李隆生估计整个明朝中国从国外输入了约14750万吨白银，尽管这一数量在他看来，只有唐、宋、元、明四朝自产白银总量的六成左右，但考虑到这是在明亡前100年的流入量，相当于同一时期明朝中国国内白银产量的近10倍，就不难理解它对中国所产生的重大影响。
飞来横祸：死里逃生马尼拉
月港开放，改变了许多漳泉人的生活。
因明朝时中国的棉布、生丝、丝绸等受到葡西商人及海外市场的普遍认可，很多漳泉人就移居菲律宾从事这一中介贸易。在16~17世纪，到吕宋一地的福建月港（海澄）人就占了绝大多数。明人高克正在《折吕宋采金议》中说：“澄民习夷，什家而七。”
福建人一贯的做法是，与西班牙人约定价格，然后回国代为采办。1591年西班牙的菲律宾总督发现，当地土著因为使用中国的衣料，不再种棉织布，中国棉布很快成为土著居民的生活必需品。1592年马尼拉总督向西班牙国王报告说，中国商人收购菲律宾的棉花，转眼就从中国运来棉布。棉布已成为中国在菲律宾销路最大的商品。
但回国采办也有硬伤，那就是商品运输不方便，增加成本，部分福建人索性将部分生产环节转到菲律宾，于是在菲律宾出现了大批由华人经营的围绕棉布、丝织业做文章的作坊商店，这是中国移民史上非常值得回味的一幕，也是400多年前国际分工合作下中国向周边国家的一次产业转移。
作为菲律宾的首府，马尼拉是一座以耶稣名字命名的城市。自1571年西班牙人占领马尼拉之后的300年间，这座城市接踵而来了荷兰人、英国人、美国人，而来的最多的，还是福建商民。
在马尼拉贸易之初，就已有150多名华人生活在这里，除许多来自中国的水手外，马尼拉的建造者主要是中国的技术人员和工人。1582年，马尼拉出现华人区。再稍晚，也就20多年的光景，马尼拉华人就达到2万多人，华商日益成为一股力量。
就是这个时候，因与西班牙人做生意成为佼佼者的华商李旦跃升为马尼拉华人社会的领袖。李旦，大约在1560年出生于泉州府同安，是一位百货业大王，从印度尼西亚泗水到日本长崎，从大到小的生活必需品，都能在李旦经营的百货店里找到。
当菲律宾总督气急败坏地下令禁止土著使用中国衣料（丝绸、棉布）时，在西属拉美市场上，西班牙货也相继被中国的棉布、丝绸所驱赶。中国的棉丝在世界市场有所向披靡之势，这得益于它们的价廉物美。一直到18世纪末，中国丝绸等商品占据墨西哥进口总值的63%。期间，墨西哥市场上中国丝织品价格是西班牙同类产品的1/3，秘鲁的1/9，在东南亚是荷兰同类产品的1/3，在欧洲是欧洲产品的1/4~1/3。甚至，中国铁钉在菲律宾市场价格只是西班牙产品的1/4，致使秘鲁总督卡涅特于1590年专门派人赴菲律宾购买中国铜、铁制品。
大量棉丝织品涌入西属殖民地，这种建立在棉丝与白银之间的交易，在西班牙国内，引起了以格拉那达和安达卢西亚的纺织业及商运集团最为强烈的反对。在王室看来，这种贸易关乎西班牙的国际战略，他们认为，“最好是购买中国货，不购买欧洲货，因为中国永远不会构成对欧洲的威胁；而欧洲一旦以西班牙的白银养肥了自己，就会用武力来对付西班牙”。
王室也作出了某些妥协，那就是只允许马尼拉的西班牙商人与墨西哥进行贸易，而规定其不得进入其他西属美洲殖民地（1582年），甚至在1585年禁止墨西哥进口中国商品，此后到1727年，西班牙国王又至少18次下令禁止中国丝织品在美洲的转销。
