为与葡西商人打交道，李旦、李锦、郑芝龙等都成为天主教徒。李旦到达日本时，日本反天主教运动正在深入，对葡西商人的限制也日益增多。1600年，也就是英国成立东印度公司那年，日本的天主教徒达70多万人，连德川幕府的帐下亲信都入了教，引起德川幕府的惊恐与警觉。同年，安汶（今印度尼西亚港口城市）的统治者允许荷兰人在安汶修筑城堡，给予荷兰人丁香经营专利权，排挤了葡萄牙人。
荷兰原为西班牙属邦，从1566年尼德兰（尼德兰包括今天的荷兰、比利时、卢森堡三国和法国北部的一小部分。14~16世纪中期，通过中世纪的王朝婚姻关系和王位继承传统，尼德兰成为西班牙的一部分）爆发反抗斗争开始，荷兰人酝酿的就不仅仅是挣脱束缚。当时安特卫普（今比利时最大工业港口）是欧洲主要金融中心，屡遭西班牙人劫掠，数千名手工业者、商人和银行家逃往北方，尤其是阿姆斯特丹。1585~1622年，阿姆斯特丹人口从30万激增到105万。
16世纪末，各种意外的事件相结合，驱使荷兰人公开挑战葡萄牙在东方的霸权。弗朗西斯·德雷克爵士在其著名的环球航行（1577~1580）中的一个意外发现，加速了这一进程。在他眼中，葡萄牙人树敌甚多，商船航线和据点漫长而分散，其在东印度群岛的势力并非无懈可击，也远非东方主人。
尼德兰的反抗运动妨碍了殖民地商品在北欧的运销，荷兰人不能再从伊比利亚各港口得到货物。以往有一段时间，英国人一直在地中海东部诸港口获得东方的产品，但这一贸易也因西班牙和葡萄牙军舰封锁了穿越直布罗陀海峡的航道而被抑制。在这些压力下，荷兰人和英国人决定，既然不能从里斯本和亚历山大得到香料，那就直接到东印度群岛去取。他们越是侵入，越是发现对方出乎意料的虚弱。
一开始在西属美洲露面的英国闯入者，试图以和平的、商业的方式进入，但当时外国人在西班牙殖民地通商是非法的，遭到西班牙的抗议乃至伏击，船队5艘船里有3艘被击沉或捕获，这一厄运发生于1567年，是英西两国关系的一个转折点，它结束了英国与西班牙殖民地和平、合法通商的希望，于是英国人以海盗和劫掠的方式驶往西属西印度群岛。
最早向西班牙发起致命挑战的是英国人，但1588年西班牙无敌舰队在侵犯英国时遭遇灭顶之灾，百年的海上霸权开始走向衰落。1594年当葡西国王下令荷兰人不准与东方发生商业关系时，荷兰人开始了自己的东方冒险。1598年，荷兰船队抵达东南亚。尽管葡萄牙人已在此称霸80年，但从未能有效垄断这里的贸易。
以香料来说，其主要源于德那地、蒂多雷、安汶和班达等群岛。德那地和蒂多雷盛产丁香，安汶与班达群岛是肉桂、肉豆蔻的主要出产地，胡椒则遍布马来群岛。1511年以前该地的物产大都由爪哇商人运至马六甲集中转口，但是这种商业秩序却因葡萄牙人占据马六甲而瓦解。从某种程度上说，葡萄牙人占领马六甲之后，马六甲在东南亚贸易中的地位就出现了下降的尴尬。
英西关系史上的转折，首先发生在荷兰人身上。1601年9月，荷兰人首次抵达澳门，尽管被驳回了通市要求，但得到广州当局的善待。澳门葡萄牙人认为这是荷兰不可饶恕的冒犯，就用残忍方式杀害了部分荷兰船员。这激怒了荷兰人，马六甲海峡遂出现了集结的荷兰战船，专门截击从澳门驶往果阿等地的葡萄牙船。
1603年2月，荷兰人在柔佛附近海域对葡萄牙进行了一次劫掠。这艘满载中国丝绸、漆器、陶瓷等物品的船被运抵阿姆斯特丹拍卖，一共获得了350万荷盾，在当时引起不小轰动。这让荷兰人对与中国的直接贸易充满期待。
