载垣的逆谋计划被彻底粉碎，几位主谋也受到了严厉惩治，慈禧此时稳坐大清宝座（由于东太后并不十分关心政事，所以慈禧相当于一人专权），可以说是大清唯一的掌权人。
在登上摄政宝座的第一年里，她行事小心谨慎，深藏不漏，从不明目张胆地总揽大权，以免被怀疑有篡权的野心。即便如此，她依然不失时机地学习如何处理国事，并不时拉拢重臣，获得更多的拥护与支持。
慈禧首次垂帘听政（1861-1873年），可以说是她实行统治的尝试性阶段，一方面初次尝到了权力的滋味，另一方面又避免了揽权的嫌疑。二度垂帘时期（1875-1889年），尽管个别圣谕是以自己的名义颁布，但实际上她包揽了官员的任免大权和对赏罚属下的权力，由此在群臣中威望极高，受到拥护与爱戴，在高官之中深得人心也颇富盛名。
同治皇帝是先皇的儿子，法定皇位继承人，因此在同治年间，太后摄政实行的是垂帘听政，也就是在朝堂上挂上帘子遮挡，太后端坐帘子后听政。到了光绪帝年间，慈禧取消了垂帘听政，改摄政形式为训政。原因在于，与同治皇帝不同，光绪帝是由两宫皇太后钦定的皇位继承人，而非真正的皇子。严格来说，垂帘听政后期（1898-1908年），慈禧已不单单是在垂帘听政，她已经掌握了朝廷上下的一切大权。这个时候，她不再像之前那样遮遮掩掩，而是毫无顾忌地展示对权力的迷恋，加上多年来积累了丰富的政治经验，皇帝对她来说已经无足轻重。每日，慈禧端坐在龙椅上，接受群臣觐见，皇帝则如同傀儡一样，呆坐在一旁。就这样，慈禧成为人人尽知的老佛爷，大清王朝独一无二的统治者。
执政之初，慈禧深知，自古以来中国民众不认同女子掌政，认为这样有违祖制。即便是八世纪时的那位伟大女主——武则天，也被民众议论为篡权谋位者。汉代的吕皇后（据史者记载，慈禧与其性格颇为相似）才能过人，通过巩固强化政权，使汉王朝得以繁荣强盛。尽管她如此赫赫有功，却仍然没有得到后世的认同。
慈禧熟读经史，从历史记载中她了解到，尽管皇太后摄政不符合国家原则及祖制，前朝的几位太后依然选择在国家政事中发挥至高权力，权衡之后，她决定效仿前人实行太后摄政。
三位逆谋主犯除掉后，都察官及众大臣敦促慈禧以同样的方式处置那些同党和教唆者。恭亲王尤其心急，即便不是为了报复，也是为了惩罚那些在咸丰皇帝逃往热河几个月中屡进谗言的人。然而，慈禧此时却显示出了一名政客应该具有的大度宽容。执政初，慈禧便认为牺牲者越少越好，一个牺牲者往往意味着株连到整个家族乃至朋友，所以若能少杀一人，便能拉拢一个家族。罢黜了怡亲王在军机处的全部同党后，惩办其他逆谋同党的力度相对轻缓了许多，以下两个例子足以证明。
当时的吏部尚书陈孚恩，是第一个劝说咸丰皇帝逃亡热河的官员，先帝驾崩后，又是唯一被逆谋赞襄大臣召到热河的官员。他的罪行证据确凿，但慈禧也仅仅是将其革职。另一位是内务府的官员，他曾于1861年春季谎称京城之中叛乱将近，极力劝阻咸丰皇帝返回京城，实际是为进一步实施逆谋计划，如此重罪，也仅仅是被革了职。逆谋计划粉碎后，京城许多官员便想趁机打击报复政敌。所以为压制朝中刮起的打击报复之风，慈禧发布了一份诏书，称只是想惩罚几个主事而已，那些教唆者及同党将会从轻处理。慈禧做事一贯如此，目的达到后，便转而采取怀柔政策，既谨慎又宽容。她心里清楚，载垣及其同伙如果没有得到众多高官的支持和拥护，是不敢轻举妄动策划逆谋这样危险之事的。这一次她决定只要自己的统治不受威胁，就睁一只眼闭一只眼，对他们要么宽恕，要么从轻处理。后来，慈禧再次采取了这样的怀柔政策，因此被民众，尤其是北京民众赞誉为宽容大度之主，这也是她复杂个性中真实的一面。