这些禁令也遭到大帆船货运集团、马尼拉的西班牙商人集团以及菲律宾和墨西哥等殖民当局不约而同的抵制，从而使得禁令难以奏效。1594年，西班牙国王再次发布命令，禁止菲律宾、墨西哥直接对华贸易，将此项贸易特权留予澳门葡萄牙人独享，其他人不得染指。
17世纪初，墨西哥人穿丝绸多于穿棉布。1602年秘鲁总督报告说：“身居利马的西班牙人都穿用价格昂贵的绸缎，其妇女衣着之华丽举世难寻。”不仅利马如此，稍后，“从智利到巴拿马，到处都售卖和穿着中国丝绸”。
1586~1590年，马尼拉从中国商品所征收的进口税才只占全部进口税的36%，到17世纪初就上升到80%，最高年时达92.06%，贸易额超过100万比索，这一时期的中国商船牢牢控制了马尼拉贸易。
这一切构成了1603年马尼拉大屠杀的宏观背景，而导火索多被传言与一个谣传有关。为迎合万历皇帝对金银的需求，具有海归背景的泉州同安人张嶷妄称，菲律宾吕宋岛上有一个叫机易山的地方，每年出产10万两黄金和30万两白银。福建矿税听说后，就满怀憧憬地上报给了万历皇帝。
尽管科道官员强烈抗议，但万历皇帝仍奏准并派人前去查证，于是海澄县丞王时和与百户于一成抵菲律宾勘探。1597年，明政府前脚刚走，西菲殖民当局便下令大量驱逐华人出境。在西班牙当局的揣测看来，明政府官员前来求证是假，联络华人里应外合是真，西班牙当局弥漫着些许恐慌，并为此采取了预防措施，搜查中国居民的武器甚至铁器。
恐慌随之在华人中蔓延，华人村社马上开始设法自卫，接着演变成为一场西班牙军队和华人村社之间的名副其实的战争。战争从马尼拉开始，被打败的中国人被赶到了八打雁，在那里被掀动的土著菲律宾人也袭击了他们。
对于这次事件发生的起因还有其他一些蛛丝马迹。2007年3月25日菲律宾《世界日报》刊文指出，1603年马尼拉大屠杀与李旦有一定关系。李旦是庞大的厦门海上贸易网络的首领，时间跨度达30年。很多西班牙人欠他钱，因为怨恨他拥有的财富，他们就挑起一场争吵，逮捕了他并没收了其财产，其中包括超过40000根的金条。传说这只是他隐藏的大量金锭和银锭的一小部分，这件事情激起了马尼拉华人的愤怒。
关于死亡人数的版本较多，从15000~30000人不等，而当时马尼拉的西班牙人才只有2000人（包括军队在内）左右。这一事件被拖了一年才上报给万历皇帝，张嶷遂被处死，马尼拉与福建月港及厦门的贸易往来一度中断。
与被屠杀人数有多个版本一样，生还者也是一个糊涂数字。不管怎样，当时的吕宋华侨首领黄康就因此不幸被杀。他创办于泉州的黄合兴商号的控制权，就此落入掌柜黄明佐手中。尽管西班牙殖民者为安抚和继续招揽华侨采取了一定措施，但是大屠杀造成的影响，短时间内难以在泉漳等地抹去。1604年，仅有13艘中国船抵菲律宾贸易，不到以往的1/3。
在这次屠杀中，华人的财产和货物几乎都被西班牙人没收。从事后的拍卖情况看，36000多比索被西班牙拨为军用，30000多比索缴入皇家金库，这其中也包括李旦的财物。不过，他还是保住了一条性命。
作为大屠杀的幸存者，李旦遭到西班牙人惩罚，在一艘叫“galeyen”的船上做了多年苦役，于1607年逃走，后移居日本长崎平户，并娶日本女为妻。
一张单薄的华人贸易网
李旦到达日本时，新上任的德川幕府正有意改善与明政府的关系。
马尼拉大屠杀之年，也是由丰臣秀吉一手缔造的政权覆亡之年。同年，一直延续到1867年明治维新前的德川幕府上台。