同年，荷兰人将永久商站设在爪哇万丹。在东南亚，贯通东西航道最理想的港口，一处是马六甲，另一处就是万丹。一年之前，英国将商馆开到了这里，直到1682年这里都是英国在东南亚的贸易总部。英国人似乎总比荷兰人快半步，1600年当英国东印度公司建立时，荷兰国王、高级官员和大富商才在两年后合资组成荷兰东印度公司，准其拥有从非洲好望角到南美洲之间的贸易垄断权，以及建立军队、设置法庭、签订条约、宣战媾和等特权。
尽管这时荷兰有多达5倍于英国的船只，但荷兰人容忍了英国人在东印度群岛的竞争，他们仍在为摆脱西班牙统治而独立战斗，无力再树敌。两者在很多地方相安无事，一直到1609年荷西缔结安特卫普休战协定，荷兰人开始转身对付英国人。与朝贡贸易圈是一种非侵略性的亲疏关系不同，18~19世纪，荷兰、英国吞并了很多由其保护的联盟国家。
葡西商人在安汶被直接排挤的境遇，很快延伸到了日本等地。1604年德川幕府实行生丝特许制，统制生丝贸易，由葡西商人操纵的局面一去不复返。1612年，日本发出禁止天主教令，同时宣布不再对西班牙实行生丝特许制，却给予分别在1609年和1613年才到日本贸易的荷兰、英国商船以内地贸易的自由，尽管他们带给日本的是与葡西商人大致相同的贸易商品──枪炮、火药、铅等军需品和豪商需要的呢绒、生丝、绸缎及棉纱棉布等。
17世纪初，荷兰一派如日中天之象，其旷日持久的反西独立战争，也是打破葡西对东方垄断的过程。明朝朝贡贸易网早已没有了当年的风光，取而代之的华人私人贸易网络，正面临着荷兰人的入侵。
华商力量：不战而屈人之兵
1602年，荷兰人在暹罗南部的大泥建立了商馆。紧接着，荷兰驻官发现当地中国人数目远远超过当地居民。
“若欲通商，无如漳州，漳州之南有澎湖，南北交通之要地也，诚能踞而守之，则互市不难。”当被问及中国事时，久居大泥的漳州海澄商人李锦，给荷兰人支招说道。
荷兰人问：“如果守将不允许，怎么办？”李锦就授之以贿赂之说。
春汛之后冬汛之前，澎湖没有明兵驻守，荷兰人一边乘机登上马公岛，“伐木筑舍，为久居计”，一边向福建当局要求与漳州“通商”互市。
按照明朝“非朝贡国不与之通商”的法律规定，福建巡抚徐学聚、总兵施德政对互市要求予以拒绝。在明兵威慑下，荷兰人短暂占据澎湖到1604年，后撤出。李锦后仍在大泥从事贸易，1612年，他举家迁徙到安汶，1614年死于当地。
1604年，东南沿海发生了有史记载以来最大的一次地震（8级），泉州发生大涝，民饥，上下无策。《明代大员宣慰司研究》说，福建名士陈第向徐学聚建议，把数万饥民迁到台湾地区，给三金一牛，以垦荒岛，得到官府默认，于是就出现了有组织地向台湾地区移民的一幕。
这次移民也能看到商人的影子，黄合兴商号就是重要的组织者。在《东番闻见录》中，时任黄合兴商号的账房程子嘉详细记载了这次移民所用的船只和物件，1604年初首次移居台湾地区的大陆人有3342人。在中国海商史上，作为在政府点头情况下对台湾地区较早进行商务开发的商号之一，黄合兴商号是一个仍未被充分认识的商号。
先前葡萄牙船只远航东海，路过台湾之北，遇见澎湖，这是欧洲人发现台湾岛之始。1613年，日本平户荷兰商馆馆长建议占据台湾岛作为贸易基地，但并没有下文。因为对日本平户—马尼拉、平户—中国澳门的贸易前景不太乐观，大约从1615年开始，李旦派人前往澎湖等地从事贸易活动。
也有一种说法，荷兰人需要得力的中国人帮助他们打开对华贸易，李旦成为他们主要借助的力量。而在1617~1618年，李旦儿子李国助取得德川幕府的朱印状，从事台湾地区贸易，并利用台湾地区进行对福建的转口贸易。
