听政之初，慈禧年轻且缺乏经验，垂帘听政的过程仿佛是在迷宫中摸爬滚打，内忧外患的国况更令她焦虑。很自然，她需要先皇的弟弟、在治国上经验丰富的恭亲王为自己出谋划策。但是，随着时间的推移，她对国事的了解越来越多，也越来越透彻，独断专行的个性也逐渐令她对恭亲王的意见以及束缚不耐烦。通过读史加之自己的智慧，她在处理国事以及人事上越来越得心应手，因此那些她曾经洗耳恭听的意见此时令她反感甚至厌恶，此时，在她看来，这些意见更像是干涉。慈禧生性专横，如果决定了一件事，就不会忍受他人干涉。恭亲王同样独断专治，不甘退让，所以慈禧开始有意识地拒绝恭亲王的建议，恭亲王也丝毫没有刻意隐藏自己的不满，两者关系迅速恶化。慈禧对恭亲王的冷淡疏远昭然若揭，恭亲王转而煽动东宫太后不要受慈禧摆布，想使两宫产生间隙。不可避免，宫廷中的和谐气氛被打破，反感、摩擦充斥其中。恭亲王掌握了任免官员的大权，经常不与慈禧商量就直接与地方官员通信，自行决断任免之事。据当时知情人士称，两宫太后垂帘之初，恭亲王位高权重，傲慢专横。有次上朝，他竟然说两宫太后如若不是依靠他的帮助，不可能有今日，她们的一切都归功于自己。这样放肆的言论对慈禧而言是不可宽恕的，恭亲王也是不可能得到饶恕的。
召见军机大臣时，两宫皇太后坐在朝堂高处的台子上，各有一个座椅，前方挂着一个黄色的帘子遮挡，避免大臣看到后面端坐的太后。朝臣按照等级高低，排队觐见，恭亲王身为议政王自然是排在第一个。太后身旁站着侍奉太监，他们的任务是不时从帘内向外窥探，监视觐见大臣的一举一动，以防他们有不敬或是有违礼仪的举动。严格来说，如果没有主事太监的传唤，不管是多大的官员，都不可进入帘内面见太后。然而，恭亲王自认为高人一等，不必遵守这样的规定，总是擅自面见太后。时间愈久，慈禧注意到恭亲王其他形式的越矩之举越多。例如，在太后（一般是慈禧）下发指示的时候，他总会提高嗓音回复。还有一次，慈禧说完了某件事，他竟然佯装没有听清楚，要求慈禧重新说过。简而言之，他态度如此嚣张跋扈，毫无尊主之意，是年轻的慈禧太后不能容忍的。他住在宫外，因此与汉族及外国官员经常接触往来，只要他有心，是有机会密谋推翻慈禧统治的。而慈禧的消息都来自身边的太监，难免有很多添油加醋的成分，因此她怀疑甚至夸大恭亲王有谋反篡权的意图。逐渐地，她认为恭亲王确实在背地里谋划着推翻自己的统治，此时要做的就是让他知道他现在的地位以及特权都是拜她的好意所赐。
她耐心地等待着机会，直到垂帘听政第四年（1865年4月），这样的机会才出现。在一次上朝时，恭亲王不知是由于鲁莽还是心不在焉，竟然站起身来，这违反了一条重要的宫规。宫规规定下跪朝臣上朝期间不得起身，为的是保护皇帝的安全，以防突然的攻击。一旁的太监立马告知帘内的太后，慈禧大声求救，称恭亲王逆谋反叛两宫太后。侍卫冲进来，将恭亲王带下。他刚一离开，两宫即下发了一份圣谕，称恭亲王试图篡夺摄政大权，并不时夸大自己在国事中的重要地位。据此，罢免了他议政王的职位，将其开除出军机处，连并其他一切职务全部废除，甚至包括他在外务部即总理衙门总理大臣一职。诏书中如此写道：
“恭亲王辜恩溺职，任人唯亲，其逆反篡权之势务必严查。”
