太后乘坐的驳船，周身刻满龙凤，太后坐在里面的藤椅上，身边宫眷五六人，太监数人悉心侍候。太后下舟后，由两太监侍候上轿，随即抬往万寿寺，太后心情和精神都很好，成为臣民议论的焦点。她照例到长寿殿内烧香祈福。然而，慈禧太后魂归九天后，据知情人回忆，当时太后的最后一根香并未点燃，乃是不祥之兆。太后寿辰将至，所以在临走前，她命众僧每日为其念经祈福，保佑她长乐无极。
离开万寿寺，和那些等候的宫眷一起，起身去了西直门外的植物园和动物园。轿子到了大门口，她执意下轿，步行游览整个园子。看见自己从未见过的动物，太后表现出极其浓厚的兴趣，并说以后会经常来此走走。她询问了看守者许多问题，特别对狮子感兴趣。她对看到的一切东西都感兴趣，问看守者（一位内务府府满族官员）这些动物均来自何地。可那人对此了解甚少，答不上来，引得侍从皆失态掩笑。“看来你对动物学了解甚少啊。”太后如是说。接着，她又从这位汗颜的官员转而戏谑另一位园内管理人。随行的还有太监总管李莲英，跟着走久了，觉得非常累，遂请太后怜惜凤体，不料老佛爷兴致极高，又好似成心跟他过意不去，坚持绕园子走上一周，让他紧随左右。这样非正式的场合实属罕见。这副场景不禁让英国人想起他们的铁腕女王游览园子，却会让园内之人和动物们倍感折磨的情景。众人皆说那日游园，太后精力旺盛，定能长寿。
慈禧太后记性极好，继而说道，那时端方从欧洲回来，给她进贡了一头大象，还有一些其它动物。因宫中无处喂养，便建了万牲园，这也就是万牲园兴办的起源。这头象最初由两个来自德国哈根贝克的人饲养，他们经常向负责官员汇报，称动物的月粮供给不足，但从未得到过回应，最后大象竟然被活活饿死了。饲养期限未满，两人便领了俸禄回国去了。一提到这件事，太后就极不开心，但又称瞧见如今绝大多数动物都喂养得很好，很是满意，而照料老虎的人却受到了训斥。
慈禧回到西苑后，宫中所有人全心全意开始准备11月3日太后的七十三岁寿辰，其他诸事全部让位。紫禁城的主街道装饰一新，园内早已搭起戏台，连着五天戏曲连连。此次寿宴与以往不同，达赖喇嘛当天会带领群僧向太后叩拜。皇帝病重，不能亲往仪鸾殿上叩贺，特派一亲王代行此礼。这样重大的场合皇帝都未出席，可见，他的病情真的非常严重。后来宫中为达赖喇嘛准备了盛大的宴会，皇帝也未能亲自参加，其病情严重，由此可见。达赖喇嘛跪于殿外，恭迎圣驾，本来就是勉强接受，心中万分不愿，皇帝竟然没出现，活佛更是生气。
太后寿辰那天早上八点，皇上从“瀛台”移驾大殿。他形销骨立，面容憔悴，老佛爷见罢，心有不忍，令贴身太监搀扶其上轿，准其不必出席寿宴。之后，太后下一谕，对达赖喇嘛的忠诚大为赞赏，令其速回西藏，并“赞颂朝廷圣恩，永远效忠大清朝廷之令。”寿辰下午，太后同妃嫔、福晋和太监等一起改换装扮，太后扮观音，其余人等扮作童男善女，在湖上游玩，兴致极高。
不料到了晚上，太后偶发风寒，再加上杂着吃了许多乳酪苹果等，整个夏天折磨她的痢疾又犯了。次日，她照常处理政事，批阅了多份奏折。但是到了11月5日，太后和皇帝均病重，不能上殿召见军机处，所有政事拖了两日有余。
听闻太后病重，达赖喇嘛赶紧呈上一尊佛像，说应立即送往太后陵墓，当时陵墓在庆亲王监督下刚刚完工？。达赖喇嘛催促将佛像送往太后将来的安葬之所，用来镇压不详，称如若及时，太后定将更加长寿。