不知道其中是否存在内在联系，1615年，德川家康向长崎代官（相当于现在的市长）村山等安发出朱印状，令其组队远去台湾地区。1616年，村山等安的次子率船13艘，动员3000人进犯台湾鸡笼（现基隆），这一消息为琉球国王获悉，他立即派人向明政府通报，于是出现了1617年晚明的一次重大抗倭战役——“东沙之役”，最后村山等安一家被德川幕府以“远征违背国策”的罪名，满门抄斩。
1614~1625年，李旦共发船18艘，欧华宇发船5艘，目的地包括东京、交趾、吕宋、高砂（台湾别称）4地，其中前往台湾地区的船只数量就占了一半，达11艘之多。李旦的生意包括外销日本的工艺品和金属，交易中国的丝绸、瓷器、茶叶，以及收购台湾地区的鹿皮。一船的货物通常价值大约10万两白银，以现今白银价值来算，相当于100万美元，李旦生意规模之大可想而知。
1621年，李旦派颜思齐带队在笨港南岸（今云林县北港镇）登陆，伐木筑寨，建立了10座营寨，移民前来，并提供生产工具（船、牛、耕具等）和武力保护。各部落头目订约划界，向移民抽税、收租。为支援台湾地区的移民基地，这年李旦共派3艘“朱印船”到台湾岛，为历年来最多。1622年，李旦的儿子李国助也来到台湾岛。李旦船队的货物主要有来自日本的工艺品、金属和从澎湖收购的鹿皮，在和许心素派来的船会合后，交换明朝的丝绸、瓷器、茶叶等物。
在荷兰人占有台湾岛以前，李旦、颜思齐、郑芝龙共同以日本的平户、长崎和台湾地区的云林、嘉义一带为基地，从事对日贸易和海上武装打劫活动。
1622年4月荷兰人从巴达维亚港出发，分乘8艘战船进攻在澳门的葡萄牙人，但受挫，随后占据澎湖列岛，明政府官方遂严海禁，不准中国商船出洋兴贩。同年，日本发生屠杀外籍及日本教士事件，1623年驱逐葡萄牙人出境。
1624年日本禁止西班牙人来日通商，并强行将天主教徒集中到长崎，结果引起教徒的强烈反抗。荷兰人趁机向德川幕府说，这是葡萄牙人暗中策划煽动的暴乱。德川幕府将军大为震怒，以武力平息了暴乱。
长崎于1571年开港，由信奉天主教的大村纯忠所开，从此长崎就作为对外贸易及传播天主教的据点而急速发展，但当新的西欧势力崛起时，长崎更多受到荷兰文化的影响。
在谋求通商不得的情况下，1617年，荷兰人对中国南下商船的劫掠变本加厉。仅这一年，就有11艘中国商船遭到荷兰人抢劫。根据荷兰船长威廉·庞德的记述，在1622~1623年，荷兰人又劫掠了12艘中国商船，并在漳州港烧毁中国商船60多艘。
在与以国家力量为后盾的西方武装商船的竞争中，中国海商基本上是以个体或群体面目出现，很多时候处在被排挤和杀戮的劣势地位。
由漳州人颜思齐出面组织的28人拜盟兄弟团，包括泉州南安人郑芝龙、漳州海澄人陈衷纪、福建莆田人洪升、泉州惠安人张弘、泉州同安人林福等，欲起事，不幸事泄，遭到搜捕，仓皇逃往台湾岛。
颜思齐原是一介成衣匠，1612年遭官家欺凌，逃往日本。郑芝龙，先祖世居河南固始县，唐时入闽，从小习海事，被舅舅黄程领上商道，并结识李旦，这成为其人生拐点。
在日本待不下去之时，郑芝龙奉李旦之命，搭乘荷兰船“好望号”由平户起程赴澎湖，担任荷兰人的通事（翻译）。1624年8月李旦也从日本平户抵达澎湖。到这时，中国人各类渔船被荷兰人抢走600多艘，修筑工事、炮台和城寨成为被强迫之事，以至于1300名中国人饿死累死，270多人被掠往爪哇做苦役。