慈禧垂帘听政之初，不断地积累治国之道与用人之术，逐渐将性格温良的东太后挤出了政治生活的范围。
在她统治期间，清政府平息了太平天国——这场从1850年便置大清帝国于水深火热之中的叛乱，臣民皆认为慈禧在此事上功勋显赫，对她歌功颂德，赞叹有加。而中国的历史学家一致把功劳归于总督曾国藩？，归于他的领军才能与过人勇气。这一次，他们说对了。
曾国藩和他的同僚兼同乡的左宗棠？一样是儒教熏陶下入世的英雄。虽然说儒教确实有令人非议之处，但它却在过去乃至未来不间断地为国家贡献着更多的像曾国藩、左宗棠这样为民有益、智勇双全、家喻户晓的爱国人士。
作为一个统治者，慈禧成功的一个秘诀是懂得知人善任，特别是懂得如何识出不凡的军事将领。只有被迷信蒙蔽而失去了理性判断时，她才会出现用人不当这样的错误。慈禧对曾国藩的人格以及才能不仅高度赞赏而且非常尊敬。一开始，她只是听闻了许多曾国藩在前线如何调兵遣将，又如何攻城扎营取得战争硕果的类似言论，与他接触后，慈禧发现除了军事实力，他还具有高尚的人格及品德。朝廷上下，除了荣禄之外，恐怕没有任何人能够比得上曾国藩在慈禧心目中的地位。更不用说，荣禄是慈禧的亲戚，而曾国藩却仅仅出身于湖南的一个缙绅家庭而已。
注释：①曾国藩为曾纪泽之父。曾纪泽1878年出使英国，英国媒体称他学贯中西，开阔通达，然而事实并非如此。曾国藩的孙子在英国接受过一些教育，持着保守爱国主义精神，以反对与洋人通婚为荣，也因此事而出名。
②左宗棠是平定捻军叛乱的功臣，曾经在曾国藩手下平定太平叛乱脱颖而出。
一个中国人对太平天国叛乱的记述不仅给了我们非常清晰的有关曾国藩人格以及爱国理念的印象，而且让我们看到了当时年轻的慈禧太后在大清朝所享有的至高无上、无可争议的专制大权。在参看这段记述之前，我们应该先稍微提及一下有关太平军战败结局的几点值得留意的问题，对于这些，英国人都非常清楚，当然也存在一些英国目击者相关的记载，这些资料坚定了我们对皇族诏书以及朝廷公文历史价值的怀疑。
1861年，咸丰皇帝在逃亡避难中驾崩，京城的圆明园被英法联军洗劫并焚毁。现在一切又恢复了平静，翻开了两宫太后垂帘听政的历史篇章。
恭亲王代表清政府与夷军签订了和平协议后，作为议政王，采取了两项举措。第一便是请求侵略者援助清政府共同平息中国叛乱；此时叛军在长江流域的强大势力使得朝廷焦急难耐。中国人处理国事一向如此（今天依然如此），这恰是其中一个典型例子。尽管当时英法联军在上海集军，对华北虎视眈眈，长江流域各省的中国高官却毫不犹豫地向侵略军寻求帮助以平息国内的太平叛乱。而且在遭到夷军拒绝后，苦恼不解。因为在他们看来，夷军拒绝伸出援手实在是不明智的举措：完全忽视了长江流域各省乃是中外通商中心这一事实；，忽视了帮助打击叛军实则是维护自己国家在长江流域的利益。
在这里，“常胜军”的历史就无需赘述。1862年间，常胜军一直将叛军控制在江苏省内。1863年2月，英国政府派遣戈登上将统领常胜军，迅速转变了战争形势，朝着更加有利于清廷的方向发展，为曾国藩最终平息叛乱，恢复大清统治秩序铺平了道路。
苏州，江苏省的首府，于1863年12月收复。1864年7月，太平天国首府南京被攻陷，叛军首领“天王”病逝，预示着此次叛乱的彻底终结。
当时许多外国人坚持中立，甚至很多人认为中国如果摆脱了清政府的腐朽统治反而更好，然而还是有一大批欧洲人，包括一位法国上将， 在援助清政府挽回统治的战争中牺牲。可是，上报到清廷的战争捷报中提到的全部都是曾国藩攻陷南京的内容，丝毫没有提到戈登以及他的无私援助。其中曾国藩唯一提到这位英国将领的一点却是指责他对手无寸铁的战俘进行非人道虐待的提议。根据传统，曾国藩将战争的胜利归功于先帝咸丰的“功德智慧”，充分显示了东方民族对君主神权的崇拜，即认为君主是神圣的，是无所不能的，是任何夷军都无法比拟的，不管他做出了怎样的贡献。像曾国藩这样一个智勇双全的人，为什么在战争胜利后，立即对夷人采取了如此截然不同的态度，变得这么薄情寡义了呢？原因在于，他深知这个英国的戈登上将，在赶来平定叛乱前，才刚刚参与了洗劫圆明园的暴行。
收到攻克南京的捷报，慈禧毫不掩饰自己的好心情，立即以小皇帝的名义颁布了一道圣旨，重述了事情原委并提及了对有功战士的奖赏事宜。我们从中摘选了下面几段，进一步了解慈禧的性格特点。圣旨内容如下：
谕内阁，本日官文，曾国藩由六百里加紧红旗奏捷，克复江宁省城，逆首自焚，贼党悉数歼灭，并生擒李秀城、洪仁达等逆一摺，览奏之余，实与天下臣民同深嘉悦。发逆？洪秀全，自道光三十年（1850年）倡乱以来，由广西窜两湖三江，并分股扰及直隶、山东等省，逆踪几遍天下。咸丰三年，占踞江宁省城，僭称伪号，东南百姓，遭其荼毒，惨不忍言，罪恶贯盈，神人共愤。
