作为朱元璋的四子，朱棣是在与侄儿建文帝的夺权斗争中登基的。在这一过程中，宦官发挥了重要作用。马和，浓眉大眼，体态健美，且聪明伶俐，才智过人，忠于职守，出入战阵，屡建奇功，在河南郑家坝战役后，因战功赫赫，被赐予“郑”姓，他就是领衔下西洋的郑和。
朱元璋曾有对太监任用的限令，但朱棣突破了其父的禁令，还将郑和晋升为四品内官监太监，这是宦官中最高的级别。明初，市舶司由市舶提举司负责管理，但朱棣即位初年，市舶宦官取代了市舶提举司，从而改变了明初贸易管理体制。在唐朝，向海外贸易商人征收市舶税，也由宦官主管。
就这样，市舶宦官，与市舶所在的三省镇守、巡抚、三司等官员，构成了朝贡贸易事实上的多头领导。市舶宦官以皇帝钦差身份常驻地方，来历不凡，口衔天宪，权势显赫。
根据儒家伦理，经商是一种低等且有损荣誉的职业。作为士农工商末等的商人，与文人的身份、地位相去甚远，所以明朝也明令禁止王公及其后裔们由科举入仕或经商，这些人在破落后，宁可做文人、艺人，甚至为匪作盗，也不肯经商。
他们的生活来源，也就是俸禄的筹集工作就落在了宦官身上。宦官，在明朝成为缓冲经商与儒家伦理冲突乃至皇帝与大臣体制裂痕的一道奇妙的隔板。15世纪初，皇室成员数量增长，国库不堪重负，不得不将亲王的禄米由5万石降到1万石，宦官地位提高也就发生在这一时期。
英宗在位的正统年间以后，宦官势力膨胀，市舶宦官经常兼任或转迁提督地方军务、海道、盐政、珠池等职，插手地方事务，凌驾于地方当局之上，在贸易管理中具有统领全局的权势。到16世纪，供养皇室男性成员的开支超过了全部官史俸禄的总和。不久，仅此一项开支便超过了政府税收的总额。
由文蓝主编的《宦官的历史》一书详述了宦官在明朝政治经济领域中的分量：
明代宦官出任与经济相关的职务，更是数不胜数，主要有市舶司、盐税司、采办、织造、烧造。明初，设置广东、浙江、福建三口对外通商，设市舶司管辖，由宦官出任。永乐以后，市舶司由宦官出任成为定制，除了管理对外贸易事务，市舶司太监还能请旨节制、提督沿海军队，应对突发事变。明代皇庄设有观仓太监。草场亦由宦官管理。不仅如此，明代中央政府直辖的漕仓，初归户部，后亦加派宦官监督。明代初年，即委派宦官监督、核查各地税务……明永乐年间，还曾派宦官核查矿物。景泰年间，开采浙江、福建银矿，命宦官提督管理。
美国学者牟复礼指出：“礼仪性的礼物交换以外的各种贸易和交换，至少在名义上是为了取得供皇室使用和享受的物品而进行的。这样，一切对外贸易都掌握在宦官手中，以皇帝私人利害关系的名义来经营，一般不受制于朝廷所制订的政策。”所以，由太监领衔的下西洋，其所代表的是由皇室统领和垄断的海外贸易，这与文官所代表的民生利益，有着不可避免的冲突。
明朝中后期的皇帝大都懒于政事，像嘉靖、隆庆和万历三位皇帝，甚至一二十年不上朝，于是皇帝“批红”的大权被放到了太监手里。司礼监的秉笔太监负责用红笔批示处理意见是否可以执行，而掌印太监则负责复审、盖章，拥有太监中的“一号人物”之称，像刘瑾、冯保、魏忠贤等人就是司礼监中的佼佼者，他们可以说是权倾天下，用明末思想家黄宗羲的话说则是，有宰相之实。
就这样，司礼监实际上成为皇帝与外廷、内阁之间的政务枢纽。1449年，明英宗朱祁镇受亲信太监王振的怂恿，御驾亲征。在王振的盲目指挥下，明军全军覆没，23岁的明英宗朱祁镇被生擒，酿成“土木堡之变”。