慈禧听罢，非常高兴，第二天照例上朝，令庆亲王速将此物送往其陵墓？，不得延误，好生安置。她交代说，一定要好生修建陵墓，严遵她的旨意，不许有半点差池。庆亲王犹豫不决，并上书称，在太后和皇上均抱病之时，似乎自己不宜离开，并询问太后是否真的希望自己此刻离京。但老佛爷对此事不容异议，执意要他离京办事。“几日之内哀家不见得会死，”她说道：“哀家这几日感觉好多了。无论如何，你只要照我的意思办就行了。”
11月9日，星期一，太后和皇上均上朝召开军机会议，特别召见了请训示的直隶提学使。会上，慈禧老佛爷颇有怨言，说：近来学生思想，趋于革命派居多，特命直隶提学使监视学生的政治活动。随后太后宣召几位来自地方的大夫，为皇上诊断病情。是日下午，皇上旧病复发，自此之后，再未踏出寝宫半步。次日上午，皇上派人到太后宫中请安（或者说，代行请安）。那日太后也在自己宫中，未曾早朝。御医禀报说，太后和皇上的身体都不太好。恐自己医术不精，特请内务府大臣另请高明来为二人诊治。
军机处派人到陵墓请庆亲王速速回京，这宫中诸事须庆亲王亲自定夺才行。得知此事后，庆亲王日夜兼程，十三日上午八时赶回，后马不停蹄赶往宫中，见老佛爷有所好转，精神大好，但皇上却日渐衰弱，一直昏迷，间或清醒一下。皇上清醒时，便让皇后代为禀报，说恐怕以后不能侍奉太后，特请其立一太子，不容再延。不论此实属皇上真心实意，抑或是受人指使，禀注释：①他是接替荣禄来监督陵墓的修建。② 陵墓建在离京城九十里开外的地方，占地广袤，装饰豪华，都是当时清朝最好的建筑。总共含宫殿四重，一层层成阶梯状延伸，在最后的第四重，有高大的丘陵，名为宝城，其
下即大陵宫。告之人是否真为皇上所派，实属难测，也无从考证。
庆亲王到京后，立刻于仪鸾殿召集大臣。太后坐上宝座，虽身体十分虚弱，但凭借自己的坚毅性格，依然镇定自若，声音洪亮，流畅一如寻常。当时出席会议的有庆亲王、醇亲王、军机大臣袁世凯、张之洞、鹿传霖、世续等。太后宣布：“现在是时候按光绪帝即位时之谕，为同治帝立嗣。且我的主意已定，但还想和大臣们商量商量，听听你们的意见。”庆亲王和袁世凯皆主张立浦伦或恭亲王。他们认为，浦伦是道光帝的血脉，由此看来更为合适，醇亲王亦赞同此建议。而其余的军机大臣则一致举荐醇亲王之子。
听完众大臣的意见后，老佛爷说：“哀家之前将荣禄之女许配给醇亲王做福晋，就旨在立其长子为嗣，想着如此一来，以报荣禄终生效忠于哀家和朝廷之热忱之心。使馆遭创之时，荣禄极力维护，是他挽救了朝廷，使大清不至灭亡。故在今年三月间，特为荣禄之妻加封殊荣。现已决定立醇亲王之子为新帝，醇亲王为监国摄政王。” 1861年，两宫皇太后曾授予恭亲王“议政王”称号，较“监国摄政王”，此职位稍低。
听到此番决定，醇亲王赶紧起身，连连向慈禧太后叩谢，并谦言自己难以担此重任。这时，袁世凯再次上言，主张立溥俊，称这样就延续了立长子为嗣的传统。因为他深知醇亲王和自己是死敌。可是，慈禧老佛爷却训斥他道：“你认为，哀家老了，哀家糊涂了，但你应该清楚，哀家一旦决定的事，没人能够阻止。如此关键时刻，立一个年幼君主，确实存在风险。但须谨记，哀家会帮助支持醇亲王。”接着，她转向军机大臣命令道：“现以哀家之名草拟两份谕旨，一道立醇亲王载沣为监国摄政王，一道宣醇亲王之子溥仪进宫抚养。”另外，太后还命庆亲王将这些谕旨告知光绪帝。
光绪帝此时清醒，也明白庆亲王的意思，说道：“立一位长君岂不是更好？然而，毋庸置疑，太后想得最为周全。”当得知醇亲王被封为摄政王时，皇上也由衷的高兴。此时是下午三时，两个小时后，幼帝进宫，由醇亲王带着，分别向太后和皇上请安。次日早上七点，御医来报，说皇上“鼻子抽搐，腹部隆起”，怕是无力回天了。那日夜里，皇上深感归期将至，遂写遗诏，但字迹模糊，很难辨认，但开头几句话尤为重要：
