在耿昇看来，郑和船队所从事的是国家的统制贸易，永乐开创的不是一个贸易时代，而是一个对外交和贸易严加控制的时代。郑和远航之后，世界的未来便取决于海洋，当西方国家正准备冲向全球的时候，中国却在自我退缩。中国皇帝自愿地使其显赫的海军失去辉煌，大明王朝那先进的技术和工艺，被封存进历史暗道中，永远停滞。
由于缺乏持续性和传承性，郑和的英雄史诗已是曾经沧海难为水。在之后相当长一段时间内，明朝的海外贸易进入海盗群起的无政府状态。明清时期相当长时间的海禁政策，让中国海商一直处于非法非主流的边缘商人角色。明朝舆论控制的民间化和文官集团的亲商化，又让明政府对于禁海的态度较为分明，由此酿成了一批主战派官员的悲惨人生。
葡西商人闯入与争贡事件
1433年郑和航海活动中止后，马六甲继续兴旺昌盛，古吉拉特商人越来越多地来到马六甲。作为东南亚和东亚贸易中心，马六甲成为世界上最大的香料市场，其中大部分香料销往中国。
除了海盗商人，葡西商人也试图挤进明朝的朝贡贸易圈。1143年葡萄牙从阿拉伯人领土上独立出来，13~14世纪，葡萄牙里斯本和西班牙波尔图的商人垄断了从直布罗陀海峡至北海的香料贸易，但这是整个香料贸易链的最末端，葡西商人尚没有势力与控制前端地中海贸易的威尼斯和热那亚商人相抗衡。
马可·波罗所处的时代（1254~1324）是威尼斯商人由盛转衰的时代。他出身于是威尼斯商人家庭，父亲和叔叔在元朝曾通过中国古代“丝绸之路”到中国见过中国皇帝。马可·波罗在狱中的口述史《马可·波罗游记》，在欧洲广为流传，激发了欧洲人对东方的狂热向往。当威尼斯商人日渐式微时，葡萄牙人接过了欧洲人对东方狂热的接力棒。
随着蒙古帝国的崩溃，伊斯兰国家和蒙古各部封锁了从欧洲由陆路通往中国的道路。1390年，埃及马木路克王朝建立，开罗成为伊斯兰世界的中心。
马木路克王朝扼红海之口，垄断香料贸易，阻断了欧亚商人从西汉张骞通西域之后所形成的“丝绸之路”，于是，葡萄牙和西班牙商人对打通亚洲新线路，包括海上香料贸易航线的态度更加积极。
1396年，西班牙人入侵东欧，到16世纪初，他们先后打败伊朗沙法维王朝、埃及马木路克王朝，占领叙利亚、巴勒斯坦（1516年）和埃及（1517年）等阿拉伯地区，成为地跨亚欧非三洲的世界大帝国。
1509年，葡萄牙人在环大西洋航行一圈后进入了印度洋，击溃阿拉伯舰队，确立了在印度洋上的历史地位。同年，葡萄牙的船队驶抵马六甲，并与当地经商华人展开交往。
华人运往马六甲的主要货物为麝香、丝绸、樟脑、大黄等，以换取胡椒和丁香。葡萄牙人千方百计向华人打探中国的情况，但因舰队已在马六甲逗留数月，无法补充给养而撤退。
1510年，葡萄牙人强占印度西海岸的果阿，第二年攻陷马六甲，此举等于扼住了威尼斯的咽喉，也意味着明朝的朝贡贸易圈被葡萄牙撕开了一道口子。就这样，在时间的流逝中，欧洲早期殖民者的商业扩张一步步蚕食和肢解了大明王朝织就的朝贡贸易体系，同时将这种体系嫁接到了更为广阔的世界贸易体系之中。
葡萄牙人托梅·皮里在其《东方诸国记》中写道：“如果它们要十分富裕繁荣的话，那么，马六甲没有坎贝（位于印度西部）就不行，同样，坎贝没有了马六甲也不行。”
尽管此时坎贝与马六甲的经贸关系更为亲昵，但马六甲王国还是派使节向明朝皇帝控诉了葡萄牙人的入侵。1520年，当托梅·皮里以葡萄牙大使和葡属马六甲总督大使的身份从广州前往北京时，明朝御史义正词严，要求其归还马六甲王国领土，否则将驱逐在澳门的葡萄牙人。托梅·皮里不仅没有见到明朝皇帝，还被礼部下层官员一顿训斥，悻悻而归。
1523年，明朝发生了两起颇有意味的事件：一是发生在浙江宁波的“争贡事件”，二是发生在广东新会（东莞）的“西草湾之战”。