2001年，《亚洲华尔街日报》将明朝太监刘瑾列入过去1000年来全球最富有的50人名单。至于他的财产，据清赵翼记载，刘瑾被抄家时有黄金250万两，白银
5000余万两，其他珍宝细软更是无法统计。仅银子一项，就相当于明朝60年的国税收入。
有关刘瑾的资产总量，历来说法不一，但作为明朝传说中最富有的宫廷太监，刘瑾成了道德范本中贪权揽财的典范，这是太监权力在明朝政治、经济领域膨胀的结果。
在韩毓海看来，明朝是中国历史上皇权与士大夫冲突最激烈的朝代，那时皇权与六部之间的冲突可用僵持来描述。朱元璋在位第13年时，废除了自秦以来辅佐天子处理国政的宰相之位，这是中国政治制度的极大变动，从此天子直接面对六部，六部有建议权而天子独揽决策权。为弥补无宰之职所形成的空缺，皇帝另设内阁大学士，为天子襄理文墨。
作为皇帝代言人的内阁大学士和司礼监，与士大夫的代言人六部之间的冲突进一步加剧。在杜车别看来，明朝政治一个最核心的特点就是舆论控制权和政治权力的分离独立。由司礼监太监掌握的锦衣卫和东厂的出现，弥补了皇权的萎缩。
尽管锦衣卫并不是宦官，但宦官掌握的东厂所用的小特务都是从锦衣卫中挑选出来的，二者在组织上互相渗透。同时，锦衣卫和东厂的宦官首领私交都很深，而且锦衣卫中的高级官员都是宦官子弟，在人事上也有着千丝万缕的联系。明朝时，宦官渗透到了司法的各个领域，但其对军事的渗透力则不如唐朝。
锦衣卫和东厂的存在，加剧了宦官与文官集团的矛盾。对于两者之间的斗争，《剑桥中国明代史》这样写道：
在明代的大部分时期，控制政府决策权的主要斗争是在皇帝的两套顾问班子之间进行的。一套班子来自士大夫集团。他们的组织基础是翰林院及它对内阁职务任命的垄断。这个集团容易产生派系活动和正当的政策分歧，但是在大部分士大夫心目中，这类分歧不过是伦理和思想价值观念总的一致下的一个枝节部分。与之竞争的一个集团是皇帝的私人的官僚机器——宦官——连同他们管理皇宫的以司礼监为首的24个宦官机构。
在宦官权炽之时，文官集团也显现出了与前朝不一样的气象。隋代首开了以文字水准代替血统作为选拔依据的考试，是为科举制度。之后，平民出身的进士在数量上开始压倒世族。在之前的九品中正制下，“上品无寒门，下品无士族”，重要官位几乎为门阀贵族所独享，但在隋唐时期，政府并不曾允许商人入仕。尽管执行并不一定到位，但隋文帝开皇十六年（596年）下诏，工商不得仕进，唐制也规定工商杂类不得预于仕伍。
之后的朝代取消了这一规定，下层平民出身的官僚日益增多。有商人背景的家族开始重点投资培养子弟读书，让他们通过科举考试进入仕途，因为他们深知，要与官僚阶层结合的途径多种多样，最可靠的莫过于让有直接血缘关系的家族成员成为官僚阶层的一分子。
晚明时期，商人后裔人数占到进士和举人总数的3/4以上。明清两代共考取进士51000人，其中商业最为兴旺的江南地区有7800余人，约占1/6，他们绝大部分都是商业富户的子弟。据《两淮盐法志·科举志》记载，明代两淮共取进士137名，其中徽、陕、晋籍占到106名；共取举人286名，徽、陕、晋籍有213名；均占总数的70%以上，而他们基本都是商人的子弟。