一个月后，慈禧意识到自己的地位并非无懈可击，加之此次严惩恭亲王已经在朝中以及地方引起众多负面评论。为防止形势恶化，她立即以两宫皇太后的名义颁布了一份诏书，为自己的行为稍作解释。在这份诏书中，慈禧称自己如此严惩近亲，完全是为了国家的利益，并解释道，历史已经无数次地证明对皇亲国戚的纵容极有可能置国家于水深火热之中。她此次严惩恭亲王的目的是为了惩戒他对朝廷的不敬，避免他今后依然如此我行我素，而铸成大错。既然多位大臣上书替其求情，朝廷也就没有什么理由不宽恕他了。于是恢复了恭亲王内臣的身份，以及总理衙门统领之职。恭亲王之前多次无礼，现在已经悔过，大清朝廷愿意既往不咎，希望他之后能够殚精竭虑，恪职尽守，以报答朝廷不计前嫌之恩。
一周后，慈禧又以两宫名义颁布一诏：
本日恭亲王因谢恩召见，伏地痛哭，无以自容，当经面加训诫，该王深自引咎，颇知愧悔，衷怀良用恻然。
自垂帘以来，恭亲王在军机处议政，已历数年，受恩既渥，委任亦专，其与朝廷休戚相关，非在廷诸臣可比，特因位高速谤，稍不自检，即蹈愆尤，所期望于该王者甚厚，斯责备该王也不得不严。今恭亲王既能领悟此意，改过自新，朝廷于内外臣工，用舍进退，本皆廓然大公毫无成见，况恭亲王为亲信重臣，才堪佐理，朝廷相待，岂肯初终易辙，转令其自耽安逸耶。恭亲王著仍在军机大臣上行走，毋庸复议政名目，以示裁抑王其毋忘此日愧悔之心，益矢靖共，力图报称，仍不得意存疑畏，稍涉推诿，以副厚望。
同年，即1865年秋季，陵墓修建了整整四年，终于完工，咸丰帝的下葬事宜也重新被提上日程。
1850年咸丰帝登基前一个月，孝德显皇后萨克达氏病逝，十五年来她的遗体一直存放于京城西郊七英里处的一处村庙中，等候此次与咸丰帝同葬。
葬礼仪式以及修建陵墓历来花费巨大。往日南方各个省份在筹款中作用很大，此时它们却陷于太平天国叛乱的泥沼之中，造成现在朝廷筹款艰难。皇帝的陵墓名义上耗资一千万金，实际大部分都进入了内务部以及其他部门官员的腰包。
遵照祖制，新帝在摄政的两宫太后及恭亲王陪同下，前往东陵参加庄严的下葬仪式。恭亲王主要负责修建陵墓以及筹集资金。他在处理这些事情时尽职尽责，无可挑剔。先帝遗体安置于梓宫中，梓宫表面涂有亮漆，上面还刻有佛教经文。梓宫随后被抬入巨大的圆顶陵墓中，放在镶满珠宝的座台上。前代皇帝下葬，往往有许多嫔妃以及太监殉葬，如今用真人大小的木人和纸人取代，它们跪在皇帝梓宫旁，意味着在冥府继续侍奉先皇。随后点燃巨大的蜡烛，僧徒开始念经文，大批贵重装饰品被置放于陵墓内，在梓宫上方摆放一些金饰、玉器和一串珍珠项链。待一切妥善处理完毕，陵墓的大门徐徐阖上，最终完全封闭。
第二天两宫下诏，盛赞并感谢恭亲王在此次下葬仪式中的卓越表现：
朕奉慈安皇太后、慈禧皇太后懿旨，恭亲王自襄办文宗显皇帝大事以来，五载于兹，尽敬尽诚，有条有理。定陵工程，前经派令总司稽查，一切悉臻妥协。本日文宗显皇帝、孝德显皇后梓宫奉安定陵，礼成赡仰，规制崇闳，典仪明备，悲恸之怀稍释，在天之灵亦慰。自应仰体文宗显皇帝谊笃友于之心，并参酌成案，渥沛殊施，以示优奖。乃据恭亲王以盈满为惧，再四固辞，情词恳挚，出于至诚，不得不勉从所请，仅交宗人府从优议叙。惟恭亲王谊属亲藩，首参机务，近来事无钜细，愈加寅畏小心，深自敛抑，实能不负委任。本年三月初七日所降谕旨，原因其小节之疏，恐蹈愆尤之渐，期望既厚，责备不得不严，业于三月十六、四月十四等日，将办理始末明白宣示，谅天下共见共闻。惟虑传之久远，后人不知原委，莫定是非，转为白圭之玷，殊无以释群疑而彰忠悃。所有三月初七日谕旨，著毋庸编入起居注。以示眷念勋劳，保全令名至意。
慈禧从垂帘听政之初至垂帘之末颁布的这些圣旨表明她确实是一个情绪多变的女人。恭亲王虽然再次获得了太后青睐，但是四年后他因与东太后一起谋划杀掉了慈禧的亲信安德海，再次招致慈禧的厌恶和痛恨。