1511年占据马六甲之后，葡萄牙人一直想在中国近海找到另一个落脚点以开展贸易，“西草湾之战”就在这种背景下发生。结果，葡萄牙人对广东新会的入侵被中国水师击败，托梅·皮里被俘，这是中国与西方在近代史前期所发生的第一次武装冲突。
所谓“争贡事件”，是说两个日本贸易使团争相来华朝贡，后来一方暗中行贿太监赖恩，得以先进港验货。在欢庆贸易团宴会上，双方因先来后到和席位安排而激起武斗。这两大使团在日本国内就分属互相敌对的两派，结果先来一方将后来一方的正使杀死，后来一方的副使、宁波人宋素卿逃走。
先来一方纵火焚毁了嘉宾堂和宋素卿所乘之船，并追杀宋至绍兴城下，在折回宁波时，又沿途杀掠，然后夺船逃走，备倭都指挥刘锦、千户张捏率军追赶，不幸战死。
在此事件中，先来一方来使先后扮演了外交使者、商人和海盗的角色。朱元璋曾定下祖制，日本朝贡以10年为期，每次200人和两艘船。尽管日本使团多次交涉，明政府也没有松口。在“争贡事件”发生时，明政府废除与日本的勘合贸易已达17年，此时正值日本战国时代（1467~1566），部分大名、土豪、寺院乃至部分失去藩主的日本浪人，实际不为将军和天皇控制，之后流落为倭寇。
这一南一北两个事件，成为明朝对外贸易转向的标志性事件。1523年，给事中夏言上奏“倭患起于市舶”，另一给事中张冲也有类似建言，这直接导致1523年浙江、福建两地的市舶司被停罢，只留广州的市舶司到1566年。
当时浙江的市舶司负责管理对日贸易，如此一来，官方对日贸易停滞，但处于地下状态的中日民间贸易，由于中外官商的勾结而更趋活跃，也变得更为纠结。对此，柏杨在其《中国历史年表》中有如下表述：
凡日本货至，皆委托商家，商家负其债，故不付，多者至数万金，少者亦数千，索急则避去。日商无奈，转委托贵官家，而贵官之奸，尤甚于商。日人于近岛坐索欠债，日久不得，乏食，乃出没抄掠，贵官诬之为“倭寇”，命官府发兵驱之，复先泄于日商以示惠。他日货至，又复如此，日商大愤，乃据近岛不去，海民及衣冠之士多与之通。
1524年，托梅·皮里被明政府处死，标志着葡萄牙人想在广州海域寻找的努力暂时画上了一个句号。与明政府正面交锋受挫后，葡萄牙人逐渐放弃了武力攻华之野心，并慢慢学会了与明政府打交道。
16世纪初，明政府规定，凡造两桅以上帆船者处死。1525年，明政府命令海防官吏立即查处、拆毁所有这类船舶，并逮捕任何继续使用这种船只的海员。到1551年，在内外勾结海盗猖獗之时，任何乘一桅以上船出海者，都会被视为间谍，但对于摆脱了大西洋羁绊而进入印度洋、进而闯入这个体系的葡萄牙和西班牙商人来说，明政府的钳制之力逐渐变成了强弩之末。
双屿结盗
“西草湾之战”后，葡萄牙人销声匿迹于广海，却出现在了当时隶属于浙江宁波的双屿岛。
舟山群岛位于对日实行朝贡贸易的宁波港外围，由千余岛屿组成，岛与岛之间的海湾错综复杂。双屿位于舟山群岛东南百里，悬居海洋之中，为倭夷贡寇必经之路，扼南北航线和中日航线之要冲，是海洋天险。
最初，双屿不过是中外私商的一个季节性贸易场所，他们每岁夏季而来，望春而去。在1524年前，这里还是一个不太为人关注的地方，但之后，海盗、倭寇、殖民者搅和在一起，让这里不再平静。
葡萄牙人之所以能在东亚和东南亚撕开朝贡体系的裂口，与明朝走私商人的外部推动也不无关系。从某种程度上说，葡萄牙人通过明朝走私贸易网络，完善和延展了他们日后所需要的网络。对此，葡萄牙人加斯帕尔·达·克路士在《中国志》中曾这样叙述：
因被朝廷禁止回到中国，而不得不居住在马六甲、大泥（今北大年）等南洋群岛的海外中国人，与葡萄牙人互相勾结，私下和中国进行走私贸易，最终造成了在广东进行贸易的葡萄牙人也失去了做合法贸易的资格。为了能将贸易继续下去，进行走私贸易的海外中国人又将葡萄牙人带到了他们的亲戚朋友所居住的双屿岛。