中国士农工商社会秩序中的士商界限，自宋朝开始，已经有了长达几百年的模糊历程。特别是到明朝以后，士商界限已经模糊到身具理学大师和官员双重身份的王阳明为商人写墓志铭的程度。1523年，当王阳明为商人方麟做这件事时，他并不知道，这是中国士商史上的破天荒之举。之后，晚明名士、曾经官至南京礼部尚书兼太子太保的湖北人李维桢，也为浙江衢州府龙游商人李汝衡立了传，以表彰这个世代经商的家族乐善好施的品性。士商界限的模糊历程，一直持续到晚清。1905年科举制度被取消，士商力量的演变由原来的模糊状态发生质变，最终导致了清朝的覆亡，这是后话。
在科举制度之下，宋明时的平民知识分子力量急剧上升，但与宋朝依靠高俸禄笼络文官不同，明政府对文官实行的是低俸禄，黄仁宇在《中国大历史》中这样写道：
他（朱元璋）的文官组织充其量也不过8000人，薪给之低，即依中国的标准看来，也算特殊，因为朱元璋自己以农民而为天子，在他的心目中，官僚之为人民公仆，就必定要照字义上成为公仆。在类似情形之下所有称为“吏”者，也另成一系统，尚且是官僚组织之下层。多数的吏员系奉召服务，一般不给酬，如果他们有薪给的话，最多亦不过维持家室的食米而已。
在杜车别看来，宋朝对文官的优厚待遇，让相当一部分文官脱离出身阶层，而形成另一个相对独立的官僚阶层。这个官僚阶层即便仅仅从自身利益的角度来说，也会赞同国家加强对工商业的控制，增加财政收入来源，但明朝的低俸禄、苛刻的待遇，以及舆论控制权分散在民间和众多知识分子手中的情况，又让文官不得不依旧依附在原来的阶层上，才能获得舆论的好评以及长远地站稳脚跟，这样文官在更大程度上被推向了民间利益阶层尤其是商人阶层的利益体。
太监凌权及晚明的增税问题，无疑让文官集团的微词达到高峰。铜钱的历史命运也与太监有关，万历末年，“万历三大役”（宁夏之役、播州之役和援助朝鲜抗击倭寇之战）的爆发，让铜钱的铸造速度达到了登峰造极的程度。沙朝振在《明朝钱币的铸行》中列举的数据表明，1593年以前，全国铸钱局只有60座钱炉，到1593年时增加到了100座，1603年时，户部等机构新开250座钱炉，应天府也添了100座，一年便增加了350座。本来户部只管纸钞，工部管铸钱，此时宝钞已停，户部改铸钱，此事一开，全国各地纷纷效仿，一时全国有多少钱炉竟无法统计。
即便如此也没能解决皇廷资金供给紧张的局面，大批矿监和税监被派往各地，他们横征暴敛，一时又激起民愤。到1618年，太仓储银只剩下12万两，也就是在这一年，明被后金大败，抚顺失守，万历皇帝不得不解开私囊，来填补兵部50万两的赤字。当时东御府储银仍有300多万两，矿监和税监功不可没。
1621年，天启帝下令招录3000多名宦官，竟有2万阉人前来申请。那年由税监监铸过一种天启小钱，初铸的时候，每文有一钱三分重，以55文折银一钱；天启二年秋天，每文就减为7分许。以后，由于铸局人员的舞弊，铸钱更加轻小，铜的成色也由铜七铅三降为铜铅各半，有些地方铸的钱甚至只有两三成铜，其余尽是铅砂，掷到地上就会碎掉。
人们的不满在税监杀人事件后爆发，苏州市民发起了席卷苏南各州县的拒用天启钱运动，持续10个月之久。这时，市场上充满了币值相同、金属含量不等的金属货币，而金属含量高的铜钱被人们私藏在家中，劣币驱逐良币的现象出现。
到1629年，明政府每年向在朝的官僚、贵族发的俸禄只有15万两，还不到国家财政预算的1%。按每年固定俸银的平均数计算，文官的俸银平均每人10两，武官不到5两，士兵不到2两。到此时，明朝离灭亡已经不远了。