我皇考文宗显皇帝赫然震怒，恭行天讨。特命两湖总督官文为钦差大臣，肃清楚北上游，筹办东征事务。复特授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣，东征江皖贼匪，号令既专，功绩日著。
注释：①之所以称其为发逆，是因为他们拒绝梳辫子，表明反对清政府的统治。
十一年七月（1861年），我皇考龙驭上宾，其时江浙郡县，半就沦陷，遗诏谆切，以未能迅殄逆氛为憾。朕以冲幼，寅绍丕基，祗承先烈，恭奉两宫皇太后垂帘听政，指示机宜，授曾国藩协办大学士，节制四省军务，以一事权。
该大臣自受任以来，即建议由上游分路剿办，饬彭玉麟、杨岳斌、曾国荃？等，水陆并进，叠克沿江城隘百余处，斩获外援逆匪十数万人，取其左耳？，合围江宁，断其接济。本年六月十六日，曾国荃率诸将士，克复江宁外城，杀贼数万，逆首洪秀全率其悍党，仍踞内城，抵死抗拒。
兹复据曾国藩奏，官军自得天堡伪城后，贼中防守益密。我军率队攻克，占取龙膊子山，各营轮流苦攻，我军从贼炮极密之处，重开地道，修筑炮台，肉薄相偪。十六日黎明，曾国荃将四路队伍调齐，地道火发，揭开城垣二十余丈。我军首领直冲倒口而入，各弁勇蚁附齐进，左路城头之贼，以火药倾盆烧我士卒，死者甚多，大队稍却。首领手刃数人，由是弁勇无一退者。
[这里省略一段对战争细节的描述。]
三更时，伪天王府及各伪王府同时火起，烟焰蔽空，洪逆率悍党千余人，冲出伪殿前南门，窜至民房。袁大升等率队腰截，斩七百余名，夺获洪酋僭用伪玉玺二方，金印一方。四更后，贼股千余人，假装官军号衣，向太平门地道缺口冲突，曾国荃加派马队，追至湖熟镇，将逃贼全数斩杀无遗。据曾国荃亲讯，李万材供称，城破后，伪忠王之兄巨王、幼西王、幼南王、定王、崇王、璋王、乘夜冲出，被官军马队追及，将各头目全行杀毙。
又据城内各贼供称，首逆洪秀全实于本年五月服毒而死，葬于伪宫院内，伪幼主洪幅瑱重袭伪号。城破时，洪幅瑱积薪自焚。李秀城一犯，城破受伤，匿于山内民房，经萧孚泗亲自搜出。并搜出伪王次兄洪芢达。三日之闲，毙贼共十余万人。伪王伪主将及大小酋目约三千余名，无一得脱者。
此皆仰赖昊天眷佑，列圣垂庥，两宫皇太后孜孜求治，识拔人材，用能内外一心，将士用命，成此大功。上慰皇考在天之灵，下孚薄海臣民之望。自维藐躬凉德，何以堪此。追思先皇未竟之志，不克亲见成功，悲怆之怀，何能自已。此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃踞江甯，亦十二年，蹂躏十数省，沦陷数百城。率能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勚。钦差大臣协办大学士两江总督曾国藩，自咸丰四年，在湖南首倡团练，创立舟师，屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境，实由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩著加恩赏加太子大保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏带双眼花翎。
注释：①曾国藩的弟弟，曾被封爵，后多年担任两江总督。
②这里只是象征意义，指的是一种古老、过时的战争习俗。
[这里列出了众多官员的名字以及他们各自的封赏，首先是上文中提到的曾国藩的弟弟曾国荃被授予爵位]
洪秀全尸身，觅获后锉尸枭示，仍传首被害地方，以泄众愤。李秀城、洪仁达二犯，即著曾国藩等派委妥员，槛送京师，讯明后尽法处治。
之后又下一诏，称皇帝会亲自到太庙等地祭祀行礼，并祭祀答谢帝国江河山川的神灵保佑。
当时有一名中国人将天王死时的情形记录了下来：
自官军攻陷沐阳，南京贼势穷蹙，如同笼中困兽，艰难无望。阴历四月以来，南京被围，粮食供给稀缺。城中之人，食物定量供给，每日一餐糟糠，食不果腹。天王令将草根树叶揉至团状，供身边亲信及各位叛军将领充饥，言曰“甘露”，宫中之人皆食之。又令城中百姓各家皆储备十担此甘露，供国库所需。愚昧之人皆从之，而众人皆对此置之不理。
忠王李秀成自沐阳逃出，重返南京。刚一进城，便命人击鼓鸣号，请天王及随从下殿以论当前危局。洪秀全登上宝座，言道：“天帝授予我以神旨。天父、天兄（这里指的是耶稣）令我下凡作万民之独一真主。何惧之有？汝等可随我，亦可弃我，悉听尊便，朕江山固若金汤，尔不扶，自有人扶。百万天兵任我派遣，区区几百几千官兵怎能进城？”李秀成听罢此番无稽之妄言，垂泣而出。