当时浙闽海上通番之人，多从宁波双屿出洋到日本，从漳州月港出海到南洋。1517年，葡萄牙人来到漳州互市。较早来双屿从事走私贸易的主要是福建漳州、泉州商人，他们所坐的海上商船，被宁波人称为“漳船”，漳船进入宁波海域的时间大概也在这前后。
1526年，从监狱中逃出的福建人邓獠下海经商，鼓动葡萄牙商人来到双屿港，与宁波商人卢黄四等私下开展交易，这成为葡萄牙商人到宁波经商的开始。
久而久之，葡萄牙商人就在双屿定居下来。翁佳音在《十七世纪的福佬海商》中认为，浙海私商自邓獠诱使葡萄牙人到宁波进行朝贡体制外的走私贸易揭开序幕。据日本小叶田淳的研究，到1541年，漳州海面商船往来不绝，留居漳州的葡萄牙商人达500多人。
舟山群岛走私贸易的发达，是以漳州龙溪地方为主的福建人所带动的，其他各股福建海盗也是这样，譬如1548年的漳州海寇阮其实，1562年贼首洪獠、林獠、郭獠、魏獠等。
参加沿海走私贸易的宁波人主要是盐场的“灶丁”。灶丁生活在沿海地区，他们负责采办渔课，可以借采办之名，私下制造大船下海，帮双屿港走私分子搞物资运输，有的则直接参与交易。到了1532年左右，海上私人贸易公开化。宁波人万表在《海寇议》中称：“十数年来，富商大贾，牟利交通，番船满海间。”
海商势起并非一朝一夕，用明朝范表《玩鹿亭稿》中的话说，原来浙东海上无寇，“渔民也遵纪守法，不敢越雷池半步”，后来冒出一两个胆大的海商，在福建、广东的近海干起了海上渔盐的买卖。他们贿求地方官或托乡官说关，得以以小船早晚进货，“祖宗之法尚未破”，到嘉靖时，这些人勾引番船，海上寇盗纷纷而来。
1541年之前，是海上私人贸易自由发展的阶段。起初，大多数海商自买自卖，承揽货物，尚未成群，后由于强弱相凌的竞争，慢慢形成了“或五只，或十只，或十数只，成群分党，纷泊各港”的海上贸易集团。他们不但雇用本地的舵工、水手，又“哄带”日本贫穷的倭奴，“借其强悍以为护翼”，有的还与富实倭奴合伙做买卖，行迹遍布日本、暹罗、南洋等地，又兼在沿海伺机劫掠。
1538年，福建海商金子老以番舶主身份（相当于现代的国际航运公司的大老板），“据宁波之双屿”，这里才渐成气候。金子老招来了李光头和徽州人许栋、王直等人共同经营双屿，并相继引来日本私商和葡萄牙商人，双屿才逐步发展成为东亚海域最大的海上贸易中心和中外私商、海寇最大的据点。所以，德国学者弗兰克对明朝自郑和下西洋之后实行“闭关锁国”的看法表示质疑，“东南的海上贸易活动从来没有停止过。非法贸易很快就与‘日本人’（其实更多的是中国人）的海盗活动交织在一起，发展得十分兴旺，其交易量远远超过官方的‘纳贡’贸易”。
当“番舶以禁严而不至”，而“私舶以禁驰而转多”之时，政府控制的朝贡贸易慢慢让位于海上私人走私贸易。之后，许氏兄弟、李光头两大海商集团逐渐形成，成为双屿港发展史上的转折点。
1544年，王直与同乡徐惟学、叶宗满等人一同投靠在许栋门下。王直“少落魄，有任侠气。及壮，多智力，善施与，以故人宗信之”，成年后，先与徐惟学等人贩盐，后和叶宗满等人南下广东，收带硝黄、丝绵等违禁之物到达日本、暹罗等国，往来互市。1542年，他首航日本成功，并在次年为日本商人效力。在许氏集团内，他先由“管库”而至“管哨”，逐渐成为手握军权的实力派人物。
据费尔南·门德斯·平托的《远游记》记载，1540年，葡萄牙人就在双屿和浯屿建立了比较固定的“临时居留地”，搭棚交易、存货，并建有堡垒房屋，当时在双屿驻扎有1200多葡萄牙人，浯屿则有500多人，直到1549年被逐出。除葡萄牙人、华人外，用《葡萄牙同明朝的早期关系》中的观点，在双屿港居住的至少还有日本人（倭夷）、马来人（彭亨人）、琉球人与暹罗人，甚至还有远至东非、印度的黑鬼番。