朕和溥仪皆为醇亲王子，太后立吾等继承大统，然对朕心存嫉恨，过去十余载，朕为袁世凯及某某（字迹不清）所害。待时机成熟，朕愿袁世凯被立即斩首。
此诏在皇后手中，甚是隐秘，后被数人看到。由此诏看来，皇上的最后时日，采取了调和的态度，定是因其终日惶恐不安而非恻隐之心。
晚些时候，朝廷又下一旨，称皇上病危，急召各省医术高明之士速进京诊断，或许能够救皇帝一命。谕旨中详细描述了皇上的病症，真真假假，皆不得而知。然而，老百姓对此却置若罔闻，因为此中所述之事世人早就预见到了。
下午三时，慈禧太后前往“瀛台”看望光绪帝，而此刻皇上已经神志不清，认不出她了。过了许久，光绪帝清醒，太监宫女试图为其穿上寿服。皇帝穿上寿服之后驾崩，才符合祖制。若驾崩后再穿，则视为不详。此刻，他却执意不穿，直到五时，光绪帝驾崩。太后、皇后、嫔妃二人和一些太监们在侧。太后未等侍从为皇帝穿上龙袍，便起驾回宫，传光绪帝遗诏，册封新帝登基。今摘录其遗诏中有趣内容如下：
朕自冲龄践阼，寅绍丕基。念时事之艰难，折衷中外之治法。辑和民教，广设学堂，整顿军政，振兴工商，修订法律，预备立宪，期与薄海臣庶，共享昇平。
提到“封摄政王载沣之子溥仪，入承大统为嗣皇帝，钦承付托，忧勤惕厉，永固邦基。”之后，光绪帝总结道，或者说是慈禧太后代而总结道：
“尔京外文武臣工，其精白乃心，破除积习，恪遵前次谕旨，各按逐年筹备事宜，切实办理。庶几九年以后，颁布立宪，克终朕未竟之志，在天之灵，藉稍慰焉。”
慈禧老佛爷此时平心静气，旁人见之，无不讶异。随即，她又以新帝之名颁布一道旨意，称颂大行皇帝之德，并对太后眷顾深表感激。
追溯光绪帝初年，吴可读因慈禧未给同治帝立嗣尸谏，抗议违背祖制之继嗣之举，称这导致同治帝在天之灵未定，无人接其拜祭祖先。今新帝已过继为同治帝为子嗣，算是太后兑现了当日的承诺。
然而，现在看来，如果不对家法灵活处理，将要重蹈当年之覆辙，光绪皇帝在天之灵又无法得到慰藉。除非有什么办法能够解决这一棘手难题，同时慰藉两位先帝之亡灵。万一光绪帝无嗣，今后将无人拜祭，士大夫必起争论，或许还会有很多士大夫追随其尸谏之风，出现更多的如同吴可读的大臣。正因慈禧太后早就料到此点，才会改制，尽管无先例可循，却可两全，故因情制礼。谕旨内容如下：
前因穆宗毅皇帝未有储贰，曾于同治十三年十二月初五日降旨。大行皇帝生有皇子，即承祧穆宗毅皇帝为嗣。现在大行皇帝龙驭上宾，亦未有储贰，不得已以摄政王载沣之子溥仪，承继穆宗毅皇帝为嗣，并兼承大行皇常之祧。
凡是熟悉中国古代错综复杂的礼仪和继承法的人，必定深知太后所定新法前朝绝对没有先例，让一位在世的皇帝以双重的身份祭祀两位先皇，我们不禁怀疑那些正统的士大夫和传统的中国人是否会像坚定、睿智、果断的慈禧太后那样欣然接受并实施这一法制。
之后太后又发一旨，称将所有日常政事交由监国摄政王代行，国家要事，仍然需要禀告太后，再行决定。这样的安排无疑把摄政王放到了当年光绪一样无足轻重、徒有虚名的位置，而这虚名要等到幼帝成人或太后驾崩，才可摘除。换言之，此时的慈禧太后仍旧希望自己长命百岁，这样，自其夫咸丰帝驾崩以来，自己可以永远掌权。谕旨中，慈禧太后称“现值时事多艰”，以此证明自己摄政的合情合理，称“所有军国政事，悉秉承予之训示，裁度施行。”由此可见，如若太后依然健在，摄政王必定如当年光绪皇帝一样，徒有虚名，郁郁寡欢。