当时旅居日本的中国侨民已有两三万人。旅日华人主要集中在长崎和平户，甚至在今平户岛户木引町一带还形成了“唐人町”。就连福建巡抚南居益也说：“闽越三吴之人，住于倭岛者，不知几千百家，与倭婚媾，长子孙，名曰唐市。”
尽管明政府禁止商民去日本贸易，但出海商民行踪难控，他们往往先南行，然后再调头东去日本。为什么要争着往日本去？福建巡抚谭纶一语中的：“御之怠严，则其值愈厚，而趋之愈众。”同是福建巡抚的陈子贞也曾说：“贩日本之利，倍于吕宋。”
因无法获得福建当局颁发的正式贸易许可证，以有限的开放来成就全国绝大部分沿海地区的海禁，又反过来让事实上的走私变成未捅破的窗户纸。
对明朝商民来日走私贸易，德川幕府持鼓励态度。1615年，德川幕府给赴日的中国商船授以“朱印状”。对于官控贸易的德川幕府来说，这就是盖有官印的贸易通行特许证，获得特许的商船就是“御朱印船”。
李旦善于结交长崎、平户两地的权贵，与长崎奉行（相当于长崎市长）长谷川权六藤正、平户岛主法印镇信一家关系都很好，慢慢成为当地的头面人物，是继王直之后，又一位在日本的头号华人传奇人物。王直是最早到日本平户定居的华人，他的到来受到当时岛主道可隆信的礼遇厚待，而法印镇信是道可隆信长子。
长袖善舞的李旦就是“朱印船主”之一，他逐渐成为在日本的华人所选出的“甲必丹”（“甲必丹”是日本人对葡萄牙语“Capito”的音译，具有船长、司令官或首领之意）。
1613年，第一批英国人到达平户时，李旦已是当地华人社区的首领，在当地有相当大的影响，他的商船来往于中国台湾、厦门、澳门、柬埔寨之间，被外国人称为“非常富有的中国人”。他与当地权势松浦大名有互相关照得益的私人友情。英国人约翰·萨利斯奉命在日本建立商馆时，得到允许，租了李旦的房舍作为英国东印度公司在日本的总部。1613年，李旦在家养病之时，约翰·萨利斯和松浦法印的女婿还前往问候。
在这一过程中，身在日本平户的李旦，与同在日本长崎的张敬泉（漳州龙溪人）和欧华宇、福建厦门的许心素（漳州人）等，以及先后在泰国大泥和印度尼西亚的李锦、菲律宾的黄明佐（漳州诏安人）、巴达维亚（今印度尼西亚的雅加达）的苏鸣岗（泉州府同安人）等，结成了一张华人关系网和亚洲贸易网。
其中，在东线贸易圈中，李旦、欧华宇、许心素不但是生意上的合作伙伴，还是结拜兄弟，而欧华宇与张敬泉关系亲密，两人都是日本德川幕府承认到越南等地贸易的“朱印船主”，并在1600年前后共创悟真寺，参加策划建立唐人墓地，是17世纪初期颇具分量的长崎华商领袖。
在东南亚航线中，苏鸣岗与IngieWatting（巴城汉人“甲必丹”的寡妇），JanCon与茂哥、林六哥等人有姻亲关系。
作为长崎华人社会的福建帮领袖，张敬泉于1636年逝世。而欧华宇在1619年前后就已去世。也就是在1619年，荷兰人占据巴达维亚，苏鸣岗被荷兰东印度公司总督特命为首任华侨“甲必丹”，作为“华人之领袖，管理一切民事诉讼”。
苏鸣岗，少时念过私塾，能文善武，15岁就赴印度尼西亚谋生，初经商于西爪哇苏丹王国所在地万丹，后迁居巴达维亚，通晓马来语和葡萄牙语，1644年去世。他的陵墓巍峨华美，一条特筑小道被命名为苏鸣岗巷，就是今天印度尼西亚雅加达达亲王大街。
许心素身份特殊，他一方面是总兵俞咨皋（抗倭名将俞大猷之子）的心腹，在厦门担任中级军职的把总，仅次于守备，一方面又是李旦在厦门生意的实际代理人。李旦能不战而屈人之兵，与许心素的牵线搭桥关系很大。