耐。
金棺刚开始是由八十四人抬之，这是能够过城门时最多之数，出城后则将人数增至一百二十人。前行者为监国摄政王及诸王公贝勒及其贴身侍卫、军机大臣等，后为骑兵一队，再后为骆驼等。骆驼载着帐棚和行宫用具，由京城出发前往东陵，须行四日，晚间搭帐篷，作为金棺暂时安放之地。再后为伞队，皆为庚子年由西安回銮时，百姓恭送，安葬后全部烧掉。蒙古勇士后又为喇嘛，最后为銮仪卫一队，执祭器佛幡旗帜等。全队中有三乘极其华丽的轿舆，罩以黄丝之帘。一切装饰，均为龙凤花样。有两乘与太后平时所乘相同，也是准备在陵上焚烧的。队伍中很显眼的还有六位侍奉太监，包括臭名昭著的李莲英和一个长相俊俏常侍奉在太后左右的矮太监。统观全队，炫耀威严，使人印于心而不忘。中国人言，唯唐之武后或能与此比耳。据历史记载，武后下葬时，百名侍从殉葬于陵墓之中。
警察之布置，颇见当今太后才能，观者均为赞叹，谓：此为今太后为防不测而置办。梓宫经由之路，家家闭户，军队布列皆满，以防意外。军队纪律严整，机敏警觉，无喧哗紊乱之象，沙路平坦，全队向东陵进发。
东陵者，离京约九十英里，四面松柏葱郁，后为坐山。路皆为黄土，送葬队伍走了四日。陵墓先由荣禄经理陵工，共花费银八百万两，与定陵相近，定陵即慈禧夫咸丰帝的陵寝。西面为慈安太后之陵，东为咸丰帝中宫皇后之陵，中宫于咸丰帝登位之前便已去世，之后被追谥为皇后。慈禧的一生，经常关心自己的万年吉地，经常来这里视察，询问详细情形。1897年，修建完毕，太后却嫌其柱不大，命令换掉。荣禄死后，庆王接着修建，经办陵上雕刻装饰等工，在其中增加了许多器皿玉雕以及巨大的花瓶及金银香炉做衬，工程之伟大，可想见也。金棺所放之地还配有一个华丽躺椅，周围放置纸太监和侍女服饰左右。奉安既毕，各亲王、高官行辞别礼，新太后及其随从、咸丰帝遗孀皆行礼，石门遂闭，而慈禧一生之事，就此画上完整的句号。
中国风俗，丧礼之隆俭，费用之丰啬，关乎逝者的威严与其后人的体面。今以皇帝丧费与太后丧费比较：皇帝丧费，不过四十五万九千九百四十两二钱三分六厘；而太后之丧费，则在一百二十五万至一百五十万之间。当时传言，监国摄政王欲剔除浮费，因见叶赫那拉族不悦，乃罢。太后之大丧，为国人所重视，毫无疑义，因为在他们看来太后乃是中国五十年来群众爱戴的君主。
太后的牌位，由东陵转移回紫禁城，移入太庙时，礼制亦极为隆重。西人观之，皆印于心。由此可见中国崇祀祖先的传统。神主之式，为木制，上加以漆，以满汉文字书之，先置于陵上，石门既闭，则神灵遂附于木主，故此木牌与生者地位相同。由东陵返回紫禁城时，敬奉于华丽的黄缎轿内，送行总共耗费了三日之久。后面送者非常多，到了夜里，木牌安歇于特备的帐幕，由专人下跪请其出轿，然后休息。所行之路，名曰神路，有军队清扫保持洁净，常人不得行之。既近京城，监国摄政王率领各王公大臣下跪迎接。市中歇业，肃静无声，臣民皆下跪默哀。过禁城正门，以入太庙，敬安于九祖三十五后之列。未入庙前，先将同治帝及其皇后神主暂撤。盖木主入庙，须先向祖宗叩首，而父母之木主，不能向子媳叩首也，此礼由人代行。慈禧太后神主入庙，是由监国摄政王代替宣统帝行之。每个木主皆需要三跪九叩首，共约四百拜。已安位，又敬迎同治帝后木主还庙，向慈禧木主叩首。慈禧之木主与慈安相近。于是大丧之礼，就此告终。然而，慈禧太后之圣灵依然俯视整个紫禁城及大清黎民百姓，而他们皆深信太后神灵定将能够助自己摆脱苦难，安居乐业。日转星移，慈禧太后之过失及缺点，被人们忘却，惟记得其丰功业绩，令人敬仰之处。尽管统治时期，心胸狭窄，且致使国家深陷屈辱，然太后视死如归，死前求变，其遗诏令我们对这位君主另眼相待，引用《观察家报》？的记者所言：“希腊人心中认为，最理想的政治统治状态，即国王为哲学家，而哲学家为国王。”
注释：①1909年1月2日。