逆谋已被粉碎，慈禧于是通谕大小臣子：“惟当各勤厥职，争自濯磨，守正不阿，毋蹈陈孚恩等恶习。”在另一封圣谕中，她又强调，知情不报与公然叛变一样罪大恶极，委婉地批评了朝中诸王及大臣不敢揭发逆谋之事的怯懦畏缩，并强调以后如若再发生这样的事情，知情者应及时禀报。她告诫皇族应该以载垣等三位逆谋头目的下场为戒，若敢篡权谋反，所受处罚将更为严厉。
垂帘听政的第一步是确定新皇帝的年号。之前，逆谋亲王已经选好“祺祥”，意为“幸福吉祥”，但慈禧读书甚多，认为此年号笔画过于冗长，实在不妥，因此改选“同治”。她之所以废掉之前的“祺祥”实际上是想要人们尽早忘记逆谋一事。“同治”意为“天下大同、天下有秩”，一方面希望早日平定国内叛乱，另一方面希望朝廷统治能够太平顺利。后来的事实证明，对于皇帝来说，这两个年号并没有什么差异。
下诏修改年号的当天，两宫太后又下一旨，接受众臣所奏请的垂帘听政的建议，还假意地推脱了一番：
钦奉两宫皇太后懿旨，据王大臣等所议，详加披阅，援据典章，斟酌妥善，著即依议行。垂帘之举，本非意所乐为，惟以时事多艰，该王大臣等不能无所禀承，是以姑允所请，以期措施各当，共济艰难。一俟皇帝典学有成，即行归政，王大臣仍当届时具奏，悉复旧制，钦此。
紧接着，她们又以皇帝的名义颁布了圣谕，感激两宫太后摄政，并承诺待亲政之年，必报答两宫皇太后慈爱之恩，孝养二老。
垂帘听政时，两宫太后在养心殿的东暖阁召见众大臣。除了大型的宫廷典礼，在其他场合，皇帝的叔伯以及四位兄弟皆不必行叩头礼，这也间接地表现了皇帝对其家族长辈的尊重。刚刚接受垂帘听政，两宫太后即被加封了尊号。尊号中一个字即意味着每年要从国库拨款十万金（按当时计算，相当于两万英镑）。皇太后获尊号慈安（慈祥安谧），叶赫那拉氏获尊号慈禧（慈祥吉祥），两人一为东太后，一为西太后。自此之后，她们接受了更多的尊号。慈禧七十大寿时，尊号多达十六个。七十大寿上，光绪帝要（并非情愿）为她增加四字尊号，她谦虚婉拒了。病死之前，慈安的尊号也多达十个。三十岁生辰时，两宫分别被加封两个尊号，同治皇帝即位时又加两个，同治皇帝染上天花至驾崩间，由于两宫摄政有功，各加两个，四十岁生辰时加封两个。慈禧五十岁生日时，再次获加两个尊号，光绪大婚时加两个，六十大寿时加两个。所以最终慈禧的完整尊号特别长，非常难记，为“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后”，意为 “慈祥，吉祥，端正，天佑，安康，健康，昭著，安乐，沉着，完美， 长寿，恭敬，敬重，崇拜，杰出和高贵的皇太后”。
垂帘听政初期，慈禧有必要极力拉拢、迎合恭亲王。她与东太后赐予恭亲王“议政王”头衔，相当于政府顾问之职。后又再下一旨，将先帝赐予他的亲王爵位改为世袭制爵位？。两宫太后执意授予他这两项封赏，然而恭亲王坚持不受。其实，慈禧根本就不需要什么国事顾问，她这么做只是遵行礼节而已。最终两宫太后妥协，暂时只授予他议政王之职，称世袭爵位的事宜会另加讨论。此时，叶赫那拉对恭亲王之前的极力相助依然心存感激，为表谢意，她封恭亲王的女儿为格格，准许她乘坐黄色轿子。这位格格对慈禧，尤其是慈禧晚年影响很大，1900年的义和团运动时期尤为明显。
注释：①世袭爵位在每次的世袭过程中要降一个等级。